21个常用公共医学数据库

利用好这21个公共医学数据库，发论文事半功倍整理/宝晟(广州)生物信息技术有限公司临床大数据发现新问题，也是一种不错的研究手段。以下这21个医学公共数据库，无疑是一个又一个的矿场，你都认识了吗?BioLINCC是美国国家心脏，肺和血液研究所(NHLBI)于2008年建立的生物样本和数据存储信息协调中心，其中存储着NHLBI开发和维护的血液和心血管相关的临床研究数据和BioLINCC可为研究者提供NHLBI收集的来自110余家研究机构产生的临床、流行病学研究数据和生物样本。一项来自2015年耶鲁大学医学院附属医院的研究表明，超过90%的用户对BioLINCC分享给他们的数据表示满意，适合利用这些数据开展他们的临床研究。有半数用户已经利用数据完成其研究，并且其中67%的用户已经发表文章，文章数量超过1000科研专家提供的高精度数据和募集的全基因组数据，可对应不同的癌症类型搜索相关的基因NationalCancerDatabaseN医师学会和美国癌症学会联合组建的，它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。NCDB数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤患者的治疗过程和结局。数据库代表了全美超过70%的新诊断癌症病例和超过三千四百万个历史记录。美国癌症基因组图谱(TheCancerGenomeAtlas,TCGA)是由美国国家癌症研究所ResearchInstitute,NHGRI)合作开发的，目前它包含了33种癌症的数据，每种癌症都涉及关键基因组变化的全面、多维的图谱。TCGA数据库储存有2.5PB的数据，对超过1.1万多名患者的肿瘤组织及配对正常组织进行描述，目前已被广泛应用于研究领域。这些数据已为独立研究人员进行的癌症研究或者TCGA研究网络出版物做出了超过1千多项的贡献。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐，但是有多个网站提供TCGA数据(包括表达和临床等)完善的整理，以下是其中整理最为完整和可靠的：/CancerBrowser:/cBioportal:/index.do类遗传疾病或与人类遗传疾病相关的核基因突变信息。HGMD收录的数据包括单碱基置换(如编码序列中的错义突变、无义突变以及调控和剪切区域中的点突变)、微缺失增以及大的基因损伤(缺失、插入和扩增)和复杂的基因重组等。ClinVar数据库由美国国立卫生研究院于2013年为了生物技术信息开发而创建，其中收集了人类变异与疾病表型相关的信息，公开给研究者使用。Ensemb1项目始于1999年，旨在对人类基因组进行注释，并通过网络公开和自由地提千人基因组计划在2008年-2015年期间运行，是第一个对大量人类基因组进行测序的项目，收录人类变异和基因型数据，为人类遗传变异的数据可免费提供给全球科学研究者使用。美国麻省理工下属管理的一个公共临床数据库，全称MedicalInformationMartfor该数据库提BethIsraelDeaconessMedicalCenterICUMIMIC中所有的数据经严格去除身份信息处理后用数据前，需先完成网络课程培训和考试，获取CITI证书。one、JournalofAppliedEcology等100多家杂志推荐作为存放数据的场所。利用Dryad数据库，研究人员可获取数据，研究和验证公布的数据是否合理，或解决基因表达库(GeneExpression0mnibus,GEO)是一个支持微阵列实验的最小信息利用染色体组分资源建立人类染色体不平衡和表型数据库(DatabaseofChromosomal过200家研究中心上传的超过1万例的案例信息。Orphanet数据库是为所有用户提供罕见病和罕见病药物信息的开放门户，目的在于提基因组变异数据库(DatabaseofGenomicVariants,DGV)目的是提供人类染色体结构比较基因组数据库(ComparativeToxicogenomicsDatabase,CTD)是一个强大的、公开可用的数据库，旨在提高人们对环境暴露如何影响/蛋白质相互作用、化学疾病和基因疾病关系的相关信息。这些数据与功能和路径数据相结20、KaplanMeierPlotterKaplanMeierPlotter是一个包含5种癌症(乳腺癌、卵巢癌mRNA表达谱芯片公共数据库，从中能够获得基因表达与疾病预后的信息。起源于2002年的科技部科学数据共享工程，2009年进入长期运行服务阶段，升级为国家人口健康科学数据共享平台(NCMI