pymol学习重点笔记专业资料

Pymol学习笔记（一）：简介&安装Pymol是一种开放源码，由使用者赞助分子三维构造显示软件，由WarrenLyfordDeLano编写，并且由DeLanoScientificLLC负责商业发行。Pymol被用来创作高品质分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维构造。据软件作者宣称，在所有正式刊登科学论文中蛋白质构造图像中，有四分之一是使用Pymol来制作。Pymol名字来源：“Py”表达该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）缩写，表达该软件用来显示分子构造。由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，但愿对有需要朋友有所协助。今天先来说说安装吧。自8月1日起，DeLanoScientific对事先编译好PyMOL执行程序（涉及beta版）采用限定下载办法。当前，只有付费顾客可以获得。但是源代码当前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我同样，不想为此花钱话：如果你是Windows顾客，一方面下载Pymol源代码。

然后安装CygWin，并且保证对的安装如下模块：C++(gccorg++packagename)PythonOpenGLPNG然后在源代码目录里面依次运营：如果你是Linux顾客，一方面保证如下东东已安装：PythonPmwOpenGLdriver（我用是NVdia）libpngSubversionclient（下载源代码需要）然后下载Pymol源代码$mkdirpymol-src

$svnco然后进入源代码目录#cdpymol-src开始依次编译#pythonsetup.pyinstall

#pythonsetup2.pyinstall拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了#cp./pymol/usr/bin如果运营时得到错误信息"ImportError：NomodulenamedPmw"，那么你应当运营#pythonsetup2.pyinstallpmw如果你在使用Gentoo，请保证编译python时添加了tcl/tk支持，否则运营是会提示错误"ImportError：Nomodulenamed_tkinter"#USE="tcltk"emergepython好了，下面咱们就可以进入Pymol世界了。Pymol学习笔记（二）：基本鼠标操作这里重要简介一下Pymol基本操作，涉及窗口菜单、加载文献、图像基本鼠标操作等等。当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示界面：

该界面分为2窗口，上面外部GUI窗口（ExternalGUI）和下面ViewerWindow。ViewerWindow又分为左右两块，左边用来显示构造图像（Viewer），右边则是一种内部GUI窗口（InternalGUI)。Viewer自身包括一种命令行（如图中左下方PyMOL>提示符），可以用来输入Pymol命令；在InernalGUI中则可以选定某些特定对象并完毕某些操作。ExternalGUI则包括一种原则菜单、一种输出区、一种命令行输入区以及右边某些惯用命令按钮。请注意，原则“复制、剪切和粘贴”操作只能在ExternalGUI中完毕，并且必要使用“Ctrl＋C、Ctrl＋X以及Ctrl＋V”来完毕，这也是这个所谓外部GUI最重要长处。加载文献，有二种办法：在ExternalGUI中选取File－Open使用命令行：load<filename>例如咱们当前从.org上下载了一种离子通道蛋白pdb文献（PENTAMERICLIGANDGATEDIONCHANNELFROMERWINIACHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它：load2vl0该蛋白质构造就被显示出来啦，如下图：

基本图像操作:是不是觉得上面那个三维构造图看起来乱七八糟阿，那是由于蛋白质分子都是由成千上万个原子构成，而Pymol打开pdb文献时是默认把所有原子都显示在那个小小Viewer窗口里面，固然看起来就很乱了。这时候就需要咱们对这个图像进行某些操作，来得到美丽清晰蛋白质三维构造图。

先说说鼠标吧。任意旋转图像：对准图像任意处点住鼠标左键然后移动鼠标。放大/缩小图像：对准图像任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。移动图像：对准图像任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。设定图像旋转中心：Ctrl＋Shift＋鼠标中键或滚轮。移动剪切平面：Shift＋鼠标右键。鼠标上下移动：调节前剪切平面（离你近）；鼠标左右移动：调节后剪切平面（离你远）。最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面示意图你会发现Pymol这项设定其实很以便。

