基于微卫星标记的个地方鸡种遗传多样性保护等级分析

基于微卫星标记的个地方鸡种遗传多样性保护等级分析第1页/共32页1、摘要2、材料3、方法4、结果5、分析与讨论第2页/共32页摘要【目的】分析我国地方鸡品种资源的遗传多样性保护等级，为我国地方鸡种资源遗传多样性保护方案的制定提供理论依据。【方法】采用１６个微卫星标记，计算我国１２个地方鸡品种（白耳鸡、茶花鸡、大骨鸡、河南斗鸡、丝羽乌骨鸡、固始鸡、狼山鸡、鹿苑鸡、藏鸡、仙居鸡、萧山鸡、北京油鸡）间的ＤＲ遗传距离、基因流（Ｎｍ）、杂合度和各群体基因组分数的分布，并采用Ｗｅｉｔｚｍａｎ和Ｃａｂａｌｌｅｒｏ２种遗传多样性保护理论，分析各品种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性。【结果】固始鸡与其他１１个鸡种间的平均遗传距离最远（０．２０９５），基因流最小（１．１４１１）；藏鸡与其他１１个鸡种间的平均遗传距离最近（０．１０１３），基因流最大（２．７７３０）。１２个地方鸡种中，除萧山鸡、鹿苑鸡和藏鸡外，其他群体的基因组分数均大于０．８００。Ｗｅｉｔｚｍａｎ保种理论分析表明，固始鸡、河南斗鸡、茶花鸡、丝羽乌骨鸡、北京油鸡对总群现实多样性的品种贡献率较高（＞１０％），这与这几个鸡品种独特的特征特性和相对封闭的品种形成历史基本一致。Ｃａｂａｌｌｅｒｏ保种理论分析表明，茶花鸡、河南斗鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡、大骨鸡、藏鸡和萧山鸡对总群的遗传多样性有正的贡献率，与Ｗｅｉｔｚｍａｎ保护理论确定的保护等级顺序相比，固始鸡、藏鸡和萧山鸡的保护等级发生了较大改变，这与Ｗｅｉｔｚｍａｎ保护理论未考虑品种内的遗传多样性有关。【结论】在分析家禽品种资源的遗传多样性保护等级时，应充分考虑品种间和品种内的遗传多样性。［关键词］微卫星；地方鸡种；遗传多样性；保护等级第3页/共32页本研究拟采用Ｗｅｉｔｚｍａｎ和Ｃａｂａｌｌｅｒｏ２种保种理论，综合评价我国１２个地方鸡种在遗传多样性最大化保护中的相对重要性，以期为今后更合理地制定我国地方鸡品种资源保护方案提供理论依据。第4页/共32页材料1、鸡种白耳鸡（ＢＡＩ）、茶花鸡（ＣＨＡ）、大骨鸡（ＤＡＧ）、河南斗鸡（ＤＯＵ）、丝羽乌骨鸡（ＷＵＧ）、固始鸡（ＧＵＳ）、狼山鸡（ＬＡＮ）、鹿苑鸡（ＬＵＹ）、藏鸡（ＴＩＢ）、仙居鸡（ＸＩＡ）、萧山鸡（ＸＩＳ）和北京油鸡（ＹＯＵ）,每个品种随机抽取４０只，翅静脉采血，酚／氯仿法提取ＤＮＡ，测定含量和纯度，稀释到１００ｎｇ／μＬ，－２０℃保存备用。第5页/共32页十二种鸡介绍白耳鸡又名白耳银鸡、江山白耳鸡、上饶地区白耳鸡。产地（或分布）：主产于江西上饶地区广丰、上饶、玉山三县和浙江的江山市。白耳黄鸡图片集随着江西省上饶市广丰县白耳黄鸡原种场晋升为国家级畜禽遗传资源保种场，白耳黄鸡再次引起了新闻媒体的关注。12月2日，央视七套《科技苑》栏目组的2位编导深入该县白耳黄鸡原种场实地采访。广丰白耳黄鸡是我国稀有的白耳黄鸡品种，2001年被国家农业部首批确认为我国11个地方品种鸡国家级资源保护品种。2005年，广丰白耳黄鸡作为亚洲第二例活体动物获得国家原产地域保护产品认证。近几年来，该县大力实施白耳黄鸡保护工程，制定并实施《白耳黄鸡地方标准》等技术标准，建立了白耳黄鸡原种场、技术推广示范区，积极推进白耳黄鸡的保护和开发。为我国稀有的白耳蛋用早熟鸡品种。白耳黄鸡以“三黄一白”的外貌特征为标准，即黄羽、黄喙、黄脚，白耳，耳叶大，呈银白色，似白桃花瓣，虹彩金黄色，喙略弯，呈黄色或灰黄色，全身羽毛呈黄色，单冠直立，公母鸡的皮肤和胫部呈黄色，无胫羽。初生重平均为37克，开产日龄平均为150天，年产蛋180枚，蛋重为54克，蛋壳深褐色，壳厚0.34～0.38毫米，蛋形指数1.35～1.38。第6页/共32页茶花鸡寻常略大（雄鸟70厘米，雌鸟42厘米）的家鸡野生祖先。雄鸟上体力具金属光泽的金黄、橙黄或橙红色，并具褐色羽干纹。脸部裸皮、肉冠及肉垂红色，且大而显著。飞羽褐黑色，具栗色外缘。尾羽黑色具金属绿色光泽，中央两枚尾羽最长，下垂如镰刀状。下体褐黑色。脚蓝灰色。雌鸟上体大部黑褐色，上背黄色具黑纹，胸部棕色，往后渐变为棕灰色。虹膜－红色；嘴－角质色；脚－蓝灰色。叫声：只在春季繁殖季节鸣叫。雄鸟叫声如gege--gege中间有一明显停顿，最后的ge非常短，如家养公鸡缩短的叫声。体型近似家鸡。头具肉冠，喉侧有一对肉垂，是本属独具的特征。雌雄异色。雄性羽色很像家养的公鸡，最显著的差别是头和颈的羽毛狭长而尖，前面的为深红色，向后转为金黄色。这些狭尖的长羽，从颈向后延伸，覆于背的前部，比家鸡更为华丽。尾羽和尾上覆羽均黑，并具金属绿色反光，羽基白色，飞时特别明显。雌性与家养的母鸡相似，体形较雄性小，尾亦较短。头和颈项黑褐缀红；颈羽亦特长，轴部黑褐而具金黄色羽缘。

