生物化学与分子生物学 主干第一章蛋白质的结构与功能-王丽影

生物化学蛋白质王丽影7-31654237659教学负责人:liying_wang@

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生物化学与分子生物学教科书为体现生物化学与分子生物学学科知识的最新进展，符合医学生培养目标以及进一步加强课程内涵建设以提高教学效果，加入更新的知识，出版“自主品牌、上医特色”的能密切结合临床，具有实用性和时效性的系列主干课程教材。参考书查锡良,药立波主编.生物化学与分子生物学.第8版.北京:人民卫生出版社:2013.DavidLNelson,MichaelMCox.LehningerPrinciplesofBiochemistry6thedition.NewYork:W.H.FreemanandCompany,2013.绪

论生物化学(biochemistry)是一门从分子水平探讨生命现象与本质的重要基础课程，主要研究生物体分子结构与功能、物质代谢与调节以及遗传信息传递的分子基础与调控规律等。生物化学发展简史

一、叙述生物化学时期

18世纪中至19世纪末，主要研究生物体的化学组成。对糖类、脂质及氨基酸的性质进行了较为系统的研究；发现了核酸；从血液中分离了血红蛋白；证实了连接相邻氨基酸的肽键的形成；化学合成了简单的多肽；发现酵母发酵生醇过程，存在“可溶性催化剂”，奠定了酶学的基础等。二、动态生物化学时期

20世纪初期，发现了人类营养必需氨基酸、营养必需脂肪酸及多种维生素；还发现了多种激素，并将其分离、合成。应用同位素示踪技术，基本确定了体内主要物质的代谢途径，包括糖代谢途径的酶促反应过程、脂肪酸β-氧化、尿素合成途径及三羧酸循环等，还提出了生物能产生过程中的ATP循环学说。同时，阐明了酶的化学本质是蛋白质。三、分子生物学时期20世纪50年代，生物化学发展进入了分子生物学（molecularbiology）时期，使之揭示了生命本质的高度有序性和一致性，是人类在认识论上的重大飞跃。分子生物学是生物化学的重要组成部分，也被视作生物化学的发展和延续。因此，分子生物学的飞速发展，无疑为生物化学的发展注入了更大的活力，并促进了相关和交叉学科的发展，特别是医学的发展，已成为生命科学的共同语言。三、分子生物学时期

DNA双螺旋结构20世纪50年代初期，J.D.Watson和F.H.Crick提出DNA双螺旋结构模型，为揭示遗传信息传递规律奠定了基础，是生物化学发展进入分子生物学时期的重要标志DNA克隆20世纪70年代，重组DNA技术的建立，促进了对基因表达调控机制的研究，且使主动改造生物体成为可能基因组学及组学20世纪末始动的人类基因组计划（humangenomeproject）揭示了人类遗传学图谱的基本特点，将为人类的健康和疾病的研究带来根本性的变革生物化学与医学

生物化学课程叙述正常人体的生物化学以及疾病过程中的生物化学相关问题，与医学有着紧密的联系。基础医学各学科主要是阐述人体正常、异常的结构与功能等临床医学各学科则研究疾病发生、发展机理及诊断、治疗等而生物化学为医学各学科从分子水平上研究正常或疾病状态时人体结构与功能乃至疾病预防、诊断与治疗，提供了理论与技术。生物化学与医学

近年来，疾病相关基因克隆、重大疾病发病机制研究、基因芯片与蛋白质芯片在诊断中的应用、基因治疗与生物化学的理论与技术密切相关可以相信，随着生物化学与分子生物学的进一步发展，将给临床医学的诊断和治疗带来全新的理念蛋白质的结构与功能第一章StructureandFunctionofProtein蛋白质（Protein）是生物体内最丰富、功能最复杂的一类大分子物质。19世纪末，Fischer证实了氨基酸（aminoacid）是组成蛋白质的基本单位，并利用氨基酸合成了多种短肽。什么是蛋白质?蛋白质(protein)是由许多氨基酸(aminoacids)通过肽键(peptidebond)相连形成的高分子含氮化合物。蛋白质研究的历史1833年，从麦芽中分离淀粉酶；随后从胃液中分离到类似胃蛋白酶的物质。1864年，血红蛋白被分离并结晶。19世纪末，证明蛋白质由氨基酸组成，并合成了多种短肽。20世纪初，发现蛋白质的二级结构；完成胰岛素一级结构测定。20世纪中叶，各种蛋白质分析技术相继建立，促进了蛋白质研究迅速发展；1962年，确定了血红蛋白的四级结构。20世纪90年代，功能基因组与蛋白质组研究地展开。蛋白质的分子组成

