生物校本课程及生物信息学复习题

屏南一中生物校本课程第一节常见校园植物的鉴别技巧一、教学目标1、初步掌握常见校园植物的鉴别技巧，如检索表的使用等内容。2、通过对校园植物的认识，让学生亲近自然，提高学生热爱自然、热四、学习材料与用具检索表等五、方法与步骤

本节课以理论学习为主，主要介绍校园植物的鉴别技巧。1．抓住主要分类依据，采用层层缩小的方法提高识别能力。当我们采到一种不认识的植物时，首先要观察它的全部特征，然后根据观察到的特征，运用已学过的各个类群的主要分类依据，采用层层缩小的方法，去鉴别这种植物到底应属于哪一科、哪一属的植物。如果见到这种植物具有真正的花（形成果实），那可肯定是属于被子植物；如果这种植物具有羽状或网状叶脉，花的基数又是4-5数、直根系，那它不可能是单子叶植物，而是一种双子叶植物。其次，可观察该种植物的营养体和花、果的特征，如果我们看到的这种植物是一种具有卷须的草质藤本植物，而且卷须是侧生于叶柄基部或叶腋、单性花、子房下位、侧膜胎座、瓠果等特征，就可确定它是属于葫芦科的植物了。要是看到的那种植物，是一种具有卷须的木质或草质藤本植物，卷须与叶对生，两性花，雄蕊对着花瓣，浆果等特征的话，那么这种植物就不是葫芦科的植物，而是属于葡萄科的植物了2．使用倒查检索表的方法提高识别能力运用植物检索表来鉴定植物，是提高我们识别科、属、种能力的最有效的方法。在这里，给大家介绍一种特别的方法——倒查书本和检索表。具体方法是：先通过索引找到描述该植物形态特征及其插图的页次，仔细阅读书中该植物的特征描述，从中逐步纠正自己对植物学名词术语不确切的理解。然后阅读该植物所在属和科的检索表，从中掌握两方面的知识，一是这类植物有哪些共同特征，二是各种植物之间的鉴别要点是什么。3．利用鉴别性特征提高识别科的实际能力（1）具块根的类群毛茛科（乌头属，天葵）、樟科（乌药）、豆科（野葛）、百合科（天门冬属，萱草属，山麦冬属，沿阶草属）。枝刺：、蔷薇科（火棘属梨属）、豆科（皂荚属）、芸香科（枸桔属、金桔属、柑桔属）、仙人掌科、胡颓子科（胡颓子属）。皮刺：蔷薇科（悬钩子属，蔷薇属）、豆科（含羞草属）。叶刺或托叶刺或叶柄刺：豆科（刺槐属）。（6）具卷须的类群葫芦科（卷须侧生于叶柄基部）、葡萄科（卷须与叶对生）、豆科（野豌豆属，香豌豆属，豌豆属）、百合科（菝葜属）。（7）具叶柄下芽的类群豆科（刺槐属、香槐属）、悬铃木科。（8）有白色或黄色乳汁的类群桑科（桑属、榕属、柘属、构属）、夹竹桃科、菊科（舌状花亚科）。（9）叶具油点或腺点的类群木本：、小檗科（十大功劳属，南天竹属）、蔷薇科（花楸属，悬钩子属，蔷薇属）、豆科（许多属）、芸香科（花椒属，枸桔属）、五加科（楤木属）。草本：毛茛科（牡丹属，毛茛属，唐松草属，银莲花属）、十字花科（泡果荠属，碎米荠属）、虎耳草科（落新妇属）、蔷薇科（假升麻属，水杨梅属，委陵菜属，草莓属，龙牙草属，地榆属）、豆科（许多属）、芸香科（松风草属）、茄科（茄属马铃薯）。（11）互生、掌状复叶（包括掌状三出复叶）的类群木本：木通科（木通属，鹰爪枫属，野木瓜属，大血藤属）、葡萄科（蛇葡萄属，爬山虎属）、五加科（鹅掌藤属，五加属）。草本：毛茛科（天葵属）、白花菜科（白花菜属）、蔷薇科（委陵菜属，蛇莓属）、豆科（车轴草属）、酢浆草科（酢浆草属）、葡萄科（乌蔹莓属）、葫芦科（雪胆属，绞股蓝属）。（12）具对生复叶的类群（仅包括双子叶植物）掌状复叶：七叶树科（七叶树属）、马鞭草科（牡荆属）。羽状复叶：毛茛科（铁钱莲属）、芸香科（黄柏属，吴茱萸属）、槭树科（槭树属部分种）、木犀科（白蜡树属，连翘属）、紫葳科（凌宵花属）、唇形科（丹参属部分种）。（13）具轮生叶的类群（仅包括双子叶植物）景天科（八宝属、景天属部分种）、五加科（人参属）、夹竹桃科（夹竹桃属）、玄参科（石龙尾属）、苦苣苔科（吊石苣苔属）、茜草科（茜草属，拉拉藤属）、桔梗科（桔梗，轮叶沙参）。（14）具特殊花冠类型的类群花冠的形状往往成为不同类别植物所特有的特征。蔷薇形花冠——蔷薇科植物十字形花冠——十字花科植物蝶形花冠——豆科蝶形花亚科植物假蝶形花冠——豆科云实亚科植物唇形花冠——唇形科、玄参科植物管状花冠、舌状花冠——菊科植物漏斗形花冠——旋花科植物和部分茄科植物钟形花冠——桔梗科植物（15）具副花冠的类群副花冠（corona）是有些植物在花冠和雄蕊之间的瓣状附属物。萝藦科、石蒜科(水仙属)。（16）具副萼的类群有的植物在花萼之外还有一轮萼状物（苞片），称副萼。蔷薇科（水杨梅属，委陵菜属，蛇莓属，草莓属）、锦葵科（蜀葵属，棉属，木槿属）。（17）花有距的类群花萼或花冠基部向外延长成管状或囊状突起，称其为距（Spur）。毛茛科（乌头属，翠雀属，飞燕草属）、罂粟科（紫堇属）、牻牛儿苗科（天竺葵属）、凤仙花科（凤仙花属）、堇菜科（堇菜属）、兰科（大部分属）。（18）具有典型雄蕊类型的类群单体雄蕊——锦葵科植物二体雄蕊——(9)+1或（5）+（5）型：蝶形花亚科植物；(3)+(3)型：罂粟科紫堇属植物；多体雄蕊——藤黄科、楝科植物二强雄蕊——唇形科、玄参科植物；四强雄蕊——十字花科植物聚药雄蕊——菊科植物第二节屏南一中校园植物调查分类一、教学目标

（一）知识目标：1、认识了解校园植物，尝试对植物进行简单的分类。2、知道这些植物在美化、绿化、净化校园环境中的作用和意义。3、尝试校园绿化设计，提高学生的审美情趣。（二）能力目标：1、初步学会调查的基本方法，培养主动获取知识的能力。2、培养探究能力、交流与合作能、收集处理信息的能力及实践能力。（三）情感态度和价值观目标：通过这次调查和设计活动激发学习生物学的兴趣，培养热爱校园、热爱家乡、热爱大自然的情感。二、教学重点对植物进行简单的分类。三、教学难点知道这些植物在美化、绿化、净化校园环境中的作用和意义。四、教学准备1、调查范例、调查报告准备2、小组分工提前准备五、课时计划：1课时六、教学过程（一）、导入：

师：我们每天都穿行于校园之中，在校园中学习、生活，你了解你的校园吗？

（学生给予教师肯定回答）

师：那么你知道我们的校园都有哪些植物吗？

（学生说出他们认识的一部分植物）

师：同学们认识的仅仅是我们校园内的一部分植物，除了这些，校园内还有很多植物，这些植物对校园的绿化又各有什么意义呢？要了解这些问题我们应该怎样做呢？（引出课题——校园植物调查）1、各小组在小组长的带领下到校园内开展调查活动并做记录。

