基因组拷贝数变异课件

基因组拷贝数变异基因组拷贝数变异基因组拷贝数变异拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV)

是由基因组发生重排而导致的,一般指长度1kb以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的缺失和重复。2020/12/11拷贝数变异(Copynumbervariation,CNV)

是由基因组发生重排而导致的,一般指长度1kb以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少,主要表现为亚显微水平的缺失和重复。2023/12/4正常人类基因组构成成分是成对存在，即2份拷贝

当基因组片段出现缺失或重复时，导致CNV2023/12/4CNV领域的奠基之作《自然·遗传学》：在人类基因组上发现大尺度变异《科学》：

人类基因组上的大尺度拷贝数多态2023/12/4基因组拷贝数多态和结构多态Zhangetal.(2009)Annu.Rev.GenomicsHum,Genet2023/12/42023/12/4致病性2023/12/42023/12/4非等位同源重组(NAHR)主要发生在减数分裂中,可导致重复、缺失和倒位非同源末端连接(NHEJ)

产生一些结构简单的CNV复制叉停滞和模板转换(FosTes)产生含复杂结构的CNVCNV突变机理2023/12/42023/12/4基因组技术的分辨率Gbanding[>4Mb]FISH[40to250Kbperclone]2023/12/4TSC2：c.1221C>ATSC2：c.5238-5255delTSC2：c.5121insATSC2：c.2071delCDNAsequencing[1bp]2023/12/4全基因组规模的CNV分析平台Nextgenerationsequencing2023/12/4SNParray技术平台的实际应用

对不明原因智力障碍/生长发育迟缓患者行全基因组拷贝数变异分析2023/12/4

智力障碍：又称为精神发育迟滞（MentalRetardation，MR），是一组以18周岁前起病、认识功能障碍（IQ小于70）、社会适应能力缺陷为特征的疾病。MR群体发病率约为1-3%。MR患者在学龄前（5岁前）常表现为语言、运动发育迟滞，故亦称之为生长发育迟缓（DevelopmentDelay，DD）MR/DD的病因复杂，主要包括环境致畸致愚因素、围产期缺氧窒息和遗传因素。其中遗传因素约占2/3。目前只有一半的患者能够明确病因诊断。

2023/12/4※用SNParray芯片行全基因组拷贝数变异检测

※IlluminaSetrix®BeadChip

研究方法※CNV分析软件：cnvPartition（Illumina提供）2023/12/4IlluminaInfinium实验流程（）2023/12/4拷贝数变异（CNVs)是否致病判断流程

（参考KoolenDA，2009）

2023/12/4完成基因芯片检测情况目前已通过IlluminaBeadArray系统共完成426例智力障碍/生长发育迟缓患者的全基因组拷贝数变异检测；85例确诊为致病性CNVs，阳性率19.9%；50例pCNVs已完成来源的验证,其中：缺失型pCNVs大小0.62~18.5Mb，平均4.9Mb；重复型pCNVs大小1.3~38Mb，平均9.5Mb。2023/12/4结果--患者诊断为已知综合征的类型包括22q11.21微缺失综合征22q11.21微重复综合征Pallister-Killian综合征1q21.1微重复综合征9p-综合征睑裂狭小-上睑下垂-倒转型內眦赘皮综合征Prader-Willi综合征Greig头-并指（趾）多指（趾）综合征1p36单体综合征Williams-Beuren综合征先天性颅锁骨发育不全2023/12/4睑裂狭小-上睑下垂-倒转型內眦赘皮综合征A示3q22.2-q23缺失约4.2Mb；B示患者并趾畸形、面部畸形特征（包括小头、上睑下垂、睑裂狭小、倒转型內眦赘皮、低位耳、鼻梁低平、人中长、小嘴）；

C、D、E分别为患者及其父亲、母亲FISH分析结果图，目的探针RP11-79L9

，对照探针RP11-636D10

，可见患者间期核和中期染色体均缺失一个红色信号。2023/12/4Greig头-并指（趾）多指（趾）综合征A示7p14.1-p14.3缺失约10Mb；B示患者脚部并趾多趾畸形及面部畸形特征（前额窄、额嵴、眼距宽、內眦赘皮、眼裂上斜、缩下颌）；C、D、E分别为患者及其父亲、母亲FISH分析结果图，目的探针RP11-121A8

，对照探针RP11-1005L7

，可见患者中期染色体缺失一个橙色信号2023/12/4Williams-Beuren综合征

A示7q11.23缺失约1.4M；B示患者面部畸形特征（长脸、额头高、眼裂下斜、球状鼻尖、厚嘴唇）；C、D、E分别