甲基化芯片与数据分析

甲基化芯片与数据分析第1页，共32页，2023年，2月20日，星期一DNA甲基化CpG岛DNA甲基化在CpG甲基化结合蛋白和DNA甲基化转移酶的作用下，使CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变成为5’甲基胞嘧啶。通常是基因的启动子区域，5’端非翻译区和第一个外显子区，CpG序列密度非常高，超过均值5倍以上，为鸟嘌呤和胞嘧啶的富集区。第2页，共32页，2023年，2月20日，星期一肿瘤DNA甲基化过低CpG岛高甲基化发育出生后发育衰老整体甲基化水平研究DNA甲基化的意义第3页，共32页，2023年，2月20日，星期一DNA甲基化与肿瘤发生第4页，共32页，2023年，2月20日，星期一高效液相色谱重亚硫酸盐测序甲基化特异性PCR焦磷酸测序甲基化DNA免疫共沉淀常用的检测手段第5页，共32页，2023年，2月20日，星期一Affymetrix甲基化芯片实验HumanPromoter1.0RHumanTiling1.0R/2.0R第6页，共32页，2023年，2月20日，星期一样品交联染色质片段化CHIP洗涤纯化PCR扩增DNA片段化标记杂交洗脱扫描甲基化实验流程第7页，共32页，2023年，2月20日，星期一利用甲醛对样品进行固定，使蛋白与染色质进行交联样品交联第8页，共32页，2023年，2月20日，星期一超声波打断染色质染色质片段化第9页，共32页，2023年，2月20日，星期一特异性MBD2抗体结合免疫共沉淀-CHIP第10页，共32页，2023年，2月20日，星期一对CHIP染色体进行进行纯化，并对DNA进行琼脂糖凝胶电泳检测CHIP效率洗涤纯化第11页，共32页，2023年，2月20日，星期一利用随机引物扩增CHIP和对照组DNA片段PCR扩增第12页，共32页，2023年，2月20日，星期一使用DNA末端标记试剂盒将PCR扩增产物打断成碎片DNA，并进行标记片段化&标记第13页，共32页，2023年，2月20日，星期一杂交洗脱扫描第14页，共32页，2023年，2月20日，星期一甲基化芯片数据分析及应用第15页，共32页，2023年，2月20日，星期一Affymetrix单通道/转录因子Nimblegen双通道甲基化芯片数据类型第16页，共32页，2023年，2月20日，星期一单通道甲基化芯片数据分析原始数据数据解析数据质控标准化算Ratio值RMS/AMS富集Peak差异比较注释第17页，共32页，2023年，2月20日，星期一数据解析第18页，共32页，2023年，2月20日，星期一数据质控——信号分布第19页，共32页，2023年，2月20日，星期一数据质控——MA图第20页，共32页，2023年，2月20日，星期一散点图第21页，共32页，2023年，2月20日，星期一GC含量及ATCG位置信号分布第22页，共32页，2023年，2月20日，星期一标准化第23页，共32页，2023年，2月20日，星期一标准化第24页，共32页，2023年，2月20日，星期一标准化第25页，共32页，2023年，2月20日，星期一双通道甲基化芯片数据分析Ratio值RMS/AMSFILTER差异探针注释第26页，共32页，2023年，2月20日，星期一每个样本的信号值和Input信号值的比值原始数据第27页，共32页，2023年，2月20日，星期一AMS（绝对甲基化水平）染色体区域范围内探针所代表的甲基化水平RMS（相对甲基化水平）探针所代表的相同数量CpG的甲基化水平RMS/AMS计算——MEDMEMEDME对smoothedlog-Ratio进行处理，使用全甲基化数据构建出log-Ratio对AMS的模型。再代入待测样本的log-Ratio数据计算出RMS。第28页，共32页，2023年，2月20日，星期一探针filter完全相同值的探针Peakfilter没有peak的区域FILTER第29页，共32页，2023年，2月20日，星期一利用随机方差模型（RVM）修正的的t-test或f-testRMS值P值差异甲基化探针筛选第30页，共32页，2023年，2月20日，星期一根据promoter的定位注释甲基化探针