生物信息学数据库-遵义医学院珠海校区

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著名的生物信息学中心参见教材p227--p242NCBI数据库组织一、NCBI中的生物信息数据库

1）、PubMed：生物医学文献数据库2）、Nucleotide：核酸序列数据库3）、Proteinsequencedatabase：蛋白质序列数据库4）、Senome：大分子三维结构数据库5）、Genome：完整的基因组数据6）、PopSet：人口研究数据集7）、OMIM：人类孟德尔遗传数据库8）、Taxonomy：

Genbank中的物种分类学数据库9）、Structure：分子结构数据库10）、SNP：单核苷酸多肽性数据库11）、Books：在线生物医学图书所有数据库例：在Nucleotide核酸数据库中检索牛冠状病毒的序列信息。牛冠状病毒bovinecoronavirusNucleotide核苷酸数据库bovinecoronavirus本库利用本库工具其它资源核苷酸数据库序列来源于GenBank中的RefSeq，TPA和PDB。基因组，基因和转录本序列数据为生物医学研究和发现的基础。牛冠状病毒全基因组结果分类按数量多少列出的生物类别序列存储号存储号、定义、入口、版本、来源等详细描述不同库的显示格式FASTA格式显示全序列Graphics格式DisplaySetting

显示格式Sendto保存格式二、序列相似性搜索工具是用来查找序列之间的同源序列的工具，可以明确序列之间相似性的大小。BLAST：美国NCBI（国家生物技术信息中心）支持。

FASTA：是英国EBI（生物信息研究所）负责维护。BLAST：碱基局部对准检索工具

BasicLoculAlignmentSearchTool

可进行核苷酸序列、蛋白质序列方面的同源性分析，能在8秒内在整个DNA数据库中进行序列比较。入口不同项目的检索最近检索结果检索策略保存帮助检索物种分类在核苷酸数据库中检索核苷序列在蛋白质数据库中检索蛋白质序列用翻译的核苷酸序列在蛋白质数据库中检索用蛋白质序列在翻译的核苷酸数据库中检索用翻译过来的核苷在核苷翻译库中检索用法学习检索方法例：对“人胰岛素cDNA序列”进行相似性分析步骤：先检索出cDNA核苷酸序列用FASTA格式显示将FASTA格式全选后粘贴于BLAST检索框中选择分析用的数据库点击BLAST进行比较序列存贮号描述说明序列检索框：用来粘贴FASTA格式可限定对比起始位置，长度人类基因库老鼠基因库其他数据库粘贴FASTA格式比较结果页面彩色积分图序列相似描述存贮号检索范围积分描述E值统计链接序列对准描述相似率为100%三、基因组数据库1、Genome：可获得800多种生物体的基因组数据，部分已完成测序。2、人类基因组资源： humangenomeresources

整合了多种相关的分子生物学数据库和公共分析软件，为科研人员提供了自动化的实验数据获得、加工和整理途径，为基因区域的预测和基因功能预测提供了一系列便捷的方法。入口1入口2检索框空白使用帮助扩展资源本库工具其他资源常用资源注释和分析四、OMIM孟德尔人类遗传学数据库OMIM：OnlineMendelianInheritanceinMan此库是关于人类基因和遗传性疾病的数据库，适合关注遗传疾病的医生和科研人员检索框空白，不填入任何内容diabetes顺序号中第1位数字表示所涉及基因的遗传类型：1：常染色体显性（1994.5.15前创建）2：常染色体隐性（1994.5.15前创建）3：X连锁基因座或表现型4：Y连锁基因座或表现型5：线粒体基因座或表现型6：常染色体基因座或表现型（1994.5.15后创建的条目）题名顺序号等位基因的变化原文参考文献临床症状基因图异常投稿者顺序号前缀的含义结果记录只包含条目创建时间条目最后修正时间此页为早期页面，但较好地解释了各种前缀的含义等结果原文基因图位置五、Taxonomy---分类学即生物学门类数据库，可以按生物学门类进行检索或浏览其核苷酸序列、蛋白质序列、结构等。

Taxonomy入库二Taxonomy入口一本库工具其他资源使用帮助检索方法1、分类浏览

Taxonomybrowser最高级类目名称Browser浏览常用分子生物研究检索区分类古生物细菌真核生物类病毒病毒未分类物种其他系统默认3级分类级别点击进入显示该物种在这些数据库中的文献量存储序号类别基因码同义词类别在Taxonomy数据库中的文献作者链接，点击进入pubmed检索方法2、关键词查询输入生物体名称或生物门类，如hepatitisbvirus或proifera完整名称通配符模糊检索口语中的名称分类序号检索方法3、直接用生物体名称列表查询点击下列名称，直接检索具体生物体的树状结构六、Structure

也称大分子三维数据库(MMDB)，包含来自X线晶体学和三维结构的实验数据。MMDB的数据从蛋白质数据库PDB(ProteinDataBank)获得。对结构的阐述较PDB详细，更多的是比较结构的相似性及亲缘关系。Structure本库工具其他资源使用帮助等Cn3d阅读器Install安装方法一Windows安装方法二Tutorial学习指南DownloadCn3d方法三下半页点击下载、安装检索方法1、关键词检索直接输入检索的蛋白质名称，然后GO2、登记号检索前提是已经知道PDB或MMDB的登记号例:检索PTEN的结构图名称3D结构图，点击直接下载在MMDB、PDB中的登记号PDB:Prot