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文档简介
1
第一篇生物分子结构与功能1第二篇物质代谢及其调节2第三篇遗传信息的传递3√√生物化学?1第一篇生物分子结构与功能1第二篇物质代谢及其调节2第2
复制、转录、翻译讲解方式:1、基本概念及特点,所需酶及各种因子2、合成过程3、原核生物、真核生物起始延长终止2复制、转录、翻译讲解方式:1、基本概念及特点,所需酶3真核基因与基因组
EukaryoteGeneandGenome3真核基因与基因组EukaryoteGeneandG4基因(gene):编码蛋白质或RNA等具有特定功能产物的、负载遗传信息的基本单位。基因组(genome):一个生物体内所有遗传信息的总和。4基因(gene):编码蛋白质或RNA等具有特定功能产物的、5
DNA的生物合成
DNABiosynthesis
(Replication)
第十四章5
DNA的生物合成
DNABiosynthesis6DNA修复合成(DNA损伤修复)DNA指导的DNA合成(DNA复制)RNA指导的DNA合成(逆转录)DNA的生物合成6DNA修复合成DNA指导的DNA合成RNA指导的DNA合成7亲代DNA复制子代DNA复制(replication)
是以DNA为模板的DNA合成,是基因组的复制过程。7亲代DNA复制子代DNA复制(replication)是8分子基础:碱基配对规律和DNA双螺旋结构化学本质:酶促的脱氧核苷酸聚合反应复制的保证:各种酶和蛋白质因子的参与8分子基础:碱基配对规律和DNA双螺旋结构9DNA复制的基本特征BasicRulesofDNAReplication
第一节9DNA复制的基本特征第一节10复制的基本特征:(3个)半保留复制双向复制半不连续复制10复制的基本特征:(3个)半保留复制11一、半保留复制
DNA生物合成时,亲代双链DNA解开为两股单链,各自作为模板,依据碱基配对规律,合成序列互补的子链DNA。这种复制方式称为半保留复制。11一、半保留复制DNA生物合成时,亲代双链DNA解开为两12半保留复制方式保证遗传信息的忠实传递12半保留复制方式保证遗传信息的忠实传递13半保留复制的理论设想TGGTACTGCCACTGGACCATGACGGTGACCTGGTACTGCCACTGGACCATGACGGTGACCCCACTGGGGTGACCTGGTACTGACCATGACACCATGACTGGTACTGTGGTACTGCCACTGGACCATGACGGTGACC+母链DNA
复制过程中打开的复制叉子代DNA
13半保留复制的理论设想TATACGTAATTA+母链DNA141、遗传的保守性:子代DNA保留了亲代的全部遗传信息。半保留复制的意义2、遗传的保守性是相对的,自然界存在着普遍的变异现象。141、遗传的保守性:半保留复制的意义2、遗传的保守性是相对15
复制时,DNA从起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复制叉,称为双向复制。二、双向复制15复制时,DNA从起始点(origin)向两个16复制起点(origin):指DNA复制所必需的一段特殊的DNA序列。复制叉(relicationfork):正在进行复制的双链DNA分子形成的Y形或叉形区域。复制子(relicion):含有一个复制起点的独立完成复制的功能单位。双向复制(bidirectionalreplication)从起点向2个方向延伸16复制起点(origin):指DNA复制所必需的一段特殊的17(一)原核生物:只有一个复制起始点,一个终止点17(一)原核生物:只有一个复制起始点,一个终止点18复制中的模板DNA形成2个延伸方向相反的开链区,称为复制叉。Forkmovement复制叉18复制中的模板DNA形成2个延伸方向相反的开链区,Fork19(二)真核生物真核生物多染色体,多起始点,多复制子的复制。复制子(replicon):是含有一个复制起点的独立完成复制的功能单位,是从一个DNA复制起始点起始的DNA复制区域。高等生物有数以万计的复制子,长度差异很大。原核生物是单复制子复制,称为复制体(replisome)19(二)真核生物真核生物多染色体,多起始点,多复制子的复制20真核生物的多复制子复制5’3’oriorioriori5’3’5’5’3’3’复制进程5’5’3’3’20真核生物的多复制子复制5’3’oriorioriori521E.coli人染色体基因组4.4×106bp
