TCMD中药化学数据库中文版用户说明书

TCMD中药化学数据库中文版用户说明书

1.TCMD产品特性及内容.....................................................3

1.1产品研制背景和意义..............................................................3

1.2TCVD体现了科学性和好用性的统一.................................................3

1.3TCMD产品的应用领域.............................................................3

1.4TCMD2023.1版本的内容..........................................................3

1.4.19127种化合物............................................................................3

1.4.23922种中药药用植物......................................................................4

1.4.39127种化合物的三维结构库...............................................................4

1.5TCMD产品的检索功能和用途........................................................5

2.ISIS/Base平台运用说明.....................................................5

2.1文本查询.........................................................................5

2.1.1SBF方式.................................................................................5

2.1.2QB方式...................................................................................5

2.2结构查询.........................................................................5

2.2.1SBF方式.................................................................................5

2.2.2QB方式..................................................................................6

2.3交叉查询.........................................................................6

2.3.1SBF方式.................................................................................6

2.3.2QB方式..................................................................................6

3.TCMD产品的应用实例.....................................................6

［实例01］化合物ID号检索............................................................6

［实例02］化合物中文名称检索.........................................................6

［实例04］化合物分子式检索...........................................................7

［实例05］化合物分子量检索...........................................................7

［实例06］化合物的物化性质检索.......................................................7

［实例07］从植物检索化合物（从化合物表动身）..........................................8

［实例08］从植物检索化合物（从植物表动身）............................................8

［实例09］检索某科植物中的全部化合物.................................................8

［实例11］某科植物化学成分的药理活性分布.............................................9

［实例12］检出某属植物中含有的化合物.................................................9

［实例13］指定中药的功效检索有关化合物..............................................10

［实例14］指定中药的适应症检索有关化合物............................................10

［实例15］抑制剂及其药理模型检索....................................................10

［实例16］复合检索例.................................................................10

［实例17］参考文献查询...............................................................11

［实例19］定题检索...................................................................II

［实例20］三维药效团检索实例：搜寻和GABAA受体结合的配体............................11

4.动画演示实例..............................................................12

5.结柒数据导出..............................................................12

5.1Excel表格.......................................................................12

5.2SDF、RDF、ISIS/Base格式.........................................................12

6.联系询问............................................................................13

1.TCMD产品特性及内容

1.1产品研制背景和意义

“中药化学数据库（TmdilionalChineseMedicinesDaiabase,TCMD2023.1）”是中科院过程工程探讨所分子设计课题组在长期从事药物设

计方法探讨的背景下，时数据库工具的国内外需求进行分析，经多年努力研制胜利的科学数据库产品，是一个支持新药研发和中药现代

化探讨的新型工具。与其内容相近的英文专著TraditionalChinesemedicines其次版已于2023年3月在国外广泛发行。现推出中文版产出

以满意国内各方面的须要。

1.2TCMD体现了科学性和好用性的统一

♦采纳准确的立体化学方式表达化学结构信息：

♦采纳规范的格式化表达处理化合物生物活性和中药功效、适应症和药理信息；

♦采纳严格的桢物分类系统（郑万钧分类系统和恩格勒分类系统）表达中药源植物：

♦安装在通用的MDL公司ISISBase平台上，在Windows环境下运行，用户无需编程，也不要求具有特地的计算机学问，检索、阅读

和输出便利自如。同时也可便利地和Tripos.Accelrys等其他分子设计软件系统相连接.

