上海市临检中心 PCR培训课件 17、鲍芸-临床实验室分子检测结果报告规范

临床实验室基因检测结果报告规范上海市临床检验中心分子生物学室

鲍芸2018.4上海市临床检验中心Shanghai

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LaboratoryOutline基因检测结果报告规范的重要性基因检测结果报告规范的依据结果报告的内容HGVS标准命名特殊报告要求常见错误举例上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory基因检测报告规范重要性分析后质量保证的重要内容临床基因检测报告是基因检测结果的主要展示形式，对机体易感性评估、疾病诊断、预后、治疗监测、遗传咨询、健康管理以及家庭生育计划制定等均具有重要的参考价值。临床基因检测报告缺乏统一的标准与规范，给临床解读、诊疗和遗传咨询带来了巨大的困难。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory规范依据

CNAS-CL02医学实验室质量和能力认可准则

中国医师协会检验医师分会分子诊断专家委员会.临床基因检验诊断报告模式专家共识

临床基因检测报告规范与基因检测行业共识探讨

StandardsandGuidelines

forthe

Interpretation

ofSequenceVariants:AJointConsensus

Recommendation

ofthe

American

CollegeofMedicalGenetics

andGenomics

andthe

Association

forMolecularPathology.

Recommendations

forreporting

results

ofdiagnostic

genetictesting(biochemical,

cytogenetic

andmolecular

genetic).

Genetic

ServicesQualityCommitteeofthe

EuropeanSocietyofHumanGenetics.

ACMGclinical

laboratory

standardsfornext-generation

sequencing.上海市临床检验中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相关条款—结果报告5.8.1总则•

每一项检验结果均应准确、清晰、明确并依据检验程序的特定说明报告。•

实验室应规定报告的格式和介质（即电子或书面的）及其从实验室发出的方式。•

实验室应该有程序保证检验结果正确转录。•

报告中应包括解释检验结果所必需的信息。•

当检验延误可能影响患者医护时，实验室应有通知检验申请者的方法。上海市临床检验中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相关条款—结果报告5.8.2报告特性•

实验室应确保下述报告特性能够有效表述检验结果并满足用户要求：a)对可能影响检验结果的样品质量的评价；b）按样品接受/拒收标准得出的样品适宜性的评价；c)危急值（适用时）；d）结果解释，适用时可包括最终报告中对自动选择和报告结果的解释的验证（见5.9.2）。上海市临床检验中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相关条款—结果报告5.8.3报告内容•

报告中应包括但不限于以下内容：a)清晰明确的检验项目识别，适当时，还包括检验程序；b)发布报告的实验室的识别；c）所有由委托实验室完成的检验的识别；d)每页都有患者的识别和地点；e)检验申请者姓名或其他唯一识别码和申请者的详细联系信息；f)原始样品采集的日期，当可获得并与患者有关时，还应有采集时间；上海市临床检验中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相关条款—结果报告5.8.3报告内容•

报告中应包括但不限于以下内容：g）原始样品的类型；h）测量程序（适当时）；i)以SI单位或可溯源至SI单位，或其它适用单位报告的检验结果；j)生物学参考区间、临床决定值，或支持临床决定值的直方图/列线图（适用时）；注：在某些情况下，将生物学参考区间清单或表格在取报告之处发给所有服务用户可能是合适的。k)结果解释（适当时）；注：结果的完整解释需要临床背景信息，而这些信息实验室不一定可获取。上海市临床检验中心Shanghai

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LaboratoryISO15189相关条款—结果报告5.8.3报告内容•

报告中应包括但不限于以下内容：l)其他警示性或解释性注释（例如，可能影响检验结果的原始样品的品质或量、委托实验室的结果／解释、使用研发中的程序）；m)作为研发计划的一部分而开展的检验项目的识别。这些项目尚无明确的测量性能声明；n)复核结果和授权发布报告者的识别（如未包含在报告中，则在需要时可用）；o)报告及发布的日期和时间（如未包含在报告中，在需要时应可提供）；p）页数和总页数（例如：第1页共5页、第2页共5页等）上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory结果报告的内容第一类是报告正文--必不可少的内容第二类是可以附录形式呈现的相关信息上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory报告正文—基本要素

