生物统计学研究示例与复习

2012.12.31生物统计学研究示例与复习2研究示例香港特区人群癌症发病数据3年份男性女性总计发病数发病率发病数发病率发病数发病率1997642.319.846395.012.1391037.315.981998657.620.234411.512.4931069.116.341999674.120.645423.612.6761097.716.622000694.321.190427.912.6281122.216.842001710.021.630430.612.5461140.616.992002715.521.811450.312.9981165.817.292003715.621.954435.412.5411151.017.102004718.321.985460.813.1031179.117.382005749.722.966481.313.5611231.018.072006738.622.593470.713.2201209.317.64各种癌症发病数据统计41997199819992000200120022003200420052006平均排次鼻咽癌425439371380380407366377399358390.26食管癌397354366399364356358331364359364.87胃癌646656699652683620680659635635656.54结直肠癌12401309132913511416155115371538161416281451.32肝癌12641336142014241424138114121417150614621404.63胰腺癌270290323300326377338368394397338.38肺癌29683091316833263269338334033528368635313335.31前列腺癌146137219187219205209241231285207.911非何杰金氏淋巴瘤263249257301305275285286292319283.29白血病241258237230252256236249271254248.410乳腺癌379380399400393427434460464465420.15子宫颈癌144145159128128121106128126133131.812卵巢癌12110413012012613813614213713612913各年龄段发病率统计51997-20012002-2006总计0-1920-4445-6465+0-1920-4445-6465+0-1920-4445-6465+鼻咽癌144110045490342955610178319591159食管癌0486501181036539119208411892373胃癌0237814228511847542290142115684575结直肠癌6328142248881292173358417620315510729肝癌1858525823683114602469423829104550517921胰腺癌2533801074054515130521078952379肺癌048736751166014593921131471946759624807前列腺癌016384401751095021381939非何杰金淋巴瘤1915731988012113351981312706701861白血病94241272611631833386821574246101293乳腺癌03697618210342991917071117521738子宫颈癌0992273780831953360182422714卵巢癌1782422813782753334156517614研究思路和方法提出问题拟解决什么关键问题问题的初步分析采取的基本研究方法研究问题的流程6数据初步展示7数据初步展示8提出问题研究癌症发病的地域性统计特征9拟解决的关键问题探究癌症的发病趋势和各种癌症间临床关联性的内在规律10研究目标为区域癌症预防提供理论依据11问题的初步分析变量分类，建立各变量与发病率的关系癌症类型（肺癌、肝癌等）性别（男、女）年龄分组（组1，0-30岁；组2，30-50岁；组3，50岁以上）时间分段（5年为分段单位）12基本研究方法Cox-Staurt趋势检验卡方检验相关分析和相互关系网络Joinpoint

回归分析和预测参考文献WenchuanXie,ManhimChan,KeichoiMak,WaitinChan,MiaoHe.Trendsintheincidenceof15commoncancersinHongKong,1983-2008.AsianPacificJournalofCancerPrevention,2012,13,1-6DOI:/10.7314/APJCP.2091113研究流程数据展示趋势分析肿瘤类别性别趋势规律年龄相关分析肿瘤间性别内关系网络时间段回归预测临床规律14初步研究结果：趋势分析15恶性肿瘤S+S-p值鼻咽癌320.5食管癌410.1857胃癌410.1857结直肠癌050.0312肝癌140.1857胰腺癌050.0312肺癌050.0312前列腺癌050.0312非何杰金(氏)淋巴瘤140.1857白血病140.1857乳腺癌050.0312子宫颈癌410.1857卵巢癌050.0312全恶性肿瘤050.0312男女各年龄段发病Cox-Stuart检验与Joinpoint回归分析16MaleFemale0-2930-4950+0-2930-4950+S+/S-APCS+/S-APCS+/S-APCS+/S-APCS+/S-APCS+/S-APCLung\\5/80.280/13**1.5*\\0/13**3.05*0/13**1.28*Liver\\6/70.310/13**1.44*\\6/70.331/12**1.55*Colon\\3/10*1.74*0/13**4.29*\\1/12**3.08*0/13**3.5*Stomach\\6/6-0.110/13**0.75*\\2/10**1.52*0/13**0.56*Rectum\\0/13**3.32*0/13**5.3*\\0/13**4.33*0/13**3.76*Thyroid\\0/13**4.65*0/13**4.66*3/90.820/13**5.82*0/13**3.82*Nasopharynx12/0**-4.32*8/50.48*12/1**-0.61*\\5/80.0611/2**-0.9*Oesophagus\\12/1**-2.43*13/0**-1.12*\\\\11/2**-0.8*Pancreas\\1/12**3.42*0/13**3.67*\\\\0/13**3.49*Leukaemia12/1**-3.45*3/91.27*0/13**2.77*12/1**-2.88*3/10*1.66*1/12**2.44*NHL13/0**-3.58*3/10*0.99*0/13**3.3*\\1/12**2.59*0/13**3.09*Bladder\\9/3-1.315/80.23\\\\9/4-0.84*Prostate\\\\0/13**10.06*\\\\\\Breast\\\\\\\\0/13**6.34*0/13**4.59*Cervix\\\\\\\\3/10*0.3613/0**-1.9*Corpusuteri\\\\\\\\0/13**6.75*0/13**5.41*Ovary\\\\\\1/12**2.8*0/13**6.04*0/13**2.51*年龄段内癌症发病的性别差异t检验17T