今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon形式显示了上面那个蛋白质，但是还比较难看。。。

Pymol学习笔记（三）：基本Pymol命令这里重要简介一下Pymol某些基本命令操作。就像Linux同样，要想更好操作Pymol，掌握某些惯用命令是必不可少。Pymol是区别大小写，但是当前为止Pymol还是只用小写，因此记住，所有命令都是使用小写字母。当你开始用Pymol来完毕一种项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过命令，以以便日后你再次读取并修改。这个可以通过创立一种log文献来达到，该文献后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux同样支持Tab键命令补全：Pymol>log_openlog-file-name.pml如果你想终结记录，只需要键入：Pymol>log_close好了，当前载入pdb文献（继续前用pdb文献）：Pymol>load2vlo.pdb当前Pymol就创立了一种叫2vlo对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目名字。但是你也可以自己定义该项目名字（如test）：Pymol>load2vlo.pdb，test下面说说如何来操作你新建对象。

一方面：Pymol>showrepresentation

Pymol>hiderepresentation其中representation可觉得：cartoon，ribbon，dots，spheres，surface和mesh。

使用这2个命令可以让Pymol以不同方式显示蛋白质构造。

例如当咱们键入：Pymol>hidelines

Pymol>showribbon咱们将得到如下成果：

也许你已经注意到构造中有2个一模同样蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中一种分子呢？一方面输入如下命令：Pymol>labelall，chains这个命令作用是让Pymol给蛋白质构造中“链”编号，你会发现，第一种分子由“链”A－E构成，第二个则由F－J构成。

好了，如果咱们想把一种蛋白质分子去掉，那么只要把“链”A－E或者F－J去掉即可：Pymol>hideribbon，chainf+g+h+i+j上面东东还可以这样完毕：Pymol>selecttest，chainf+g+h+i+j

Pymol>hideribbon，test上面第一句命令作用是选取“链”F－J，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做好处是，一旦你选取并命名了某个目的，你可以在背面随时对它进行各种操作。并且你在右边控制面板里面也可以看到你选定目的，并可以对其进行操作。

例如你可以：Pymol>hideeverything，test

Pymol>showcartoon，test这样你会得到：

说到这里就提到了Pymol一种比较重要东东，就是选取并命名录标，它基本语法就是：Pymol>selectselection-name，selection-expression其中名字可以由字母[A/a－Z/z]，数字[0－9]已经下划线[_]构成，但是要避免使用：！@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>?/如果你要删除你选定目的或者整个对象，你可以：Pymol>deleteselection-name

Pymol>deleteobject-name下面讲讲如何给对象以及目的变化颜色。预定义颜色名字可以在外部GUI窗口Settings－Colors中找到：Pymol>colorcolor-name

Pymol>colorcolor-name，selection-expression例如咱们可以：Pymol>colorred，ssh

Pymol>coloryellow，sss

Pymol>colorgreen，ssl+""其中“ss”代表secondarystructure，“h”代表Helix，“s”代表Betasheet，l+""代表Loop和因此其她构造。

这3句作用分别是把所有Helix变成红色；把所有Betasheet变成黄色；把所有Loop以及其她某些变成绿色，于是咱们得到：

Pymol可以同步打开各种pdb文献：Pymol>loadobject-name-1.pdb

Pymol>loadobject-name-2.pdb如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样：Pymol>disableobject-name-1

Pymol>enableobject-name-1你也可以用disable命令去除最后一种选取目的上浮现粉红色小点，但是该命令并不会使你选定目的不可见。Pymol>disableselection-name使用鼠标普通是变化图像视角最以便办法，但是命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用，它们提供了另一种变化图像视角办法。放大选定目的：Pymol>zoomselection-name定向选定目的，可以使选定目的最大尺寸水平显示，次大尺寸竖直显示：：Pymol>orientselection-name你也可以用view命令保存你当前视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你对象显示方式：Pymol>viewkey，action其中“key”是你随便给当前视角定名字，“action”可觉得：store或者recall。如果不加任何“action”，则默以为recall：Pymol>viewv1，store

Pymol>viewv1，recall

Pymol>viewv1说了这样多，最后说说如何保存文献吧。Pymol有3个层面保存方式，下面来分别说说。使用log_open命令把你所有使用过命令记录为一种文本文档：Pymol>log_openscript-file-name这样后来当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面所有命令：Pymol>@script-file-name但是注意，如果你想记录当前视角，则必要使用get_view命令。

你可以选取外部GUI窗口中File－Append/Resume/CloseLog来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。