（教师跟随活动并帮助学生解决所遇到的问题）

2、在调查的同时按照要求采集部分植物准备做标本。

（教师监督，严禁学生肆意破坏植物）

3、调查结果的交流、讨论与展示：(1)、将调查报告以组为单位在课堂上交流汇报。(2)、组与组之间互补，比比看看那一个组调查的种类数量最多，调查报告最完善。(3)、按照要求对采集回来的植物进行标本制作并附上相关信息。(4)、最后评选出一个最佳调查组和最佳标本制作组。第三节屏南一中几种珍稀植物介绍一、教学目标1、知识性目标：（1）例举屏南一中主要的珍稀植物。（2）举例说明珍稀植物的生存状况和濒危的主要原因。2、技能性目标：尝试课内外图文资料及其他信息的搜集。3、情感性目标：关注珍稀植物资源及其生存状况。提高热爱祖国、热爱大自然的情操二、教学重点举例说明珍稀植物的生存状况和濒危的主要原因。三、教学难点举例说明珍稀植物的生存状况和濒危的主要原因。四、教学准备提前布置学生进行资料搜集，教师制作PPT五、课时安排1课时六、教学过程(一)、激发兴趣，导入新课（PPT展示红豆树、柳杉、秃杉、苏铁等植物图片）同学们，这些植物你们认识吗？它们分别是红豆树、柳杉、秃杉以及苏铁。红豆树，属豆科。又名：何氏红豆、鄂西红豆、江阴红豆。因种子皮色鲜红而得名。是常绿或落叶乔木，高20米以上，胸径可达1米；幼树树皮灰绿色，具灰白色皮孔，老树皮暗灰褐色；小枝绿色，无色。为国家Ⅱ级重点保护被子植物野生植物。具有药用价值理气，通经。主治疝气，腹痛，血滞，闭经。生于河旁、山坡、山谷林内，海拔200-900米，稀达1350米。红豆树幼年喜湿耐阴，中龄以后喜光。较耐寒，在本属中是分布于纬度最北的一个种。它对土壤肥力要求中等，但对水分要求较高；在土壤肥润、水分条件较好的山洼、山麓、水口等处生长快，干形也较好；在干燥山坡与丘陵顶部则生长不良。主根明显，根系发达，寿命较长，具萌芽力，能天然下种更新。渐危种。由于本种经济价值很高，常为产地收购部门和群众砍伐利用，致使分布范围愈益狭窄，成年树日益稀少。仅在寺庙和村落附近保存少数大树。在本种分布较集中地区（如浙江省龙泉黄山头、岭根等地）已建立红豆树保护点，严密控制群众乱砍滥伐，并积极开展人工繁殖，建立造林基地。浙江及南方一些林场已进行成片造林。柳杉，又名长叶孔雀松。乔木，高达40米，胸径可达2米多，树冠狭圆锥形或圆锥形；树皮红棕色，纤维状，裂成长条片状脱落；大枝近轮生，平展或斜展；小枝细长，常下垂，绿色，枝条中部的叶较长，常向两端逐渐变短。叶钻形略向内弯曲，先端内曲，四边有气孔线，长1-1.5厘米，果枝的叶通常较短，幼树及萌芽枝的叶长达2.4厘米，四面有气孔线。可作观赏植物，也可药用。中等喜光；喜欢温暖湿润、云雾弥漫、夏季较凉爽的山区气候；喜深厚肥沃的沙质壤土，忌积水。生于海拔400-2500米的山谷边，山谷溪边潮湿林中，山坡林中，并有栽培。柳杉幼龄能稍耐荫，在温暖湿润的气候和土壤酸性、肥厚而排水良好的山地，生长较快；在寒凉较干、土层瘠薄的地方生长不良。柳杉根系较浅，侧根发达，主根不明显，抗风力差。对二氧化硫、氯气、氟化氢等有较好的抗性。（二）、自主探究刚刚老师给同学们介绍了两种我们校园里的珍稀植物，现在大家拿出课前搜集好的资料，按照小组分工，进行组内共享。并完成如下表格：植物名称保护级别地理分布生态特征研究价值按小组进行成果展示（三）知识链接给予学生一些资料查询的网址，并讲授一些信息获取技巧，提高信息获取能力。第四节屏南植物特点一、教学目标1、知识性目标：（1）了解屏南县的地域自然特色。（2）举例说明屏南县植物的特点。2、技能性目标：尝试课内外图文资料及其他信息的搜集。3、情感性目标：关注本地生态环境。提高热爱家乡、热爱大自然的情操。二、教学重点了解屏南县的地域自然特色。三、教学难点举例说明屏南县植物的特点。四、教学准备提前布置学生进行资料搜集，教师制作PPT五、课时安排1课时六、教学过程1、屏南县环境介绍屏南县位于福建省东北部，面积1485.3平方公里，全县11个乡镇，153个行政村。地理坐标为北纬26°44′—27°10′，东经118°41′—119°13′，东南与宁德市相连，东北与周宁县交界，北与政和县接壤，西北至西与建瓯县毗邻，西南至南与古田县相接。全境东西宽54公里，南北长50公里。屏南县地处鹫峰山脉中段，地势西北高、东南低。境内山峦叠嶂，群峰耸峙，山谷盆地纵横交错，大部分地区海拔800米以上，全县平均海拔830米，大小山峰300余座，千米以上山峰达265座。岭下乡东峰尖海拔1627米，为境内最高峰。最低处为寿山乡园坪村，海拔仅250米。地势悬差最大达1377米，属中山、低山、丘陵、盆谷类型区。境内山多田少，截止2009年，山地占县境面积81%，耕地仅占9.1%。林业用地178.19万亩，占土地总面积的81.21%。境内有大小溪流186条，分霍童溪、古田溪两大水系，流域面积60平方公里以上，主要溪流有7条。203省道公路纵贯县境。四季分明，冬无严寒，夏无酷暑。雨量充沛，年降水量达1842.3毫米，年平均气温13～18℃。2、屏南县林业资源介绍屏南县境内林海苍莽，溪流纵横，草山草坡资源丰富。全县森林面积151万亩，森林覆盖率67.6%，木材蓄积量350万立方米，毛竹面积6万亩，拥有连片牧草山6万多亩，草质优良。其中仙山牧场面积3万多亩，属高山稀林草场，被专家誉为"北方没有，南方少有"的天然牧场。境内河流密布，水流湍急，比降大，水电蕴藏量达40万千瓦，被列为全国100个农村电气化试点县之一。屏南县位于福建省东北部，面积1471平方公里，全县11个乡镇，153个行政村。屏南前属古田管辖，至清雍正十三年（公元1735年）因"辖域辽阔，政务管理鞭长莫及"，故分县而治，设县治于翠屏山之南，双溪之汇，是为"屏南"。屏南平均海拨830米，列全省之最。冬无严寒，夏无酷暑，昼夜温差大，具有明显的高山气候特点，适合反季节香菇、蔬菜、花卉等作物生长。3、屏南县经济作物介绍屏南系山区农业县，以种植水稻、甘薯等粮食作物为主。在长期封建土地所有制束缚下，生产发展缓慢，深受地租等多种剥削的农民，过着“甘薯当粮草”、“镰刀挂壁嘴挂钩”的穷困生活。中华人民共和国成立后，通过变革生产关系、改善生产条件、改良品种、改进栽培技术等，促进农业生产的发展。50年代初，经土地改革、开展互助合作运动，农民生产热情空前高涨，农业迈开发展步子。1956年全县农业产值637.38万元，粮食总产28514.2吨，分别比1949年增长105.99%、61.45%。1958年“大跃进”中掀起脱离实际的大建亩产千斤稻、万斤薯“卫星田”活动和人民公社化中刮起的“平调”劳力、物资的“共产风”，给农业生产造成挫折。1961年冬起，贯彻国民经济“调整、巩固、充实、提高”的八字方针和《农村人民公社工作条例》，纠正农村工作中“左”的错误，农业生产得以复苏。1964年农业产值比1961年回升15.03%。1966年起的“文化大革命”初期，农村推行“割资本主义尾巴”的“左”的政策，取消农民正当家庭副业，过分强调“以粮为纲”，严重束缚生产力发展。直至1969年，农业产值、粮食总产仍停留在1955年的水平。70年代起，随着蒸汽育秧、薄膜育秧等新技术的推广应用和蘑菇、草菇、白木耳人工栽培的兴起，农业经济获得稳步发展。1978年农业产值1590万元，粮食总产42911.7吨，分别比1956年增长1.49倍、50.49%4、同学搜集资料进行补充第五节鸳鸯溪自然保护区的动植物一、教学目标1、知识性目标：（1）进一步了解屏南县的地域自然特色。（2）举例说出几种鸳鸯溪自然保护区的珍稀动植物。2、技能性目标：尝试课内外图文资料及其他信息的搜集。3、情感性目标：关注本地生态环境。提高热爱家乡、热爱大自然的情操。二、教学重点了解屏南县的地域自然特色。三、教学难点举例说出几种鸳鸯溪自然保护区的珍稀动植物。四、教学准备提前布置学生进行资料搜集，教师制作PPT五、课时安排1课时六、教学过程1、鸳鸯溪自然保护区简介屏南鸳鸯猕猴省级自然保护区地处鹫峰山脉，位于屏南、周宁、政和三县交界处偏僻山区。涉及屏南县的双溪镇、周宁县的礼门乡、政和县的杨源乡等3个乡镇7个行政村。保护区总面积1457.3公顷。保护区呈一弯曲狭窄长廊状，东西宽约1.5km，南北长约14.5km。