1.3TCMD产品的应用领域

TCMD是一个多学科交叉的科学数据库，涉及中药现代化探讨、中药化学、药物化学、植物化学、化学信息学、中药药理学、分子药理

学、药物设计学、自然产物探讨与开发、新药创制、新剂型中药研发、新农药及其它农用化学品的研发等诸多探讨及开发领域。信任只

要初步了解了它所包含的信息类别和内容，上述领域的工作者都可以在自己的领域中找到令人兴奋的用途。

1.4TCMD2023.1版本的内容

该产品2023.1版本包含三部分内容：化合物，中药药用植物，和一个三维结构库。

1.4.19127种化合物

该产品第一部分内容是从1800多篇（部）中英文书籍和探讨论文中收集的9127种从中草药中分别出来的化合物信息。每种化合物下列10

项数据：唯一代码、中文名称、英文名称、CAS登录号、分子式、分子星、物理化学性质（晶体形态、熔点、沸点、旋光度等）、格式

化的生物活性数据（即药理模型试验结果，3000种化合物有此数据）、含有该化合物的中药名单、含立体化学信息的结构式和参考文献。

以人参皂或Rd和紫杉醇示例：

中药生物活性化合物信一举祠

3368GinsenosideRd人参皂贰Rd

GypenosideVIII52705-93-8OBHMOIS947.18物化性质:白色粉末（乙粉-正丁酌1:1）,mp206209℃」可D2?-+19.38。（c-

1.03,甲醇）.药理活性：抗心律失常（BaCh引起的大白就心律不齐）；抗病毒；抑制HSV-1的第制；大白鼠肝脏匀浆的抗乳

化剂（H◎所致.IGo=12.0±0.8gg/ml,byFCSOJ.IC50=457.5±15.4pg/ml）;11-P-羟缶类脱氢的抑制剂;cAMP磷酸二酯酣抑

制剂（invitroJCso=84NM）;促进软毛霉素和氏春花磅的细胞毒作用；促进皮质阳血浆分泌（EDso=112mumol/kg）;调整

肾功能和抑制肾小球再生；血管扩张剂,原植物：绞股蓝，秦岭珠子参,人参.西洋参•参考文献:4.87.451.900

1.5TCMD产品的检索功能和用途

◊多途径的文字及数据检索功能；

◊含立体化学的二维结构检索功能：

◊是对中药传统功效、布r效成分、现代药理三类信息进行连接及整合，是用综和方法探讨中药现代化的有用工具：

◊是药物设计学中进行QSAR探讨的丰富的数据源；

◊是从系统的中草药有效成分结构信息动身，发觉新先导，进而创制新药的有用I:具。

例如应用3DFS软件进行三维药效团检索，干脆得到先导物的候选物：

或用Docking方法找寻和特定蛋白受体相契合的先导物。

O是从中苴药资源动身，开发中药新剂型产品的有用工具。

2.ISIS/Base平台运用说明

ISIS/BaseTF两种基本的查询方式，•种是通过表来查询(SearchbyForm,SBF),也可以通过建立querybuNder来查询(SB).

2.1文本查询

2.1.1SBF方式

单击菜单栏query进入query页面，选定化合物表(compound)或植物表(plent)或参考文献表(refer),双击该表中的指定结构域。输入规则

如下：

2.1.1.1对于单字节的域，例如化合物名，植物名，拉丁名，科，药用部位可干脆输入精确的查询文本即可。

2.1.1.2对于多字节的域,如活性，性质，药效，适应症等，输入方式为：like，*%查沏内容％、•°

2.1.1.3分子式干脆输入

2.1.1.4分子量可与“＜、＞、＜=、＞=、＜＞、and”等布尔操作符结合作范围查询。

2.1.2QB方式

单击菜单档query,单击菜单栏Search按钮，在下拉菜单中选挣querybuilder.进入querybuilder窗口。在databasefield栏中双击选中要

查询的域，再在operator栏中选择合适的操作符［二是准确相同、多字节则用like，%要查询的内容％”，数值型字节则结合＜、＞、＜=、＞=、

＜＞等建立查询)，地终点击0K。

2.2结构查询

2.2.1SBI*方式

单击菜单栏query进入query页面，选定化合物表(compound),双击化合物表(compound)中的结构域(Structure),从而进入ISIS/Draw分子