TheMolecularComponentofProtein第一节组成蛋白质的元素主要有C、H、O、N和S。

有些蛋白质含有少量磷或金属元素铁、铜、锌、锰、钴、钼，个别蛋白质还含有碘。

各种蛋白质的含氮量很接近，平均为16％。蛋白质元素组成的特点由于体内的含氮物质以蛋白质为主，因此，只要测定生物样品中的含氮量，就可以根据以下公式推算出蛋白质的大致含量：100克样品中蛋白质的含量(g%)=每克样品含氮克数×6.25×1001/16%一、蛋白质的基本结构单位存在自然界中的氨基酸有300余种，但组成人体蛋白质的氨基酸仅有20种，且均属L-氨基酸（甘氨酸除外）。H甘氨酸CH3丙氨酸L-氨基酸的通式R非极性脂肪族氨基酸极性中性氨基酸芳香族氨基酸酸性氨基酸碱性氨基酸二、氨基酸的分类(一)侧链含烃链的氨基酸属于非极性脂肪族氨基酸(二)侧链有极性但不带电荷的氨基酸是极性中性氨基酸酶的磷酸化修饰酶蛋白ThrSerTyrOHOHOH-O-PO3H2酶蛋白-O-PO3H2-O-PO3H2ThrSerTyrATPADP蛋白激酶H2OPi蛋白磷酸酶生物化学与分子生物学(三)侧链含芳香基团的氨基酸是芳香族氨基酸(四)侧链含负性解离基团的氨基酸是酸性氨基酸(五)侧链含正性解离基团的氨基酸属于碱性氨基酸几种特殊氨基酸

脯氨酸（亚氨基酸）CH2CHCOO-NH2+CH2CH2CH2CHCOO-NH2+CH2CH2半胱氨酸+胱氨酸二硫键-HH-OOC-CH-CH2-S+NH3S-CH2-CH-COO-+NH3-OOC-CH-CH2-S+NH3S-CH2-CH-COO-+NH3-OOC-CH-CH2-SH+NH3-OOC-CH-CH2-SH+NH3HS-CH2-CH-COO-+NH3HS-CH2-CH-COO-+NH3三、氨基酸的理化性质两性解离及等电点氨基酸是两性电解质，其解离程度取决于所处溶液的酸碱度。

等电点(isoelectricpoint,pI)

在某一pH的溶液中，氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等，成为兼性离子，呈电中性。此时溶液的pH值称为该氨基酸的等电点。（一）氨基酸的两性解离性质pH=pI+OH-pH>pI+H++OH-+H+pH<pI氨基酸的兼性离子阳离子阴离子酸性氨基酸的解离（如asp)PI＝（2.09+3.86）/2＝2.98等电点的应用电泳

电泳：带电颗粒在电场中移动的现象称为电泳应用氨基酸的分离与分析氨基酸不同（pI不同，大小不同），在电场中泳动速度不同，因此可以通过电泳将氨基酸彼此分开当pH=pI时，氨基酸呈兼性离子，在电场中不移动当pH>pI时，氨基酸带负电荷，在电场中向正极移动当pH<pI时，氨基酸带正电荷，在电场中向负极移动（二）紫外线吸收性质色氨酸、酪氨酸的最大吸收峰在280nm