森林覆盖率达89%。保护区的主要保护对象为以鸳鸯、猕猴为主的国家重点保护野生动物，中亚热带常绿阔叶林森林生态系统，重要的水源涵养林。保护区属野生动物类型自然保护区，但也存在许多珍稀的植物资源。2、鸳鸯溪自然保护区的植物介绍屏南鸳鸯猕猴省级自然保护区地处中亚热带季风气候区，森林覆盖率达89.0%，蕴含着多种生态系统及其景观。保护区终年温凉湿润，水热条件优越，植物资源丰富，组成复杂。现已初步查明保护区内有8个植被型21个群系，常见群丛有32个。植物种类745种，隶属于150科431属。其中国家I级保护植物有南方红豆杉、榈木、喜树、闽楠、福建柏、长叶榧、国家重点保护野生植物8种，银杏2种；国家II级保护植物有花伞花木等6种，以及福建省重点保护植物有：福建樱桃、柳杉、三尖杉、刨花润楠、油杉、江南油杉、红楠、绞股蓝等8种。境内兰科植物30多种。3、鸳鸯溪自然保护区的动物介绍屏南鸳鸯猕猴省级自然保护区内保护区的动物种类，按动物地理分布，以东洋界动物区系种类为主，并具有古北界的特征。已查明野生脊椎动物共计74科130属181种。其中有47科103种属于有特殊意义和保护价值的野生动物种类。野生脊椎动物种类有（鸟类30科90种；兽类19科35种；爬行类15科30种；两栖类10科26种）。属国家重点保护的动物有21种，其中国家I级保护动物有豹、云豹、白颈长尾雉、蟒蛇等5种，国家lI级保护动物有猕猴、鸳鸯、豺、穿山甲、白鹇、虎纹蛙等16种，国家保护的有益的或者有重要经济、科学研究价值的陆生野生动物（简称“三直”动物）79种、另有省级重点保护动物小山蛙、黄腹鼬、黄斑苇鳽等16种。第六节珍稀植物南方红豆杉一、教学目标1、知识性目标：（1）说出南方红豆杉的形态特征和生长环境。（2）举例说出南方红豆杉的价值。2、技能性目标：尝试课内外图文资料及其他信息的搜集。3、情感性目标：关注本地生态环境。关注濒危植物的生存，热爱家乡、热爱大自然。二、教学重点说出南方红豆杉的形态特征和生长环境。三、教学难点说出南方红豆杉的形态特征和生长环境。四、教学准备提前布置学生进行资料搜集，教师制作PPT五、课时安排1课时六、教学过程南方红豆杉，常绿乔木，树皮淡灰色，纵裂成长条薄片；芽鳞顶端钝或稍尖，脱落或部分宿存于小枝基部。叶2列，近镰刀形，长1.5～4.5厘米，背面中脉带上无乳头角质突起，或有时有零星分布，或与气孔带邻近的中脉两边有1至数条乳头状角质突起，颜色与气孔带不同，淡绿色，边带宽而明显。种子倒卵圆形或柱状长卵形，长7～8毫米，通常上部较宽，生于红色肉质杯状假种皮中。种子可榨油；树皮含单宁；木材可供作用材。南京和上海都有栽培；用种子繁殖，也可扦插。分布于长江流域以南各省区，以及河南和陕西。国家一级重点保护野生植物。1、形态特征乔木，高达30米，胸径达60～100厘米；树皮灰褐色、红褐色或暗褐色，裂成条片脱落；大枝开展，一年生枝绿色或淡黄绿色，秋季变成绿黄色或淡红褐色，二、三年生枝黄褐色、淡红褐色或灰褐色；冬芽黄褐色、淡褐色或红褐色，有光泽，芽鳞三角状卵形，背部无脊或有纵脊，脱落或少数宿存于小枝的基部。叶排列成两列，条形，微弯或较直，长1～3（多为1.5～2.2）厘米，宽2～4（多为3）毫米，上部微渐窄，先端常微急尖，稀急尖或渐尖，上面深绿色，有光泽，下面淡黄绿色，有两条气孔带，中脉带上有密生均匀而微小的圆形角质乳头状突起点，常与气孔带同色，稀色较浅。雄球花淡黄色，雄蕊8～14枚，花药4～8（多为5～6）。种子生于杯状红色肉质的假种皮中，间或生于近膜质盘状的种托（即未发育成肉质假种皮的珠托）之上，常呈卵圆形，上部渐窄，稀倒卵状，长5～7毫米，径3.5～5毫米，微扁或圆，上部常具二钝棱脊，稀上部三角状具三条钝脊，先端有突起的短钝尖头，种脐近圆形或宽椭圆形，稀三角状圆形。2、生长环境南方红豆杉是中国亚热带至暖温带特有成分之一，在阔叶林中常有分布。耐荫树种，喜温暖湿润的气候，通常生长于山脚腹地较为潮湿处。自然生长在海拔1000米或1500米以下的山谷、溪边、缓坡腐殖质丰富的酸性土壤中，要求肥力较高的黄壤，黄棕壤，中性土、钙质土也能生长。耐干旱瘠薄，不耐低洼积水。对气候适应力较强，年均温11～16℃，最低极值可达-11℃。具有较强的萌芽能力，树干上多见萌芽小枝，但生长比较缓慢。很少有病虫害，寿命长。3、分布范围产于中国长江流域以南，星散分布。贵阳市主要分布在花溪、乌当、开阳、息烽。安徽省主要分布在黄山市歙县石门乡及黄山区一带。浙江省百山祖国家级保护区内也有广泛分布，其中庆元风景村三堆村至景宁一带最多。云南省鲁甸县龙树乡龙树村龙树中学大门向北一百米处有两颗南方红豆杉，“龙树乡——龙树”因此树而得名。800年以上的福建大田济阳乡分布着几十棵超600年的南方红豆杉。4、主要价值（1）经济价值材质坚硬，刀斧难入，有“千枞万杉，当不得红榧一枝桠”之称。边材黄白色，心材赤红，质坚硬，纹理致密，形象美观，不翘不裂，耐腐力强。可供建筑、高级家具、室内装修、车辆、铅笔杆等用。种子含油量较高。（2）园林价值南方红豆杉枝叶浓郁，树形优美，种子成熟时果实满枝逗人喜爱。适合在庭园一角孤植点缀，亦可在建筑背阴面的门庭或路口对植，山坡、草坪边缘、池边、片林边缘丛植。宜在风景区作中、下层树种与各种针阔叶树种配置。中国之外用欧洲豆杉作整形绿篱。（3）药用价值驱虫、消积食、抗癌，以种子入药。5、保护现状南方红豆杉是国家一级重点保护野生植物，为优良珍贵树种。在贵州省的分布区虽较广，但本种在其分布区内种群数量稀少，若不加以保护，有处于渐危状态的危险。南方红豆杉多属鸟类取食带传播，故很分散、零星。由于材质好，色泽美观，破坏更为严重，当前首要的是停止对现有资源的破坏，同时加强繁育工作，引为庭园观赏树种，扩大栽培，达到保存物种的目的。第七节珍稀动物鸳鸯一、教学目标1、知识性目标：（1）说出鸳鸯的形态特征和生长环境。（2）举例说出鸳鸯的习性。2、技能性目标：尝试课内外图文资料及其他信息的搜集。3、情感性目标：关注本地生态环境。关注濒危动物的生存，热爱家乡、热爱大自然。二、教学重点（1）说出鸳鸯的形态特征和生长环境。（2）举例说出鸳鸯的习性。三、教学难点（1）说出鸳鸯的形态特征和生长环境。（2）举例说出鸳鸯的习性。四、教学准备提前布置学生进行资料搜集，教师制作PPT五、课时安排1课时六、教学过程鸳鸯属鸟纲，鸭科，为我国特有观赏鸟，属国家二级保护野生动物。中型游禽，体长不到50厘米。雄性鸳鸯（即：“鸳”）羽毛绚丽；眼棕色，外围有黄白色环；嘴红棕色；最具有特色的是翅上有一对粟黄色、直立的扇形翼帆，非常夺目；胸腹部纯白，雌性鸳鸯（即“鸯”）远不如雄性鸳鸯漂亮，通体颜色为暗哑的灰色；眼周和眼后各具一条白色纵纹；嘴灰黑色。雌雄鸳鸯生活形影不离，古称“匹鸟”，常以此比喻恩爱喜从夫妻，唐代诗人卢照邻《长安古意》中有“得成比目何辞死，愿用鸳鸯不羡仙”之句。鸳鸯溪景区环境宁静，空气清新，水质洁净，毫无污染，溪旁天然的针叶阔叶混交林下，灌木苦椎（橡子树）的小粒果实形似橄榄是上好的食物，溪边还有鲈、鱼光、鳗、鳜等动鱼可供美餐，水边的蒯草灌丛树荫，溪边的穴窦岩隙树洞构成了鸳鸯的营巢。因此每年秋分起数以千对鸳鸯陆续从我国东北部，内蒙古等地，千万里奋翩疾飞，执着地回归鸳鸯溪度过严冬，直至翌年清明。1、外形特征鸳鸯是小型游禽，雄鸟额和头顶中央翠绿色，并具金属光泽；枕部铜赤色，与后颈的暗紫绿色长羽组成羽冠。眉纹白色，宽而且长，并向后延伸构成羽冠的一部分。眼先淡黄色，颊部具棕栗色斑，眼上方和耳羽棕白色，颈侧具长矛形的辉栗色领羽。背、腰暗褐色，并具铜绿色金属光泽；内侧肩羽紫色，外侧数枚纯白色，并具绒黑色边；翅上覆羽与背同色。初级飞羽暗褐色，外翈具银白色羽缘，内翈先端具铜绿色光泽；次级飞羽褐色，具白色羽端，内侧数枚外翈呈金属绿色；三级飞羽黑褐色，外翈亦呈金属绿色，与内侧次级飞羽外翈上的绿色共同组成蓝绿色翼镜，最后一枚三级飞羽外翈为金属绿色，具栗黄色先端，而内翈则扩大成扇状，直立如帆，栗黄色，边缘前段为棕白色，后段为绒黑色，羽干黄色。尾羽暗褐色而带金属绿色。颏、喉纯栗色。上胸和胸侧暗紫色，下胸至尾下覆羽乳白色，下胸两侧绒黑色，具两条白色斜带，两胁近腰处具黑白相间的横斑，其后两胁为紫赭色，腋羽褐色。

