染色体基因芯片的临床应用

染色体基因芯片的临床应用

广州市妇产科研究所

广州医科大学附属第三医院

香港中文大学CMA联合实验室

广州省产科重大疾病重点实验室

广东省普通高校生殖与遗传重点实验室

谢英俊fairyfareyj@主要内容CMA的应用现状CNV的定义及其与疾病的关系临床上不同CMA平台的比较CMA的技术性能，检测流程，数据库的应用，报告的解读国际上认可的三种遗传检测技术的比较和应用案例分析LeadinginstitutionsaremovingtoCMA

forConstitutionalresearch2010:ACMG&ISCA推荐---针对个体发育迟缓和先天性异常而言基因芯片可以作为首选的检测方案推荐使用芯片技术用于检测检测染色体异常引起的相关疾病2013ACOG&SMFM2013年美国妇产科医师协会（ACOG）和母婴医学协会（SMFM）发布了“染色体微阵列技术在产前诊断方面的应用”指南该指南中提出：CMA检测作为染色体正常超声异常的附加检测项目GlobalvariationincopynumberinthehumangenomeNature.2006.CNVWedefinedaCNVasaDNAsegmentthatis1kborlargerandpresentatvariablecopynumberincomparisonwithareferencegenome.ACNVcanbesimpleinstructure,suchastandemduplication,ormayinvolvecomplexgainsorlossesofhomologoussequencesatmultiplesitesinthegenome.Globalvariationincopynumberinthehumangenome,Nature,2006CMA

ChromosomalMicroarrayAnalysischromosomalmicroarrayMolecularkaryotyping(分子核型分析)Encompassesalltypesofarray-basedgenomiccopynumberanalyses,includingarray-basedcomparativegenomichybridization(aCGH)andsinglenucleotidepolymorphism(SNP)arrays分子核型（CMA）临床检测平台Array-CGHArray-SNP比较LD:OxfordGeneTechnologyCytoSureISCAuniparentaldisomyMD:AgilentcustomarrayHD:AffymetrixCytoScanHDAllthreeCN+SNParrayswereabletodetectCNVs>100kbinsize,whichismoresensitivethantheAmericanCollegeofMedicalGeneticsandGenomicsrecommendationof400kb.

某些类型的芯片可鉴定出血缘关系或非亲生关系的证据。所以报告的信息类型和数量取决于使用的芯片类型以及开展分析的实验室的政策CMA检测平台CytoScanHD,CytoScan750K芯片的特点全基因组覆盖，与临床相关的基因区域特别加密：

750,000个生物学标记

200,000个SNPs探针，能检测>3MbLOH550,000个CNV探针，>200kb的卓越的分辨率.遗传学区域加密覆盖

1markerper1kbforISCA,CancerGenes&XChromosome1markerper2kbRefSeqgenesPercentageofgenescovered(25markers/100kb)CytoScanHDCytoScan750KISCAconstitutionalgenes(340)100%100%Cancergenes(526)100%100%OMIMMorbidgenes(2,640)98%83%XchromosomeOMIMMorbidgenes(177)100%93%RefSeqgenes(36,121)96%80%检测路线（（）CNVDECIPHEROMIMDGVISCAOMIM:

OnlineMendelianInheritanceinMan在线人类孟德尔遗传数据库DECIPHER:国际公共病理性CNVs数据库DatabaseofChromosomalImbalanceandPhenotypeinHumansUsingEnsemblResources（DECIPHER）ISCA:

InternationalStandardsforCytogenomicArrays国际细胞基因芯片标准化联合会DGV（国际公共良性CNVs数据库）各种数据库的应用特点：公开的局限性:规范性？可信性？参考性/科学性OMIM,DECIPHER,ISCA,DGVCNVsareseparatedintosubtracksandarelabeledas:(ISCA)PathogenicUncertain:LikelyPathogenicUncertainUncertain:LikelyBenignBenignThesedataareforresearchpurposesonly检测后的报告解释ClinGenet2013:84:415–421

染色体基因芯片检测说明染色体基因芯片可由于产前遗传疾病筛查，植入前筛查，产前筛查，产后筛查，新生儿筛查，携带者筛查，癌症基因分析。应实行有指针的检测，根据患者的病情、可选择的诊断方法、患者经济承受能力等因素综合判断诊断措施，检测应严格掌握基因芯片诊断技术的适应证。技术性能技术的局限性：这个分析不检测基因组平衡重组(如染色体倒位和平衡的染色体易位)对于少数新