上海市临检中心 PCR技术人员上岗培训班课件 分子项目诊断性报告的探讨 崔巍 【兼容模式】

规范化分子诊断报告的探讨崔巍中国医学科学院肿瘤医院‹AMP(theAssociationforMolecularPathology)美国分子病理学会‹ESHG(EuropeanSocietyofHumanGenetics)欧洲人类遗传学会‹CAP(CollegeofAmericanPathologists)美国病理学家学会‹HGVS(HumanGenomeVariationSociety)人类基因组变异协会‹ISCN(InternationalSystemforHumanCytogeneticNomenclature)人类细胞遗传命名系统‹CLIA(TheClinicalLaboratoryImprovementAmendments)临床实验室改进法案•题目----醒目的基因检测项目‹患者信息9姓名、性别、唯一的ID号9出生日期‹种族或地域来源9HLA基因配型¾种族信息有助于根据数据库分析结果9地中海贫血基因检测¾地域来源有助于分析结果•标本信息9标本类型、采集的日期和时间9到达实验室的日期和时间、报告日期和时间9需要时注明标本的状态¾如冻存、分离或红细胞已裂解z医生信息9姓名z实验室信息9名称、实验室地址和联系电话z页码信息9每一页均包含页码9一页或多页¾当前页码/总页码9多页¾每页均有病人唯一标识¾如ID号‹附加临床信息简要描述临床资料，说明检测目的遗传性疾病基因检测‹对于家系研究，有足够的信息区分家庭成员的身份‹表格或带注释的谱系所提供的信息比文字要重要9尤其适合连锁分析简要描述临床资料，说明检测目的‹同一个基因有不同名称‹同一种变异有不同的表示方式‹突变vs.多态性9Mutation9a

change

or

a

disease‐causing

change9Polymorphism9a

non

disease‐causing

change9

a

change

found

at

a

frequency

of

1%

or

higher

in

thepopulation“.9防止混淆9

do

not

use

the

terms

mutation

and

polymorphism9

use

neutral

terms

like9sequence

variant、alteration

or

allelic

variant序列变异变异等位基因变异Onthechanging

meaningsof“mutation”

;Thechangingmeanings

of“mutation:”

A

contextualizedstudy

ofpublicdiscourse

;Communicating“mutation:”Modern

meaningsandconnotations9结果报告9清晰简明、准确、解释、权威9细胞遗传学（如核型、FISH）9采用最新版的人类细胞遗传命名系统（ISCN）命名9分子遗传9参考序列和命名应使用最新HGVS命名；9人类基因组变异协会HGVS——国际规范命名‹"c."fora

coding

DNA

sequence(like

c.76A>T)‹"g."fora

genomic

sequence(likeg.476A>T)‹"m."fora

mitochondrial

sequence(likem.8993T>C)‹"n"fora

non-coding

RNA

referencesequence(geneproducinganRNAtranscriptbutnotaprotein)‹"r."foran

RNA

sequence(liker.76a>u)‹"p."fora

protein

sequence(like

p.Lys76Asn)DNA水平vs蛋白水平？¾优选DNA水平描述¾括号后可描述相应蛋白变异或RNA情况‹DNA水平变异‹可能不会导致蛋白质序列的变化‹会影响RNA的稳定性或者激活隐蔽剪切位点‹蛋白质水平的变化‹经常是由基因序列推测出来‹不是实验直接得出的结论‹只使用蛋白质水平的变异可能引起错误，举例：9CFTR最常见的突变：p.Phe508del,9c.1521_1523delCTT？c.1522_1524delTTT？标准命名VS常用命名‹不同数据库版本，基因碱基号码或密码子号码可能不同‹当某个非正式命名被广泛采用，报告中可以包含此名称9可用括号将其备注在标准命名的后面9或将常用名称放在报告的诊断部分而将标准命名放在方法学部分9或在报告中单独加以报告说明以使分析报告的人更加明确，避免出现理解错误标准命名常用命名基因名基因水平

蛋白水平基因名

基因水平序列编号

第3版常用命名标准命名β‐珠蛋白生成障碍性贫血等位基因型β‐珠蛋白生成障碍性贫血等位基因型‐28（A→G）or

‐28MHBB:c.‐78A>GCD41‐42(‐TCTT)

orCD41‐42(‐TTCT)

or41‐42MHBB:c.124_127delTTCT

orHBB:c.126_129delCTTTIVS‐II‐654(C→T)

or

IVS‐II‐654MHBB:c.316‐197C>Tz缩写9广泛认可（如DNA，PCR等）9不能产生歧义举例：RT‐PCR

：real‐time

PCR？

Reverse

transcription

PCR？应使用全称“Q‐PCR’’

→

quanꢀtaꢀve

PCR‘‘Q‐RT‐PCR

of

RNA’’

→quanꢀtaꢀve

reverse

transcripꢀon

PCR‹基因变异报告9不建议单独使用“阳性”或“阴性”9阴性结果¾易被误解为

“已排除”¾仅仅代表“无突变/变异”检出MayoClinic血液病融合基因——BCR/ABL检测未检出BCR/ABLmRNA转录突变BostonChildrens’HospitalHarvard

Medical

University‹注明方法学9尤其是针对项目检测方法较多时实验室间结果是否可比跟踪随访（结果阴性）‹检测程度的详细信息9检测的基因座位或突变位点9缺失外显子定位9这些信息对报告阴性结果至关重要‹局限性：9阴性结果并不能排除患者存在其他的基因变异报告解释应当采用临床医师理解的方式进行说明直接影响试验结果因素：肿瘤组织基因突变检测：‹受肿瘤细胞与正常细胞比例的影响‹组织活检的结果受取材部位的影响等其他因素‹如果同一份标本进行多项检测，报告解释时应进行整合分析，为临床提供清晰和简明的解释‹如果报告单中包含多人，如同一家庭的多个成员，务必注明之间的血缘或谱系‹建议每个人标本分开检测，以保证检测结果的机密性‹如果部分检测在其他实验室进行‹报告单中应明确说明哪些结果出自哪个实验室‹注明实验室认证资质‹推荐其他实验室提供原始报告‹肿瘤相关的基因检测报告‹至少保留10年‹遗传学相关的基因检测报告‹至少保存