题目与格式•

临床基因检验诊断报告应具有醒目的题目，并有统一的格式。

受检者的基本信息•

报告中明确包含患者唯一性标识、患者全名、性别、出生日期、必要时注明种族、籍贯或地域来源。当家族成员多人同时送检时，应有足够信息区分家庭成员的身份，需要时包含家族或谱系信息等。对于家系的说明，表格或谱系所提供的信息更适合连锁分析。

临床信息•

临床医师应在申请检验时提供简要的临床信息，应至少包含疾病的诊断或初步诊断、申请检验目的（指需要明确疾病发病状态或携带者状态等）、家族史或既往史。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory报告正文—基本要素检测样本的信息：•

每个样本应当有唯一性标识，注明样本类型、样本采集时间、样本接受时间、报告时间、需要时注明样本状态（如：已分离的DNA或已裂解白细胞等）。常见的样本类型包括DNA、外周血、干血片、唾液、组织等。送检机构及医师的信息•

包括申请医师的姓名、送检机构名称及联系信息。检测项目•

对检测项目有清晰明确的标识。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory报告正文—基本要素检测方法及适用范围和局限性•

应对检测覆盖的范围给予说明。若所做的检测并非全基因组或全外显子组检测，则应提供具体检测的基因包（panel）的名称，并在附录中列出基因包内所有的基因、检测区域以及和所对应的疾病的列表或网上信息的链接。•

应简要描述检测方法，包括检测材料及检测步骤，并说明相应方法的适用范围和局限性。例如，对于高通量捕获测序，应说明目标区域的覆盖度、目标区域的平均测序深度（X）、以及目标区域平均深度>30X（或其他）位点所占的百分比。行业共识认为，根据测序深度>30X的数据得出的胚系变异较为可靠，测序深度低于

30X的变异位点则假阳性率较高。若目标基因存在覆盖度较差或测序敏感度较低的区域，且该区域包含该基因常见的致病突变，则需在报告中说明，并考虑用其他实验方法（如一代测序或其他特殊的检测方法）补充检测。高通量捕获测序对拷贝数变异（copynumbervariants，CNVs）、动态突变、复杂结构重排等变异类型的检测存在局限性，需在报告中加以说明。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory报告正文—基本要素检测结果及结果解读•

被检出的基因变异及检测结果是否有可能构成患者的病因•

对于报告正文中列出的变异，应在报告中提供该基因变异对应的疾病信息，包括已知的遗传方式、临床表现、发病率、外显率、发病年龄等，并标明信息的出处。若同一基因的不同位点与不同的疾病对应，则需明确列出与检出致病变异相关的疾病信息，同时还应提供与变异位点致病性判定有关的辅助信息，如该变异在正常人群数据库（如gnomAD数据库、千人基因组数据库、ExAC数据库等）中的各种族中最高等位基因频率、是否已有对于该变异致病或不致病的文献报道、文献中相关描述的内容、软件预测对蛋白功能及结构的影响、家系中与症状共分离情况、是否新生变异等。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory报告正文—基本要素检测结果及结果解读•

报告的结论语对于受检者和送检医师均十分重要，需要放在报告开头的显要部位。结合国内的实际情况，建议该部分采用以下形式呈现，按照变异的致病性和变异的临床相关性分类，可分为：（1）与临床表型相关的致病变异；（2）与临床表型相关的疑似致病变异；（3）与临床表型相关而临床意义未明的变异；（4）与部分临床表型相关的临床意义未明的变异；（5）与临床表型无关但为受检者所要求且能有举措的意外发现。建议与临床表型相关的致病、疑似致病、临床意义未明变异可在报告+正文,或报告+首页,中体现，而仅与部分临床表型相关的意义未明变异、经检测前咨询和知情同意约定报告的意外发现等，在靠后的地方出现，供临床医师参考。专门的携带者检测结果或家族中其他随检成员的致病突变的携带身份，应该列出与先证者的亲属关系，单独出具检测报告。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory报告正文—基本要素检测结果及结果解读•

在描述性报告中，首先列出结论和相关变异的标准命名和致病性类别的列表。之然后简要地解释是如何综合分析得出的结论。如果新的检测和临床信息能帮助解释或排除某些可疑变异的致病性，则应列出相应建议。具体变异位点的描述和分类依据可随后逐个详细描述。•

