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文档简介
核酸提取常见试剂的作用原理
异硫氟酸月瓜
强用力的蛋白质变性剂,能迅速溶解蛋白质,导致细胞构造破碎,核蛋白由于其二级构造
的破坏消失而迅速与核酸分离。胭盐是破坏蛋白质三维构造『'J离液剂,在一般使用『'J蛋白
质变性剂中作用最强的是异硫氟酸JM,它们可以使多数蛋白质转换成一随机H勺卷曲状态。
具有强力的阴离子和阳离子基团,它们可以形成较强的氢键。在还原剂存在H勺状况下,异
硫鼠酸胭可以断裂氢键,而去垢剂,如SDS存在的状况下,可以破坏疏水作用。
盐酸胭、尿素
盐酸胭是一种核酸酶的强克制剂,它并不是一种足够强口勺变性剂,可以容许完整的RNA
从富含RNaseH勺组织中提取出来。
4-8M可断裂氢键,有两种也许机制:1变性蛋白和盐酸呱、尿素优先结合,形成变性蛋
白-变性剂复合物,当复合物被除去,从而引起N-D反应平衡向右移动,伴随变性剂浓度
增长,天然状态的蛋白不停转变为复合物,最终导致蛋白质完全变性;2盐酸胭、尿素对
氨基酸的增溶作用,能形成氢键.当浓度高时,能破仄水的氢键构造,成果盐酸服、尿素
就称为非极性残基的很好溶剂,使蛋白质内部H勺疏水残基伸展和溶解性加强,盐酸胭、尿
素引起的变性往往是不可逆的。
高浓度尿素使蛋白质变性并克制Rnase活性
十二烷基肌氨酸钠
使蛋白质解体变性
I防止蛋白质或酶等(如辅酶A)分子中SH基团氧化成二硫键,2在某些酶反应过程中
维持体系的还原环境。DTT,DDTE、筑基乙醇应用最广,谷胱甘肽也常应用,由于他是
生物体内的还原剂,同步氧化后能被谷胱甘肽还原酶原位释放。DNA提取中,常使用航
基乙醇,维持缓冲液的还原环境,防止多酚类氧化,由于具有一定日勺毒性,浓度不应高于
2%o
快疏基乙醇的重要作用是破坏RNase蛋白质中口勺二硫键(肽和蛋白质分子中的半胱氨酸残
基中的键)。
I还原蛋白质二硫键,使Rna酶变性
2克制酚类氧化,若氧化,核酸会变成灰黑色,苯酚H勺氧化产物苯醍等氧化物引起磷酸二
肖旨键的断裂及导致RNA和DNA口勺交联
3保护蛋白质H勺疏基蛋白质提取中需要
疏基乙醇还原二硫键,使RNA酶失活
化学变性剂SDS、尿素、盐酸呱能破坏疏水键、盐键、氢键、范德华力使蛋白质变性但
不影响肽键和二硫键,不能使蛋白质彻底变性
加上还原剂部基乙醇或DTT,能还原二硫键,使RNA彻底变性
DTT二硫苏糖醇
刺激性气味要小诸多,毒性也比疏基乙醇低诸多。并且DTT比疏基乙醇的)浓度低7倍时,
两者效果相近,但DTT价格略高某些。由于轻易被空气氧化,因此DTT的稳定性较差;
但冷冻保留或在惰性气体中处理可以延长它的使用寿命。由于质子化日勺硫日勺亲核性较低,
伴随pH值日勺减少,DTTH勺有效还原性也随之减少;DTT或具有DTT的溶液不能进行高
压处理。克制Rnase活性
TCEP三(2-甲酰乙基)瞬盐酸盐
Trizol
苯酚、异硫鼠酸胭、8—羟基喳咻、伊航基乙醇等。TRIzolH勺重要成分是苯酚。苯酚H勺重
要作用是裂解细胞,使细胞中的蛋白,核酸物质解聚得到释放。苯酚虽可有效地变性蛋白
质,但不能完全克制RNA酶活性,因此TRIzol中还加入了8—羟基哇咻、异硫匍酸胭、
P麻基乙醇等来克制内源和外源RNase(RNA酶)。
0.1%口勺8—羟基喳咻可以克制RNase,与氯仿联合使外可增强克制作用。
异硫氟酸胭属于解偶剂,是一类强力的蛋白质变性剂,可溶解蛋白质并使蛋白质二级构造