编辑环境，画出想杳询的分子结构式，单击页面左上方的ISIS/Base按钮回到query页面,单击菜单栏Search按钮,在下拉菜单中选中“by

tbmr\即可得到查询结果。

2.2.2QB方式

单击菜单栏query,单击菜单栏Search按钮,在下拉菜单中选择querybuilder.进入quetybuilder窗口。在databasefield栏中选择双击

slurclurc.在opcralor栏中选择双击sss操作符，单击Readstructure,选好问题结构文件所在的子书目，双击事先存好的MQUERY结

构文件（文件名必需是MQUERY,MQUERY1,MQUERY2等），此时Struclures栏中出现该文件名，双击该文件名则自动写入吩咐，最终

点击0K即可。

2.3交叉查询

2.3.1SBF方式

只需在想瓷询的多个域中按规则输入内容即可查询。

2.3.2QB方式

在querybuilder中结合and、or等关系预算符就可建立交叉直询。

3.TCMD产品的应用实例

［实例0：］化合物ID号检索

库中9127个化合物各有一个唯一的ID号。用SBF方式，单击菜单栏query.激活ID域.犍入指定】D号或ID号范围,单击菜单栏search,

单击下拉菜单中的byform即可。检索结果见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF化合物号12341

单项SBF化合物号Between300500201

单项SBF化合物号>9000127

单项SBF化合物号<10099

［实例02］化合物中文名称检索

有两种状况，一是从中文全名检索，此时用SBF方式，单击菜单•栏query,激活中文名（Name）域，干脆键入化合物中文名称全名（乙酰「香

油酚）.单击菜单栏search.单击卜拉菜单中的byform即可：另一种是中立部分名检索.用SRF方式.单击菜单栏query.激活中文名

（Name）域.键入Like“％相思子％”（此处相思子为化合物中文部分名称）,单击菜单栏search,单击下拉菜单中的byform即可检出中文名

中有三字的化合物种，如相思子碱，各种相思子皇静，相思子酸等。检索结果见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF中文名乙驻丁香油酚1

单项SBF中文名Uke•%相思子％”19

单项SBF中文名Like•%烯％”700

［实例03］化合物英文名称检索

检索方法和上例相同，只是要激活英文名(EngName)域。下面检索结果表中给出了英文名中含字符串“taxol”的化合物21个，含字符

串“olean”(“齐墩果”)的化合物30个。

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF英文名taxol1

单项SBF英文名Like,*%taxol%M21

单项SBF英文名Like"olean%”3。

［实例04］化合物分子式检索

在query表中激活分子式(Formula)域.干脆键入分子式.或是“like部分分子式“，或是分子式范围，单击菜单栏search,单击卜.拉菜单中

的byform即可。检索结果见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBI-分子式C20H30028

单项SBF分子式C17HI9NIO38原子数为1时要写出1,

或是后跟空格

单项SBF分子式CI7H19NO38原子数为1时要写出1.

或是后跟空格

单项SBF分子式C17HI9NO30不合法的写法

单项SBF分子式LikeC4095

单项SBF分子式Like08430

单项SBF分子式LikeCIOH(14-18)202H原子数范围是14-18

［实例05］化合物分子量检索

在query表中激活分子量(MW)域，健入分子量或分子量区间，单击菜单栏search,单击下拉菜单中的byform即可。具体健入吩咐及检索

结果见下表:

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF分子量37632自动±0.5

单项SBF分子量Between37537638

单项SBF分子量Between376.2376.31

［实例06］化合物的物化性质检索

在化合物的物化性质栏中，主要有结晶形态，熔点，沸点，旋光等物化性质。卜表中给出用两种方式检出熔点数据的例子。在SBI；方式中,

除激活域是property外.检索过程和上面实例01—实例06相同。在QB方式中,单击菜爸栏query.单击菜单栏Search按钮,在下拉菜单

中选择querybuilder,进入querybuilder'窗口。在databasefield栏中双击选中要行询的域property，再在operator栏中选择合适的操作符

(like,,%要查询的内容％”)，最终点击OK。(留意在mp和数字之间必需有空格)。具体健入吩咐及检索结果见卜表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF理化性质like"%mp153-%H17

单项QB理化性质Propertylike"%mp153-%"17

［实例07］从植物检索化合物(从化合物表动身)

给定一种中药药用梢物.问该种植物都含有哪些化合物？严格的说法是：都有哪些化合物被从该种植物中分别并进行了结构确定？.

