CN119433091A 基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法 （辽宁省水稻研究所）

基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因本发明公开了基于高通量测序的粳稻双亲验证了目标基因型与目标性状的相关性及其环2双亲材料选择及目标基因确定，选择优质粳稻双亲材料，通过数据高通量测序及遗传型分析，提取杂交后代植株的基因组DNA进步筛选出含有聚合目标基因的植株提供回交群体遗传型与表型联合分析，将遗传型分析结果与群体表型数据相结合候选植株的验证与恢复系创制，将筛选出的目标植株作为恢复系候选材料2.如权利要求1所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特从粳稻优良品种或育种资源库中筛选具有优良遗传特性的双亲材料通过基因功能数据库分析，筛选与目标性状显著关联的目标基因基于双亲材料的已有基因组信息的标记数据，结合目标性状的遗传3.如权利要求1所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特对选定的粳稻双亲材料进行全基因组测序，采用高通量测序生成测序将双亲基因组的测序数据比对至参考基因组，分析双亲基因组的3基于比对分析结果，结合双亲基因组的特异性片段，鉴定籼4.如权利要求1所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特基于双亲基因组差异信息及目标基因区域的定位结果，设计覆所述分子标记包括单核苷酸多态性标记以及所述分子标记同时覆盖目标区域上下游两端及中间的关键序列；基于双亲材料及已知表型的植株的标记分布情况，筛选能够显5.如权利要求1所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特选择双亲材料中的优良单株作为杂交亲本，进行人工杂交获得F1代植对F1代植株进行筛选，依据目标基因的标记检测结果和目标性在回交和自交的每一代中，结合分子标记检测结果和目标性状6.如权利要求1所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特提取杂交后代植株的基因组DNA，利用针对目标基因区域的特异性分子标记进将扩增的产物进行纯化后，结合扩增子序列的长度和覆盖范围，构将测序数据比对至参考基因组，分析目标基因区域内的变异信基于测序数据的变异分析结果，结合目标区域特异性标记的分布，4将筛选结果与群体的初步表型数据进行比对分析，筛选出目标基7.如权利要求1所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特将遗传型数据与群体表型数据进行关联分析，所述群体表型数据包括目标性状表现、统计计算目标基因型与目标性状之间的相关性，并确定遗传型与目标性状的关联模根据关联分析结果，初步筛选出基因型与目标性状显著对筛选出的候选植株在不同环境条件下进行目标性状的表型确定在多环境下均表现优异且与目标基因型一致的植株，作为最终筛选出的优质植8.如权利要求7所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特提取所述条件参数对应的预设的基准参数，其中，所述预设的基准参数提取当前光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的理论环境温度变化提取所述光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的实际环境温度变化利用所述光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的实际环境温度变化量和光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的理论环境温度变化量获取参x表示光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产将所述参数调节系数与预设的参数调节系数5当所述参数调节系数超过预设的参数调节系数阈值时，则对温度梯度参数对应上限9.如权利要求8所述的基于高通量测序的粳稻双亲杂交目的基因植株筛选方法，其特当所述参数调节系数超过预设的参数调节系数阈值时，调取温度梯度参数对应上限6在温室或田间条件下培育杂交后代，对其目标性状及其他关键农艺性状进行初步观对筛选出的优良杂交组合进行大田试验，在试验过程中，记录杂结合多环境试验结果，分析候选材料在不同环境条件下的目标性状稳定性和产量表将表现优异的候选材料作为恢复系基础材料，结合目标性状和遗传7[0004]本发明的目的在于提供基于高通量测序的粳稻双亲杂交计与目标基因相关的分子标记，所述分子标记覆盖目标基因区域的关键位点及上下游区8标基因在双亲基因组中的分布及差异性片段9[0040]提取杂交后代植株的基因组DNA，利用针对目标基因区域的特异性分子标记进行[0052]根据关联分析结果，初步筛选出基因型与目标性状显著关联的植株作为候选植[0058]提取当前光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的理论环境温度[0059]提取所述光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的实际环境温度[0060]利用所述光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的实际环境温度变化量和光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的理论环境温度变化量获计与目标基因相关的分子标记，所述分子标记覆盖目标基因区域的关键位点及上下游区标基因在双亲基因组中的分布及差异性片段[0140]提取杂交后代植株的基因组DNA，利用针对目标基因区域的特异性分子标记进行显著提高了检测目标基因区域变异信息的效率[0154]根据关联分析结果，初步筛选出基因型与目标性状显著关联的植株作为候选植[0172]提取当前光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的理论环境温度[0173]提取所述光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的实际环境温度[0174]利用所述光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的实际环境温度变化量和光照强度基准参数在预设的光照单位时间段中所产生的理论环境温度变化量获