会计实务：土地增值税清算后发生成本可否扣除

土地增值税清算后发生成本可否扣除？加菲猫房地产开发公司分期开发房地产项目，在土地增值税清算时，遇到以下问题:

根据“分期开发，分期清算”的原则，企业进行土地增值税分期清算。第一期清算时，因部分成本费用发票未取得，该部分成本不能计入扣除项目金额，造成土地增值税清算应交税额偏大。当第二期清算时，已经收到了上述第一期的成本费用发票。

请问是否可以在进行第二期清算的时候，重新计算第一期应缴土地增值税（按照加入该部分成本的扣除项目金额），以重新计算后的第一期应缴土地增值税的减少额，抵减第二期的应缴土地增值税？或者是否可对第一期土地增值税单独申请退税？

诚然，以上问题具有普遍性，房地产开发有其特殊性，项目竣工开发商迟滞付款普遍存在，建筑商收不到工程款一般又拒绝开具发票，如果仅仅是企业所得税处理，房地产开发企业并不特别在意。发票取得早晚，均可能申报抵扣。

项目完工可按预提成本扣除。在项目完工年度企业所得税纳税申报时，根据《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）第三十二条：除以下几项预提（应付）费用外，计税成本均应为实际发生的成本。（一）出包工程未最终办理结算而未取得全额发票的，在证明资料充分的前提下，其发票不足金额可以预提，但最高不得超过合同总金额的10%。（二）公共配套设施尚未建造或尚未完工的，可按预算造价合理预提建造费用。此类公共配套设施必须符合已在售房合同、协议或广告、模型中明确承诺建造且不可撤销，或按照法律法规规定必须配套建造的条件。（三）应向政府上交但尚未上交的报批报建费用、物业完善费用可以按规定预提。物业完善费用是指按规定应由企业承担的物业管理基金、公建维修基金或其他专项基金。

取得发票年度也可扣除。国税发[2009]31号第三十四条规定：企业在结算计税成本时其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的，不得计入计税成本，待实际取得合法凭据时，再按规定计入计税成本。

应扣未扣事后还可调整。《国家税务总局关于企业所得税应纳税所得额若干税务处理问题的公告》（国家税务总局2012年第15号公告）第六条关于以前年度发生应扣未扣支出的税务处理问题明确，根据《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定，对企业发现以前年度实际发生的、按照税收规定应在企业所得税前扣除而未扣除或者少扣除的支出，企业做出专项申报及说明后，准予追补至该项目发生年度计算扣除，但追补确认期限不得超过5年。企业由于上述原因多缴的企业所得税税款，可以在追补确认年度企业所得税应纳税款中抵扣，不足抵扣的，可以向以后年度递延抵扣或申请退税。亏损企业追补确认以前年度未在企业所得税前扣除的支出，或盈利企业经过追补确认后出现亏损的，应首先调整该项支出所属年度的亏损额，然后再按照弥补亏损的原则计算以后年度多缴的企业所得税款，并按前款规定处理。这里强调的“准予追补至该项目发生年度计算扣除”体现了政策的严谨和灵活。

土地增值税清算却非如此，根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算时计算与清算项目有关的扣除项目金额，应根据土地增值税暂行条例第六条及其实施细则第七条的规定执行。除另有规定外，扣除取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、费用及与转让房地产有关税金，须提供合法有效凭证；不能提供合法有效凭证的，不予扣除。”未取得合法凭证的支出不得作为扣除项目。且特别规定：“房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。”这就会造成成本费用没有在清算时及时取得有效凭据的纳税人面临可扣除项目不完整的情况，相应就会多缴税款。且以后即便取得成本费用有效凭证，也难以土地增值税进行二次清算扣除。从目前有效文件看，对于房地产开发企业在清算完毕后取得扣除项目合法凭证土地增值税事项，国家税务总局无没有明确文件规定可以补充扣除。

那么企业将损失此权益吗？依据《中华人民共和国税收征管法》第五十一条规定：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还；涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。”《国家税务总局关于纳税人权利与义务的公告》（国家税务总局公告2009年第1号）：“七、申请退还多缴税款权。对您超过应纳税额缴纳的税款，我们发现后，将自发现之日起10日内办理退还手续；如您自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向我们要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息。我们将自接到您退还申请之日起30日内查实并办理退还手续，涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。”尽管如此，但是企业能够有效实施追补抵扣的情形鲜见，国家税务总局关于土地增值税清算后取得发票没有明确处理规定，目前能有所借鉴参考的政策只能从地方文件中寻找依据，例如，《关于印发〈青岛市地方税务局房地产开发项目土地增值税税款清算管理暂行办法〉的通知》（青地税发[2008]100号）第三十四条规定：主管税务机关出具土地增值税清算税款结论后，开发企业有下列情形之一的，需按规定向主管税务机关进行申报，经主管税务机关审核属实的，补充和完善税务机关清算结论，并按规定办理税款缴纳或退还手续：（一）已清算完毕的开发项目又发生成本、费用的；（二）纳税人取得清算时尚未取得的扣除项目相关凭证的；（三）主管税务机关认为应调整清算结论的其他情况。

《湖北省地方税务局关于进一步规范土地增值税征管工作的若干意见》（鄂地税发〔2013〕44号）第九条关于房地产开发项目土地增值税二次清算问题明确：纳税人达到清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但必须是所有成本、费用均已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额，二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算。

假如加菲猫公司与当地主管税务机关沟通融洽，可以参照青岛市、湖北省地方税务局规定，在项目清算后取得清算时尚未取得的扣除项目相关凭证的，经主管税务机关审核属实的，可以补充和完善项目清算结论，那么仍旧可以办理抵税或退税。

综上所述，实务中土地增值税清算是否可参照企业所得税有关政策允许事后调整，尚有待于各地税务机关进一步明确。