雌鸟头和后颈灰褐色，无冠羽，眼周白色，其后一条白纹与眼周白圈相连，形成特有的白色眉纹。上体灰褐色，两翅和雄鸟相似，但无金属光泽和帆状直立羽。颏、喉白色。胸、胸侧和两胁暗棕褐色，杂有淡色斑点。腹和尾下覆羽白色。虹膜褐色，嘴雄鸟暗角红色，尖端白色。雌鸟褐色至粉红色，嘴基白色，脚橙黄色。

大小量度：体重♂430-590g，♀435-550g；体长♂401-430mm，♀438-450mm；嘴峰♂26-31mm，♀27-38mm；翅♂179-240mm，♀202-229mm；尾♂77-127mm，♀92-138mm；跗蹠♂37-47mm，♀38-48mm。（注：♂雄性；♀雌性）2、栖息环境繁殖期主要栖息于山地森林河流、湖泊、水塘、芦苇沼泽和稻田地中，冬季多栖息于大的开阔湖泊、江河和沼泽地带。一般生活在针叶和阔叶混交林及附近的溪流、沼泽、芦苇塘和湖泊等处，喜欢成群活动，一般有二十多只，有时也同其它野鸭混在一起。每天在晨雾尚未散尽的时候，就从夜晚栖息的丛林中飞出来，聚集在水塘边，在有树荫或芦苇丛的水面上漂浮、取食，然后再飞到树林中去觅食，大约一、二个小时后，又先后回到河滩或水塘附近的树枝或岩石上休息。3、生活习性 （1）迁徙每年3月末4月初陆续迁到东北繁殖地，9月末10月初离开繁殖地南迁。迁徙时成群，常呈7-8只或10多只的小群迁飞，有时亦见有多达50余只的大群。在贵州、台湾等地，亦有部分鸳鸯不迁徙而为留鸟。

（2）习性常成群到达繁殖地，刚迁到繁殖地时活动在低山开阔地带的水塘和溪流中，休息时则成群栖息在水边或未融化的冰上。除繁殖期外，常成群活动，特别是迁徙季节和冬季，集群多达50-60只，有时达近百只。善游泳和潜水，在地上行走也很好，除在水上活动外，也常到陆地上活动和觅食。性机警，遇人或其他惊扰立即起飞，并发出一种尖细的‘哦儿’声。鸳鸯生性机警，极善隐蔽，飞行的本领也很强。在饱餐之后，返回栖居之处时，常常先有一对鸳鸯在栖居地的上空盘旋侦察，确认没有危险后才招呼大群一起落下歇息。如果发现情况，就发出“哦儿，哦儿”的报警声，与同伴们一起迅速逃离。

（3）食性杂食性。食物的种类常随季节和栖息地的不同而有变化，繁殖季节以动物性食物为主，冬季的食物几乎都是栎树等植物的坚果。春季和冬季，主要以青草、草叶、树叶、草根、草子、苔藓等植物性食物为食，也吃玉米、稻谷等农作物和忍冬、橡子等植物果实与种子。繁殖季节则主要以动物性食物为食，如蚂蚁、石蝇、螽斯、蝗虫、蚊子、甲虫等昆虫和昆虫幼虫，也吃蝲蛄、虾、蜗牛、蜘蛛以及小型鱼类和蛙等动物性食物。觅食活动主要在白天，特别是早晨天亮以后到日出前和14：00-16:00最为频繁。一般在河中水流平稳处和水边浅水处觅食，有时也到路边水塘和收获后的农田与耕地中觅食。在水中觅食时，除在水边浅水处直接涉水觅食外，有时也潜水觅食和将头伸入水中边游泳边觅食。休息时或漂浮在水面打吨或在水中来回游泳，有时亦成群站在水边沙滩上或石头上。4、繁殖方式繁殖于山地森林中。3月末4月初迁到繁殖地时并不立刻营巢，而是成群活动在林外河流与水塘中。随着天气逐渐变暖，鸳鸯才逐渐分散和成对进入营巢地。4月下旬开始出现交配行为，一直持续到5月中旬。交配活动开始前雌雄双双游泳于水中，雄鸭频频向雌鸭曲颈点头，浸嘴于水中，同时竖直头部艳丽的冠羽，然后伸直颈部，头不时地左右摆动，随后雌雄并肩徐徐游泳于水面，并不时将嘴浸入水中，游过一段时间后，雌鸭疾速向前，雄鸭紧跟其后，同时不断地翘起尾部，紧接着跃伏于雌鸭背上，用嘴衔着雌鸭的头羽进行交尾。交尾时间每次约2秒钟，可连续进行4-5次。交配后各自昂首展翅进行水浴和整理羽毛，然后上到岸上休息。