3×109bp1个复制起点和两个复制叉
多个复制起点和多个复制叉
单复制子
多复制子(104~105)42分钟
8小时1000bp/秒
100bp/秒21E.coli22半不连续复制前导链(leadingstrand):DNA复制时,一条链的合成方向和复制叉前进方向相同,可以连续复制合成的新链。后随链(laggingstrand):另一条链的合成方向与复制叉前进方向相反,不能连续复制,只能分成若干小片段分别合成,然后连接起来形成新链。后随链中的小片段称为冈崎片段(Okazakifragments)。前导链连续复制而后随链不连续复制,即半不连续复制。22半不连续复制前导链(leadingstrand):D235
3
解链方向3´5´前导链(leadingstrand)后随链(laggingstrand)3
5
3´3´5´5´前导链连续复制后随链不连续复制DNA复制方向:5
3
三、半不连续性复制冈崎片段2353解链方向3´5´前导链(leadingstra24
第二节
DNA复制的酶学和拓扑学变化24第二节25复制的基本化学反应单链延长的方向(dNMP)n+dNTP→(dNMP)n+1+PPi
25复制的基本化学反应单链延长的方向(dNMP)n+d26复制过程参加物质原料:dNTP(dATPdGTPdCTPdTTP)条件:供能ATP、Mg2+模板:DNA酶引物:RNA蛋白质因子DNA聚合酶引物酶(DnaG)解旋酶(DnaB)连接酶拓扑异构酶DnaADnaB(解旋酶)DnaCDnaG(引物酶)SSB26复制过程参加物质原料:dNTP(dATPdGTPdC27一、DNA聚合酶(DNApolymerase)简称:DNA-pol全称:依赖DNA的DNA聚合酶(DNA-dependentDNApolymerase)ⅠⅡⅢ种类:原核αβ
γ
δ
ε真核27一、DNA聚合酶(DNApolymerase)简称:D28
DNA聚合酶活性(作用)(2方面)
1、聚合活性:
5
3
方向,催化四种dNTP一个一个地连接到DNA子链上去。
2、核酸外切酶活性(两种情况)
3
5
外切酶活性,能辨认错配的碱基对,并将其水解。
5
3
外切酶活性,能切除引物和突变的DNA片段。28DNA聚合酶活性(作用)(2方面)29(一)原核生物有3种DNA聚合酶分三型:
DNApolⅠDNApolⅡDNApolⅢ相同点:
1、5
3
的聚合活性
2、3
5
核酸外切酶活性29(一)原核生物有3种DNA聚合酶分三型:相同点:30原核生物的DNA聚合酶不同点
DNApolⅢ的比活性远高于DNApolⅠ,是原核生物复制延长中真正起催化作用的酶。30原核生物的DNA聚合酶不同点DNApolⅢ的31小片段(323aa)
大片段(604aa)(Klenowfragment)5’→3’聚合酶活性3'→5'外切酶活性5'→3'外切酶活性EJPNMLHIORQGCDBFAKDNApolⅠ(20bp)木瓜蛋白酶31小片段(323aa)大片段(604aa)5’→332DNApolⅠ的作用1.对复制中的错误进行校对;
2.填补复制和修复过程中出现的空隙;
3.Klenowfragment是实验室合成DNA
和进行分子生物学研究常用的
工具酶。32DNApolⅠ的作用33DNA-polⅡ(120kD)
DNA-polII基因发生突变,细菌依然能存活它对模板的特异性不高,参与DNA损伤的应
急状态修复(SOS修复)33DNA-polⅡ(120kD)DNA-polI34全酶组装至模板,增强核心酶活性功能:原核生物复制延长中合成前导链和后随链。
DNA-polⅢ夹稳模板,滑动核心酶核心酶
亚基:合成DNA
亚基:具有3
5
外切酶活性(校正功能)
亚基:组装作用(
、
、
、
、
、
6种亚基)(含1对
-亚基)34全酶组装至模板,增强核心酶活性功能:原核生物复制延长中合35(二)常见的真核细胞DNA聚合酶有5种DNA-pol