你可以随时编辑该文档。

在linux下，该文档默认保存目录为当前顾客home目录。如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在状态，那么你可以选取外部GUI窗口里面File－SaveSession，创立一种会话文献（.pse）。该会话文献和上面提到文档文献区别在于，一方面文档文献可以编辑，但会话文献不可以；记录文档文献前必要先运营log_open命令，而会话文献可以随时创立；最后文档文献以文档形式运营（@），而打开会话文献则必要选取外部GUI窗口中File－Open。什么时候需要创立会话文献呢？例如当你在某时有各种选取时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选取，不满意时只需要重新打开该会话文献即可。也就是说创立会话文献起到了“undo”作用，这正是Pymol所缺少。但愿开发者能赶紧加入该功能，那么这个会话文献好像就没什么大用了，呵呵。如果你觉得当前显示窗口里面显示构造图像已经满足你规定了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你图像，它可以使你图像具备三维反射及阴影特效：Pymol>ray

Pymol>pngyour_path/image_name最后就用该命令导出图片结束这次笔记吧。

Pymol学习笔记（四）：Pymol命令语法与目的选取表达上次简介某些Pymol基本命令。当前来详细说说Pymol命令语法，尚有在选取操作目的应当如果表达。个人觉得这某些内容对学习Pymol来说是至关重要。从上次讲某些例子中不难看出，Pymol命令都是由核心词（keyword）加上某些变量（argument）构成，格式如下：Pymol>keywordargument其中核心词（keyword）固然是必要，而变量则不是必要，例如退出命令quit就不需要附加变量：Pymol>quit固然更多命令普通是需要加变量，例如放大命令zoom，但是你会发现虽然你不加任何变量该命令也可以被执行，这是由于Pymol许多命令有一种默认变量，下面两个命令作用是同样，其中目的选取all就是zoom默认变量：Pymol>zoom

Pymol>zoomall尚有些命令可以带各种参数，例如加色命令color，它用法如下：Pymol>colorcolor-name

Pymol>colorcolor-name，selection-expression第一种color虽然只带一种变量"color-name"，但其实它包括了第二个默认变量all，因此它作用是把整个构造变成"color-name"颜色。

第二个color带两个变量，和第一种区别就是把默认目的选取变量all变成了"selection-expression"，也就是说只有被这个变量选中某些才会被变成"color-name"定义颜色。

要注意是，如果一种命令带各种变量，则这些变量之间必要用逗号","隔开。通过这个例子，人们可以发现，有些变量自身是很简朴，例如"color-name"，就是一种颜色名字而已，没什么复杂。另某些则不同样，例如"selection-expression"，它可以很简朴，也可以非常复杂。这个东东，我称之为选取表达，对Pymol命令使用非常重要，所如下面要详细讲一下。选取表达（selection-expression）表达实际就是某些被选中某些，它们可以是某些个原子，某些个Helix，某些个Betasheet，或者它们混合物。你可以给你选取表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线[_]构成，但是因避免使用下列符号：！@#$%^&*()'"[]{}\|~`<>?/选取表达由所谓"selector"加上"identifier"构成，其中"selector"定义了某类属性，而"identifier"则在该类属性下需要被选取某些。如下例：Pymol>selecttest，namec+o+n+ca其中"name"就是一种selector，它表达在pdb文献中描述原子名字；"c+o+n+ca"则是相应"indentifier"，它表达咱们要选取pdb文献中名字叫"ca+cb"原子（ca代表alphacarbon，cb代表betacarbon）。整个语句作用就是选取上诉原子并命名为"test"，这样咱们可以在背面继续使用它。下表列出了大多数selector：Selector简写Identifier及例子symbole.chemical-symbol-list

周期表中元素符号

Pymol>selectpolar，symbolo+nnamen.atom-name-list

pdb文献中原子名字

Pymol>selectcarbons，nameca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list

氨基酸名字

Pymol>selectaas，resnasp+glu+asn+glnresii.residue-identifier-list

pdb文献中基团编号

Pymol>selectmults10，resi1+10+100

residue-identifier-range

Pymol>selectnterm，resi1-10altaltalternate-conformation-identifier-list

某些单字母列表，选取具备2种构型氨基酸

Pymol>selectaltconf，alta+bchainc.chain-identifier-list

某些单字母或数字列表

Pymol>selectfirstch，chainasegis.segment-identifier-list

某些字母（最多４位）列表

Pymol>selectligand，segiligflagf.flag-nummer

一种整数（０－３１）

Pymol>selectf1，flag0numeric_typent.type-nummer

一种整数

Pymol>selecttype1，nt.5text_typett.type-string

某些字母（最多４位）列表

Pymol>selectsubset，tt.HA+HCididexternal-index-number

一种整数

Pymol>selectidno，id23ernal-index-number

一种整数

Pymol>selectintid，index23sssssecondary-structure-type

代表该类构造单字母

Pymol>selectallstrs，ssh+s+l+""下表是另某些Selector，关于比较：Selector简写Identifier及例子bbcomparison-operatorb-factor-value