消失,导致细胞构造降解,核蛋白迅速与核酸分离。
0-疏基乙醇的重要作用是破坏RNase蛋白质中日勺二硫键。
组织破碎,裂解细胞
十二烷基硫酸钠
阴离子去垢剂,高温(55-65℃)裂解细胞,使染色体离析,蛋白变性,形成SDS/蛋白质/
多糖复合物,释放核酸,提高盐(KAc或NaAc)浓度并减少温度(冰浴),使SDS/蛋
白质/复合物转变为溶解度更小的钾盐酸形式,使蛋白质及多糖杂质沉淀愈加完全、离心
后除去沉淀,上清液中『、JDNA用酚/氯仿抽提,乙醇沉淀水相中『、JDNA
操作简朴,温和,可提取到高分子量的DNA,但产物多糖类杂质较多
阳离子强表面活性剂,一般与蛋白酶K和抗氧化剂、螯合剂一起使用
可破坏细胞膜、核膜,并使组织蛋白与DNA分离
溶解膜类蛋白
SDS能裂解细胞。使细胞中的蛋白质和核酸之间常借着静电引力或配位键结合,阴离子
去污剂可以破坏这种价键,使染色体离析,蛋白变性,释放核酸。
(1)SDS是一种阴离子表面活性剂,能使蛋白质日勺氢键和疏水键打开,并结合到蛋白质
的疏水部位;
(2)SDS可引起蛋白质构象变化
(3)SDS是一种良好的解离剂,可使蛋白质溶解,变性
(4)形成SDS-蛋白质复合物,并使复合物带负电
质粒方面:在1%口勺SDS溶液中慢慢加入5NH勺NaCL你会发现SDS在高盐浓度下是会
产生沉淀的。因此高浓度的盐导致了SDS日勺沉淀。但假如你加入的不是NaCl而是KC1,
你会发现沉淀的I量要多的1多。这其实是十二烷基硫酸钠(sodiumdodecylsulfate)碰到钾
离子后变成了十二烷基硫酸钾(potassiumdodecylsulfate,PDS),而PDS是水不溶『、J,
因此发生了沉淀。如此看来,溶液III加入后的沉淀实际上是钾离子置换了SDS中H勺纳离
子形成了不溶性的PDS,而高浓度的盐,使得沉淀更完全。大家懂得SDS专门喜欢和蛋
白质结合,平均两个氨基酸上结合一种SDS分子,钾钠离子置换所产生的大量沉淀自然
就将绝大部分蛋白质沉淀了,让人快乐的是大肠杆菌的基因组DNA也一起被共沉淀了。
基因组DNA一旦发生断裂,只要是50—100kb大小的片断,就没有措施再被PDS共沉
淀了
CTAB:十六烷基三甲基嗅乙胺,低温时易沉淀
阳离子去污剂
一种在高盐下能和核酸结合形成可溶、稳定的复合物,低盐浓度下可沉淀H勺表面活性剂
是一种阳离子去污剂,低离子强度(0.1-0.5MNaCI),沉淀核酸与酸性多聚糖,而蛋白质
和中性多聚糖仍留在溶液中。在高离子强度的溶液中(>0.7mol/LNa。),CTAB与蛋白质
和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸。通过有机溶剂抽提,清除蛋白,多糖,酚类等
杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。
CTAB可从大量产生黏多糖口勺植物及某些革兰氏阴性菌制备纯化的DNA,这种去污剂加
入调整至高离子强度的细菌和细胞裂解液中(>0.7MNaCl),通过持续的酚/氯仿抽提,
清除CTAB/黏多糖/蛋白质复合体,异丙醇/无水乙醇沉淀上清即可将DNA分离出来
CTAB尚有提高DNA互补链复性速率及稳定已形成日勺DNA双螺旋的作用
CTAB法的重要特点是用用较广
CTAB溶液在低于15度会形成沉淀析出,因此在将其加入冰凉的植物材料时,必须预热,
且离心温度不低于15度
酶克制剂,螯合二价金属,克制金属依赖性的酶
