mm-pbsa计算原理结果_第1页
mm-pbsa计算原理结果_第2页
全文预览已结束

下载本文档

版权说明：本文档由用户提供并上传，收益归属内容提供方，若内容存在侵权，请进行举报或认领

文档简介

mm-pbsa计算原理结果MM-PBSA(MolecularMechanics/Poisson-BoltzmannSurfaceArea)是一种用于计算生物分子间相互作用自由能的方法。它结合了分子力学力场(MM)、泊松-玻尔兹曼方程(Poisson-Boltzmann)和溶剂accessiblesurfacearea(SASA)三种计算方法。MM-PBSA方法通常用于计算蛋白质与配体结合自由能、蛋白质蛋白质相互作用、蛋白质和DNA/RNA的结合自由能等。在MM-PBSA计算中，首先需要通过分子力学力场计算蛋白质-配体结合态以及蛋白质和配体的解离态的总能量。分子力学力场使用力场参数描述原子间的作用，包括键能、角能、二面角能、范德华能、电荷相互作用能等，通过求和得到总能量。接下来，需要计算溶剂的环境对结合自由能的影响。使用泊松-玻尔兹曼方程求解溶剂对带电粒子周围电场的影响。该方程描述了带电粒子周围溶剂的电势分布，并通过平衡电荷和周围介质的溶剂反应场来求解。该方程中，蛋白质/配体被看作带电粒子，溶剂倒模拟为连续的均匀介质。最后，需要计算溶剂accessiblesurfacearea(SASA)对各种状态能量的贡献。SASA是溶剂中分子在外部表面上获得的面积，可以反映溶质与溶剂的相互作用。通过计算分子中每个原子高度上分割的表面相对于平均表面的增/减面积，可以得到溶剂accessiblesurfacearea。通过结合经典力场能量、溶剂电势能和溶剂accessiblesurfacearea，可以得到蛋白质-配体结合自由能的估计值。在MM-PBSA计算中，通常使用大量的分子动力学模拟结构来获得多种构象的平均结构。尽管MM-PBSA方法广泛应用于生物分子间相互作用自由能的计算，但它也存在一些限制。首先，它在处理水分子周围的溶解作用时，不考虑水分子的动力学效应，这可能导致计算结果不准确。其次，MM-PBSA方法无法处理溶剂和溶质之间的长程相互作用效应，这对涉及远程相互作用的生物分子相互作用来说可能是一个问题。总的来说，MM-PBSA是一种在计算生物分子间相互作用自由能中被广泛应用的方法。通过结合分子力学力场、泊松-玻尔兹曼方程和溶剂accessiblesurfacearea计算，MM-PBSA方法能够估计蛋白质-配体结合自由能，并在药物设计和生物化学研究中

人人文库> 全部分类> 教育资料 > 辅导培训

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明，都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等，如果需要附件，请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸，网页内容里面会有图纸预览，若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间，仅对用户上传内容的表现方式做保护处理，对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑，并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容，请与我们联系，我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

最新文档

评论

0/150

提交评论