第7页/共32页大骨鸡又称庄河鸡。大骨鸡形成历史悠久，据资料记载，早在二百多年以前，山东移民将山东大型的寿光鸡带入辽宁，与当地鸡杂交，后经当地群众长期选育而成。主要产于辽宁省庄河市。分布于东沟、凤城、金县、新金、复县等地。大骨鸡是以蛋大为突出特点的兼用型地方鸡种。具体大墩实，觅食力强，产蛋多而大，且蛋壳厚而坚实，肉质鲜嫩等特性。大骨鸡曾与蒙古马、秦川牛、长白猪并列中国农业的四大品牌，而且在上世纪50年代，还进入过教材书，甚至在国家级禽资源保护品种名录里，位列11个鸡种的第二位。第一位是九斤黄，而大骨鸡则是200多年前，九斤黄与寿光鸡和当地土鸡杂交出来的新品种。大骨鸡体型大，胸深宽广，背宽而长，腿高粗壮，腹部丰满。公鸡羽毛棕红色，尾羽黑色并带绿色光泽。母鸡多呈麻黄色，头颈粗壮，眼大而明亮。公鸡单冠直立，母鸡单冠、冠齿较小。冠、耳叶、肉垂呈红色，嗓、胚、趾均呈黄色。大骨鸡属大型兼用型品种。第8页/共32页河南斗鸡

属观赏型鸡种。在中国斗鸡品种中体型最大，数量最多，其胸、腿肌发达，可作为肉鸡育种的原始素材。河南斗鸡主产于河南省开封、郑州、洛阳等县市。2002年存栏10万只。外貌特性