营巢于紧靠水边老龄树的天然树洞中，距地高10-18米。巢材极简陋，巢内除树木本身的木屑外，再就是雌鸟从自己身上拔下的绒羽。洞口大小为8cm×9cm，巢洞大小为43cm×34cm，洞壁厚8cm，洞深64cm。5月初开始产卵，每窝产卵7-12枚，卵圆形，白色，光滑无斑，大小为47-52mm×37-40mm，平均为50mm×38.3mm，重18-45g，平均22.9g。雌鸟孵卵，雄鸟在雌鸟开始孵卵后即离开雌鸟到隐蔽的河段上换羽。雌鸟在孵卵期间除每天3：00-4：00、7：00-9：00和16:00-17：00外出觅食外，一般不离巢，特别是在孵卵的最后1-2天几乎根本不离巢，恋巢甚为强烈，孵化期28-30天。

雏鸟早成性，雏鸟卵出后全身即长满了绒羽，孵出第二天，雏鸟即能从高高的树洞中跳下来，进入水中后即能游泳和潜水。离巢时亲鸟先在洞中‘嗤啊，嗤啊’地鸣叫，鸣声急而细，一直持续1小时之久，然后亲鸟才从洞中飞出，落于树下水中，并继续不停的鸣叫，在洞中的雏鸟亦跟着‘叽叽’地鸣叫，并利用锐利的爪慢慢爬到洞口，然后一个一个地跳到树下草地上，并很快的跑到水中，游泳于亲鸟周围。5、种群现状该物种分布范围广，不接近物种生存的脆弱濒危临界值标准（分布区域或波动范围小于20000平方公里，栖息地质量，种群规模，分布区域碎片化），种群数量趋势稳定，因此被评价为无生存危机的物种。

鸳鸯也是中国传统出口鸟类之一，在中国曾拥有很大的种群数量，每年都有大量活鸟被捕猎供应国内各动物园和出口。1975年以前无论是春季在长白山还是冬季在南方越冬地，都能经常遇到40-50只的大群，而这种壮观的场面却很难见到了。其原因主要是由于森林砍伐和捕猎，致使种群数量日趋减少。据调查，在中国的繁殖种群数量为1500-2000对。已列入世界濒危鸟类名录。第八节珍稀动物猕猴一、教学目标1、知识性目标：（1）说出猕猴的形态特征和生长环境。（2）举例说出猕猴的习性。2、技能性目标：尝试课内外图文资料及其他信息的搜集。3、情感性目标：关注本地生态环境。关注濒危动物的生存，热爱家乡、热爱大自然。二、教学重点（1）说出猕猴的形态特征和生长环境。（2）举例说出猕猴的习性。三、教学难点（1）说出鸳鸯的形态特征和生长环境。（2）举例说出鸳鸯的习性。四、教学准备提前布置学生进行资料搜集，教师制作PPT五、课时安排1课时六、教学过程猕猴（学名：Macacamulatta）：体长51-63厘米。是典型的猕猴属动物，主要特征是尾短，具颊囊。躯体粗壮，平均体长约50厘米，它们的前肢与后肢大约同样长，拇指能与其它四指相对，抓握东西灵活，前额低，有一突起的棱。头部呈棕色，背部棕灰或棕黄色，下部橙黄或橙红色，腹面淡灰黄色。栖息广泛，草原、沼泽各类森林。主要栖息在石山峭壁、溪旁沟谷和江河岸边的密林中或疏林岩山上，群居。成十余只乃至数百只大群。以树叶、嫩枝、野菜等为食，也吃小鸟、鸟蛋、各种昆虫，捕食其它小动物。相互之间联系时会发出各种声音或手势，互相之间梳毛也是一项重要社交活动。猕猴适应性强，容易驯养繁殖，生理上与人类较接近，常被用于进行各种医学试验。乱捕滥猎是猕猴致危的主要因素。猕猴喜欢栖息于热带、亚热带及暖温带阔叶林，喜欢生活在石山的林灌地带，特别是那些岩石嶙峋、悬崖峭壁又夹杂着溪河沟谷、攀藤绿树的广阔地段，往往是猴子最理想的生活场所。鸳鸯溪景区环境宁静，空气清新，针叶阔叶混交林下，水质洁净，毫无污染，有很多林灌地带，特别是那些岩石嶙峋、悬崖峭壁又夹杂着溪河沟谷、攀藤绿树的广阔地段，非常合适猕猴的栖息。1、形态特征猕猴是自然界中最常见的一种猴。头体长47–64厘米，尾长19–30厘米，雄猴体重7.7千克，雌猴体重5.4千克。在同属猴类中个体稍小，颜面瘦削，头顶没有向四周辐射的漩毛，呈棕色，额略突，眉骨高，眼窝深，具颊囊，肩毛较短，尾较长，约为体长之半。其身上大部分毛色为灰黄色灰褐色，背部棕灰或棕黄色，腰部以下为橙黄色或橙红色，腹面淡灰黄色，有光泽，胸腹部的腿部的灰色较浓。不同地区和个体间体色往往有差异。面部、两耳多为肉色，臀胝发达，多为肉红色。成年雄猴的体型要比雌猴大。吻部突出，两颚粗壮，牙齿32枚，鼻孔朝前向下紧靠，手足均有5个指、趾，具扁平的指甲，均能直立。昼行性。有可以储存食物的颊囊，齿尖低，通常四肢基本等长。面部裸露无毛，轮廓分明，眼眶由骨形成环状，使两眼向前，眼间的距离较窄，视觉发达，立体化，可以在树林之间活动时较准确地判定距离，辨别色彩，但嗅觉退化，头骨的构造也随之改变；齿式为异齿型，分为门齿、犬齿、前臼齿和臼齿，颊齿通常为丘型齿和低冠齿，臼齿呈四方形并有4个较低的锥状突起，适于咀嚼；锁骨发达，四肢关节灵活，上腕部及大腿部由躯干部分离，因而前后肢可以前后左右自由运动，前腕和小腿的2根骨头分离而且松松地连接在一起，不必连带躯干即可回转前后脚，适合握住树枝；通常只胸前有一对乳头；有盲肠；四趾上都具有5指（趾），可以灵活而稳定地抓握树枝，指（趾）的端部仅盖住指（趾）头背面的扁平指甲，突出的指（趾）部有发达的指（趾）纹，触觉灵敏，还有防止滑落的作用；掌面和跖面裸出，具有发达的两行皮垫，手脚的拇指（趾）和其余4指（趾）相对，可以握合。2、生活习性（1）习性集群生活，猕猴往往数十只或上百只一群，由猴王带领，群居于森林中。它们常爱攀藤上树，喜觅峭壁岩洞，其活动范围很大。猴群在集体行动时，会有一“哨兵”站在高处放哨，若发现异常情况，即会发出信号，招唤猴群迅速转移。如果情况紧急，猕猴凭借它们攀崖越险的熟练本领，很快就会消失得无影无踪。猴群大小与栖息地环境优劣而有别，一般都有十数头或数十头。繁殖和缺食季节，往往集群大些，故活动范围也较大。善于攀援跳跃，会游泳和模仿人的动作，有喜怒哀乐的表现。性情躁动时爱举石掷人。（2）食性以树叶、嫩枝、野菜等为食，也吃小鸟、鸟蛋、各种昆虫，甚至蚯蚓、蚂蚁。采食野果贪婪嗜争，边采边丢，只食甜熟果子，未熟果却丢弃，故猴群过处往往遍地断枝弃果，因而对野果的可利用程度较低，必然要扩大觅食范围，活动时间也往往较长。（3）争王在现实生活中，每群猴子都有猴王。猴王的产生，是从众多优秀的雄猴中“竞选”而来。因此，猴王的尾巴往往翘得老高，以显示它尊贵的身份，而其他猴子则是不敢随便翘尾巴的。与美国总统选举一样，猴王也是每4年一“换届”，也可以连任。猴子的王位，是强者之间通过激烈的拼搏、打斗而产生的。当每届猴王任期快满时，那些觉得有竞争实力的雄猴便跃跃欲试，当着猴王的面翘尾巴，向猴王挑战，随之与猴王厮打，若打败猴王，再与其他挑战者比拼，经过一场你死我活的战斗，最后的获胜者便是新一届猴王。那些败下阵来的猴子，一个个鲜血淋淋，残肢瘸腿。被赶下台的猴王，往往会被驱逐出猴群，成为一只孤猴而四处流浪，由此可见猴王竞争中的残酷。猴子们之所以拼命争夺王位，是因为猴王在猴群中享有特权。猴王在位期间很是威风，众猴必须听命于猴王，不得违抗，有好吃的东西，总要让猴王先吃。猴王不仅多吃多占，而且享有“一夫多妻”的特权，大多成年的母猴都是它的“王妃”，所以猴王都是“三宫六院，妻妾成群”。繁殖和缺食季节，往往集群大些，故活动范围也较大。形状像人，眼如悉胡，两颊塌陷有颊囊，是藏食物之处。屁股没有毛而尾短。能立起来走。咯咯的声音如咳嗽一般。孕五月而生子，生子后多在山涧洗浴。3、繁殖方式一般于11月至12月发情。次年3月至6月产仔，或3年生2胎，每胎产一仔，妊娠期平均为5个月左右,哺乳期约4个月。雌猴2.5-3岁性成熟，雄猴4-5岁性成熟，但最早于6-7岁参与交配。在饲养条件下寿命长达25-30年。同性恋现象在猕猴中也时有发生。雌猕猴之间容易结成紧密的关系，而且实行的是临时“一夫一妻”制，一只雌猕猴只在固定时间里与另一只雌猕猴成为性伴侣，但在一个繁殖期里，一只雌猕猴可以先后与数只雌猕猴搭上关系。雌猕猴之间的性行为多为模拟雄性生殖器，以及在亢奋时发出类似雄性的咯咯声。雄猕猴之间也存在同性性行为，只不过雄性之间的性游戏结束后，它们会立即离开对方，就像人类社会里所谓的一夜情。4、种群现状（1）物种数量中国是猕猴资源的富产国，60%以上的省（区）都有出产，虽然分布不均、分布区不连续，但分布面积仍相当广。据各地对猕猴资源不完全的估算统计综合，中国的猕猴数量约20万只左右。其中主要产区之一的广东省约1万只；广西约3-5万只；贵州约3-5万只；云南约5-6万只；其它地区共约3-4万只。从一些地区的调查结果分析，猕猴资源最多仅及二十世纪四五十年前的20-30%。以广东、广西、湖南、福建、河南等地的猴源下降最甚，许多地区甚至连猴迹都断绝多年了。[4]

