血液肿瘤的分子检测

血液肿瘤的分子检测

中国医学科学院血液病医院汝昆血液肿瘤的综合诊断MIGM形态学免疫分型遗传学分子生物学t(12:21)t(4:11)t(1;19)t(9;22)CD9-+++CD10+-++CD15-+--CD24+-++CD34++-+ALL中免疫分型和遗传学的相关性免疫表型预测

生发中心与非生发中心亚型诊断DLBCLCD10,Bcl-6andMUM-1染色结果分析CD10+生发中心细胞（GC）表型CD10-BCL6+MUM-1-MUM-1+Non-GC表型特殊检查蛋白水平:免疫组化流式细胞学免疫荧光/电镜蛋白质组学分子水平:染色体水平核酸水平基因组学、表观遗传学序列多态性每条染色体的两个拷贝****长度多态性1212AG遗传变异的类型单核苷酸多态性(SNP)

串联重复串联重复的两种类型微卫星或短串联重复序列

(STR)2–7bpRepeats小卫星或数目可变串联重复序列(VNTR)8–80bpRepeatsDNA水平上的改变–小的改变点突变重复改变缺失/插入CCTGAGGAGCCTGTGGAGTTCCAG…(CAG)5…CAGCAAGAATTAAGAGAAGCAGAAGCA例如:血红蛋白,β–镰刀形红细胞贫血病例如:表皮生长因子受体–肺癌TTCCAG…(CAG)60…CAGCAA例如:亨廷顿蛋白–亨廷顿病不同个体的基因组中大概0.4%的基因是CNV。Hg:alphaAmylase：6-15

copiesAlu序列Fragile

X

syndromeDNA水平上的改变–大的改变易位扩增缺失/插入22q11.2region– DiGeorge综合征17q21.1(ERBB2)–

乳腺癌t(9;22)(q34;q11)–CML922Der9Der22细胞遗传学（筛选）:

大插入/缺失,扩增,易位(5Mb)原位杂交（选择）:

大插入/缺失,扩增,易位乳腺癌细胞扩增Her2基因一名习惯性流产妇女发生t(6;15)

染色体变异传统的检测DNA改变的策略基于PCR的方法:

PCR，Q-PCR，HRM基因测序的方法:

Sanger’s分子诊断：检测DNA改变的策略Chromatogramfilefour-dyesystemsingle-dyesystem微阵列不能发现未知基因二代测序:

不适合发现大的插入/缺失,扩增,易位分子诊断：新的检测DNA改变的策略

鉴别诊断预后判断不同的肿瘤形态相似同一肿瘤形态不同病理诊断：normallymphomaCLL/SLLMCLSMZLLPL小B细胞淋巴瘤之间的鉴别诊断

鉴别诊断预后判断不同的肿瘤形态相似同一肿瘤形态不同病理诊断：M0

鉴别诊断预后判断不同的肿瘤形态相似同一肿瘤形态不同病理诊断：同一肿瘤遗传背景不同（肿瘤的异质性）弥漫性大B细胞淋巴瘤

-Unsupervisedanalysis无法治愈率：60%57个基因分为3组:生发中心B细胞样DLBCLt(14;18)异位（bcl-2）染色体2p上的c-ref扩增活化的B细胞样DLBCLNF-

B的活化3型DLBCLNEJM2002.346:1937-47Blood2002.99:2285-90JExpMed2001.194:1861-74AML中影响治疗和预后的突变风险级别遗传学异常分子生物学异常预后良好t(8;21)t(15;17)inv(16)ort(16;16)正常核型伴：NMP1突变或CEBPA突变而且无FLT3-IDT预后中等正常核型+8t(9:11)其他未定义型t(8;21),t(15;17),inv(16)ort(16;16):伴c-KIT突变预后不良复杂核型-5,5q-,-7,7q-11q23:不包括t(9;11)inv(3),t(3;3)t(6;9)t(9;22)正常核型：伴FLT3-ITD突变伴c-kit突变AML中影响治疗和预后的突变风险级别遗传学异常分子生物学异常预后良好t(8;21)t(15;17)inv(16)ort(16;16)正常核型伴：NMP1突变或CEBPA突变而且无FLT3-IDT预后中等正常核型+8t(9:11)其他未定义型t(8;21),t(15;17),inv(16)ort(16;16):伴c-KIT突变预后不良复杂核型-5,5q-,-7,7q-11q23:不包括t(9;11)inv(3),t(3;3)t(6;9)t(9;22)正常核型：伴FLT3-ITD突变伴c-kit突变髓系白血病淋系白血病MPNMDS单基因单位点检测单基因所有位点检测所有疾病相关基因的所有位点检测基因突变分布以及检测层面的意义基因检测，目前临床主要采用