按以上分类的报告结论，仍需遗传咨询师或临床专家结合基因相关疾病的遗传模式进一步分析。基因检测机构不能代替临床医师对受检者作出临床诊断，而是应将检测结果客观列出并进行说明。受检者所患为何种疾病以及应该如何治疗仍需由临床医师作出判断。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory报告正文—基本要素建议•

遗传咨询或后续扩大范围的遗传检测，或家系内验证检测，或其它检测。参考文献•

列出报告中变异致病性判定所参考的原始文献报告签发•

检验报告撰写者、报告结果核对者和报告终审及签发者（亲笔签名或电子签名）。若为第三方检测机构完成的检测，则应在报告中加盖第三方检测机构的“检测报告专用章”上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory附录—特定要素检测中靶基因名称或范围更为详细的相关疾病临床表型和遗传方式检测的技术参数、数据质量、变异位点Reads图、Sanger测序图疾病临床干预及其他有用的资源信息(包括可参与的临床试验及研究)等。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory结果报告—小结

在正文中应简单明了地突出主要信息，包括受检者信息、检测信息、检测结果、对于结果的解读说明以及后续进一步诊断就医的建议等。

正文的内容应包括两类结果。第一类是检测范围内与患者临床表型相关或高度怀疑的变异位点。第二类是与目标疾病无关、但获得受检者知情同意需要报告的临床上可有所举措的意外发现(incidentalfindings)。这两类致病和可能致病变异可以在正文中以表格形式简明列出。

附录中则可列出此次检测的补充信息，如检测基因的范围、基因对应疾病的背景知识、检测方法细节、检测的局限性、质控数据及附图等。上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory规范命名结果报告•

清晰简明、准确、解释、权威分子遗传•

参考序列和命名应使用最新HGVS

(human

genome

variationsociety)命名；•

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Laboratory规范命名—

HGVSruleallvariants

should

bedescribedatthemost

basiclevel,

the

DNAlevel.Descriptions

atthe

RNA

and/or

proteinlevel

may

begiveninaddition.•

descriptions

shouldmakeclearwhether

the

changewasexperimentally

determined

or

theoreticallydeduced

bygivingpredicted

consequences

inparentheses•

descriptions

atRNA/protein

level

shoulddescribethe

changesobservedonthatlevel(RNA/protein)

andnottry

toincorporateanyknowledge

regarding

the

change

atDNA-levelallvariants

shouldbedescribedin

relationtoanacceptedreference

sequence.•

the

referencesequencefileusedshouldbe

public

andclearly

described,

e.g.NC_000023.10,

LRG_199,

NG_012232.1,

ENST00000357033,

NM_004006.2,NR_002196.1,

NP_003997.1,

etc..规范命名—HGVSruleSpecificabbreviationsareusedtodescribedifferentvariant

types.•

“>”(greaterthen)

indicatesa

substitution

(DNAandRNAlevel);g.123456G>A,

r.123c>u•

asubstitution

at

theprotein

level

isdescribed

asp.Ser321Arg•

“del”

indicatesadeletion;c.76delA•

“dup”

indicatesaduplication;c.76dupA•

“ins”indicates

aninsertion;

c.76_77insG•

duplicating

insertions

are

described

asduplications,

notasinsertions•

“inv”indicatesaninversion;

c.76_83inv.

Notused

atproteinlevel•

“con”indicatesaconversion;NC_000022.10:g.42522624_42522669con42536337_42536382•

“fs”indicates

aframeshift;p.Arg456GlyfsTer17

(orp.Arg456Glyfs*17)•

“ext”indicatesanextension;

p.Met1ext-5上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory规范命名—HGVSrulealetterprefix

should

beusedtoindicatethe

typeofreferencesequence

used•

“c.”

foracoding

DNAsequence(e.g.

c.76A>T)•

"g."

foragenomic

sequence(e.g.

g.476A>T)•

"m."

foramitochondrial

sequence(e.g.

m.8993T>C)•

"n"

foranon-coding

RNAreferencesequence(geneproducinganRNAtranscript

butnota

protein)•

"r."foranRNAsequence(e.g.r.76a>u)•

"p."foraproteinsequence(e.g.