一种实数，用来比较b-factor

Pymol>selectfuzzy，b>12qqcomparison-operatoroccupancy-value

一种实数，用来比较occupancy

Pymol>selectlowcharges，q>0.5formal_parison-operatorformalcharge-value

一种整数，用来比较formalcharge

Pymol>selectdoubles，fc.=-1partial_parison-operatorpartialcharge-value

一种实数，用来比较partialcharge

Pymol>selecthicharges，pc.>-1此外有某些Selector是不需要Identifier，它们被列在下表中：Selector简写描述all*所有当前被Pymol加载原子nonenone什么也不选hydroh.所有当前被Pymol加载氢原子hetatmhet所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载原子visiblev.所有在被“可见”显示对象中原子presentpr.所有具备定义坐标原子在Identifier中用到原子以及氨基酸命名规则可以在下面网址中找到：

在选取表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logicaloperator）使用，这样咱们可以表达更加复杂选取。这些操作子被列于下表中：Operator简写效果与例子nots1！s1选取原子但不涉及s1中

Pymol>selectsidechains，！bbs1ands2s1&s2选取既在s1又在s2中原子

Pymol>selectfar_bb，bb&farfrm_tens1ors2s1|s2选取s1或者s2中原子（也就是包括所有s1和s2原子）

Pymol>selectall_prot，bb|sidechains1ins2s1ins2选取s1中那些原子，其identifiers(name，resi，resn，chain，segi)所有符合s2中相应原子

Pymol>selectsame_atom，peptinprots1likes2s1l.s2选取s1中那些原子，其identifiers(name，resi)符合s2中相应原子

Pymol>selectsimilar_atom，peptlikeprots1gapXs1gapX选取那些原子，其vanderWaals半径至少和s1vanderWaals半径相差X

Pymol>selectfarfrm_ten，resi10gap5s1aroundXs1a.X选取以s1中任何原子为中心，X为半径，所涉及所有原子

Pymol>selectnear_ten，resi10around5s1expandXs1e.X选取以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1扩展至该新范畴所包括所有原子

Pymol>selectnear_ten_x，near10expand3s1withinXofs2s1w.Xofs2选取以s2为中心，X为半径，并包括在s1中原子

Pymol>selectbbnearten，bbw.4ofresi10byress1br.s1把选取扩展到所有residue

Pymol>selectcomplete_res，br.bbnear10byobjects1bo.s1把选取扩展到所有object

Pymol>selectnear_obj，bo.near_resneighbors1nbr.s1选取直接和s1相连原子

Pymol>selectvicinos，nbr.resi10这些逻辑选取还可以组合使用。例如你想选取chainb，但是不选取其中residue88：Pymol>selectchainband(notresi88)在使用多重逻辑选取时，为了让Pymol对的解决顺序，请使用括号，这样最里层括号里面内容将会被最先解决，以此类推。好了，目的选取就先说到这里。其实关于目的选取尚有所谓“宏”可以用，可以简化表达式，准备下次说说。Pymol学习笔记（五）：Pymol选取宏上次详细讲了如何在Pymol中怎么用selection-expression选用目的，其实在某些状况下，还可以用Pymol提供宏来选取操作目的。使用这个选取宏往往可以是一种原本很复杂表达变得简朴紧凑。例如咱们想选取2vlo这个pdb文献中"chaina"中第100个基团α炭原子，如果用selection-expression来表达话是这样：Pymol>selectchainaandresi100andca如果用宏，可以这样：Pymol>selecta/100/ca是不是觉得简朴了诸多。好了，下面就来详细讲讲这个宏吧。

由于这个宏是用来选取目的，因此我称之为选取宏，它用斜杠"/"来定义Identifier，并且它使用上次简介过逻辑操作子"and"。

一种完整，按顺序选取宏表达如下：/object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identifier之因此说选取宏是有顺序，是由于Pymol就是靠顺序判断每个斜杠背面东东都是什么东东。

