二代测序技术在原发灶不明肿瘤诊疗中的研究进展2023

二代测序技术在原发灶不明肿瘤诊疗中的研究进展2023原发灶不明肿瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一类罕见且预后不良的恶性肿瘤，分析和寻找原发灶、组织类 (next-generationsequencing,NGS)可以利用肿瘤组织或外周血标本从基因层面对这类患者进行检测以指导诊断与治疗，延长患者生存期，前言原发灶不明肿瘤(cancerofunknownprimary,CUP)是一类相对罕见CUP患者由于原发灶不明确，通常只能接受含铂/紫预后较差，生存期较短，中位总生存期<1年[1-3],所以积极寻找原发部位、研究组织类型或分子免疫特征对改善患者的预代测序(next-generationsequencing,NGS)也称高通量测序，是目的建议，NGS可以帮助50.9%的CUP患者找到原发灶[4],并可检测出具有临床指导意义的基因改变[5],包括靶向治疗靶点和免疫治疗生物标记本，优先使用手术切除样本，也可选择活检疗后的样本，进而寻找治疗后新出现的耐药突变。获取或组织样本质控不合格时，体液样本，尤其是外周血循环肿瘤DNA (circulatingtumorDNA可反复取材等优势[6],但受正常细胞胚干扰，也会导致假阳性结果[7-8],假阳性率<1%[9]。02、NGS在CUP诊疗中的意义2.1组织溯源，明确诊断发灶。日本研究团队的一项前瞻性、多中心、招募了111例CUP患者，基于NGS的RNA和DNA图谱分析预测出15个肿瘤原发部位，其中最常见的是肺癌(21.6%)、肝癌(15.5%)、肾癌(15.5%)、结直肠癌(12.4%),这与既往尸检分析的结果类似[11]。Schipper等[12]基于全基因组测序设计了一种预测算法,在CUP队列中，Mo等[13]报道了1例原发灶不明同时伴乳腺、肺、胃和卵巢多发性肿瘤kinase,EML4-ALK)重排，该基因改变在非小细胞肺癌中较常见，综合免疫组织化学及NGS结果考虑原发灶为肺。Yu等[14]报道了1例胸骨后人表皮生长因子受体2(receptortyrosine-proteinkinase2,ERBB2)扩增，协助临床找到原发灶为乳腺。本中心也报道了1例影像学和常规组[15]。综上所述，NGS的组织溯源作用主要表现在以下几个方面：1)当影像及组织病理学同时发现多处肿瘤病灶，无法明确原发病灶时；2)当影像及组织病理学只发现一处病灶，无法明确原发病灶时；3)当患者在肿瘤病史(包括单原发或多原发)基础上出现新的病灶，无法明确为转移2.2揭示分子特征，指导个体化治疗NGS技术对一定数量的癌症相关基因编码区进行大规模基因组测序来分析存在的基因组改变以指导临床治疗，这些基因组本进行NGS检测，发现169例(85%)检测到一个或多个潜在可靶向治疗的基因变异，在原发灶不明的腺癌中有72%的CUP患者存在临床上常见的酪氨酸激酶信号通路上的基因变异，其物(Kirstenrat期依赖性激酶抑制因子2A(cyclin-dependentkinaseinhibitor2A,MYC)富含AT的相互作用域1A基因(AT-richinteractiondomain1A,Varghese等[18]对150例CUP患者进行NGS检测，结果显示137例(91%)至少检测到一种基因改变，45例(30%)具有靶向治疗的基因过性毒菌致癌同源体B1(V-rafmurinesarcomaviraloncogenehomologB1,BRAF)V600E突变和转染重排原癌基因(rearranged为12%,二线接受NTRK抑制剂无进展生存期可达9个月[21]。Ricco等[22]报道了1例原发灶不明的大细胞神经内分泌癌的患者，NGS检测出BRAFV600E突变，化疗进展后使用达拉非尼联合曲美替尼治疗达到部分缓解，并通过检测cfDNA中BRAFV600E的表达中的发生率为0.7%[23-24]。LIBRETTO-001研究纳入41例RET融合阳性CUP患者进行疗效分析发现，总体客观缓解率为44%,缓解持续时间为24.5个月，其中CUP患者对塞普替尼的治疗也有客观反应[25-26]。2.2.2基于肿瘤突变负荷、程序性细胞死亡-配体1、微卫星不稳定状态的免疫治疗度不稳定(microsatelliteinstabilityhigh,MSI-H)及程序性细胞死亡-配体1(programmedcelldeath-ligand1,PD-L1)高表达已经被批准的组织来源。2017年美国临床肿瘤学会(ASCO)会议上报道了一项研究，对6116例CUP标本进行测序，其中10.1%的CUP存在TMB-H(≥20mut/Mb),1.6%的CUP存在MSI-例。Haratani等[28]通过免疫组化和免疫相关基因表达谱检测确定92例现CUP患者的免疫特征与免疫检查点抑制剂反应性实体瘤相似表明CUP开放标签Ⅱ期研究结果显示[29],既往接受过化疗的CUP患者的中位总生存时间为15.9个月，且在PD-L1高表达、TMB-H及MSI-H的亚组中疗也因此于2021年底在日本获批用于治疗CUP。NCCN指南推荐对于基因的CUP患者，可以选择帕博利珠单抗治疗。患者中，NGS未检测出特殊靶点，但PD-L1肿瘤比例评分为80%,TMB16.7mut/Mb,在以免疫治疗为主的综合治疗后获得了40个月以上的生瘤的全貌，时间异质性会导致一次检测无法实时监以及耐药。外周血NGS检测既能克服肿映患者的肿瘤分子特征[31],也可在治疗不同阶段多次送检，克服肿瘤时间异质性。Zhao等[32]报道了1例对化疗不耐受的CUP病例，胸壁、肝耐药突变，更换布加替尼疗效显著。提示ctNDA在肿瘤获得性耐药机制也扮演着重要角色。Jia等[19]报道了1例使少，提示治疗有效。在胃肠胰起源或原发灶不明的神经内分泌癌中NGSNGS检测具有所需DNA样本量较高、操作流程复杂、检测周期长(3~10d出报告)、费用相对较高等缺点，但与免疫组织化学、聚合酶链式反关分子标志物，提供全面的基因变异数据，帮助CUP患者明确