螯合Mg2+或Mn2+离子,克制细胞中DNase口勺活性,该酶可降解DNA
EDTA是去垢剂,结合离子用,而它结合的部分离子是可以诱发或者增进RNA酶活性日勺,
例如Ca2+OEDTA是一种二价离子熬合剂,能熬合Mg2+和Ca2+等二价阳离子,而多种
RNA前的活性是需要依赖二价阳离子町因此EDTA能通过熬合二价阳离子来克制RNA
酶的活性碱性条件下才可以溶解,要和NaOH粉末混合后,再加水,然后用NaOH水溶
液调整pH。0.01M,DNase酶基本失活。
酶克制剂,使某些降解酶的活性的表面变性
精胺或其他多胺
酶克制剂,减少核酸酶的影响
酶克制剂,减少重金属氧化酶的影响
减少酚类、配类、单宁类物质的影响,抗氧化作用,络合多酚和菇类物质,防止多酚类褐
变而氧化,清除多糖和色素,色素是PCR强克制剂,必须清除
样品液氮研磨及提取缓冲液中加入PVP或PVPP等能络合多酚和菇类物质,离心或氯仿
抽提出去,有效防止多酚氧化成醍类,防止溶液变褐色而具有抗氧化能力
提取液中加入适量的PVP或PVPP能提高DNA的纯度,用量根据杂质而定(1-6%),
PVP同步能清除多糖,因此将PVP和臻基乙醇配合使用并调整用量,能有效防止多酚污
染
PVP(聚乙烯毗咯烷酮)是酚的络合物,能与多酚形成一种不溶的络合物质,有效清除多酚,
减少DNA中酚的污染;同步它也能和多糖结合,有效清除多糖。
Triton-xlOO
TritonX100之类的去垢剂有苯环构造,因此在280nm有很强的吸取。
蛋白酶K:切割活性较广H勺丝氨酸蛋白酶,切割脂族和芳香族氨基酸的段基端肽键,将蛋
白质降解成小肽或氨基酸,使DNA分子完整地分离出来。
蛋白酶K在较广的pH范恒内均有活性(pH4-12.5)温度范围37-60度盐浓度3M
GuHCl或4M尿素中均有活性在某些去污剂:Tween20(5%)>TritonX-100(1%)
SDS(1%)条件下也有活性。
蛋白酶K消化裂解法合用于所有标本的消化处理,尤以DNA样品为佳.如组织细咆(包括
石蜡包埋组织)绒毛、毛发、精斑、血液(血清、血浆、全血)局部分泌物、尿,粪便等.蛋
白酶K的一般工作浓度是50—100pg/ml
蛋白酶(蛋白酶K或链酶蛋白酶)可以降解蛋白质,灭活核酸酶(DNase和
RNase),DNase和RNase也用于清除不需要的核酸,有人使用蛋白随替代DEPC处理水日勺,
但有人说效果不好。
蛋白酶K,威力巨大日勺广谱蛋白酶,95c加热10分钟,则完全失活。数年前初次使用它
替代DEPC处理RNA抽提用的离心管和枪头,效果不错;后来又用于处理RNase-Free日勺
水,效果也是一级棒。从此就再也不用DEPC了。配制RNA裂解试剂时、直接用灭菌的
双蒸水配制,最终,加入蛋白酶K至终浓度lug/ml。轻轻混匀,室温放置15分钟后即可。
枪头及离心管清除RNase:先将枪头及离心管清洗洁净后,移入预先混好的含lug/ml蛋
白酶K的双蒸水,彻底浸入。室温放置30分钟后,连水一起高压灭菌口弃水后,烘干即
可。RNase-Free水的获得:直接在灭菌的双蒸储水中加入蛋白酶K至终浓度轻
轻混匀,室温放置15分钟后,灭菌处理即可。该蛋白质的残留对后续试验没有可见的影
响。无蛋白质残留的RNase-Free水的获得:这比较麻烦。直接在灭菌H勺双蒸锵水中加入
蛋白酶K至终浓度1ug/ml。轻轻混匀后,倒入专用的蒸储器中。放置15分钟后,加热蒸
储,流出时就是无蛋白质残留的RNase-Free水。要提醒日勺是,该专用蒸储器头几次流出