附近。大多数蛋白质含有这两种氨基酸残基，所以测定蛋白质溶液280nm的光吸收值是分析溶液中蛋白质含量的快速简便的方法。苯环共轭（三）茚三酮反应氨基酸与茚三酮水合物共热，可生成蓝紫色化合物，其最大吸收峰在570nm处。由于此吸收峰值与氨基酸的含量存在正比关系，因此可作为氨基酸定量分析方法。（四）氨基酸成肽、脱羧与脱氨反应+-HOH甘氨酰甘氨酸肽键肽链中的氨基酸分子因为脱水缩合而基团不全，被称为氨基酸残基(residue)。由十个以内氨基酸相连而成的肽称为寡肽(oligopeptide)，由更多的氨基酸相连形成的肽称多肽(polypeptide)。四、多肽与生物活性肽（一）多肽与肽键（二）生物活性肽1.谷胱甘肽(glutathione,GSH)

体内许多激素属寡肽或多肽

神经肽(neuropeptide)2.多肽类激素及神经肽五、蛋白质的分类根据蛋白质组成成分:单纯蛋白质结合蛋白质=蛋白质部分+非蛋白质部分根据蛋白质形状:纤维状蛋白质球状蛋白质蛋白质的分子结构

TheMolecularStructureofProtein

第二节蛋白质的分子结构包括:

高级结构一级结构(primarystructure)二级结构(secondarystructure)三级结构(tertiarystructure)四级结构(quaternarystructure)定义:蛋白质的一级结构指在蛋白质分子从N-端至C-端的氨基酸排列顺序。一、蛋白质的一级结构主要的化学键:肽键，有些蛋白质还包括二硫键。一级结构是蛋白质空间构象和特异生物学功能的基础，但不是决定蛋白质空间构象的唯一因素。二、蛋白质的二级结构蛋白质分子中某一段肽链的局部空间结构，即该段肽链主链骨架原子的相对空间位置，并不涉及氨基酸残基侧链的构象

。定义:

主要的化学键：主链氢键

（一）蛋白质二级结构的概念

-螺旋(-helix)

-折叠(-pleatedsheet)

-转角(-turn)

无规卷曲(randomcoil)

（二）α-螺旋蛋白质二级结构-螺旋α-螺旋是常见的蛋白质二级结构（三）-折叠（四）-转角和无规卷曲无规卷曲是用来阐述没有确定规律性的那部分肽链结构。（五）超二级结构在许多蛋白质分子中，可发现二个或三个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个有规则的二级结构组合，被称为超二级结构。二级结构组合形式有3种：αα，βαβ，ββ。二个或三个具有二级结构的肽段，在空间上相互接近，形成一个特殊的空间构象，称为模体(motif)

。模体是具有特殊功能的超二级结构。钙结合蛋白中结合钙离子的模体

锌指结构模体常见的形式（六）氨基酸残基的侧链影响二级结构的形成蛋白质二级结构是以一级结构为基础的。一段肽链其氨基酸残基的侧链适合形成-螺旋或β-折叠，它就会出现相应的二级结构。三、蛋白质的三级结构疏水键、离子键、氢键和VanderWaals力等。主要的化学键:整条肽链中全部氨基酸残基的相对空间位置。即肽链中所有原子在三维空间的排布位置。定义:（一）蛋白质三级结构的概念

肌红蛋白(Mb)（二）结构域分子量较大的蛋白质常可折叠成多个结构较为紧密的区域，并各行其功能，称为结构域(domain)。

3-磷酸甘油醛脱氢酶的三维结构（三）蛋白质分子的折叠分子伴侣(chaperon)通过提供一个保护环境从而加速蛋白质折叠成天然构象或形成四级结构。分子伴侣可逆地与未折叠肽段的疏水部分结合随后松开，如此重复进行可防止错误的聚集发生，使肽链正确折叠。分子伴侣也可与错误聚集的肽段结合，使之解聚后，再诱导其正确折叠。分子伴侣在蛋白质分子折叠过程中二硫键的正确形成起了重要的作用。伴侣蛋白在蛋白质折叠中的作用亚基之间的结合主要是氢键和离子键。四、蛋白质的四级结构蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用，称为蛋白质的四级结构。有些蛋白质分子含有二条或多条多肽链，每一条多肽链都有完整的三级结构，称为蛋白质的亚基(subunit)。由2个亚基组成的蛋白质四级结构中，若亚基分子结构相同，称之为同二聚体(homodimer)，若亚基分子结构不同，则称之为异二聚体(heterodimer)。血红蛋白的四级结构蛋白质结构与功能的关系TheRelationofStructureandFunctionofProtein第三节（一）一级结构是空间构象的基础一、蛋白质一级结构与高级结构的关系β-巯基乙醇及尿素对牛核糖核酸酶的作用（二）一级结构相似的蛋白质具有相似的高级结构与功能胰岛素氨基酸残基序号A8A9A10B30人ThrSerIleThr猪ThrSerIleAla狗ThrSerIleAla兔ThrGlyIleSer牛AlaGlyValAla羊AlaSerValAla马ThrSerIleAla胰岛素