test0-2930-4950+Lung0.89914.975**20.597**Liver6.557**38.181**26.395**Colon1.6030.6301.421Stomach-2.376*3.265**26.651**Rectum0.8432.874**3.504**Thyroid-19.696**-9.007**-9.319**Nasopharynx4.829**22.999**41.490**Oesophagus-0.22414.959**36.558**Pancreas0.4504.671**2.128*Leukaemia3.776**3.183**3.144**NHL4.422**3.356**3.725**Bladder1.17910.551**23.501**性别对癌症类型18男女χ2p性比鼻咽癌302.188.1117.42603.429食管癌296.268.6141.17504.318胃癌404.2252.335.2201.602结直肠癌809642.319.22101.260肝癌1066.4339.2376.17703.143胰腺癌184.7153.62.8350.0921.202肺癌2263.71071.6425.91802.112非何杰金(氏)淋巴瘤164.4118.87.1550.0071.384白血病136.9111.52.510.1131.228相关分析19BreastLungColonCervixRectumStomachLiverCorpusuteriOvaryThyroidSpearman'srhoBreastCor1.000-.921**.022-.930**.396*-.923**-.765**.932**.760**.593**Sig...000.913.000.045.000.000.000.000.001N26262626262626262626LungCor-.921**1.000.048.943**-.347.946**.801**-.837**-.742**-.578**Sig..000..817.000.083.000.000.000.000.002N26262626262626262626ColonCor.022.0481.000-.007-.272.001.052-.033-.098.253Sig..913.817..972.178.995.801.871.633.212N26262626262626262626CervixCor-.930**.943**-.0071.000-.311.967**.831**-.868**-.756**-.668**Sig..000.000.972..122.000.000.000.000.000N26262626262626262626RectumCor.396*-.347-.272-.3111.000-.302-.193.344.243.096Sig..045.083.178.122..134.345.085.232.641N26262626262626262626StomachCor-.923**.946**.001.967**-.3021.000.799**-.857**-.708**-.680**Sig..000.000.995.000.134..000.000.000.000N26262626262626262626LiverCo-.765**.801**.052.831**-.193.799**1.000-.780**-.746**-.569**Sig..000.000.801.000.345.000..000.000.002N26262626262626262626CorpusuteriCor.932**-.837**-.033-.868**.344-.857**-.780**1.000.761**.590**Sig..000.000.871.000.085.000.000..000.002N26262626262626262626OvaryCor.760**-.742**-.098-.756**.243-.708**-.746**.761**1.000.498**Sig..000.000.633.000.232.000.000.000..010N26262626262626262626ThyroidCo.593**-.578**.253-.668**.096-.680**-.569**.590**.498**1.000Sig..001.002.212.000.641.000.002.002.010.N26262626262626262626相关关系网20相关关系网21相关关系网22癌症相关性分析23AgeMaleFemalePositiveCorrelationNegativeCorrelationPositiveCorrelationNegativeCorrelation0-29BladderColonLeukaemiaLiverLungNasopharynxNHLPancreasProstateRectumStomach\BladderColonLeukaemiaLiverLungNasopharynxNHLOesophagusRectumStomachLeukaemiaLiverNasopharynxOvaryStomach30-49ColonLiverNasopharynxOesophagusPancreasRectumThyroidLeukaemiaOesophagusPancreasThyroidBreastCervixColonCorpusuteriLeukaemiaLiverLung，NHL，Ovary，PancreasRectum，Stomach，ThyroidBreastCorpusuteriLungOesophagusOvary50+ColonLeukaaemiaLiverLungNasopharynxNHLOesophagusPancreasProstateRectumStomachThyroidColonLeukaemiaLiverLungNasopharynxNHLOesophagusPancreasProstateRectumStomachBreastCervixColonCorpusuteriLeukaemiaLiverLungNasopharynxNHLOesophagusOvaryPancreasRectumStomachThyroidBladderBreastCervixCorpusuteriLeukaemiaLiverLungNasopharynxNHLOesophagusOvaryPancreasRectumStomachThyroid24考试复习生物统计学主要教学内容统计数据的收集与整理样本统计量的抽样分布统计假设检验、参数估计离散型随机变量的χ2检验单因素方差分析、双因素方差分析一元回归聚类分析研究示例剖析25生物统计学教学目标掌握一系列生物统计学的基本概念掌握单变量或单因子的统计分析、一元回归和系统分析的原理初步掌握聚类分析的原理和方法掌握统计学一般原理和方法在生物学中的应用26助教及联系方式胡斌