TCMD库能便利地完成这个任务。以三七为例，在方式下，在query表中激活植物源(Source)域，简洁地键入三七时，系统将仅仅检出三

七中特有的化合物：而当键入Like三七％''时，系统将扩展地检出各种三七中含布T的全部化合物。要严格地检出三七中含有•的全部化

合物.须要写下表中最终两条较为困难的吩咐。当用户要求严格地检出某种植物中含有的全部化合物时.我们不举荐从化合物表动身的

方法，而是举荐从植物表动身的方法，见［实例08］。

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF植物来源三七17检出三七中特有的化合物

单项SBF植物来源人参40检出人参中特有的化合物

单项SBF植物来源Like"％三七％”67检出各种三七中含有的全

部化合物

单项QB植物来源sourcelike"%.三七%"orsourcelike'三七”55?三七中含有的全部化合物

为何少一个？直原始文件

格式错

单项QB植物来源sourcelike"%.人参％”orsourcelike'人参”122人参中含有的122个化合

物

［实例08］从植物检索化合物(从植物表动身)

从植物表动身检索特定植物中的全部化合物是我门举荐的方法。上面7个例子都是从化合物表动身进行检索的。本例则是从植物表动身

的。在SBF方式下，在query植物表中激活中文名(Name)域或拼音名(PinYinName)域，干脆键入三七或SANQL然后单击search,单击

下拉菜单中的byform,即可得到结果。时三七，人参，大黄，贯众，甘草，乌头等中药的成份检索结果见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF植物表，中文名三七56三七中的56个化合物

单项SBF植物表,拼音名SANQI56三七中的56个化合物

单项SBF植物表,中文名人参122人参中的122个化合物

单项SBF植物表.拼音名RENSHEN122人参中的122个化合物

单项SBF植物表，中文名大黄55大黄中的55个化合物

单项SBF植物表,中文名贯众27贯众中的27个化合物

单项SBF植物表，拼音名GANCAO81甘草中的81个化合物

单项SBF植物表，拼音名WUTOU17乌头中的17个化合物

［实例09］检索某科植物中的全部化合物

从植物表匆身,在query植物表中激活中文科名(Family)域、干脆键入中文科名.然后单击search.单击下拉菜单中的byform.即可得到结

果.也可以激活拉丁科名(INFamily)域，干脆键入拉丁科名,然后也出sarrh，恨I；•下拉菜也中的hyferny可得到同样结果〃

在本例中还绐出了一个“单项依次”检索的例子：先是从拉丁科名检出了红豆杉科植物中的347个化合物,随后单击search.单击下拉

菜单中的SetSearchDomainto.再单击横拉菜单中的CurreniList.此时从全数据库检索切换到当前子庠检索,再用QB方式,单击菜单栏

query,单.击菜单栏Search按钮，在下拉菜单中选择querybuilder,进入querybuilder窗口。键入吩咐Activitylike"%抗肿瘤％"crActivity

like”％细胞毒％”(这个吩咐将检出体内和体外两类数据.因为在TCMD库中，全部的体内抗癌数据都是用“抗肿病”表达的，而全部的体

外抗癌数据都是用“细胞毒”表达的)。最终点击OK.就得到347个红豆杉科植物中化合物中有29个有具体的体外或体内抗癌定量数据。

各例的具体检索结果见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF植物表，中文科豆科748豆科植物中的748个化合