氨基酸残基序号A8A9A10B30人ThrSerIleThr牛AlaSerValAla猪ThrSerIleAla羊AlaGlyValAla马ThrGlyIleAla狗ThrSerIleAla一级结构相似的蛋白质具有相似的高级结构与功能不同哺乳动物的胰岛素分子结构（三）氨基酸序列与生物进化信息一些广泛存在于生物界的蛋白质如细胞色素(cytochromeC)，比较它们的一级结构，可以帮助了解物种进化间的关系。（四）重要蛋白质的氨基酸序列改变可引起疾病例：镰刀形红细胞贫血N-val·his·leu·thr·pro·glu

·glu·····C(146)HbSβ肽链HbAβ肽链N-val·his·leu·thr·pro·val·glu·····C(146)

这种由蛋白质分子发生变异所导致的疾病，称为“分子病”。hemoglobin6:GAA(Glu)->GTA(Val)相关疾病受影响蛋白质腺苷酸脱氨酶缺陷病腺苷酸脱氨酶痛风症磷酸核糖焦磷酸合成酶维生素D依赖性佝偻病25-（OH）-D3-1-羟化酶家族性高胆固醇血症低密度脂蛋白受体镰状细胞贫血血红蛋白同型半胱氨酸尿症胱硫醚合成酶白化病酪氨酸酶蚕豆病葡萄糖-6-磷酸脱氢酶肝豆状核变性铜转运ATP酶苯丙酮尿症苯丙氨酸羟化酶表1-4若干分子病及其受影响蛋白质分子病与构象病PBL

TutorPBLimplementationTraditionalcurriculum学生为主体“群论台”教师的“一言堂”TeacherPBL与传统教学形式区别轻松主动肌红蛋白/血红蛋白含有血红素辅基二、蛋白质空间结构与功能的关系（一）血红蛋白亚基与肌红蛋白结构相似肌红蛋白(myoglobin，Mb)