如果再细分一下话，其实这个选取宏有2种写法，一种是带开头斜杠，另一种是不带开头斜杠。区别是：如果不以斜杠开头，那么Pymol则以为你表达式最后一项就是选取宏末尾最后一项，也就是name-identifier。例如：Pymol>showlines，a/100/ca

Pymol>showlines，100/ca如过以斜杠开头，那么Pymol就以为你是从选取宏表达式顶端开始，也就是从/object-name开始。例如：Pymol>zoom/2vl0//a/100/ca

Pymol>zoom/2vl0//a/100细心读者必定发现了上面例子中有两道斜杠中间什么内容也没有，不会是写错了吧？固然不是，其实在这种状况下Pymol会默认选取这个两道斜杠中被省略Identifier列表中所有元素，也就是说被省略某些被Pymol当作了一种通配符。例如上例中我要选取所有"segment"，因此我就把它给省略不写了，呵呵，以便吧。

在举些例子来阐明一下：Pymol>colorgreen，a/142/斜杠背面"name-identifier"被省略了，因此第142号基团素有原子都会变成绿色。Pymol>shwocartoon，a//a斜杠背面"resi-identifier"以及最后斜杠背面"name-identifier"被省略了，因此整个a链将以cartoon方式被显示。Pymol>zoom/2vl0//b2个斜杠间"segi-identifier"被省略，因此所有b链将被放大。最后总结一下，Pymol选取宏必要至少包括一种斜杠"/"，以此来和Pymol"select-expression"区别；并且不能包括空格，由于Pymol是把宏作为一种词来读取；尚有就是其实Pymol在执行宏时候一方面是把它翻译成正常"select-expression"，然后再执行。Pymol学习笔记（六）：关于cartooncartoon经常被用来显示一种蛋白质总体构造，看起来也很美丽。这次就来说说它详细用法。

不久前本人刚搞定了一种Glucosyltransferase构造，所如下面所有例子都用来它来阐明。cartoon命令格式如下：Pymol>cartoontype，(selection)总结一下cartoon显示类型：automatic：默认显示方式

loop

tube：比loop粗点

putty：这个比较有趣，按照R-factor来显示，越高越粗

oval

rectangle

arrow：和rectangle几乎同样，就是多了个箭头

dumbbell：在oval基本上，在helix边沿加上一种cylinder

skip：隐藏，该图中隐藏了6－120号氨基酸。

下面说说如何设立cartoon某些详细细节。

比较下面2幅图：

你会发现第一张图中sheets是平，而当中那个氨基酸支链并没连接在sheet上，这是由于为了显示美丽，把sheet人为抹平了。而第二张图中sheets则表达了蛋白质真实走向，因此氨基酸支链也显示正常。也就是说，如果你想表达某个局部详细细节时候，最佳采用第二张图中显示方式。2张图相应命令分别是：Pymol>setcartoon_flat_sheets，1

Pymol>setcartoon_flat_sheets，0类似命令相应于loop，就不举例子了：Pymol>setcartoon_smooth_loops，1

Pymol>setcartoon_smooth_loops，0下面再说说cartoon尺寸。

Helix厚度和宽度：Pymol>setcartoon_oval_width，0.2

Pymol>setcartoon_oval_length，1.5sheet厚度和宽度：Pymol>setcartoon_rect_width，0.5

Pymol>setcartoon_rect_length，1.5loop半径：Pymol>setcartoon_loop_radius，0.2如果你设立了cartoon显示风格为fancyPymol>setcartoon_fancy_helices，1

Pymol>setcartoon_fancy_sheets，1这样你得到helix边上会带有一种很细cylinder，也就是上面几张图中显示方式。此时设立helix厚度，宽度，以及这个cylinder半径分别是：Pymol>setcartoon_dumbbell_width，0.1