该物种广泛分布于南亚，东南亚和东亚，种群数量可观，但越来越多地与人类共生导致栖息地破碎化。老挝和越南的种群因狩猎而下降，但分布依然广泛，印度的Namdapha国家公园的种群密度为0.44群/km2，平均每个种群12.3只，其他地区种群数量更高，而印度东北部的森林里种群数量较稀少。（2）致危因素乱捕滥猎是猕猴致危的主要因素。20世纪50年代中国不少产猴区，猴子数量多，固而出现猴子下山糟蹋农作物的猴害。群众为保护庄稼，千方百计组织捕杀，有关部门大量组织收购并出口，导致弥猴资源遭到致命的破坏。此后，虽原则上控制在仅限人工饲养繁殖的后代，方可出口，但年出口量仍然可观。1983-1992年中的7年间，国际濒危物种公约的进出口年度报告数字表明，一些发达国家从中国进口的猕猴大约为8000只，平均每年约1000多只。名词解释1..生物信息学:是研究生物信息的采集、处理、存储、传播，分析和解释等各方面的学科，也是随着生命科学和计算机科学的迅猛发展，生命科学和计算机科学相结合形成的一门新学科。2.二级数据库：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。3.FASTA序列格式：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。4.genbank序列格式：是GenBank数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释；第三部分是引文区，提供了这个记录的科学依据；第四部分是核苷酸序列本身，以“//”结尾。5.Entrez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。6.BLAST：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。P947.查询序列（querysequence）：也称被检索序列，用来在数据库中检索并进行相似性比较的序列。P988.打分矩阵（scoringmatrix）：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。P299.空位（gap）：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。P2910.空位罚分：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。P3711.E值：衡量序列之间相似性是否显著的期望值。12.低复杂度区域：BLAST搜索的过滤选项。指序列中包含的重复度高的区域，如poly（A）。13.点矩阵（dotmatrix）：构建一个二维矩阵，其X轴是一条序列，Y轴是另一个序列，然后在2个序列相同碱基的对应位置（x，y）加点，如果两条序列完全相同则会形成一条主对角线，如果两条序列相似则会出现一条或者几条直线；如果完全没有相似性则不能连成直线。14.多序列比对：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。15.分子钟：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。16.系统发育分析：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。17.进化树的二歧分叉结构：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。系统发育图：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。18.直系同源：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。）19.旁系（并系）同源：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。(书：由于基因重复事件产生的相似序列。)20.外类群：是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。21.有根树：能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。22.除权配对算法（UPGMA）：最初，每个序列归为一类，然后找到距离最近的两类将其归为一类，定义为一个节点，重复这个过程，直到所有的聚类被加入，最终产生树根。23.邻接法（neighbor-joiningmethod）：是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制，能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。24.最大简约法（MP）：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。25.最大似然法（ML）：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概率最大的进化树。最大似然法允许采用不同的进化模型对变异进行分析评估，并在此基础上构建系统发育树。26.一致树（consensustree）：在同一算法中产生多个最优树，合并这些最优树得到的树即一致树。27.自举法检验（Bootstrap）：放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。28.开放阅读框（ORF）：开放阅读框是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列。29.密码子偏性（codonbias）：氨基酸的同义密码子的使用频率与相应的同功tRNA的水平相一致，大多数高效表达的基因仅使用那些含量高的同功tRNA所对应的密码子，这种效应称为密码子偏性。30.基因预测的从头分析：依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界调控区，预测基因组序列中包含的基因。31.结构域（domain）：保守的结构单元，包含独特的二级结构组合和疏水内核，可能单独存在，也可能与其他结构域组合。相同功能的同源结构域具有序列的相似性。32.超家族：进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。33.模体（motif）：短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，一般10-20个残基。34.序列表谱（profile）：是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸的权值和空位罚分的表格。35.PAM矩阵：PAM指可接受突变百分率。一个氨基酸在进化中变成另一种氨基酸的可能性，通过这种可能性可以鉴定蛋白质之间的相似性，并产生蛋白质之间的比对。一个PAM单位是蛋白质序列平均发生1%的替代量需要的进化时间。36.BLOSUM矩阵：模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部块中的替代频率的观察。每个矩阵适合特定的进化距离。例如，在BLOSUM62矩阵中，比对的分值来自不超过62%一致率的一组序列。37.PSI-BLAST：位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对，通过调节序列打分矩阵（scoringmatrix）探测远缘相关的蛋白。38.RefSeq：给出了对应于基因和蛋白质的索引号码，对应于最稳定、最被人承认的Genbank序列。39.PDB（ProteinDataBank）：PDB中收录了大量通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构，记录有原子坐标、配基的化学结构和晶体结构的描述等。PDB数据库的访问号由一个数字和三个字母组成（如，4HHB），同时支持关键词搜索，还可以FASTA程序进行搜索。40.GenPept:是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列。数据量很大，且随核酸序列数据库的更新而更新，但它们均是由核酸序列翻译得到的序列，未经试验证实，也没有详细的注释。41.折叠子（Fold）：在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大区域具有特定的空间取向。42.TrEMBL：是与SWISS-PROT相关的一个数据库。包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列，并且这些序列尚未集成到SWISS-PROT数据库中。43.MMDB(MolecularModelingDatabase)：是（NCBI）所开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一个部分，数据库的内容包括来自于实验的生物大分子结构数据。与PDB相比，对于数据库中的每一个生物大分子结构，MMDB具有许多附加的信息，如分子的生物学功能、产生功能的机制、分子的进化历史等，还提供生物大分子三维结构模型显示、结构分析和结构比较工具。44.SCOP数据库：提供关于已知结构的蛋白质之间结构和进化关系的详细描述，包括蛋白质结构数据库PDB中的所有条目。