肌红蛋白是一个只有三级结构的单链蛋白质，有8段α-螺旋结构。血红素分子中的两个丙酸侧链以离子键形式与肽链中的两个碱性氨基酸侧链上的正电荷相连，加之肽链中的F8组氨酸残基还与Fe2+形成配位结合，所以血红素辅基与蛋白质部分稳定结合。血红蛋白(hemoglobin，Hb)血红蛋白具有4个亚基组成的四级结构，每个亚基可结合1个血红素并携带1分子氧。Hb亚基之间通过8对盐键，使4个亚基紧密结合而形成亲水的球状蛋白。血红蛋白(hemoglobin，Hb)血红蛋白具有4个亚基组成的四级结构。Hb各亚基的三级结构与Mb极为相似。Hb亚基之间通过8对盐键，使4个亚基紧密结合而形成亲水的球状蛋白。（二）血红蛋白亚基构象变化可影响亚基与氧结合协同效应(cooperativity)一个寡聚体蛋白质的一个亚基与其配体结合后，能影响此寡聚体中另一个亚基与配体结合能力的现象，称为协同效应。如果是促进作用则称为正协同效应(positivecooperativity)如果是抑制作用则称为负协同效应(negativecooperativity)红线是错的变构效应(allostericeffect)蛋白质空间结构的改变伴随其功能的变化，称为变构效应。血红素与氧结合后，铁原子半径变小，就能进入卟啉环的小孔中，继而引起肽链位置的变动。氧合作用显著改变Hb的四级结构，血红素铁的微小移动导致血红蛋白构象的转换（从T态→R态）T态（tensestate）紧张态 R态（relaxedstate）松驰态（三）蛋白质构象改变与疾病蛋白质构象疾病：若蛋白质的折叠发生错误，尽管其一级结构不变，但蛋白质的构象发生改变，仍可影响其功能，严重时可导致疾病发生。蛋白质构象改变导致疾病的机理：有些蛋白质错误折叠后相互聚集，常形成抗蛋白水解酶的淀粉样纤维沉淀，产生毒性而致病，表现为蛋白质淀粉样纤维沉淀的病理改变。这类疾病包括：人纹状体脊髓变性病、老年痴呆症、亨停顿舞蹈病、疯牛病等。疯牛病是由朊病毒蛋白(prionprotein,PrP)引起的一组人和动物神经退行性病变。正常的PrP富含α-螺旋，称为PrPc。PrPc在某种未知蛋白质的作用下可转变成全为β-折叠的PrPsc，从而致病。PrPcα-螺旋PrPscβ-折叠正常疯牛病疯牛病中的蛋白质构象改变三、蛋白质的化学修饰与相互作用1．糖基化2．羟基化3．甲基化4．磷酸化5．二硫键形成6．亲脂性修饰第四节蛋白质的理化性质ThePhysicalandChemicalCharactersofProtein一、蛋白质的两性电离性质蛋白质分子除两端的氨基和羧基可解离外，氨基酸残基侧链中某些基团，在一定的溶液pH条件下都可解离成带负电荷或正电荷的基团。当蛋白质溶液处于某一pH时，蛋白质解离成正、负离子的趋势相等，即成为兼性离子，净电荷为零，此时溶液的pH称为蛋白质的等电点。蛋白质的等电点(isoelectricpoint,pI)二、蛋白质的胶体性质蛋白质属于生物大分子之一，分子量可自1万至100万之巨，其分子的直径可达1～100nm，为胶粒范围之内。颗粒表面电荷水化膜蛋白质胶体稳定的因素:+++++++带正电荷的蛋白质－－－－－－－－带负电荷的蛋白质在等电点的蛋白质水化膜++++++++带正电荷的蛋白质－－－－－－－－带负电荷的蛋白质不稳定的蛋白质颗粒酸碱酸碱酸碱脱水作用脱水作用脱水作用溶液中蛋白质的聚沉三、蛋白质的变性与复性在某些物理和化学因素作用下，其特定的空间构象被破坏，也即有序的空间结构变成无序的空间结构，从而导致其理化性质改变和生物活性的丧失。蛋白质的变性(denaturation)造成变性的因素:如加热、乙醇等有机溶剂、强酸、强碱、重金属离子及生物碱试剂等。

变性的本质:——破坏非共价键和二硫键，不改变蛋白质的一级结构。

应用举例:临床医学上，变性因素常被应用来消毒及灭菌。此外,防止蛋白质变性也是有效保存蛋白质制剂（如疫苗等）的必要条件。

若蛋白质变性程度较轻，去除变性因素后，蛋白质仍可恢复或部分恢复其原有的构象和功能，称为复性(renaturation)。

天然状态，有催化活性

尿素、β-巯基乙醇

去除尿素、β-巯基乙醇非折叠状态，无活性在一定条件下，蛋白疏水侧链暴露在外，肽链融会相互缠绕继而聚集，因而从溶液中析出。变性的蛋白质易于沉淀，有时蛋白质发生沉淀，但并不变性。蛋白质变性后的絮状物加热可变成比较坚固的凝块，此凝块不易再溶于强酸和强碱中。