来的水,只能当一般蒸饰水用,由于通道中难保证RNase-Free日勺环境;此外,一定要重
要密闭性,否则,流出的水又被污染了。
因此混合使用最佳,经酚第一次抽提的水相有残留的酚,由于酚和氯仿互溶,可用氯仿第
二次带走酚,也可在第二次抽提中混合使用,比例为1:1
苯酚/氯仿
苯酚、氯仿抽提清除蛋白质
非极性分子水为极性分子,当蛋白水溶液与他们混合时,蛋白质分子见的水分子被挤去,
使蛋白失去水合状态而变性,经离心,变性蛋白密度比对大,而与水相分离,苯酚/氯仿
比重大,保留在最下层
苯酚氯仿使蛋白质变性量要足够,由于苯酚清除蛋白是有一定H勺饱和度的,超过饱和度,
裂解体系中蛋白质不能被一次性清除,必须多次抽提。惠心后分三层,下层有机层中有某
些脂溶性的杂质,中间层白色絮状沉淀是蛋白,上清液中即具有核酸;变性后日勺蛋白质
从水相中析出,位于苯酚中或苯酚与水相之间。
抽提DNA,为混合均匀,轻易产生气泡,气泡会制止互相间的充足作用,加入异戊醇减
少分子表面张力,一般采用氯仿;异戊醇=24;1或酚;氯仿;异戊醇=25;24;1(不必
先配置,临用前加入即可)
减少操作过程中产生的气泡。
减少蛋白质变性操作过程中产生的气泡。异戊醇可以减少表面张力,从而减少气泡产生。
此外,异戊醇有助于分相,使离心后的上层含DNA的水相、中间的变性蛋白相及下层有
机溶剂相维持稳定。
提供一种高盐环境,使DNA充足溶解于液相
沉淀DNA时总会加入高浓度的盐,加盐H勺目H勺是破坏能使蛋白质保持稳定的两个原因,使
蛋白和DNA分离并沉淀下来.而此时盐日勺阳高子会与DNA结合形成DNA-阳离子盐溶于
溶液中,再用无水乙醇可以将DNA-阳离子盐沉淀下来
提取DNA时先加0.14mol/L氯化钠,由于在这种浓度的氯化钠溶液中,DNAH勺溶解度最
低,而蛋白质的溶解度增长,这样通过过滤能将DNA分离开,以除去蛋白质。再加入95%
的酒精能使DNA沉淀,由于在这个浓度下DNA溶解度最低。假如直接加酒精不先加氯
化钠,DNA和蛋白质都能被酒精所沉淀,就无法将DNA和蛋白质分离开。因此必须先加
氯化钠后加酒精,次序不能颠倒。
DNA溶液是DNA以水合状态稳定存在,当加入乙醇时,乙醇会夺去DNA周围的水分子,
使DNA失水而易于聚合。这样可以是DNA沉淀出来在pH为8左右的溶液中,DNA分
子是带负电荷的,加一定浓度MjNaAc或NaCl,使Na+中和DNA分子上日勺负电荷,减少
DNA分子之间的同性电荷相斥力,易于互相聚合而形成DNA钠盐沉淀,当加入的盐溶液
浓度太低时,只有部分DNA形成DNA钠盐而聚合,这样就导致DNA沉淀不完全,当加
入的盐溶液浓度太高时,其效果也不好。在沉淀的DNA中,由于过多的盐杂质存在,影
响DNAH勺酶切等反应,必须要进行洗涤或重沉淀。
它可以控制反应体系的离子强度,同步尚有一定的缓冲作用,保证体系PH的相对稳定状
态,总之柠檬酸钠在这里的作用类似于食物中的防腐剂。
焦碳酸二乙酯,它通过和RNA酶的活性基团组氨酸的咪理环结合使蛋白质变性,从而克
制酶的活性。与肝素何用效果增强。在Tris中不稳定,很快会分解为二氧化碳和乙醇。
强烈但不彻底的RNA酶克制剂0.1%浓度
Tris-HCl
缓冲体系,使pH变化不会太大
加入异丙醇之后立即出现絮状沉淀,我一直认为这是对的时,看了帖子才懂得是蛋白质污
染,异丙醇的沉淀效果要比无水乙醇的沉淀效果要好,不过异丙醇沉淀有一种弊端就是