名物

单项SBF植物表，中文科like"%红豆杉科％”347红豆杉科植物中的347个

名化合物

单项SBF植物表，拉丁科Taxaceae347红豆杉科植物中的347个

名化合物

［实例10］化合物药理数据检索

在全库的9127种化合物中，3000种化合物有药理活性数据。这是探讨QSAR/SAR关系的珍货信息。用SBF方式，激活activity域后.键

入Like"%药理关键字％",之后单击search.单击byform.就得到下表中的结果。亦可采纳QB方式，见下表中中间的三个例子：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SDF生物活性Like"%金黄色葡茴球菌%"135135个化合物有拉金黄色

福药球菌数据

单项QB生物活性Activitylike"％抗肿痛％”442442个化合物有抗肿痼数

据

单项QB生物活性Activitylike"%抗高血压％”208208个化合物有抗高血压

数据

单项QB生物活性Activitylike"%抗肿瘤％"oractivitylike"%740740个化合物有抗癌数据

细胞毒％"

单项SBF生物活性Like抗疟％”4343个化合物有抗疟数据

［实例1：］某科植物化学成分的药理活性分布

这是•个单项依次查询的例子，也是子库查询的例子。可用来调查某科植物化学成分的药理活性分布。现以菊科为例，先用SBF方式从

全库中检出了个化合物是从菊科植物中分别鉴定的，随后用上面例9中同样方法得到各种药理数据的分布。对抗高血压，抗炎，抗真菌.

和抗癌的纪果详见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF植物表，中文科菊科858菊科植物中的858个化合

名物

子库查询SBF,currentlist生物活性like抗高血压％”21其中21个有抗高血压数

据

子库查询SBF,currentlist生物活性like抗炎％”50其中50个有抗炎数据

子库查询SBF,currentlist生物活性like“抗真菌％”40其中40个有抗真菌数据

子库查询QB,currentlist生物活性Activitylike"％抗肿擒％"orActivitylike"%123其中123个有抗蜥数据

细胞毒％”

［实例12］检出某属植物中含有的化合物

乌头属含有多种中药，用SBF方式，激活植物表中的植物拉丁名（La〔Name）域，键入like"％Aconitum%"吩咐（TCMD库涉及的植物属名

有2800个，详见说明书中的“检索关键词表”）,可检出乌头屈中药中有个化合物.见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF植物表，拉丁like"%Aconitum%"（马头属）87勺头屋植物中的87个化

名合物

［实例13］指定中药的功效检索有关化合物

本例中检出有清热解毒功效的中药中含有的全部化合物。用SBF方式,激活植物表中功效(Efifeci)域.键入like"%清热解毒％”吩咐.然后

单击scareh单击下拉菜单中的byform.就得到下表结果：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBI'植物表，功效like"%清热解毒％”1272从清热解毒中幺分别的

1272个化合物

［实例14］指定中药的适应症检索有关化合物

木例中检出治疗肝炎的中药中含有的全部化合物.用SBF方式.激活植物表中适应症(Indiculion)域，键入like"%肝炎%"吩咐,单击search.

单击下拉菜单中的byform,就得到从治疗肝炎中药分别的1120个化合物。进一步，可用例9中同样的子库检索方法检出这些化合物中,

有32个化合物有抗肝毒药理数据.见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF植物表，适应like"%肝炎％"1120从治疗肝炎中药分别的

症1120个化合物

子库查询SBF,currentlist生物活性like"%抗肝毒％”32其中32个化合物有抗肝

毒药理数据

［实例15］抑制剂及其药理模型检索

用SBF方式，激活化合物表中Activity域，键入like"％抑制剂％"吩咐，单击search,单击下拉菜单中的byform,检出各种抑制剂385

种％进一步用子库杳询方法,可检出特指的抑制讯，如血小板聚集抑制剂109种。再进一步,用子库查询方法可检出不同的药理模型的数

据，如能抑制花生四烯酸诱导的血小板聚集的化合物23种，能抑制胶原诱导的血小板聚集的化合物28种，等，详见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF生物活性like"%抑制剂％”385检出各种抑制剂385种

