生物医学文献检索第四章

生物医学文献检索第四章第1页，课件共80页，创作于2023年2月Medline&PubMedIndexMedcus(1879-2006)印刷版Medline(1969-)国际联机DIALOGMedline(1983-)光盘版PubMed(1997-)网络版第2页，课件共80页，创作于2023年2月

第一节

MEDLINE

一、概况收录范围：1950年至今美国国立医学图书馆(NLM)世界权威的生物医学文献数据库70多个国家的3700多种期刊（中国50种）内容涉及生物医学各个领域网络检索入口多

第3页，课件共80页，创作于2023年2月一、概况3种索引：IndexMedicus

(医学索引)IndextoDentalLiterature(牙科索引)InternationalNursingIndex(国际护理索引)除了不能进行分类和中文主题词途径检索外，其他与CBM(中国生物医学文献数据库)相似。

第4页，课件共80页，创作于2023年2月二、数据库结构(数据库常用字段)TI：Title篇名AU：Authors著者姓名AD：Address著者地址SO：Source文献出处（刊名，年卷期页）PY：PublicationYear出版年AB：Abstract文摘PT：PublicationType出版类型MeSH:MedicalSubjectHeadings医学主题词第5页，课件共80页，创作于2023年2月MJME：主要主题词MIME：次要主题词ISSN:InternationalStandardSerialNumber国际标准连续出版号LA:LanguageofArticle文献语种CP:CountryofPublication出版国AN:AccessionNumber登录号UD:UpdateCode更新号二、数据库结构(数据库常用字段)第6页，课件共80页，创作于2023年2月三、检索途径与方法自由词检索（Searches）索引词检索（Index）主题词检索（Thesaurus）字段检索（SpecificFields）指定词检索（AddtoSearch）主题词提示检索（Suggest）第7页，课件共80页，创作于2023年2月基本检索索引检索工具按钮栏检索区检索历史区结果显示区主题词检索主题词提示检索界面指定词检索其它功能第8页，课件共80页，创作于2023年2月四、医学主题词表---MeSHMedicalSubjectHeadings使用CBM、Medline、PubMed的指南用于医学主题词的规范由字顺表和树状结构表组成主题词约2万个，副主题词83个动态性第9页，课件共80页，创作于2023年2月字顺表（AlphabeticList)按字顺排列提供主题词、副主题词、分类号注释及相关词树状结构部分词倒置，如KIDNEYFAILURE,ACUTE帮助用户规范和了解主题词第10页，课件共80页，创作于2023年2月主题词树状结构号注释与说明相关检索词副主题词历史注释树状结构第11页，课件共80页，创作于2023年2月树状结构表（TreeStructrue）根据词义范畴和学科属性排列16类（解剖学、生物、疾病…)较好的体现了词间的隶属、平行、派生关系一个主题词可有多个树状结构号帮助用户查找规范主题词第12页，课件共80页，创作于2023年2月第13页，课件共80页，创作于2023年2月第14页，课件共80页，创作于2023年2月第二节PubMed1、主办单位美国国立医学图书馆(NLM)2、收录学科内容主要收录生物医学和健康科学以及生命科学相关领域的文献。包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学，基础研究和临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。2023/7/1515第15页，课件共80页，创作于2023年2月3、文献来源

全球70多个国家和地区近5000种生物医学期刊涉及40多个语种47%为美国本土出版文献，90%为英文文献，79%的文献有著者撰写的英文文摘2023/7/1516一、数据库概况第16页，课件共80页，创作于2023年2月4、PubMed收录数据

MEDLINEIndexed

1966toprensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有[PubMed-indexedforMEDLINE]

OldMDENLINE

1949-1965年间的MEDLINE数据，没有MeSH字段和摘要，每条记录标有[PubMed-OLDMEDLINEforPre1966]

2023/7/1517一、数据库概况第17页，课件共80页，创作于2023年2月4、PubMed收录数据

MEDLINEInprocess最新的MDENLINE尚未标引的处理中数据。每条记录标有[PubMed-inprocess]。NotMEDLINE是出版商提供的电子文献，PubMed收录，而MDENLINE不收录的数据。每条记录标有[PubMed-assuppliedbypublisher]。2023/7/1518一、数据库概况第18页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1519基本检索输入框工具与资源：提供期刊数据库检索、规范词数据库检索、特定文献检索等高级检索5、主页介绍数据库选择第19页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1520可以在检索栏中输入一个或多个检索词（空格=AND）如：placentagrowthoxygen可以在检索栏中输入布尔逻辑运算式（运算符大写）如：asthmaAND(therapyORtreatment)二、基本检索规则第20页，课件共80页，创作于2023年2月二、PubMed基本检索规则字段限定符：[]，按词组匹配如：Stemcelltransplantation[ti]截词符：treat*强迫短语检索符：“interleukin2”