头半棱形，冠型以豆冠为主。喙短粗，呈半弓形。羽色以青、红、白三色为主色，三色羽之间相互交配形成青、红、紫、皂、白、花等色。骨骼比一般鸡种发达，最突出的是脑壳骨厚，是普通鸡的二倍厚。胸骨长，腿裆较宽。成年鸡体重：公3500克，母2000～3000克。第9页/共32页丝羽乌骨鸡

别名：泰和鸡、武山鸡、白绒鸡、竹丝鸡产地（或分布）：产于江西泰和县。福建省泉州市、厦门市和闽南沿海有分布。主要种质特性：丝羽乌骨鸡属药用型鸡种，以其具有洁白如雪的丝状羽，皮肤、肌肉、骨膜皆乌和具有独特的药用价值而闻名国内外。还具有性情温驯、不善飞跃、适应性强、外形美观、肉质鲜嫩等特性。体型外貌：丝羽乌骨鸡在国际标准中被列为观尝型鸡种。其体型为头小、颈短、脚矮、结构细致紧凑、体态小巧轻盈。其外貌具十大特征，也称“十全”：桑棋冠冠属草梅类型，在性成熟前为暗紫色似桑椹，成年以后色减退略带红色似荔枝。缨头头顶有一丛缨状冠羽，母鸡比公鸡发达，状如绒球，称之为“凤头”。绿耳耳叶圣暗紫色，在性成熟前明显呈蓝绿色彩，成年后逐渐成为暗紫色。趾，也有个别的从第一趾再多生一趾成为六趾的。脚毛腹部和第四趾着生有胫羽和趾羽。乌皮全身皮肤以及眼、脸、喙、胫、趾均呈乌色。乌肉全身肌肉略带乌色，内脏及腹脂膜均呈乌色。乌骨骨质暗乌，骨膜深黑色。第10页/共32页固始鸡固始鸡属黄鸡类型，具有产蛋多、蛋大壳厚、遗传性能稳定等特点，为蛋肉兼用鸡。全区均有分布，以固始为最多。固始鸡体躯呈三角形，羽毛丰满，单冠直立，六个冠齿，冠后缘分叉，冠、冈挥、耳垂呈鲜红色，眼大有神，味短呈青黄色。公鸡毛呈金黄色，母鸡以黄色、麻黄色为多。母鸡长到180天开产，年产蛋为130-200枚，平均蛋重50克，蛋黄呈鲜红色。成年公鸡体重2.1公斤，母鸡1.5公斤，为我国宝贵的家禽品种资源之一。特点固始鸡有以下突出的优良性状：一是耐粗饲，抗病力强，适宜野外放牧散养；二是肉质细嫩，肉味鲜美，汤汁醇厚，营养丰富，具有较强的滋补功效；三是母鸡产蛋较多，蛋大，蛋清较稠，蛋黄色深，蛋壳厚，耐贮运。活鸡及鲜蛋在明清时期为宫廷贡品，本世纪五十年代开始出口港澳，六、七十年代被指定为京、津、沪特供商品，赢得了“土鸡之王”和“王牌蛋”的美誉。青嘴、青腿是固始鸡的天然防伪标志。固始鸡有青脚和乌骨两个品系。第11页/共32页说起“狼山鸡”，还流传着一段有趣的故事。远在1872年，一艘英国商船，停泊在南通附近的长江中，炊事员上岸买回一批黑鸡做菜。因鸡肉质细嫩，味道鲜美异常，船长甚感惊奇，如获至宝，便将剩下的几只带回英国。后来这种黑鸡竟然在英国家禽展览会上展出，受到欧美各国养禽专家的青睐，获得金质奖章。于是，欧、美、亚许多国家便从我国进口此鸡。由于这些鸡都从南通狼山出口，故取名“狼山鸡”。建国后，狼山鸡又曾作为种鸡飞往德国、澳大利亚等国。一时，狼山鸡身价百倍，中外驰名。第12页/共32页狼山鸡是我国著名的蛋肉兼用型地方鸡种，体格健壮，头昂尾翘，具有典型的U字形特征；被毛紧密、有光泽；活泼好动，行动灵活。