《生物信息学》课程教学大纲

《生物信息学》课程教学大纲课程编号：课程名称：生物信息学总学时数：学时实验学时：学时先修课及后续课：先修课有《普通生物学》、《生物化学》、《微生物学》、《细胞生物学》、《遗传学》、《基因工程》、《分子生物学》。一、说明部分、课程性质生物信息学是生物工程专业的选修课程，适宜于已有生物化学和分子生物学基础的学生。生物信息学是一门交叉学科，是现代生物学研究的重要工具，因此本课程在人才培养过程中具有很重要的地位。本课程系统地概括了该学科的核心内容，包括主要生物信息学数据库及数据库查询、序列相似性搜索、多序列比对和进化树分析、序列的一般分析、生物信息学在人类基因组研究计划中的应用及蛋白质组信息学等主要内容。、教学目标及意义使学生学习、掌握生物信息学的先进理论知识和技术，掌握信息时代彼此相互学习、相互交流医学知识必不可少的现代工具和技术手段。、教学内容及教学要求()要求学生掌握生物信息学的基本理论知识和基本概念，熟悉生物信息学的相关技术方法，特别是分子生物学中常用的关键技术及常用软件。()考虑到生物信息学实践性很强的特点，结合生物医学实际，设计了一些实验供学生练习操作，以巩固所学的知识和技术。要求学生熟悉生物信息学的常用网络技术方法，掌握网络技术基本要领。、教学重点、难点重点：生物信息学的概念、主要生物信息学数据库及数据库查询、序列相似性搜索、序列的一般分析。难点：主要生物信息学数据库及数据库查询、序列相似性搜索、序列的一般分析。通过系统的学习，使学生能够掌握生物信息学的基础知识与概念、运用生物信息学成果解决生命科学相关问题的基本方法与途径，培养分析问题与解决问题的能力；了解生物信息学网络资源，开拓视野；培养对生物工程专业课程研究的兴趣。、教学方法与手段在教学方法上采取课堂讲授为主，辅以多媒体课件、网上数据库使用等，以加强学生对理论知识的消化和理解，在教学过程应注意积极启发学生的思维，培养学生发现问题和解决问题的能力。、教材及主要参考书教材：《基础生物信息学及应用》，清华大学出版社，蒋彦等编。参考书目：《生物信息学网络资源与应用》，中山大学出版社，黄韧等编。《生物信息学手册》第版，上海科学技术出版社，郝柏林等编。《生物信息学方法与实践》，科学出版社，张成岗、贺福初等编。《生物信息学概论》，北京大学出版社，罗静初等译。《生物信息学》，科学出版社，赵国屏等编。《生物信息学》，科学出版社，张杨德等编。《 》影印本，科学出版社二、正文部分第一章》论（课时）教学要求：本章重点掌握生物信息学定义、生物信息学研究的基本内容，难点生物信息学的应用。第一节生物信息学的诞生和发展本节要求了解生物信息学的诞生和发展考核概率 ，掌握生物信息学定义考核概率。什么是生物信息学生物信息学的诞生和发展第二节生物信息学研究的基本内容、任务本节要求了解生物信息学的任务考核概率 ，理解生物信息学研究的基本内容考核概率。生物信息学研究的基本内容生物信息学的任务第三节生物信息学的应用和意义本节要求了解生物信息学的意义考核概率 ，理解生物信息学的应用考核概率O生物信息学的应用生物信息学的意义第二章主要生物信息学数据库及数据库查询（课时）教学要求：本章重点生物信息学门户网站、常用的生物信息学数据库及其查询系统TOC\o"1-5"\h\z和，难点生物信息学数据库查询系统 和。第一节生物信息学门户网站本节要求了解考核概率，理解考核概率，掌握考核概率第二节常用的生物信息学数据库本节要求了解 和其他常用数据库考核概率 ，理解、 考核概率 ，掌握、 蛋白序列数据库和 、数据库考核概率 。核酸数据库蛋白质数据库第三节数据库查询本节要求理解序列查询其它途径考核概率 ，掌握数据库查询系统 、数据库查询系统 考核概率。数据库查询系统数据库查询系统序列查询其它途径第四节序列提交本节要求了解序列提交考核概率第三章序列相似性搜索、多序列比对和进化树分析（课时）教学要求：本章重点序列相似性搜索，难点序列的 分析、多序列比对、进化树分析。第一节序列相似性搜索本节要求了解序列相似性搜索的任务和目的考核概率 ，理解专门的 服务器考核概率 ，掌握相似性和同源性、序列的 分析考核概率 。相似性和同源性序列相似性搜索的任务和目的序列的 分析专门的 服务器第二节多序列比对本节要求了解序列比对程序 、 、 考核概率，理解考核概率 序序列比对程序序列比对程序序列比对程序序列比对程序第三节进化树分析本节要求了解进化树的构建方法和常用的进化树分析软件考核概率 ，理解进化树的应用考核概率 ，掌握进化树的概念考核概率序进化树的概念进化树的构建方法常用的进化树分析软件进化树的应用第四章序列的一般分析（课时）教学要求：本章重点核酸序列的一般分析、蛋白质序列的一般分析，难点核酸序列的一般分析、蛋白质序列的一般分析。第一节序列格式转化本节要求理解序列格式转换软件考核概率 、掌握常见序列格式考核概率0常见序列格式序列格式转换软件第二节核酸序列的一般分析本节要求了解引物设计考核概率 ，理解序列翻译、 查找、二级结构分析考核概率，掌握限制性内切酶分析考核概率 。序列翻译、 查找限制性内切酶分析引物设计二级结构分析第三节蛋白质序列的一般分析本节要求了解蛋白质的亚细胞定位考核概率，理解膜蛋白的跨膜区预测、蛋白质序列的二级结构预测、蛋白质序列的三级结构预测考核概率，掌握氨基酸的理化性质分析考核概率。氨基酸的理化性质分析蛋白质的亚细胞定位膜蛋白的跨膜区预测蛋白质序列的二级结构预测蛋白质序列的三级结构预测第五章生物信息学在人类基因组研究计划中的应用及蛋白质组信息学（课时）教学要求：本章重点在人类基因组研究计划中生物信息学主要研究内容、蛋白质组信息学，难点在人类基因组研究计划中生物信息学主要研究内容、蛋白质组信息学。第一节生物信息学在人类基因组研究计划中的应用本节要求了解生物信息学在人类基因组研究计划中的发展趋势、生物信息学的发展展望考核概率 ，理解当前主要研究内容考核概率。当前主要研究内容生物信息学在人类基因组研究计划中的发展趋势生物信息学的发展展望第二节蛋白质组信息学本节要求了解蛋白质组学简介、蛋白质组信息学相关资源考核概率 ，理解蛋白质组分析的内容和方法考核概率 ，掌握蛋白质组信息学考核概率 理蛋白质组学简介蛋白质组信息学蛋白质组分析的内容和方法蛋白质组信息学相关资源第六章文献检索（课时）教学要求：本章重点国内外有关生物信