蛋白质沉淀蛋白质的凝固作用(proteincoagulation)四、蛋白质的紫外吸收峰由于蛋白质分子中含有共轭双键的酪氨酸和色氨酸，因此在280nm波长处有特征性吸收峰。蛋白质的OD280与其浓度呈正比关系，因此可作蛋白质定量测定。蛋白质经水解后产生的氨基酸也可发生茚三酮反应。蛋白质和多肽分子中肽键在稀碱溶液中与硫酸铜共热，呈现紫色或红色，此反应称为双缩脲反应，双缩脲反应可用来检测蛋白质水解程度。五、蛋白质呈色反应茚三酮反应(ninhydrinreaction)双缩脲反应(biuretreaction)第五节蛋白质的分离纯化与结构分析TheSeparationandPurificationandStructureAnalysisofProtein一、蛋白质溶液的透析及超滤法应用正压或离心力使蛋白质溶液透过有一定截留分子量的超滤膜，达到浓缩蛋白质溶液的目的。透析(dialysis)超滤法利用透析袋把大分子蛋白质与小分子化合物分开的方法。基于蛋白质理化性质的分离和纯化方法利用透析袋把大分子蛋白质与小分子化合物分开的方法。透析（dialysis）根据蛋白质分子大小分离二、蛋白质的沉淀使用丙酮沉淀时，必须在0～4℃低温下进行，丙酮用量一般10倍于蛋白质溶液体积。蛋白质被丙酮沉淀后，应立即分离。除了丙酮以外，也可用乙醇沉淀。盐析(saltprecipitation)是将硫酸铵、硫酸钠或氯化钠等加入蛋白质溶液，使蛋白质表面电荷被中和以及水化膜被破坏，导致蛋白质沉淀。免疫沉淀法：将某一纯化蛋白质免疫动物可获得抗该蛋白的特异抗体。利用特异抗体识别相应的抗原蛋白，并形成抗原抗体复合物的性质，可从蛋白质混合溶液中分离获得抗原蛋白。三、蛋白质电泳蛋白质在高于或低于其pI的溶液中为带电的颗粒，在电场中能向正极或负极移动。这种通过蛋白质在电场中泳动而达到分离各种蛋白质的技术,称为电泳(elctrophoresis)

。根据支撑物的不同，可分为薄膜电泳、凝胶电泳等。

SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳，常用于蛋白质分子量的测定。等电聚焦电泳，通过蛋白质等电点的差异而分离蛋白质的电泳方法。双向凝胶电泳是蛋白质组学研究的重要技术。几种重要的蛋白质电泳:四、蛋白质层析待分离蛋白质溶液（流动相）经过一个固态物质（固定相）时，根据溶液中待分离的蛋白质颗粒大小、电荷多少及亲和力等，使待分离的蛋白质组分在两相中反复分配，并以不同速度流经固定相而达到分离蛋白质的目的。层析(chromatography)分离蛋白质的原理离子交换层析：利用各蛋白质的电荷量及性质不同进行分离。凝胶过滤(gelfiltration)又称分子筛层析，利用各蛋白质分子大小不同分离。蛋白质分离常用的层析方法五、超速离心分离超速离心法(ultracentrifugation)既可以用来分离纯化蛋白质也可以用作测定蛋白质的分子量。

蛋白质在离心场中的行为用沉降系数(sedimentationcoefficient,S)表示，沉降系数与蛋白质的密度和形状相关。因为沉降系数S大体上和分子量成正比关系，故可应用超速离心法测定蛋白质分子量，但对分子形状的高度不对称的大多数纤维状蛋白质不适用。六、多肽链的氨基酸序列分析分析已纯化蛋白质的氨基酸残基组成测定多肽链的氨基末端与羧基末端为何种氨基酸残基把肽链水解成片段，分别进行分析测定各肽段的氨基酸排列顺序，一般采用Edman降解法一般需用数种水解法，并分析出各肽段中的氨基酸顺序，然后经过组合排列对比，最终得出完整肽链中氨基酸顺序的结果。将大的蛋白质分解成较小片断测序胰蛋白酶法：胰凝乳蛋白酶法：溴化氰法：水解赖氨酸或精氨酸的羧基所形成的肽键

水解芳香族氨基酸（苯丙、酪及色氨酸）羧基侧的肽键水解甲硫氨酸羧基侧的肽键溴化氰溴化氰N端C端胰蛋白酶LysArgPheTyrTrpMetMet胰凝乳蛋白酶胰蛋白酶胰凝乳蛋白酶胰凝乳蛋白酶通过核酸来推演蛋白质中的氨基酸序列按照三联密码的原则推演出氨基酸的序列分离编码蛋白质的基因测定DNA序列排列出mRNA序列蛋白质一级结构测定的新方法