狼山鸡按羽色可分黑、白两种。狼山黑鸡单冠直立，有5～6个冠齿；耳垂和肉髯均为鲜红色；喙黑褐色，尖端颜色较淡；全身被毛黑色；成年公鸡背部、尾部羽毛有墨绿色金属光泽；胫、趾部均呈灰黑色，皮肤为白色。狼山黑鸡初生雏头部黑白绒毛相间，俗称大花脸；背部为黑色绒羽，腹、翼尖部及下腭等处绒羽为淡黄色，这是狼山黑鸡有别于其他黑色鸡种的特征。狼山白鸡雏鸡羽毛为灰白色，成鸡羽毛洁白。第13页/共32页藏鸡喙多呈黑色，少数呈肉色或黄色。虹彩多呈橘色，黄栗色次之。耳叶多呈白色，少数红白相间，个别红色。胫黑色者居多，其次肉色，少数有胫羽。主、副翼羽、主尾羽和大镰羽呈黑色带金属光泽，胫羽、蓑羽呈红色或金黄色镶黑边羽，身体其他部位黑色羽多者称黑红公鸡，红色羽多者称大红公鸡.此外，还有少数白色公鸡和其他杂色公鸡。母鸡羽色较复杂，主要有黑麻、黄麻、褐麻等色，少数白色，纯黑较少。但云南尼西鸡则以黑色较多，白色麻黄花次之，尚有少数其他杂花、灰色等。初生重为28.1～30.8克，成年体重公鸡为1145克，母鸡为860.2克。第14页/共32页仙居鸡是浙江省优良的小型鸡蛋地方品种，主要区在仙居县及邻县。每年饲养量约50万只以上，多分布在浙江省东南部地区，外省也有引种。该鸡已有300多年的饲养历史。对仙居鸡的体重、体尺及公鸡肉品质与屠宰性能进行测定,并对所涉及参数进行了相关性分析.结果表明:仙居鸡平均体斜长、龙骨长、髋宽、胫长、胫围分别为14.05cm、10.4cm、8.85cm、7.15cm、3.1cm;仙居公鸡的屠宰率达90.97%,半净膛率为80.16%,全净膛率为63.27%,胸肌率7.7%,腿肌率14.2%;肉质参数(pH值、透光度、失水率、嫩度)中仅嫩度与pH值、透光度、龙骨长、胫长有中度相关;屠宰性能(体重、屠体重、半净膛重、全净膛重、胸肌及腿肌重)的各项指标间高度相关;龙骨长、胫长有中度相关;体尺指标(体斜长、龙骨长、髋宽、胫长、胫围)的相关系数为0.424～0.885.第15页/共32页萧山鸡又名“越鸡”、“沙地大种鸡”，原产地是浙江省萧山县，是我国优良的肉蛋兼用型品种，素以体型健硕，肉质鲜美而闻名，深受消费者青睐。特点由于萧山鸡脚黄、羽毛黄、皮肉黄，俗称“三黄鸡”，主产于瓜沥、义蓬等沙地乡镇，分布于杭嘉湖及绍兴地区。一般放养150多天，可以长到十多斤重，140-150天即将下蛋的萧山鸡母鸡就是烹制叫花鸡的原料。但是上世纪八九十年代，由于当地种鸡场实行企业化管理，个头大、生长期长的萧山鸡逐渐被市场淘汰，萧山鸡就没再进行保种和选育，处于濒危状态。萧山鸡一般成年公鸡体重约3～3．5公斤，母鸡约2公斤，阉鸡达5公斤。胸部肌肉特别发达，两脚粗壮结实，性活泼好动，喜觅活食。产区地处钱塘江冲积平原，农业发达，饲料丰富，又适宜鸡群放养，加上当地农民养鸡经验丰富，故形成该鸡成熟早、生长快、体形肥大、肉质细嫩、产蛋率高等特点。