会沉淀下来好多的盐和蛋白质这样会影响下一步日勺操忙,一般我加异丙醇是等体积日勺效果
还可以。
70%乙醇
70%乙醇洗涤DNA沉淀(由于在70%乙醇里DNA是不溶H勺,而盐离子却可溶),用无水乙醇
则达不到这个目的!乙醇对于蛋白质、核酸日勺沉淀效应随分子量加大而增大,小分子MJ核
酸和蛋白质碎片是可以溶于75%乙醇H勺。漂洗DNA,是为了清除残存的盐类,清除过量
SDS和酚等杂物,由于SDS在70%的乙醇中保持溶解状态,不与DNA共沉淀,从而通
过弃上清液清除这种去污剂,防止对后来PCR反应日勺影响。
(焦碳酸二乙酯):常用RNA酶克制剂,与RNA酶的活性基团组氨酸的咪理环结合使蛋
白质变性,强烈但不彻底的RNA酶克制剂
用高浓度甲酰胺替代苯酚从细胞裂解物的蛋白酶K消化物中分离抽提DNA,甲酰胺是一
种离子化溶剂,能分离蛋白质-DNA复合物并使蛋白变性和释放,因其不影响蛋白酶K的
活性,尤其适于分离高分子质量的DNA,其分离物籍火棉胶袋时透析,清除变性蛋白进
而纯化DNAo
聚乙二醇PEG
有机聚合物,无毒,亲水性强,相对分子量6-20k,沉淀效果重要与其自身H勺浓度和分子
量有关,同步受离子强度、溶液pH值和温度等原因的影响,采用该措施可将病毒浓缩10
倍以上。为一种非离子多聚物,多离子多聚物是六十年代发展起来日勺一类重要沉淀剂。基
于多聚物的沉淀作用重要依赖于多聚物的浓度和被沉淀物的分子量大小,Laurent等(19⑺
提出PEG口勺沉淀机理重要是通过空间位汽排斥,使液体中的微粒(包括生物大分子、病毒
和细菌等)被迫集聚在一起而引起沉淀H勺发生。PEG最早应用于提纯免疫球蛋白(IgG)和沉
淀某些细菌病毒,今年来逐渐应用于核酸和酶『、J分离纯化,尤其是用PEG分离质粒DNA,
己相称普遍。用PEG8000替代乙醇沉淀DNA,可以在500ulDNA液中加入200ul20%
PEG8000(含1.2mol/LNaCl),冰浴20min(Lietal.,1994)。该操作H勺长处在于:操作
条件温和,不易引起生物大分子的变性。同步具有极高口勺沉淀效能,少许的PEG可以沉
淀相称多的生物大分子。
乙基黄原酸钾
乙基黄原酸钾可以与多糖结合,形成可溶性复合物,使细胞壁破裂,释放出核酸。此复合
物
在钱离子存在的状况下可转变为水不溶性,并可通过简朴的离心除去,不需要苯酚或氯仿
抽提。此外,乙基黄原酸钾可以结合金属离子,克制DNase的活性。Tillett等(2023)运用
该措施从蓝细菌、微生物、环境样品中提取到高质量的核酸,DNA可以用于酶切、克隆、
PCR,RNA可以用于RT-PCR,Southem杂交等反应,并且样品中不含核酸酶,温育16h
没有发生降解。
异硫氟酸胭
强用力的蛋白质变性剂,能迅速溶解蛋白质,导致细胞构造破碎,核蛋白由于其二级构造
的破坏消失而迅速与核酸分离。胭盐是破坏蛋白质三维构造的离液剂,在一般使用H勺蛋白
质变性剂中作用最强的是异硫鼠酸胭,它们可以使多数蛋白质转换成一随机口勺卷曲状态。
具有强力的阴离子和阳离子基团,它们可以形成较强的氢键。在还原剂存在啊状况下,异
硫氨酸IM可以断裂氢键,而去垢剂,如SDS存在H勺状况下,可以破坏疏水作用。
盐酸胭、尿素
盐酸胭是一种核酸酶的强克制剂,它并不是一种足够强口勺变性剂,可以容许完整的RNA
从富含RNase日勺组织中提取出来。
4-8M可断裂氢键,有两种也许机制:1变性蛋白和盐酸服、尿素优先结合,形成变性蛋
白■变性剂复合物,当复合物被除去,从而引起N-D反应平衡向右移动,伴随变性剂浓度