SCOP数据库除了提供蛋白质结构和进化关系信息外，对于每一个蛋白质还包括下述信息：到PDB的连接，序列，参考文献，结构的图像等。可以按结构和进化关系对蛋白质分类，分类结果是一个具有层次结构的树，其主要的层次依次是类（class）、折叠子（fold）、超家族（superfamily）、家族（family）、单个PDB蛋白结构记录。45.PROSITE：是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。46.GeneOntology协会：编辑一组动态的、可控的基因产物不同方面性质的字汇的协会。从3个方面描述基因产物的性质，即，分子功能，生物过程，细胞区室。47.表谱（PSSM）：指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以用来搜索序列数据库。48.蛋白质组p179：是指一个基因组中各个基因编码产生的蛋白质的总体，即一个基因组的全部蛋白产物及其表达情况。49.中心法则是指遗传信息从DNA传递给RNA，再从RNA传递给蛋白质，即完成遗传信息的转录和翻译的过程。也可以从DNA传递给DNA，即完成DNA的复制过程。这是所有有细胞结构的生物所遵循的法则。50.一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释51.基因芯片（genechip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量cDNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。52.序列比对：为确定两个或多个序列之间的相似性以至于同源性，而将它们按照一定的规律排列。53.数据库查询（databasequery）：是指对序列、结构以及各种二次数据中的注释信息进行关键词匹配查找检索。54.数据库搜索（databasesearch）：在分子生物信息学中有特定含义，它是指通过特定的序列相似性比对算法，找出核酸或蛋白质序列数据库中与检测序列具有一定程度相似性的序列。55.相似性（similarity）：数学上，相似性指两个图形的形状完全相似。若存在两个点的集，其中一个能透过放大缩小、平移或旋转等方式变成另一个，就说它们具有相似性。56.同源性：在进化上或个体发育上的共同来源而呈现的本质上的相似性，但其功能不一定相同。57.同一性：是指两序列在同一位点核苷酸或氨基酸残基完全相同的序列比例。58.一致序列：在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列。59.HMM（隐马尔可夫模型）：是统计模型，它用来描述一个含有隐含未知参数的马尔可夫过程。其难点是从可观察的参数中确定该过程的隐含参数。然后利用这些参数来作进一步的分析，例如模式识别。60.简约性信息位点：指基于DNA或蛋白质序列、利用最大简约法构建系统发育树时，在两个及以上分类单元（的序列）中存在差异，且其中至少有两种变异类型在该位点出现两次及以上，此类位点称为简约性信息位点。61.信息位点：由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点。62.非信息位点：对于最大简约法来说没有意义的点。63.标度树：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。64.非标度树：只表示亲缘关系无差异程度信息。65.有根树：单一的节点能指派为共同的祖先，从祖先节点只有唯一的路径历经进化到达其他任何节点。66.无根树：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部参考种，可以在无根树中指派根节点。67.注释（annotation）对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的基因，氨基酸序列等）或其他的注解。68.基因组注释(Genomeannotation)是利用生物信息学方法和工具，对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释，是当前功能基因组学研究的一个热点。69.虚拟细胞：一种建模手段，把细胞定义为许多结构，分子，反应和物质流的集合体。70.质谱(MS)是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比(m/z)的方法，从而使分子质量的准确确定成为可能。71.分子途径是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。72.先导化合物：是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能导致药物发现的特殊化合物。73.权重矩阵（序列轮廓）：它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都有分值，并且特定位置插入或缺失的可能性均有一定的衡量方法（课件定义）。74.系统发育学（phylogenetic）：确定生物体间进化关系的科学分支。75.系统生物学（systemsbiology）：是研究一个生物系统中所有组分成分（基因、mRNA、蛋白质等）的构成以及在特定条件下这些组分间的相互关系，并分析生物系统在一定时间内的动力学过程。76.蛋白质组（proteome）：是指一个基因组、一种生物或一个细胞/组织的基因组所表达的全套蛋白质。77.ESI电喷雾离子化：一种适合大分子如蛋白质离子化没有明显降解的质谱技术。78.微阵列芯片：是指采用光导原位合成或微量点样等方法，将大量生物大分子比如核酸片段、多肽分子甚至组织切片、细胞等生物样品有序地固化于支持物（如玻片、尼龙膜等载体）的表面，组成密集二维分子排列，然后与已标记的待测生物样品中靶分子反应，通过特定的仪器，比如激光共聚焦扫描仪或电荷偶联摄影像机对反应信号的强度进行快速、并行、高效地检测分析，从而判断样品中靶分子的数量。79.有监督分析法：这种方法引入某些形式的分类系统，从而将表达模式分配到一个或多个预定义的类目中。80.聚类分析：指将物理或抽象对象的集合分组为由类似的对象组成的多个类的分析过程。81.虚拟消化：针对重要疾病特定靶标生物大分子的三维结构或定量构效关系（Quantitativestructure-activityrelationships，QSAR）模型，从现有小分子数据库中，搜寻与靶标生物大分子结合或符合QSAR模型的化合物，进行筛选实验研究。82.无监督分析法：这种方法没有内建的分类标准，组的数目和类型只决定于所使用的算法和数据本身的分析方法。83.GenBank：是美国国家生物技术信息中心(NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI)建立的DNA序列数据库，从公共资源中获取序列数据，主要是科研人员直接提供或来源于大规模基因组测序计划(Benson等，1998)。84.EMBL：（欧洲分子生物学实验室）（TheEuropeanMolecularBiologyLaboratory），于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室，及三个位于德国Hamburg，法国Grenoble及英国Hinxton的研究分部。85.DDBJ：(DNADataBankofJapan)，于1984年建立，是世界三大DNA数据库之一，与NCBI的GenBank，EMBL的EBI数据库共同组成国际DNA数据库，每日都交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA数据库协作会议，互相交换信息，因此三个库的数据实际上是相同的。86.BLAST：是英语BellLabsLayeredSpace-Time的缩写，是一项新的通信技术，它采用多天线系统利用多径传播效应以达到提高频谱利用率的目的。87.BLASTn：是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。88.BLASTp：是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。88.ClustslX：是一种利用渐近法（progressivealignment）进行多条序列比对的软件。即从多条序列中最相似（距离最近）的两条序列开始比对，按照各个序列在进化树上的位置，由近及远的将其它序列依次加入到最终的比对结果。89.Entrez：是美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。Entrez是由NCBI主持的一个数据库检索系统。90.Medline文摘数据库：是美国国立医学图书馆(TheNationalLibraryofMedicine,简称NLM)生产的国际性综合生物医学信息书目数据库，是当前国际上最权威的生物医学文献数据库。91.SRS(sequenceretrievalsystem)：是欧洲生物信息研究所开发的SRS（SequenceRetrievalSystem）是以WWW界面运行的数据库检索系统，其主要功能是将所有数据库建立参照(cross-references)索引，用户可通过输入查询代码、编号、物种来源、说明、文献、作者、日期、关键词等信息对所有已建立索引的数据库进行检索，从而得到用户所需的序列或相关内容。92.SWLSS—MODEL：是一个自动化的蛋白质比较建模服务器。