电孵生产的雏鸡，饲养180天左右即能生蛋，年产120～150枚，枚重54～56克。萧山鸡具有较高的营养价值，鸡肉脂肪含量较普通鸡少，100克鸡肉中含蛋白质23克，脂肪仅1克左右。成鸡适时阉割，可加速生长，体形高大，俗称"红毛大阉鸡"。萧山鸡营养丰富，对人体具有补益五脏、治脾胃虚弱之功效。民间以仔鸡与黄芪炖服，对慢性肝炎、腰肌酸痛、神经衰弱、气虚盗汗、肾阳不足等症有较好疗效。第16页/共32页北京油鸡是北京地区特有的地方优良品种，距今已有300余年。北京油鸡是一个优良的肉蛋兼用型地方鸡种。具特殊的外貌(即凤头、毛腿和胡子嘴)，肉质细致，肉味鲜美，蛋质佳良，生活力强和遗传性稳定等特性。数量：北京油鸡（中华宫廷黄鸡）2002年存栏6000只。主要特性：北京油鸡（中华宫廷黄鸡）属蛋肉兼用型鸡种。其中羽毛呈赤褐色（俗称紫红毛）的鸡体型偏小；羽毛呈黄色（俗称素黄色）的鸡体型偏大。北京油鸡（中华宫廷黄鸡）初生雏鸡全身披着淡黄或土黄色绒羽，冠羽、胫羽、髯羽也很明显，体浑圆。北京油鸡（中华宫廷黄鸡）的羽毛厚密而蓬松，有冠羽、胫羽和髯羽，有些个体兼有趾羽。北京油鸡（中华宫廷黄鸡）多数个体的颌下或颊部生有髯须，冠型为单冠，冠叶小而薄，在冠叶的前段常形成一个小的“S”状褶曲，冠齿不甚整齐。虹彩多呈棕褐色，喙各胫呈黄色，少数个体分生五趾。第17页/共32页鹿苑鸡体型高大，体质结实，胸部较深，背部平直。公鸡重3kg、母鸡9kg左右，故有"鹿苑大鸡"之称。头部冠小而薄，肉垂、耳叶亦小。眼中等大，瞳孔黑色，虹彩呈粉红色，喙中等长、黄色，有的喙基部呈褐黑色。全身羽毛黄色，紧贴体躯，且使腿羽显得比较丰满。颈羽、主翼羽和尾羽有黑色斑纹。公鸡羽毛色彩较浓，梳羽、蓑羽和小镰羽呈金黄色，大镰羽呈黑色，皆富有光泽、胫、趾黄色，两腿间距离较宽，无胫羽。雏鸡绒羽黄色。产区养鸡历来是分散饲养，每户养母鸡10余只，专养1只公鸡，放牧混养，采取自由配种方式，并在春秋两季进行由母鸡孵化、育雏。在鸡群公母配种比例1：15的情况下，采用人工孵化，种蛋的受精率为94．3%,受精蛋孵化率为87．23%。母鸡就巢性较强，据对123只母鸡统计，有就巢鸡23只，占母鸡总数的18．7%。近年各鸡场通过选育，就巢率已有所下降。人工育雏时，30日龄育雏成活率在90%以上。第18页/共32页微卫星引物2、１６个用于地方鸡种遗传多样性研究的微卫星基因座信息第19页/共32页方法STR1、定义短串联重复(shorttandemrepeat,STR,SSR)，一种简单串联重复DNA序列。其重复单位为1～6个核苷酸，由10～50个重复单位串联组成。微卫星DNA是在研究DNA多态性标记过程中发现的。1981年Miesfeld等首次发现微卫星DNA，双核苷酸重复单位常为(CA)n和(TG)n。STR的核心序列为1～6bp,呈串联重复排列,重复次数10~50次左右,其总长度常小于400bp,常见的有一、二、三、四核苷酸重复序列,约占真核生物基因组的5%。第20页/共32页实验步骤