增长,天然状态的蛋白不停转变为复合物,最终导致蛋白质完全变性;2盐酸胭、尿素对
氨基酸的增溶作用,能形成氢键,当浓度高时.,能破坏水口勺氢键构造,成果盐酸服、尿素
就称为非极性残基的很好溶剂,使蛋白质内部的疏水残基伸展和溶解性加强,盐酸呱、尿
素引起的变性往往是不可逆的。
高浓度尿素使蛋白质变性并克制Rnase活性
十二烷基肌氨酸钠
使蛋白质解体变性
1防止蛋白质或酚等(如辅酶A)分子中SH基团氧化成二硫键,2在某些酶反应过程中
维持体系的还原环境。DTT,DDTE、流基乙醇应用最广,谷胱甘肽也常应用,由于他是
生物体内的还原剂,同步氧化后能被谷胱甘肽还原酶原位释放。DNA提取中,常使用流
基乙醇,维持缓冲液的还原环境,防止多酚类氧化,由于具有一定H勺毒性,浓度不应高于
2%o
0-筑基乙醇的重要作用是破坏RNase蛋白质中H勺二硫键(肽和蛋白质分子中H勺半胱氨酸残
基中的键)。
1还原蛋白质二硫键,使Rna酶变性
2克制酚类氧化,若氧化,核酸会变成灰黑色,苯酚H勺氧化产物苯醍等氧化物引起磷酸二
酯键的断裂及导致RNA和DNAH勺交联
3保护蛋白质H勺筑基蛋白质提取中需要
筑基乙醇还原二硫键,使RNA酶失活
化学变性剂SDS、尿素、盐酸胭能破坏疏水键、盐键、氢键、范德华力使蛋白质变性但
不影响肽键和二硫键,不能使蛋白质彻底变性
加上还原剂毓基乙醇或DTT,能还原二硫键,使RNA彻底变性
DTT二硫苏糖醇
刺激性气味要小诸多,毒性也比毓基乙醇低诸多。并且DTT比毓基乙醇的浓度低7倍时,
两者效果相近,但DTT价格略高某些。由于轻易被空气氧化,因此DTT日勺稳定性较差;
但冷冻保留或在惰性气体中处理可以延长它的使用寿命。由于质子化的硫日勺亲核性较低,
伴随pH值的减少,DTT/、J有效还原性也随之减少;DTT或具有DTTW,J溶液不能进行高
压处理。克制Rnase活性
TCEP三(2-甲酰乙基)瞬盐酸盐
Trizol
苯酚、异硫鼠酸胭、8—羟基唾咻、供贫基乙醇等。TRIzolH勺重要成分是苯酚。苯酚的重
要作用是裂解细胞,使细胞中的蛋白,核酸物质解聚得到释放。苯酚虽可有效地变性蛋白
质,但不能完全克制RNA酶活性,因此TRIzol中还加入了8—羟基嗤咻、异硫粗酸呱、
供疏基乙醇等来克制内源和外源RNase(RNA酶)。
0.1%H勺8—羟基U奎咻可以克制RNase,与氯仿联合使用可增强克制作用。
异硫鼠酸胭属于解偶剂,是一类强力MJ蛋白质变性剂,可溶解蛋白质并使蛋白质二级构造
消失,导致细胞构造降解,核蛋白迅速与核酸分离。
。-筑基乙醇『寸重要作用是破坏RNase蛋白质中口勺二硫键。
组织破碎,裂解细胞
十二烷基硫酸钠
阴离子去垢剂,高温(55-65℃)裂解细胞,使染色体离析,蛋白变性,形成SDS/蛋白质/
多糖复合物,释放核酸,提高盐(KAc或NaAc)浓度并减少温度(冰浴),使SDS/史
白质/复合物转变为溶解度更小日勺钾盐酸形式,使蛋白质及多糖杂质沉淀愈加完全、离心
后除去沉淀,上清液中的DNA用酚/氯仿抽提,乙醇沉淀水相中的DNA
操作简朴,温和,可提取到高分子量於JDNA,但产物多糖类杂质较多
阳离子强表面活性剂,一般与蛋白酶K和抗氧化剂、螯合剂一起使用
可破坏细胞膜、核膜,并使组织蛋白与DNA分离
溶解膜类蛋白
SDS能裂解细胞。使细胞中日勺蛋白质和核酸之间常借着静电引力或配位键结合,阴离子
去污剂可以破坏这种价健,使染色体离析,蛋白变性,释放核酸。