p.Lys76Asn)上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory规范命名

DNA水平vs蛋白水平？•

优选DNA水平描述•

括号后可描述相应蛋白变异或RNA情况

DNA水平变异•

可能不会导致蛋白质序列的变化•

会影响RNA的稳定性或者激活隐蔽剪切位点

蛋白质水平的变化•

经常是由基因序列推测出来•

不是实验直接得出的结论

只使用蛋白质水平的变异可能引起错误•

CFTR最常见的突变：p.Phe508del,•

c.1521_1523delCTT？c.1522_1524delTTT？上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory规范命名—举例•

MYBPC3(NM_000256.3),heterozygous

c.1504C>T

(p.Arg502Trp),基因名称序列编号杂合突变基因水平蛋白水平版本号exon17,

pathogenic.变异分类外显子编号上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory规范命名—补充说明不同数据库版本，基因碱基号码或密码子号码可能不同当某个非正式命名被广泛采用，报告中可以包含此名称•

可用括号将其备注在标准命名的后面•

或在报告中单独加以报告说明，以使分析报告的人更加明确，避免出现理解错误上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory特殊报告要求药物代谢基因检测报告NIPT检测报告分子病理检测报告遗传病基因检测报告上海市临床检验中心Shanghai

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Laboratory药物代谢基因检测报告ClinPharmacol

Ther.

2016February

;99(2):

172–185.doi:10.1002/cpt.280药物代谢基因检测报告药物治疗相关的报告：应结合患者的临床资料以及比较全面的药物相关基因信息等给予用药建议。•根据个体的遗传信息调整用药剂量，以增加药物疗效，减少药物不良反应的发生。•根据个体的遗传信息确定用药的种类，避免应用针对特定基因型个体无效或可能产生严重药物不良反应的药物。中华人民共和国国家卫生和计划生育委员会.药物代谢酶和药物作用靶点基因检测技术指南(试行)概要NIPT检测报告1.送检单位和送检医师姓名。2.孕妇基本信息，包括姓名、年龄、末次月经时间、孕周等。3.标本信息，包括标本编号、标本状态、采血日期等。4.检测项目和检测方法。5.目标疾病检测值、参考范围、低风险或高风险结果。6.结果描述与建议。7.检测单位、检测时间、检测人员及审核人员签名。8.临床报告审核发放时间、审核医师签名。孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范.

国卫办妇幼发【2016】45号孕妇外周血胎儿游离DNA产前筛查与诊断技术规范.

国卫办妇幼发【2016】45号分子病理检测报告—报告内容1、检测名称，如ＸＸＸ

基因变异检测报告。2、患者基本信息：姓名，年龄，性别，住院号，送样医院科室及医师等。3、样本信息：病理号，取材部位，样本类型（FFPE组织、新鲜组织、血液等）、送检日期、报告日期等。4、病理信息：肿瘤组织类型、位置、TNM

分期、细胞含量、肿瘤细胞比例、特殊说明（出血、坏死、酸脱钙处理等）。5、检测技术：包含所用基因panel、检测平台名称，分析软件版本号等。6、结果列表应包含：基因名称、变异在染色体位置、变异频率、cDNA

的Genbank

号（NM开头）及符合人类基因组变异协会（HGVS）

书写规范的突变类型、编码蛋白Genbank

号（NP开头）

及突变类型、杂合／

纯合状态等。7、临床意义解读和批注：体细胞突变，报告各个肿瘤检测到的变异位点及临床意义。胚系突变，对于检测到的变异位点的致病性予以相应的临床解释。临床意义解读要客观平实的描述，对于疾病相关性只描述既往研究中的疗效或预测，不能出现使用何种治疗手段或策略的语言。8、若检测失败，应阐述失败原因。9、最终报告应由检测者、报告医师或指定审核人联合签发。临床分子病理实验室二代基因测序检测专家共识[J].中华病理学杂志,2017,46(3):145-148.分子病理检测报告—临床意义的解读和批注对于肿瘤体细胞突变，根据突变的类型和已有的报道及指南，基因变异提倡分级的处理方式。Ａ

级：美国食品药品管理局（FDA）或CFDA批准的用药治疗靶点；写入中外诊疗指南有明确诊断/治疗/预后意义的变异。在报告中注释该变异位点的临床诊断/治疗/预后意义的权威指南来源。Ｂ

级：尚未进入诊疗