蛋白质跨膜区特性跨膜蛋白序列教学课件

蛋白质结构与功能预测DNAsequencegenomeProteinsequenceProteinstructureperformmanycellularfunctionsProteinfunction蛋白质序列分析主要内容蛋白质基本理化性质分析蛋白质一级序列蛋白质亲疏水性分析跨膜区结构预测翻译后修饰位点预测蛋白质序列分析蛋白质二级结构预测蛋白质二级结构蛋白质序列信号位点分析蛋白质超二级结构蛋白质结构域分析蛋白质三级结构蛋白质三维结构模拟蛋白质结构预测过程ORF翻译[蛋白质序列实验数据数据库搜索结构域匹配知结构的同源蛋白可用的折叠模型?串线法三维结构模型从头EXPASy(ExpertProteinAnalysisSystem)Tools(/tools/)ExPASywebsitevGolIExPASyProteomicsServeroMac1Proteinidentificationandcharacterization[othcstools][DNA>Proritysearches][Patternandprofilesearches][Postterizationwithpeptidequence,andmassdifferencesareMcd幽-Preteinsfrotheirexpelerminemasse5beusedrorreeordel课程安排蛋白质理化性质分析口使用工具:Protparam二、跨膜区分析口使用工具:TMpred级结构分析口使用工具:PredictProtein■四、结构域分析口使用工具:InterProscan■五、蛋白质三级结构分析口使用工具:SW|SS-MODEL/SWISS-PdbViewer数据:C:ZCNIshixi4protein.txt、蛋白质基本理化性质分析↓蛋白质理化性质是蛋白质研究的基础4蛋白质的基本性质:相对分子质量氨基酸组成等电点(pl)消光系数半衰期不稳定系数总平均亲水性实验方法相对分子质量的测定、等电点实验、沉降实验缺点:费时、耗资↓基于实验经验值的计算机分析方法蛋白质理化性质分析工具工具站备注AacoMpldE/tools/aacomp/利用未知蛋白质的氨基酸组成确认具有相同组成的已知蛋白Computeplmwhttpsy.org/tools/pitool.html计算蛋白质序列的等电点和分子量ProtparArh/tools/protparam.html对氨基酸序列多个物理和化学参数(分子量、等电点吸光系数等)进行计算Peptidemass/tools/peptide-mass.htm计算相应肽段的p和分子量SAPSisrec.isb利用蛋白质序列统计分析方sib.ch/software/saPsform.htm法给出待测蛋白的物理化学ProtParan工具↓基于蛋白质序列的组分分析↓氨基酸亲疏水性等分析为高级结构预测提供参考■Expasy开发的针对蛋白质基本理化性质的分析:口Protparam工具param.htmlProt.Paramtool计算以下物理化学性质:相对分子质量氨基酸组成ageofhydropathicity(GRAvy)Lscledner)等电点(PIPleasenptethefollowingHieldsatatioe.消光系数Cc)EorexampleP05130orassqcroeidertDEOTH半衰期yuIcanDesteyourorsronceinthebombe]rw:不稳定系数总平均亲水性主要选项/参数■如果分析SWISS-PORT和TrEMBL数据库中序列口直接填写Swiss-Prot/TrEMBLAC号(accessionnumbe)如果分析新序列口直接在搜索框中粘贴氨基酸序列ProtParamtoolwichallor-hecorretionositionexlinctioncoeffieient,estimatedhalf-LifedandwereeofI'drcpathicitPleasenotethatyounaycnlyfillouttiTr.输入Swiss-Prot/TrEMBLAC