实验七 核酸序列分析

#实验七核酸序列分析一、实验目的1．掌握采用相关软件分析核酸序列分子质量、碱基组成及碱基分布等。2．掌握核酸序列变换的分析方法。3．掌握核酸序列限制性酶切分析方法。4．了解引物设计的基本知识。了解NCBI序列信息提交方法，学习运用Bankit进行序列提交。6．了解构建系统发育树的基本方法。二、实验内容及操作程序（一）DNAMAN的安装和基本操作下载、安装DNAMAN软件。使用Entrez信息查询系统检索一条你感兴趣的序列，如cytochromeoxidase（细胞色素氧化酶）、catalse（过氧化氢酶）、H5N1（禽流感）、peroxidase（过氧化物酶）、SOD（SuperoxideDimutase）等部分或全长核酸序列，阅读序列注释，理解其含义；并将该序列以FASTA序列格式显示和保存。打开DNAMAN软件，点击editentersequence—粘贴序列—OK（即生成一个文件）—点击File—Saveas保存该序列文件（以.seq为后缀）。浏览该序列文件，在输出结果中Composition（碱基组成）和Percentage（碱基百分比）以及MolecularWeight（分子质量）栏目中清楚地给出了关于该条序列的有关结果，并记录之。序列载入选择工作区左侧软件提供的Channel工具条，点击数字即可激活相应的Channel，每个Channel可存放一条序列。从碱基计数1开始，选中该序列的所有碱基，点击Sequence—LoadSequence—Fromselection，即将该序列载入激活的Channel内，此时可对本序列进行分析。

（二）DNAMAN软件使用1．序列变换使用DNAMAN软件可以很容易地实现序列变换，这些功能集中在Sequence-Display,从中选择不同的序列变换方式对当前Channel的序列进行转换（互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA双链序列和RNA序列等）。2．限制性酶切分析限制性酶切分析是分子生物学实验中的日常工作之一,DNAMAN软件的Restriction便具有该功能。点击Restriction/RestrictionAnalysis，选择其中一些参数，可分析当前Channel序列酶切位点。Results分析结果显示其中包括：Showsummary〔显示概婆）Showsiteson.sequence（在吿i果中显尔酶闪位点）Drawrestrictionmap（显刃1醍制性酶划图）Drawrestnctionpattern（显示限制性酶灿模式图）Ignoreenzymeswithmorethan（忽略大J'某设定值的酶切位点）

3．引物设计将待分析的序列载入某一Channel，并激活该Channel。点击主菜单栏的Primer/DesignPCRPrimersforDNA，选择合适参数设计引物，并选择其中一对引物，应用Primer下拉菜单中的选项，分析其退火温度、与DNA链的互补配对情况、单引物内部碱基配对情况、两条引物之间的配对情况。三）序列递交熟悉Bankit，了解在线序列提交方法。

四）构建系统发育树在Sequence—Alignment—Multiplesequencealignment,对多序列进行比对，再选择合适的输出方式。三、作业1．分析你感兴趣核酸序列的分子质量、碱基组成及碱基分布。列出你所分析核酸序列（或部分序列）的互补序列、反向序列、反向互补序列、DNA