1.收集标本(血液或组织等标本)并提取DNA。

2.设计引物序列并扩增，琼脂糖电泳检测结果。

3.合成荧光标记引物。

4.进行PCR扩增，产物通过测序仪器电泳检测,获得扩增片段大小。

5.分析测序仪器读出的数据，给结果图谱。第21页/共32页STR用于遗传学多态性研究STR标记多位于非编码区,变异一般不影响人体的结构与功能,突变在进化过程中受自然选择压力较小,以近乎稳定的速率传递且不断积累,形成多样性。通过研究STR多态性,变异速率以及比较序列间差异、人群间差异,分析不同人群间的遗传距离,就可从分子生物学角度揭示人类的起源、迁徙、进化等历史进程。展望微卫星DNA的研究近年来已取得了明显进展,但微卫星DNA标记还存在很多问题，如微卫星DNA分子突变机制尚不完全清楚、PCR引物在不同物种间保守性较差、对于不同物种要进行特异性引物设计等，但微卫星DNA仍然是研究当前种内遗传变异中分辨率最高、揭示力最强的核DNA标记。相信随着微卫星DNA研究的不断深入，微卫星必将会在各个领域中有着更为广泛的应用。第22页/共32页统计方法

各亚群的观察杂合度、无偏杂合度和平均有效等位基因数利用Ｍｉｃｒｏｓａｔｅｌｌｉｔｅ－Ｔｏｏｌｋｉｔ软件进行计算；用ＦＳＴＡＴ软件计算Ｆ－ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ统计量（Ｆｓｔ），基因流Ｎｍ由Ｆｓｔ＝１／（４Ｎｍ＋１）获得，群体间的ＤＲ遗传距离由ＰＨＹＬＩＰ软件计算。采用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ（Ｖ２．０）推断各地方鸡品种的基因组分数分布，采用混合模型（ＡｄｍｉｘｔｕｒｅＭｏｄｅｌ）进行分析，重复运行Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ程序２０次，每次在２００００Ｂｕｒｎ－ｉｎ基础上运行５００００步。第23页/共32页辅助理解杂合度是指随机抽取的样本中其两个等位基因不相同的可能性(Nei,1975)。期望杂合度主要是根据种群内当前优势等位基因的分布频率来推算的,稀有基因的贡献极其微弱遗传学上的杂合度，用H表示:杂合性的一种状态程度,反映一个位点具有两个以上等位基因的状态：H=1-Σpi

