微生物第5章分类与鉴定

关于微生物第5章分类与鉴定一、生物的系统发育和进化1、对生物分类的两种原则：传统：根据表形特征的相似程度分类。重在应用，不以反应生物之间的进化关系为目的现代：通过比较不同物种间基因序列的相关性来类，目的是探寻各物种间的进化关系，建立反映生物发育相关性的分类系统。第2页,共25页，2024年2月25日，星期天2、传统的分类体系1753年：瑞典人林奈（CarrolusLinneaus）两界分类系统：生物动物植物1969年：惠特克（R.H.Whittaker）：

原核生物界：细菌、蓝细菌原生生物界：原生动物、单细胞藻类五界系统真菌界：真菌、酵母菌植物界动物界第3页,共25页，2024年2月25日，星期天3、反映生物系统发育相关性的进化计时器生物AA、B间的生物B进化关系理想的生物进化计时器应具备的条件：见书原核生物核糖体（70S）：大亚基（50S）：蛋白质+23SrRNA+5SrRNA

小亚基（30S）：蛋白质+16SrRNA真核生物核糖体（80S）：大亚基（60S）：蛋白质+28SrRNA+5~5.8SrRNA

小亚基（40S）：蛋白质+18SrRNA

比较两者核苷酸or氨基酸序列差异（进化计时器）第4页,共25页，2024年2月25日，星期天

20世纪70年代，沃斯（CarlWoese）根据生物核糖体中18SrRNA和16SrRNA的碱基序列将生物划分为3个“域（domain)“或称“原界”：古细菌原界（Archaea）：甲烷菌，嗜盐菌，嗜热菌等真细菌原界（Bacteria）：除古细菌外的其它原核生物真核生物原界(Eukarya)：原生生物、真菌、动物、植物4、三域分类学说第5页,共25页，2024年2月25日，星期天生物的三原界系统发育树第6页,共25页，2024年2月25日，星期天二、微生物的分类单元和命名：

1、种以上的微生物分类单元：界（Kingdom）、门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）2、对于微生物来说，种的概念：表型特征和包括16SrRNA在内的基因序列特征高度相似的菌株群，而且这个菌株群和其它类群有明显差异。

3、种以下的分类概念：菌株（strain）、模式菌株（typestrain）亚种（subspecies）型（form）：生物型、血清型、噬菌体型……

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4．菌种学名

（1）按《国际细菌命名法规》命名的，国际公认，通用的正式菌种名字。采用林奈的双名法：学名：属名+种名加词（字母均为斜体）属名：拉丁文或希腊文，名词，单数，第一个字母大写，描述微生物的一般的、主要的特性。

种名加词：拉丁文或希腊文，形容词，字母小写，描述该菌种具体、次要特征。例：金黄色葡萄球菌：Staphylococcus

aurous结核分枝杆菌：Mycobacterium

tuberculosis第8页,共25页，2024年2月25日，星期天

如果泛指某一属的微生物，或某菌种，知其属但种名未定，可用“sp”“spp”作加词：

Bacillus

sp:一个尚未定名的芽孢杆菌

Bacillus

spp:泛指芽孢杆菌属的菌种（2）种以下分类：亚种（subspecies,subsp）指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，例：蜡状芽孢杆菌的蕈状亚种：

Bacillus

cereussubsp.

Mycoides变种（Variety,Var）:现不正式使用，枯草芽孢杆菌黑色变种：

Bacillus

subtilis

var.

niger第9页,共25页，2024年2月25日，星期天

菌株（strain）:由一个独立的单细胞繁殖形成的微生物纯种群体，使用较广泛。某菌种的菌株名称加在菌种学名之后，可任意取名，例：华癸中生根瘤菌7653R菌株：

Mesorhizobiumhuakuii7653R费氏中华根瘤菌USDA205株：

SinorhizobiumfrediiUSDA205同一菌种学名在一篇文章中首次出现时应写全称，第二次出现，属名可只写第一个字母,字母右下加圆点，以示缩写：

EscherichiacoliE.coli第10页,共25页，2024年2月25日，星期天三、原核生物的鉴定和分类方法传统分类依据：表型特征现代分类依据：以遗传型特征为依据的分子分类（一）传统分类方法高等动物：外部形态、内部解剖结构种子植物：生殖器官特征：花、果实微生物：微生物形体小，类型多，变异大，微生物分类、鉴定的依据远较其他生物复杂：第11页,共25页，2024年2月25日，星期天个体形态：细胞形状、大小、特殊结构（如芽孢、鞭毛、荚膜）、革兰氏染色反应等…群体形态：在固体琼脂上的菌落形态、斜面菌苔特征、液体培养特征生理生化反应：产能方式、与氧气关系、碳源氮源利用、糖发酵、乙酰甲基甲醇试验（V.P）、吲哚试验、明胶液化、淀粉水解、产氨试验等……血清学试验噬菌体分型第12页,共25页，2024年2月25日，星期天DifferentShapes1、细菌的个体与群体形态

（1）细菌的个体形态第13页,共25页，2024年2月25日，星期天

（2）

细菌的排列方式：母细胞子细胞立即分开分散个体不立即分开形成各种排列方式

不同排列方式多见于球菌，是球菌的分类依据之一：单球菌、双球菌、链球菌、四联球菌、八叠球菌、葡萄球菌杆菌多为单生（E.coli）或排成链状(B.t)，对分类意义不大第14页,共25页，2024年2月25日，星期天第15页,共25页，2024年2月25日，星期天第16页,共25页，2024年2月25日，星期天（3）

细菌的群体形态细菌在自然环境或培养基上大量繁殖后，形成肉眼可见的群体。在固体培养基上由单个细胞生长繁殖形成的群体称为菌落（colony）；

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细菌在固体琼脂平板上形成的菌落特征可作为分类鉴定的依据，如：菌落大小、形状颜色、光泽、隆起状况等。细菌在斜面、半固体、液体等培养条件下也有不同生长特征，可作为分类鉴定的依据。第18页,共25页，2024年2月25日，星期天第19页,共25页，2024年2月25日，星期天2、常用分类方法二分法数值分类法（Numericaltaxonomy）见书3、

分子分类法：G+C

百分比的测定核酸杂交16SrRNA碱基测序4、细菌鉴定的自动分析技术API系统Biolog系统第20页,共25页，2024年2月25日，星期天API细菌鉴定系统第21页,共25页，2024年2月25日，星期天适用于肠道厌氧细菌的Enterotube鉴定系统第22页,共25页，2024年2月25日，星期天四、原核生物的分类系统美国微生物学会组织编写的鉴定细菌的两部工具书1．《伯杰氏鉴定细菌学手册》

（Bergey’sManualofDeterminativeBacteriology）该书根据细菌形态和生理特征进行分类，其分类体系被世界各国普遍接受

1923年第1版

1994年第9版：以细菌形态和生理类型为依据，结合系统发育知识，将细菌分为35个群，4个大类：

1.具Cellwall的G-真细菌

2.具Cellwall的G+真细菌

3.无Cellwall真细菌

4.古细菌第23页,共25页，2024年2月25日，星期天2．《伯杰氏系统细菌学手册》

（Bergey’sManualofSystematicBacteriology）该书在《伯杰氏鉴定细菌学手册》基础上，建立了以核酸杂交、