Sanger测序和/或者PCR检测方法局限性：

费用高通量低费人力周期长高通量基因测序时代到来-多基因检测降低检测成本通量大，灵活同时检测多种基因基因的全部外显子检测深度测序–突变MRD的监测检测速度快

血液病的“基因扫描”

-外显子捕获测序

FLT3NPM1DNMT3AIDH1IDH2NRASKRASRUNX1TET2TP53CEBPAWT1KITMPLJAK2SH2B3ASXL1CBLEZH2SF3B1SRSF2PHF6JAK1PTPN11PTENAMLT-ALLNOTCH1FBXW7RUNX1DNMT3APHF6PTENFLT3WT1JAK1EZH2TEL/ETV6RASFLT3TP53JAK2ASXL1IKZF1JAK3PTPN11NF1PAX5B-ALLCRLF2CMLABL1SETBP1BRAFNF1PTPN11IDH1IDH2NRASKRASRUNX1TET2EZH2IKZF1PHF6CALRCBLCSF3RCLLCLLTP53ATMSAMHD1RUNX1TP53TET2KITIDH1IDH2CALRASXL1CBLEZH2SF3B1SRSF2NOTCH1FBXW7PHF6IKZF1JAK1FLT3NPM1DNMT3ANRASJAK2PAX5MPN淋巴瘤ARIDAATMBCL2BCL6BIRC3CCND1CDKN1ACREBBPCRLF2CXCR4EPHA7FAT1MLL2NOTCH2PDGFRBPIK3CATAL1TELWHSC1。。。FGFR3MAFBMUM1/IRF4PAX5PRDM1RB1TRAF3。。。骨髓瘤CCND1CCND3c-MAFc-MYCCYLDDIS3FAM46C。。。T-ALLNRASSH2B3GATA3KRASJAK1JAK3IL7RFLT3BRAFETV6RUNX1EZH2EP300IKZF1EEDSUZ12SETD2DNM2WT1PHF6NOTCH1RELNECT2LFAT1FAT3MLL2BMI1DNMT3AEP300造血过程相关组蛋白修饰相关Nature

481：157-163.2012新基因噬血细胞综合症(HPS)历史1979年首先由Risdall等报告,是一种多器官、多系统受累，并进行性加重伴免疫功能紊乱的巨噬细胞增生性疾病流行病流行病学以儿童多见，男性多于女性。儿童原发性HLH(FHL)的年发病率约为0.12/1O万。在日本和亚洲国家发病率较高。本病来势凶险，东方患者的死亡率约为45％。遗传检测相关基因RAB27A、XIAP、STXBP2、ITK、LYST、PRF1、SH2-D1A、UNC13D、STX11和WAS的点突变、插入和缺失，从来帮助临床检测范可尼贫血（FanconiAnemia，FA）定义分子检测涉及范围范可尼贫血（Fanconianemia，FA）是一种常染色体隐性遗传病，为先天性再障中最为常见的一种分析FANCA，FANCC，FANCG外显子范围内的点突变、短片段的插入和缺失型突变最常见的三种FA相关基因：FANCA、FANCC和FANCG，这三种基因突变约占全部FA患者的85%FANCAFANCCFANCG突变基因在血液疾病中的分布CLLALLCMLAMLMDSMPNMMLymphomaFAHLHTTP

我们通过外显子捕获测序对血液疾病进行“基因扫描”。检测在血液疾病发生、发展过程中起关键及辅助作用的基因进行全外显子的一个捕获和深度测序，发现这些“元凶”及“从犯”的一个本质的特征（点突变、短的插入和缺失，以及重复序列），从而轻松的协助疾病的诊断，并对疾病进行一个危险度的分层、预后判断以及用药的指导等。高通量测序进行“基因扫描”测序流程3.5小时3小时2小时0.5小时01构建文库02制备模板03运行序列