第24页/共32页等位基因数在数量性状中，每对等位基的作用有积加的效应，如控制高度的基因，一个等位基因g平均可贡献2cm的高度，G平均贡献4cm的高度，gg纯合贡献4cm高度，Gg杂合可贡献6cm高度，或者7cm，8cm的高度，GG纯合可贡献8cm的高度，它们的遗传方差称为加性遗传方差（additivegeneticvariance）。若G对g有显性作用，那么Gg将贡献8cm，显性作用使表型产生的方差称显性方差。若有非等位基因之间存在上位效应的话还必须考虑到上位方差，或称为互作方差（interactionvariance）VI,因此遗传方差是由下式表示：VG=VA+VD+VI遗传距离衡量品种间若干性状综合遗传差异大小的指标。育种目标所要求的性状不止一个，为了能够更全面地反映亲本品种间的遗传差异，需要对多个性状综合考虑，从而引伸出遗传距离的概念。按多元统计分析方法计算品种间多个性状基因型值构成的多维空间的几何距离，就叫作品种间的遗传距离。基因流指生物个体从其发生地分散出去而导致不同种群之间基因交流的过程，可发生在同种或不同种的生物种群之间。基因流的强弱和程度因不同的种或种群、不同的时间和地点而有很大差异，但其基本作用是消弱了种群间的遗传差异。一般而言，邻近种群基因频率相似并不一定就是基因流产生的融合作用，也许是选择压力相同造成的；而邻近种群间基因频率出现较大差异，也不能说不存在基因流，这时自然选择的作用超过了基因流，于是种群在强大的选择压力下，即使存在一定的基因流，还是发生了较大的遗传分化。对植物种群而言，即使通过基因流实现了新基因的输入，但由于生殖上的障碍（生殖隔离等），这种基因流并不能得以遗传。第25页/共32页结果杂合度和等位基因数：藏鸡的观察杂合度最高（０．６９５９），等位基因数最多（６．１９）；固始鸡的观察杂合度最低（０．４９９２），等位基因数最少（３．９４）；１２个鸡种的平均观察杂合度为（０．６２３１），平均无偏杂合度为（０．６２７５），平均有效等位基因数为（５．０６）。ＤＲ遗传距离和基因流固始鸡与茶花鸡、河南斗鸡和狼山鸡之间的ＤＲ遗传距离较远，分别为０．２７７５，０．２７５０和０．２５５２；就平均遗传距离而言，固始鸡与其他１１个鸡种间的平均遗传距离最远（０．２０９５），其次为河南斗鸡，藏鸡与其他１１个鸡种间的平均遗传距离最近（０．１０１３）。萧山鸡与鹿苑鸡（６．０９５２）、藏鸡与茶花鸡（５．４０５５）、藏鸡与仙居鸡（４．８６２５）之间的基因流较大；就平均基因流而言，藏鸡与其他１１个鸡种间的平均基因流最大（２．７７３０），其次为仙居鸡，固始鸡与其他１１个鸡种间的平均基因流最小（１．１４１１）。第26页/共32页基因组分数的分布Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ程序是一种基于多位点基因型和等位基因频率数据推断群体结构的模型分类法，每个推断类别（Ｋ）均代表一组特定的基因型和等位基因频率类型，其根据每一个被分析个体的位点基因型和等位基因频率在所有推断类别中的分布比例（即基因组分数，＞０．８００），确定个体所属的品种类别，可用于分析各品种群体的遗传背景（相对独立或具有复杂的遗传基础）。采用Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ程序推断的１２个地方鸡种的群体基因组分数分布见表４。由表４可知，萧山鸡、鹿苑鸡和藏鸡群体的平均基因组分数在所属推断类别中均小于０．８００。遗传多样性贡献率Ｗｅｉｔｚｍａｎ保种理论的分析结果表明，１２个地方鸡种群体的现实多样性为１．５７９２，固始鸡、河南斗鸡、茶花鸡、丝羽乌骨鸡对总群现实多样性的品种贡献率相对较高，且均超过１０％；鹿苑鸡、藏鸡和萧山鸡对总群现实多样性的品种贡献率较其他鸡种小，且均低于５％。Ｃａｂａｌｌｅｒｏ保种理论的分析结果表明，茶花鸡、河南斗鸡、北京油鸡、丝羽乌骨鸡、大骨鸡、藏鸡和萧山鸡对总群遗传多样性有正的贡献率，当该品种被从总群中移除时，分别会使总体遗传多样性减少０．９５６８％，０．５００９％，０．４９２９％，０．１１２９％，０．７７３８％，０．０４５２％和０．０２８２％。

第27页/共32页分析与讨论１、Ｗｅｉｔｚｍａｎ遗传多样性保护等级分析Ｗｅｉｔｚｍａｎ遗传多样性保护理论是基于品种间遗传距离，通过计算总群体现实多样性及各品种对总群体现实多样性的贡献率来确定品种的优先等级，以最大程度地保护资源群体间的遗传多样性。因此，Ｗｅｉｔｚｍａｎ保护理论对特征特性明显、与其他品种间具有较大遗传距离的品种给予最高保护等级。在本研究分析的１２个地方鸡品种中，Ｗｅｉｔｚｍａｎ保护理论将固始鸡、河南斗鸡、茶花鸡、丝羽乌骨鸡、北京油鸡列在品种保护等级的前列，与这几个鸡品种具有独特的特征特性和相对封闭的品种形成历史基本一致。上述品种与其他品种间较远的遗传距离、较少的基因流动及群体基因组分数在各自推断类别