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转录组生信软件安装和测试手册操作系统:推荐Windows1064位版,不推荐32位系统、推荐配置:CPU双核、内存4G+、硬盘30GB空间以信,毕生缘;培训 RIDE:gitforwindows、R、 文件:Filezilla或 Java环境:java排版:Adobe 兼容性最好的浏览 按默认参数完成安装即信,毕生缘;培训 Gitfor命令行工具在Windows下运行部分Linux代码(配合Rstudio使用 官网具体使用见不想在自己电脑装Linux,又想偶尔用下命令的首选。Linux命令学习见信,毕生缘;培训 进入“我的电脑”,点击右键进入“属性”,进入“高级系统设置”,在PATH中增 C:\Program R语言是目前生物学、经济学等领域最流行的统计分析语在文件夹下或点 R-3.5.2-win.exe安装程R语 镜像站版:DownloadRforWindowsbaseDownload3.5.0for 掉32-bit,节约空间并减少选择)信,毕生缘;培训 如果您碰到如下错误,是因为用户名中存在中文,导致乱码不能识别,请新建一个英文用户,再行安装也可以尝试下面的解决方案进入“我的电脑”,点击右键进入“属性”,进入“高级系统设置信,毕生缘;培训 R/S编程环境——页面选择适合自己系统的版本,安装程序,如RStudio1.1.453-WindowsVista/7/8/102018-05-16版,或在文件夹下或点击下右键使用管理 安完成后打开时,会选择R版系统允许下建议选第一项信,毕生缘;培训 信,毕生缘;培训 信,毕生缘;培训 在Terminal中输入ls(LS的小写),如果出现“commandnotfound”错误,请按照后两页的PPT为Git设置好环境变量,并设置Rstudio使之调用“GitBash”新建Terminal,输入ls并回车,若扔显示错误则需要重启Rstudio或电按照右图中的箭头,设置为“GitBash”,信,毕生缘;培训 信,毕生缘;培训 新建文本文件test.sh(修改后缀为.sh),拷贝下面的文字到test.sh文件中,cdmkdir–pcut-f信,毕生缘;培训 信,毕生缘;培训 3.5.zip包含了常见和常用R包,win10下解压即可调用,省去了安装过程。其它操作系统需要自己安装,点击安装,在R中运行,具体参考R学习。首先启动Rstudio,如图查看默认R包安装将压缩包3.5.zip到上述,选中3.5.zip,右键选择解压缩至当前文件夹,如提示文件替换,可选择全部选是。(注意是把压缩文件里面的内容全部拷贝 信,毕生缘;培训 按左侧图示配置最近的CRAN镜像,方便快 按右侧图示输入待安装包的名字,安装CRAN包信,毕生缘;培训 (只看不操作site=" 信,毕生缘;培训 是终端模拟软件,Xftp是文件传输助FileZilla可以断点续传进行上传 (需要服务器支持在文件夹下或点 安装程序 5.exe、Xftp5.exe安装Xftp6时用户名和单位名均填写按默认参数完成安装即可,但是需要按照图示选 类型信,毕生缘;培训 点 服务器 地址运行:首次需要配置服务器信息,文件-新建-名称YSX-主机IP-确定-输入用户名并勾选记住输 并勾选记录-确 服务sshssh所信,毕生缘;培所官网:Download 适合自系统的安装 win64- 默认安装我们提供的FileZilla_3.35.1_win64-打开软件-左上角图标‘打开站点管理器’-新站点-命名为YSX-主机 信,毕生缘;培训 上传高通量数据信,毕生缘;培训 7.Java 地址:b13/96a7b8442fe848ef90c96a2fad6ed6d1/jre-8u181-windows-x64.exe在文件夹下或点 安装程序jre-8u181-windows-按默认参数完成安装即信,毕生缘;培训 8.e与 和富集分析软 地址在文件夹下或点 安装程按默认参数完成安装即Cytoscape使 信,毕生缘;培训 安装好Cytoscape后打开软件,按照图示方式安装以下几个插需要安装的插件 clueGO(安装好后需要申请license)cluePeida信,毕生缘;培训 信,毕生缘;培训 Adobe 在文件夹下或点 安装包Illustrator32.zip,解压后运IllustratorPortable.exe程序即可使使 安装前可以体现下线上版 信,毕生缘;培训 Adobe(Data文件夹是每次运行AI时自动产生的文件,每次打开前删除即可信,毕生缘;培训 合 索大型综合 组数据。需要在java环境下运行,Java安装见前 地址IGV使 浏览器基本使用见 可在文件夹下或点 安装包信,毕生缘;培训 IGV 信
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