Pymol>setcartoon_dumbbell_length，2

Pymol>setcartoon_dumbbell，0.2依此类推，还可以设立和putty，tube等等显示类型有关尺寸，就不一一类举了。最后再加几种还用着命令吧：上色：Pymol>setcartoon_color，green居然还可以refine，呵呵，逗号背面可以接数字，好像1－20都可以，数字越大优化越大，感觉确能变美丽点：Pymol>setcartoon_refine，20设立透明：Pymol>setcartoon_transparency，0.5关于cartoon尚有些命令，感觉不怎么惯用，有些我也不懂得是干什么。有兴趣再研究吧。Pymol学习笔记（七）：关于label在显示一种蛋白构造某个细节时候，经常会需要给某些重要氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。label命令格式如下：Pymol>label[selection，[expression]]selection固然就是你要加标签对象，expression就是标签内容，可选有：name，resn，resi，chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义一段内容，这时候只要把内容用引号包括起来就行：Pymol>labelselection，"user-definedexpression"在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucosebindingpocket标注出来：

一方面阐明一下，该pdb文献中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。Pymol>loadglucosyltransferase.pdb，tmp

Pymol>extractupg，chainb

Pymol>extractpro，chaina

Pymol>deletetmp

Pymol>selectnear，prowithin4.5ofupg

Pymol>hideall

Pymol>showsticks，upg

Pymol>showlines，near

Pymol>labelnear，("%s/%s")%(resn，resi)#("%s/%s")：设定显示格式。

上面图看起来有点乱，由于默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。

在这之前，让咱们先看一下关于label其她设立：投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label自身无投影），2（object有投影到label上，label也有投影），3（object不投影到label上，label自身有投影）：Pymol>setlabel_shadow_mode，3文字颜色：Pymol>setlabel_color，color-name，selection标签文字轮廓颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了也许：Pymol>setlabel_outline_color，[color-name，[selection]]字体，pymol内置了12种字体，编号从5－16。15号和16号字体是unicode：Pymol>setlabel_font_id，5字体大小，如果为正值，则单位就是正常px。你也可以用负值，则单位是Å：Pymol>setlabel_size，-0.5

Pymol>setlabel_size，4设立label位置，用下列命令可以设立label离默认位置三维偏移值，在需要给spheres加标签时候有用：Pymol>setlabel_position，(x,y,z)最后说说如何用单个字母标注氨基酸。

一方面在$HOME/.pymolrc中加入：#start$HOME/.pymolrcmodification

single={'VAL':'V'，'ILE':'I'，'LEU':'L'，'GLU':'E'，'GLN':'Q'，\

'ASP':'D'，'ASN':'N'，'HIS':'H'，'TRP':'W'，'PHE':'F'，'TYR':'Y'，\

'ARG':'R'，'LYS':'K'，'SER':'S'，'THR':'T'，'MET':'M'，'ALA':'A'，\

'GLY':'G'，'PRO':'P'，'CYS':'C'}

#endmodification用法，用single[resn]代替resn：Pymol>labeln.CGandi.230+246，single[resn]下面是改进过图片：

是不是看起来好多了，下面是详细代码，其中关于电子密度图设立请见下一节：Pymol>selectnear，resi139+229+230+233+246+499+519+520

Pymol>ascartoon，pro

Pymol>鼠标操作：显示nearsidechain

Pymol>set_colorgrey1，[224,224,224]

Pymol>setcartoon_color，grey1

Pymol>setcartoon_transparency，0.3

Pymol>setcartoon_fancy_helices，1

Pymol>labeln.CBandnear，("%s%s")%(single[resn]，resi)

Pymol>进入Editing模式，按住ctrl+鼠标右键移动label到适当位置

Pymol>setcartoon_transparency，0.3

Pymol>setlabel_font_id，13

Pymol>setlabel_size，26

Pymol>bg_colorwhite

Pymol>进入measurement模式测量咱们所需要距离

Pymol>setdash_length，0.015

Pymol>setdash_radius，0.015

Pymol>setdash_gap，0.6

Pymol>setdash_color，greyPymol学习笔记（八）：在pymol中导入电子密度图假设咱们已有了一种蛋白质pdb文献(protein.pdb)和mtz(protein.mtz)文献，这样咱们就可以用fft(FastFourierTransform)命令生成electrondensitymap，以便在pymol中导入。fft命令格式如下：fftHKLINprotein.mtzXYZINprotein.pdbMAPOUT2fofc.ccp4回车后进入fft环境，还需要指定某些参数：LABINF1=FWTPHI=PHWT

GRIDSAMPLE5

END上诉第2句“GRID...”用来指定生成电子密度图精细限度。默认值是3，表达生成“网格”大小是最大辨别率三分之一，以此类推