分子试验学习总结

本文格式为Word版，下载可任意编辑——分子试验学习总结DNAstar：序列拼接MEGA：分析碱基组成CLUSTAL：序列比对PAUP：跑树DABE：饱和性分析

总思路：序列拼接-比对-

四、下载序列的方法

开启.Fasta格式的序列-Fileexport-sequancealignment-保存在NCBI上找到相应的序列方法：

SearchNucleotidefor文章的genibank序列号-reports-复制序列到txt文件中，删除没用的东西，只留下序列和学名。保存成txt文件后，开启Editseq-将,txt序列复制到其中-save保存为seq格式

五、将拼接序列翻译成蛋白质方法

开启拼接的序列-全选中-Goodies-translateDNA2、如何计算碱基含量比值、答：MEGA-NucleotideComposition

六、DAMBE序列饱和性分析

序列的饱和性分析在DAMBE程序中，以转换、颠换数为纵轴，以TN93模型（TamuraandNei,1993）校正的距离为横轴做散点图。假使这些点随序列间分歧增大呈线性分布就说明序列间替换没有达到饱和，序列可以用于后续的系统发育分析。DAMBE还长用在单倍型的归纳、基因频率和碱基组成分析、遗传距离计算、序列排序、

5.2.2碱基替换饱和效应的检验

当核苷酸序列分歧较小时，序列之间被观测到的核苷酸差异数接近实际替换数。假使序列分歧较大，DNA序列的变异可能会受到饱和效应的影响，这时观测到的碱基差异可能包含了部分进化杂音。一般说来，碱基转换发生的频率高于颠换，但是随物种分歧程度的增加，转换/颠换的比率接近或小于1，说明转换可能已经趋于饱和并可能成为进化杂音，所以转换和颠换发生的频率与序列间分歧度的关系就可以反映出碱基替换是否受饱和效应的影响。在着手构建分子系统树前，为了排除这种进化杂音获取正确的进化信息，必需对目的片段的碱基替换是否受到饱和效应的影响进行检验。

用DAMBE（Xia，2000）分别对四个mtDNA片段的碱基替换模式进行检测，以此估计所研究mtDNA片段的碱基替换是否受到饱和效应的影响。

开启DAMBE-FILE-Openstandardsequencefile-类型unknown-开启

proteincoding

and

nuc.seq-invMtdna-trains-table

versis

advance

–go-graphics-trainsitiontranversion

–tn93-g0-graphstyle-curveonly-保存.bmp

问题

1、如何计算密码子的不同位上碱基变化，转换颠换比值2、如何进行序列的饱和性分析

序列的饱和性分析在DAMBE程序中，以转换、颠换数为纵轴，以TN93模型（Tamuraend;beginpaup;logfile=coimp;setmaxtrees=1000;setcriterion=parsimony;

hsearchaddseq=randomnreps=1000;showtrees;

describetrees1/plot=phylogrambrlens=yes;savetreesfile=coi(mp).treroot=yesbrlens=yes;contreeall/file=coi.tre;

pscoreall/CI=yesRI=yesRC=yes;bootstrap

nreps=1000

search=heuristic/addseq=randomnreps=100;

savetreesfile=coi(mpb).treroot=y