(1)SDS是一种阴离子表面活性剂,能使蛋白质日勺氢键和疏水键打开,并结合到蛋白质
的疏水部位;
(2)SDS可引起蛋白质构象变化
(3)SDS是一种良好的解离剂,可使蛋白质溶解,变性
(4)形成SDS-蛋白质复合物,并使复合物带负电
质粒方面:在1%H勺SDS溶液中慢慢加入5NH勺NaCL你会发现SDS在高盐浓度下是会
产生沉淀的。因此高浓度的盐导致了SDSR勺沉淀。但假如你加入的不足NaCl而是KCL
你会发现沉淀的量要多的1多。这其实是十二烷基硫酸钠(sodiumdodecylsulfate)碰到钾
离子后变成了十二烷基硫酸钾(potassiumdodecylsulfate,PDS),而PDS是水不溶日勺,
因此发生了沉淀。如此看来,溶液HI加入后的沉淀实际上是钾离子置换了SDS中口勺纳离
子形成了不溶性的PDS,而高浓度H勺盐,使得沉淀更完全。大家懂得SDS专门喜欢和蛋
白质结合,平均两个氨基酸上结合一种SDS分子,钾钠离子置换所产生的大量沉淀自然
就将绝大部分蛋白质沉淀了,让人快乐的是大肠杆菌的基因组DNA也一起被共沉淀了。
基因组DNA一旦发生断裂,只要是50—100kb大小H勺片断,就没有措施再被PDS共沉
淀了
CTAB:十六烷基三甲基溟乙胺,低温时易沉淀
阳离子去污剂
一种在高盐下能和核酸结合形成可溶、稳定的复合物,低盐浓度下可沉淀H勺表面活性剂
是一种阳离子去污剂,低离子强度(O.I-O.5MNaCl),沉淀核酸与酸性多聚糖,而蛋白质
和中性多聚糖仍留在溶液中。在高离子强度的溶液中(〉0.7mol/LNaC1),CTAB与蛋白质
和多聚糖形成复合物,只是不能沉淀核酸。通过有机溶剂抽提,清除蛋白,多糖,酚类等
杂质后加入乙醇沉淀即可使核酸分离出来。
CTAB可从大量产生黏多糖日勺植物及某些革兰氏阴性菌制备纯化的DNA,这种去污剂加
入调整至高离子强度的细菌和细胞裂解液中(>0.7MNaCl),通过持续的酚/氯仿抽提,
清除CTAB/黏多糖/蛋白质复合体,异丙醇/无水乙醇沉淀上清即可将DNA分离出来
CTAB尚有提高DNA互补链复性速率及稳定已形成日勺DNA双螺旋口勺作用
CTAB法H勺重要特点是用用较广
CTAB溶液在低于15度会形成沉淀析出,因此在将其加入冰凉的植物材料•时,必须预热,
且离心温度不低于15度
酶克制剂,螯合二价金属,克制金属依赖性的酶
螯合Mg2+或Mn2+离子,克制细胞中DNaseH勺活性,该酶可降解DNA
EDTA是去垢剂,结合离子用,而它结合的部分离子是可以诱发或者增进RNA酶活性日勺,
例如Ca2+OEDTA是一种二价离子熬合剂,能熬合Mg2+和Ca2+等二价阳离子,而多种
RNA的丛J活性是需要依赖二价阳离子的,因此EDTA能通过熬合二价阳离子来克制RNA
酶的活性碱性条件下才可以溶解,要和NaOH粉末混合后,再加水,然后用NaOH水溶
液调整pH。0.01M,DNase酶基本失活。
酶克制剂,使某些降解随时活性的表面变性
精胺或其他多胺
酶克制剂,减少核酸前时影响
酶克制剂,减少重金属氧化酶的影响
减少酚类、配类、单字类物质的影响,抗氧化作用,络合多酚和砧类物质,防止多酚类褐
变而氧化,清除多糖和色素,色素是PCR强克制剂,必须清除
样品液氮研磨及提取缓冲液中加入PVP或PVPP等能络合多酚和砧类物质,离心或氯仿
抽提出去,有效防止多酚黛化成酶类,防止溶液变褐色而
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