严格按输入形式匹配，不再自动转换匹配和扩展检索，常用于词组和专有名词检索。2023/7/1521第21页，课件共80页，创作于2023年2月二、PubMed基本检索规则自动转换匹配检索词： 对常用医学名词进行自动在规范词索引、文本词及所有记录字段中转换匹配。

renalfailurekidneyfailure[MESH]ORkidney[AllField]ORrenalfailure[AllField]……2023/7/1522第22页，课件共80页，创作于2023年2月二、PubMed基本检索规则自动扩展检索： 系统自动对主题词、副主题词扩展检索。 如：输入hypertensiontherapy，系统自动检索高血压的药物治疗（drugtherapy）、饮食疗法(diettherapy)2023/7/1523第23页，课件共80页，创作于2023年2月二、PubMed基本检索规则著者检索(authors)：姓全称在前，名缩写在后加字段限定符 如：genbacevo[au]mooream[au]2002年以后的文章可以查著者全名 如：joshualederberg[au]2023/7/1524第24页，课件共80页，创作于2023年2月二、PubMed基本检索规则期刊检索（journals）：刊名全称检索

newenglandjournalofmedicine[so]MEDLINE认可的标准刊名缩写检索 例：NEnglJMed[so]国际标准期刊号检索 例：0028-4793[so]2023/7/1525第25页，课件共80页，创作于2023年2月PubMed记录字段说明2023/7/1526文摘第一著者单位地址出版商提供文献识别号著者群版权说明参考评论文献合著者文献参考评论定稿版校样版输入日期输入完成日期电子出版日期第26页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1527电子出版日期文献出版日期数据加入PubMed日期文献勘误参考文献勘误全部著者姓名全部调研者姓名作为文章主题的著者全称文献相关注释基金编号基因符号期编号资助调研者资助调研单位国际标准期刊号美国立医学图书馆识别号期刊全称第27页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1528最后修订日期规范词表词规范词确立日期系统组织的文摘版权拥有者题录提供机构的识别号病史相关与原始记录其他关键词提供其他关键词的机构数据提供者机构文章总页数出版商提供数据时间期刊出版国数据库文献编号第28页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1529作为主题词的个人姓名出版状态文献类型出版模式（纸张或电子）参考文献数已撤回的文献酶或化学物质代码正在撤消中的文章初版文献修订和再版的文章子专题文档太空署提供的数据二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号原文来源引用了病例的文献内部处理代码标准期刊缩写文献标题翻译标题更新文献文献正在更新期刊卷号第29页，课件共80页，创作于2023年2月1、基本检索2、高级检索3、MeSH数据库检索4、期刊检索5、临床咨询2023/7/1530三、检索方法第30页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1531综述免费全文输入多个检索词placentagrowthoxygen第31页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1532字段限定

stemcelltransplantation[ti]第32页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1533stemcell[ti]ANDtransplantation[ti]比空格多检出400篇第33页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1534输入renalfailure自动转换匹配检索词第34页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1535自动扩展检索第35页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1536著者检索mooream[au]第36页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1537期刊检索:Newenglandjournalofmedicine[so]

第37页，课件共80页，创作于2023年2月第38页，课件共80页，创作于2023年2月2、高级检索在一个网页中集基本检索、检索历史、多栏复合检索、索引查询、逻辑算符选择、检索限制于一体检索史中显示历次检索式、时间和检出篇数多栏复合检索时，检索框中只能输入检索词，不能输入检索式利用字段限制和逻辑算符，构建复杂检索式2023/7/1539第39页，课件共80页，创作于2023年2月检索历史（SearchHistory）以列表形式显示历次检索式、检索时间和检出篇数Preview:系统不显示命中文献信息，而在History中直接显示检索式和检出篇数。2023/7/15复旦大学图书馆文献检索教研室40检索式检索时间检出篇数检索式编号可替代检索式进行输入检索如：#17ANDtherapy第40页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1541索引查询栏间逻辑组配查找PatrickConcannon于2009年发表在TheNewEnglandJournalofMedicine上的综述。多栏复合检索concannonp栏内不能输算符，检索词间空格默认AND运算第41页，课件共80页，创作于2023年2月检索限制(Limit)全文、免费全文、摘要限定研究对象人/动物限制性别限制文献类型限制语种限制子文档限制年龄限制2023/7/1542第42页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1543全文、免费全文、摘要限定Limit—检索限制研究对象人/动物限定语种限定子文档限定性别限定年龄限定文献类型限定第43页，课件共80页，创作于2023年2月构建检索式第44页，课件共80页，创作于2023年2月索引查询（Index）2023/7/1545第45页，课件共80页，创作于2023年2月Details（检索的详细匹配过程）显示检索词转换匹配运算详细过程用途：转换、确定规范词如：livercancerliverneoplasms修改检索策略2023/7/1546第46页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1547检索明细数据库匹配过程检索词转换显示用户输入的检索式