单项SBI'生物活性like"%醛糖还原酶抑制剂％”52检出羟糖还原能抑制剂

52种

单项SBF生物活性like"%血小板聚集抑制剂％“109检出血小板聚集抑制剂

109种

子库查询SBF,currentlist生物活性like"%花生四烯酸％"23其中花生四烯酸诱导的

23种

子库查询SBF,currentlist生物活性like"%胶原％"28其中胶原诱导的28种

子库查询SBE,currentlist生物活性like"%PAF%"28其中PAF诱导的28种

子库查询SBF,currentlist生物活性like"%凝血薛％”2其中凝血梅诱导的2种

［实例16］复合检索例

这个例了•是：有多少抗癌活性的化合物是来自清热解毒的中药？可以用笼合检索方法问答。用QB方式，构造含有or,and,(,),操作符的

吩咐：(Aeiiviiylike"％抗肿瘤％"oraelivilylike”％细胞毒％")andPEtTecilike"%清热解毒％就可得到下表中的结果：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

豆合QB功效（Activitylike-%抗肿瘤％"oractivitylike"%141141个体内或体外抗癌化

细胞毒％"）andPEffectlike"%清热解毒％"合物来自清热解毒的中药

［实例17］参考文献查询

从参考文献表（refer）动身,可检索涉及参考文献的信息,如下表所示:

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF参考文献表，like"%2023%"2332023年参考文献233篇

参考文献

单项SBF参考文献表，like"%Phytochcmslry%"378引自Phytochems”的为

参考文献378篇

［实例18］结构检索

结构及了•垢构检索是TCMD库特有的功能。这一功能的实现对进行QSAR探讨，进而研发新药供应了巨大的胡助。这里只举出最简洁

的例子：将黄酮类化合物的特征分子骨架放入SBF方式下的siruciure检索域.从库中检出包含黄酮骨架的化合物511个。具体吩咐见2.2

节。用*D-葡萄糖的分子骨架（含准确的立体化学信息）提问，得到1455个命中化合物。其它例子见下表：

类别方式检索域键入命中数注解及说明

单项SBF二维结构511黄胴类化合物511个

O

单项SBF二维结构146二氢黄酮类化合物146个

o

单项SDF二维结构278香豆素类化合物278个

♦ax

单项SBI'二维结构60洋地黄毒强心戒60个

H

单项SBF二维结构b1455含0-D-葡萄糖化合物

1455个

0

［实例19］定题检索

对任何一个探讨课题.用户可应用上述各种检索功能从TCMD中得到指定课题的相关信息。以抗凝血药物研发为例：瑞典某药物公司

在研发抗血栓药物专题中，从TCM库中一次检索出相关活性化合物105种。包括：血小板凝集抑制剂78种，抗血栓形成化合物

14种，延长凝血时间化合物3种，溶解纤维蛋白化合物3种，抗心肌梗塞化合物5科，治疗脑血栓化合物1种，和治疗血凝血的原

过少病化合物1种。

［实例20］三维药效团检索实例：搜寻和GABAA受体结合的配体

这是如何运用本数据库中的一个重要的,独立的皆分一三维结构数据库一的例子，材料取自木试验室的探讨课题。

三维药效团的认定和库搜寻方法是当附处于探讨前沿的，也是最好用的发觉新先导的重要策略。本例中以加洲分子探讨所Dr.Harris提出

的三维药效团（下中图中的多面体）来搜寻能和GABA,、受体结合的配体。该药效团由5兀素组成：三个质子受体PALPA-PA3,一个疏水

基团HP』和一个电子受体芳环ARs。药效团精确定义如下右图所示。在下左图中，以B-clazcnil为例具体说明白药效团的五个元素是如

何与Brctazcnil的N原子.银基O原子，脂O原子，五员环上的C原子.及苯环---对应的。

D(12)-3.60±0.13A

D(1-3)«294t019A

D(1-4)-5.51±034A

D(1-5)=4.99iO17A

D(2-3)-2.2210.01A

DRY)…2±0.47A

D(2-5)-6.77t0.18A

D(3-4)-5.91±063A