:在线粒体DNA复制中起催化作用。DNA-pol
(Ⅲ):延长子链的主要酶,有解螺旋酶活性。DNA-pol
(Ⅰ):校读、修复和填补缺口DNA-pol
:起始引发,有引物酶活性。DNA-pol
(Ⅱ):参与低保真度的复制,应急修复。3‘→5’外切酶活性(、、)35(二)常见的真核细胞DNA聚合酶有5种DNA-pol36二、复制的保真性(一)复制遵守严格的碱基配对规律进行(二)复制的保真性依赖正确的碱基选择(三)聚合酶中核酸外切酶活性在复制中辨认
切除错配碱基并加以校正
36二、复制的保真性(一)复制遵守严格的碱基配对规律进行37(一)复制的保真性依赖正确的碱基选择DNApolⅢ对嘌呤的不同构型表现不同亲和力,因此实现其选择功能。DNA复制的精确度极高,在细菌中其误差率只有10-8~10-1037(一)复制的保真性依赖正确的碱基选择38(二)核酸外切酶活性在复制中辨认切除错配碱基并加以校正
B:如果碱基配对正确,DNA-polI则不表现外切酶活性;只表现聚合酶活性。DNA-pol
I外切活性聚合活性dCTPA:碱基配对错误,DNA-polI表现外切酶活性,切除错配碱基;并用其聚合活性掺入正确配对的底物模板链新合成链模板链
新合成链38(二)核酸外切酶活性在复制中辨认切除错配碱基并加以校正39
染色体是由DNA和组蛋白经高度压缩形成的复杂结构。DNA复制时,首先需要把DNA的超螺旋解开。
DNA分子的碱基埋在双螺旋内部,只有把DNA解成单链,它才能起模板作用。三、复制中的解链伴有DNA分子拓扑学变化39染色体是由DNA和组蛋白经高度压缩形成的复杂结构。DN40(一)多种酶参与DNA解链和稳定单链状态原核生物复制中参与DNA解链的相关蛋白DnaA(dnaA)辨认复制起始点DnaC(dnaC)运送并协同DnaB拓扑异构酶(gyrⅠ,Ⅱ)理顺DNA链单链结合蛋白SSB稳定已解开的单链解旋酶DnaB(dnaB)解开DNA双链引物酶DnaG(dnaG)催化RNA引物生成40(一)多种酶参与DNA解链和稳定单链状态原核生物复制中参411.解旋酶(helicase):DnaB解旋酶DnaBDnaA、B、C…ATP作用:利用ATP供能,作用于氢键,使DNA双链解开成为两条单链。CBA411.解旋酶(helicase):DnaB解旋酶DnaB422.单链结合蛋白(SSB)作用:1、防止单链DNA重新形成双链
2、防止单链DNA被核酸酶水解特点:由177个aa组成的同源四聚体,结合单链
DNA跨度约32bp,不断地结合和解离。DnaB单链结合蛋白422.单链结合蛋白(SSB)作用:1、防止单链DNA重新43
作用:该酶以DNA为模板,合成一段RNA引物。
DNA复制是在该引物3’-OH末端加入dNTP。
因为DNA聚合酶不能催化两个游离的dNTP聚合,而引物酶可以催化两个游离的NTP聚合.3.引物酶(primase)为什么要合成引物???43作用:该酶以DNA为模板,合成一段RNA引物。44引物酶和RNA聚合酶的异同1、相同点:催化游离NTP聚合2、不同点:引物酶RNA聚合酶
利福平44引物酶和RNA聚合酶的异同1、相同点:催化游离NTP聚合45拓扑异构酶对DNA分子的作用是既能切开又能连接磷酸二酯键,使DNA不至于打结,适当时候又把切口封闭,使DNA的拓扑异构体发生改变。拓扑异构酶拓扑异构酶Ⅰ拓扑异构酶Ⅲ拓扑异构酶Ⅱ原核原核真核真核转轴酶解缠酶切口-封闭酶松弛酶ω蛋白促旋酶又分为几种亚型最近发现(二)DNA拓扑异构酶
(DNAtopoisomerase)45拓扑异构酶对DNA分子的作用是既能切开又能连接磷46DNA分子是反向平行、右手螺旋的双链结构。每一个螺旋有10个碱基对,螺距为3.4nm。碱基垂直螺旋轴居双螺旋内側,与对側碱基形成氢键配对(互补配对形式:A=T;G
C)。疏水作用力和氢键共同维持着DNA双螺旋结构的稳定。
DNA双螺旋结构具有特征性(Watson,Crick,1953)46DNA分子是反向平行、右手螺旋的双链结构。每一个螺旋有147DNA的超螺旋结构超螺旋结构(superhelix或supercoil)DNA双螺旋链再盘绕即形成超螺旋结构。正超螺旋
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