第47页，课件共80页，创作于2023年2月3、MeshDatabase

确定规范化主题词查看主题词词义注释树状结构表选择副主题词扩展主题词确定主要主题词检索（加权检索）2023/7/1548第48页，课件共80页，创作于2023年2月进入MeSH第49页，课件共80页，创作于2023年2月检索实例1：2006-09年有关舌根癌的治疗进展。要求：用MeSHDatabse(主题词表选词)检索PubMed数据库，并用自由词检索09年以来发表的最新文献。2023/7/1550第50页，课件共80页，创作于2023年2月课题：提示舌根癌的不同表达形式：

tonguebasecancer、cancer/carcinoma/tumoroftonguebase、cancerofthebaseoftongue…治疗包括：drugtherapy、therapy、surgery、radiotherapy、rehabilitation2023/7/1551第51页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1552第52页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1553输入舌根的自由词检索式，与舌肿瘤治疗的检索式进行AND运算。第53页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1554初步结果，未限定年份进入高级检索进一步限定第54页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1555第55页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1556检索结果第56页，课件共80页，创作于2023年2月4、Journaldatabase检索

通过输入刊名全称或缩写等了解该刊基本情况浏览期刊上发表的文献获得相关期刊信息提供电子全文的超链按钮2023/7/1557第57页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1558期刊数据库检索第58页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1559输入待检期刊名获得期刊详细信息相关期刊链接

第59页，课件共80页，创作于2023年2月5、临床咨询（ClinicalQueries)专门检索临床研究方面文献，可进行治疗、诊断、病因、预后及临床实践指南五个类目限制，并选择强调查全还是强调查准2023/7/1560第60页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1561查找系统评价（SystematicReviews)第61页，课件共80页，创作于2023年2月五、其它服务PubMedCentral(PMC)SingleCitationMatcher生物信息数据库OMIMGeneBLASTGenome3DDomains2023/7/1562StructureTaxonomyNucleotideProteinBookshelf第62页，课件共80页，创作于2023年2月进入PubMedCentre下拉主页滚动条至低第63页，课件共80页，创作于2023年2月PMC首页进入高级检索2023/7/1564第64页，课件共80页，创作于2023年2月查找肾衰竭的药物疗法2023/7/1565全文链接第65页，课件共80页，创作于2023年2月六、检索结果输出显示检索结果全文获取保存检索结果保存检索策略2023/7/1566第66页，课件共80页，创作于2023年2月显示字段选择（Display）Summary：标题、著者、出处、ID号Abstract:来源期刊、标题、著者、著者地址、记录性质、文献类型、勘误、评论、PMID或UI、摘要、MeSH词等。MEDLINE:（最完整，有标识符）2023/7/1567第67页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1568显示格式选择显示格式（DisplaySettings）点击标题显示文摘增强格式排序方式选择6篇有免费全文第68页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1569文摘增强格式相关论文论文涉及的MeSH词，文献类型等信息LinkOut外部资源链接收费全文链接，我校订购的数据库可链出全文其他相关的网上免费医学指南信息第69页，课件共80页，创作于2023年2月下载全文第70页，课件共80页，创作于2023年2月2023/7/1571输出方式(Sendto)输出方式选择第71页，课件共80页，创作于2023年2月输出方式选择（sendto）File：保存检索结果Clipboard:剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。最多允许存储500条，保留8小时Email:通过邮件发送Collections：将检索结果送至MyNCBI中Order：全文传递服务，需帐号、收费2023/7/1572第72页，课件共80页，创作于2023年2月Medline与PubMed的区别收录范围不同数据更新周期不同检索功能的区别Pubmed带有网络链接功能检索结果输出方式的区别Pubmed部分带有全文链接第73页，课件共80页，创作于2023年2月其它外文检索工具IM(IndexMedicus)—Medline,PubMedBA(BiologicalAbstracts)—BiosisPreviewsCA(CemicalAbstracts)—SciFinderScholarEM(ExcerptaMedica)—EMBa