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文档简介

土壤群落实验报告实验提要：本次实验将针对不同土壤类型进行土壤群落研究，以了解土壤中微生物的群落结构和多样性。我们将使用16SrRNA测序技术来对土壤微生物群落进行分析，并比较不同土壤类型间的相似性和差异性。实验参数：-样品类型：三种不同类型的土壤（砂壤土、粘性黏土、壤土）-实验仪器：16SrRNA测序仪-实验数据：测序结果、分类图-实验流程：样品准备、DNA提取、PCR扩增、序列测定、序列分析和分类实验步骤：1.样品准备从砂壤土、粘性黏土和壤土中，各取30g土壤样品，使用氧化锌混合法将细菌和真菌分离开来。通过研磨、筛网的方法筛制掉岩石、杂质和根系等物质，并将得到的土壤样品分装入不同的离心管中。2.DNA提取利用商用的基因组DNA提取试剂盒进行土壤DNA提取，遵守厂家指南进行操作。3.PCR扩增使用菌落PCR体系对上述提取的土壤DNA进行扩增（F515/R907），PCR反应体积为50µL：DNA模板（10ng/µL），5µL；10倍PCR反应缓冲液，5µL；2.5mMMgCl2，2µL；2.5mMdNTPs，1µL；0.2µMF515/R907引物，1µL每个；TaqDNA聚合酶，0.25U；去离子水，35.75µL。4.序列测定使用16SrRNA分子标记技术进行DNA序列测定，然后让商店将样品分析之后，将测序数据整理成FASTQ格式文件。5.序列分析和分类分析FASTQ文件。首先去除低质量序列和低频序列来减少误差率，并进行比对和分类。接着进行phylogeny（系统发育学分析），比较各样品的物种组成和群落结构。实验注意点：1.所有工作都要在无菌环境下进行，以免外界污染土壤样品。2.在加入DNA提取试剂盒之前，必须先将样品初步处理完毕，以免提取时将不需要的污染物一同提取。3.在PCR反应中，应当添加负对照以检测污染物的存在。4.序列数据分析之前，必须建立一个高品质序列数据库，以便可以很好地区分真实群落和低质量及污染序列。实验结果：三种不同土壤类型的第一层群落结构相似度为65％，第二层群落结构相似度为40％。这表明不同类型的土壤具有较高的微生物多样性，特别是在第一层群落的范围内。黏土土壤中含有丰富的真菌属，而砂壤土壤中则富含植物生长所需的微生物。壤土富含短链脂肪酸形成细菌和硝化细菌，是一个适合多样化微生物种类的土壤。结论：本实验结果表明不同类型的土壤都存在微生物多样性，不同类型土壤的微生物群落结构和成分存在较大的差异。黏土土壤中真菌属丰富；砂壤土壤中具有植物

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