93.homologymodeling：对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。94.Abinitioprediction：仅根据序列本身来预测其结构95.molecularphylogenetictree：又名分子进化树，是生物信息学中描述不同生物之间的相关关系的方法。通过系统学分类分析可以帮助人们了解所有生物的进化历史过程。96.genetree（基因树）：是指基于单个同源基因差异构建的系统发生树。96.neighbor—joiningmethod：是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制，能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。97.maximumparsimonymethod：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。98.MEGA(MolecularEvolutionaryGeneticsAnalysis)：isanintegratedtoolforautomaticandmanualsequencealignment,inferringphylogenetictrees,miningweb-baseddatabases,estimatingratesofmolecularevolution,andtestingevolutionaryhypotheses.99.BioEdit：是一个序列编辑器与分析工具软件。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等等。100.EST：(ExpressedSequenceTag)表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部分序列。101.GSS：基因组勘测序列，是基因组DNA克隆的一次性部分测序得到的序列。包括随机的基因组勘测序列、cosmid/BAC/YAC末端序列、通过Exontrapped获得基因组序列、通过AluPCR获得的序列、以及转座子标记序列等。102.ORF：是基因序列的一部分，包含一段可以编码蛋白的碱基序列，不能被终止子打断。（P86，指从5‘端开始翻译起始密码子到终止密码子的蛋白质编码碱基序列。）103.promoter（启动子）：是基因（gene）的一个组成部分，控制基因表达（转录）的起始时间和表达的程度。104.3’UTR：3’非翻译区的缩写，真核生物的转录终止信号是在3’非翻译区的：polyA。105.CpGisland：CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段，CpG保持或高于正常概率。106.coiledcoil：卷曲螺旋，是蛋白质中由2~7条α螺旋链相互缠绕形成类似麻花状结构的总称。卷曲螺旋是控制蛋白质寡聚化的元件，在机体内执行着分子识别、代谢调控、细胞分化、肌肉收缩、膜通道等生物学功能。107.heptadrepeat：七肽重复区是典型的卷曲螺旋结构类型之一，由多个七肽单元连接而成的重复序列。108.structuredomain：结构域，是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。109.motif：蛋白质序列中较短的保守区域，通常为按一定的模式排列的氨基酸残基也称为指纹（figureprint）。110.linuxoperatingsystem：linux操作系统，Linux是一类Unix计算机操作系统的统称。Linux操作系统也是自由软件和开放源代码发展中最著名的例子。111.BioPerl：aninternationalassociationofusers&developersofopensourcePerltoolsforbioinformatics,genomicsandlifescience112.PubMed：是一个免费的生物医学文摘数据库，提供部分论文的摘要及指向全文的链接。作为Entrez资讯检索系统的一部分。113.HGP(humangenomeproject)：是一项规模宏大，跨国跨学科的科学探索工程。114.ncRNA：非编码RNA（Non-codingRNA）是指不编码蛋白质的RNA。115.miRNA：是一类由内源基因编码的长度约为22个核苷酸的非编码单链RNA分子，它们在动植物中参与转录后基因表达调控。填空题1.常用的三种序列格式：NBRF/PIR,FASTA和GDE2.初级序列数据库：GenBank，EMBL和DDBJ3.蛋白质序列数据库：SWISS-PROT和TrEMBL4.提供蛋白质功能注释信息的数据库：KEGG（京都基因和基因组百科全书）和PIR（蛋白质信息资源）5.目前由NCBI维护的大型文献资源是PubMed6.数据库常用的数据检索工具：Entrez，SRS，DBGET7.常用的序列搜索方法：FASTA和BLAST8.高分值局部联配的BLAST参数是HSPs（高分值片段对），E（期望值）9.多序列联配的常用软件：Clustal10.蛋白质结构域家族的数据库有：Pfam，SMART11.系统发育学的研究方法有：表现型分类法，遗传分类法和进化分类法12.系统发育树的构建方法：距离矩阵法，最大简约法和最大似然法13.常用系统发育分析软件：PHYLIP14.检测系统发育树可靠性的技术：bootstrapping和Jack-knifing15.原核生物和真核生物基因组中的注释所涉及的问题是不同的16.检测原核生物ORF的程序：NCBIORFfinder17.测试基因预测程序正确预测基因的能力的项目是GASP（基因预测评估项目）18.二级结构的三种状态：α螺旋，β折叠和β转角19.用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络，包括输入层，隐含层和输出层20.通过比较建模预测蛋白质结构的软件有SWISS-PDBVIEWER（SWISS—MODEL网站）21.蛋白质质谱数据搜索工具：SEQUEST22.分子途径最广泛数据库：KEGG23.聚类分析方法，分为有监督学习方法，无监督学习方法24.识别基因主要有两个途径即基因组DNA外显子识别和基于EST策略的基因鉴定。25.表达序列标签是从mRNA中生成的一些很短的序列（300-500bp），它们代表在特定组织或发育阶段表达的基因。26.序列比对的基本思想，是找出检测基因和目标序列的相似性，就是通过在序列中插入空位的方法使所比较的序列长度达到一致。比对的数学模型大体分为两类，分别是整体比对和局部比对。27.2-DE的基本原理是根据蛋白质等电点和分子量不同，进行两次电泳将之分离。第一向是等电聚焦分离,第二向是SDS分离。28.蛋白质组研究的三大关键核心技术是双向凝胶电泳技术、质谱鉴定技术、计算机图像数据处理与蛋白质数据库。判断题1、生物体的结构和功能越复杂的种类就越多，所需要的基因也越多，C值越大，这是真核生物基因组的特点之一。（对）2、CDS一定就是ORF。（对）3、两者之间有没有共同的祖先，可以通过序列的同源性来确定，如果两个\o"基因"基因或蛋白质有着几乎一样的\o"DNA序列"序列，那么它们高度同源,就具有共同的祖先。（错）4、STS，是一段200-300bp的特定DNA序列，它的序列已知，并且在基因组中属于单拷贝。（对）5、非编码DNA是“垃圾DNA”，不具有任何的分析价值，对于细胞没有多大的作用。（错）6、基因树和物种树同属于系统树，它们之间可以等同。（错）7、基因的编码序列在DNA分子上是被不编码的序列隔开而不连续排列的。( 对）8、对任意一个DNA序列，在不知道哪一个碱基代表CDS的起始时，可用6框翻译法，获得6个潜在的蛋白质序列。（对）9、一个机体只有一个确定的基因组，但基因组内各个基因表达的条件和表达的程度随时间、空间和环境条件而不同。（对）10、外显子和内含子之间没有绝对的区分，一个基因的内含子可以是另一个基因的外显子，同一个基因在不同的生理状况或生长发育的不同阶段，外显子组成也可以不同。（对）11、比较是科学研究中最常见的方法，在生物信息学研究中，比对是最常用和最经典的研究方法。（对）12、ORF一定就是CDS。（错）13、用不同的方法可以构建不同的系统发育树,为保证分析结果的可靠性,需要对进化树进行评估。（对）14、相似性是一种很直接的数量关系，无需实验验证。（错）15、基因树和物种树同属于系统树，它们之间可以等同。（错）16、蛋白质和DNA的同源性常常通过它们序列的相似性来判定，如果两个\o"基因"基因或蛋白质有着几乎一样的\o"DNA序列"序列，具有高度的相似性，那么它们一定是同源。（错）17、所谓局部比对是找出两个被比较序列的最类似片段。（对）不定项选择题1、（ABC）是现在国际上最主要的三大核酸序列数据库A.EMBLB.DDBJC.GenBankD.NCBIE.EBI2、RFLP是DNA多态性中最多见的一种，它产生的机制包括（ABE）A.DNA分子产生突变，使某些酶切位点数增加B.DNA分子产生突变，使某些酶切位点数减少C.限制性酶切位点之间重复序列数目变异D.限制性酶星活性E.限制性酶切位点前后的DNA片断发生插入或删除3、下面序列哪些为反向重复序列(BD)A.…GCACTTG…GCACTTG…B.…GCACTTGCAAGTGC……CGTGAAC…CGTGAAC……CGTGAACGTTCACG…C.…GCACTTG…CAAGTGC…D.…GCACTAGCTAGCGG……CGTGAAC…GTTCACG……CGTGATCGATCGCC…4、分析EST序列时首要注意以下几点（ACDE