电话：186

8893

0500

邮箱：husanbo@

专业：动物学，2011级博士研究生

27论文形式：研究或综述小论文。论文选题范围如下：食品添加剂中西应用标准比较。区域癌症、艾滋病、结核病、地中海贫血症统计分析。设计特定人群幸福感调查问卷，构建统计指标。模式生物基因组数据的统计分析。综述生命科学和医学研究中的各种统计指标。中国生物、环境、医学类网络数据源开放度和可用度调查与评估。转基因与食品安全调查、分析。课程论文形式和选题28协作研究和评分准则课程论文鼓励协作完成。论文写作小组可以由2-3个同学组成。论文题目可以结合自身理解具体化。评分标准：研究思路、方案；数据获取、整理方式，分析和计算方法的新颖性；论文的排版与格式标准化程度。29考核方式课程论文1篇，占总成绩的25%平时考勤、作业和小测验，占总成绩的25%期末闭卷考试，占总成绩的50%30考试题型名词解释（5）15分简答题（2）30分计算题（3）55分311名词解释概率与概率分析相关概念样本统计量的抽样分布相关概念假设检验、参数估计相关概念（例如独立样本、配对样本、Aspin-Welch检验法、方差齐性检验）ANOVA，LSD法，随机误差和系统误差，因素和水平相关和回归分析及与之关联的概念聚类分析相关概念32例子：统计学中的几个主要术语总体(Population)所关心的所有元素的集合样本(Sample)总体的一部分参数(Parameter)总体的数字特征统计量(Statistic)样本的概括性测度值332简答题统计数据的如何收集与整理？点估计的常见方法及应用如何区分假设检验问题？介绍2种以上多重比较方法分子生物学方差分析的作用和意义？数据缺失如何处理？为何要进行数据的变换？相关系数的其它计算形式Stata的背景和功能，操作特点和心得聚类分析步骤34拓展：重要生物统计期刊StatisticalApplicationsinGeneticsandMolecularBiologyTheInternationalJournalofBiostatisticsBiostatisticsJournalofComputationalBiologyStatisticalMethodsinMedicalResearchBiometrikaJournalofAgricultural,Biological,andEnvironmentalStatistics35以下科学家在统计学领域的贡献JohannGregorMendel

1822-1884PierreSimonLaplace

1749-1827ThomasRobertMalthus

1766-1834FriedrichGauss

1777-1855LeonhardEule