实验一数据库的使用及序列比对

实验一数据库的使用及序列比对第1页，课件共18页，创作于2023年2月实验目的1、掌握目前常用的数据库及相关网站2、掌握序列比对工具BLAST、FASTA的使用方法。第2页，课件共18页，创作于2023年2月内容1.进入生物信息学中常用的一级数据库和二级数据库网站，了解网站提供的服务信息。2.根据给出的序列，利用BLAST、FASTA程序在数据库中进行学列比对。第3页，课件共18页，创作于2023年2月序列一 (NCBIblast网址：/BLAST/）>lesson.seq.screen.Contig34

TTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGCCAGTTTTTTTTTTTATTTGTAAAGCTCTGCCATAAACTTCTAGCGTGTGCCAATGGTCACCTGCCACACTCGCACCAGGTTGTCCGTGTAGCCAGCAAACAGAGTCTGGCCATCAGCAGACCAGGCCAGGGAGGTGCACTGGGGTGGTTCTGCCTTGCTGCTGGTACTGATAACTTCTTGCTTCAGTTCATCTACAATGATCTTTCCCTCTAAATCCCAGATCTTGATGCTGGGGCCTGTGGAGCACACAGCCAGTAGCGGTTAGGGCTGAAGCACAGGGCGTTGATGATGTCCCCACCATCTAGCGTGTAAAGGTGTTTGCCTTCGTTGAGATCCCATAACATGGCCTGGCCATCCTTGCCTCCAGAAGCACAGAGGGATCCATCTGGAGAGACAGTCACCGTGTTCAGATAGCCTGTGTGGCCAATGTGGTTGGTCTTCAGCTTGCAGTTAGCCAGGTTCCATACCTTGACCAGCTTGTCCCAGCCACAGGAGACGATGATAGGGTTGCTGCTGTTGGGCGAGAAGCGGACACAAGACACCCACTCTGAGTGGCTCTCATCCTGGACAGTGTATTTGCACACACCCAGGGTATTCCATAGCTTGATGGTTTTATCTCGAGATCCAGAGACAATCTGCCGGTTGTCAGAGGAGAAGGCCACACTCAGCACATCCTTGGTATGGCCCACAAATCGCCTCGTGGTGGTGCCCGTTGTGAGATCCCAGAAGGCGCAGGGTTCCATCCCAGGAGCCTGAGAGGGCAAACTGGCCATCTGAGGAGATAACCACATCACTAACAAAGTGGGAGTGACCCCGCAGAGCACGCTGTGGAATTCCATAGTTGGTCTCATCCCTGGTCAGTTTCCACATGATGATGGTCTTATCTCGAGAGGCGGAGAGGATCATGTCCGGGAACTGCGGGGTAGTAGCGATCTGGGTTACCCAGCCGTTGTGGCCCTTGAGGGTGCCACGAAGGGTCATCTGCTCAGTCATGGCGGCGGCGAGAGCGTGTTCGCTGCAGCGACGAGGATGGCACTGGATGGCTTAGAGAAACTAGCACCACAGTCGACC第4页，课件共18页，创作于2023年2月序列二>query_seqMSDNGPQSNQRSAPRITFGGPTDSTDNNQNGGRNGARPKQRRPQGLPNNTASWFTALTQHGKEELRFPRGQGVPINTNSGPDDQIGYYRRATRRVRGGDGKMKELSPRWYFYYLGTGPEASLPYGANKEGIVWVATEGALNTPKDHIGTRNPNNNAATVLQLPQGTTLPKGFYAEGSRGGSQASSRSSSRSRGNSRNSTPGSSRGNSPARMASGGGETALALLLLDRLNQLESKVSGKGQQQQGQTVTKKSAAEASKKPRQKRTATKQYNVTQAFGRRGPEQTQGNFGDQDLIRQGTDYKHWPQIAQFAPSASAFFGMSRIGMEVTPSGTWLTYHGAIKLDDKDPQFKDNVILLNKHIDAYKTFPPTEPKKDKKKKTDEAQPLPQRQKKQPTVTLLPAADMDDFSRQLQNSMSGASADSTQA第5页，课件共18页，创作于2023年2月具体步骤1.登陆blast主页

/BLAST/2.根据数据类型，选择合适的程序3.填写表单信息4.提交任务5.查看和分析结果第6页，课件共18页，创作于2023年2月作业将序列一和序列二在数据库中查询的结果分值最高的前十个序列信息整理到word文档中，发到邮箱61452112@在文件名中写清楚班级、学号、姓名第7页，课件共18页，创作于2023年2月选择物种选择blast程序第8页，课件共18页，创作于2023年2月选择数据库序列或目标序列的GI号以文件格式上传第9页，课件共18页，创作于2023年2月与核酸相关的数据库与蛋白质相关的数据库第10页，课件共18页，创作于2023年2月这里一般都是默认值点击这里有更详细的参数设置第11页，课件共18页，创作于2023年2月显示的最大结果数E值配对与错配空位罚分第12页，课件共18页，创作于2023年2月进行比对的数据库图形化结果第13页，课件共18页，创作于2023年2月第14页，课件共18页，创作于2023年2月blast结果的描述区域。注意分值与E值。分值越大越靠前了，E值越小也是这样最大序列相似度序列覆盖度最大评分随机匹配的可能性第15页，课件共18页，创作于2023年2月Blast程序评价序列相似性的两个数据Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来说，匹配片段越长、相似性越高则Score值越大。Evalue:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的可能性越低。第16页，课件共18页，创作于2023年2月第17页，课件共18页，创作于2023年2月E值（Expect)：表示随机匹配的可能性，