TSAASS 308-2025 耐盐马铃薯分子育种技术规程

SAASSTechnicalcodeofpracticeformolecularbreedingofpotatoinsalttoleranceI前言 12规范性引用文件 13术语和定义 14缩略语 15亲本选择及群体构建 15.1轮回亲本 15.2供体亲本 1 15.4实生苗获得 15.5组培苗扩繁 26表型鉴定 26.1含盐培养基制备 26.2胁迫处理 26.3调查与统计 26.4耐盐性鉴定 27全基因组重测序 37.1基因组DNA提取 37.2全基因组测序与原始数据质控 47.3序列比对与变异位点鉴定 48关联分析 49标记开发 59.1遗传区段选择 59.2引物设计与PCR扩增 59.3标记有效性验证 510辅助选择应用 510.1亲本选择 510.2后代选择 510.3背景选择 511档案和数据管理 511.1总体原则 511.2材料标识与档案 511.3数据管理 6附录A(资料性)MS培养基配方和母液配制要求 7A.1MS培养基配方 7A.2MS培养基母液配制 7 8 8 8本文件按照GB/T1.1—2020《标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则》的规定请注意本文件的某些内容可能涉及专利。本文件的发布机构不承担识别专利的责任。1耐盐马铃薯分子育种技术规程GB/T30988-2014多酚类植物基因组DNA提取纯化及GB/T40664用于高通量测序的核酸类样本质量控制通用要求GB/T43584.2生物技术大规模并行测序第2部分：测序数据的质量/pubs4缩略语DNA：脱氧核糖核酸（DeoxyribonucleicAciBWA-MEM：Burrows-WheelerAligner软件的MaximalExactMatches算法BAM：SAM的二进制版本（BinarycompressedSAMFormGATK：基因组分析工具箱（GenomeAnalysisTooSNP：单核苷酸多态性（SingleNucleotidePolymPCR：聚合酶链式反应（PolymeraseChainReact选择农艺性状优良但盐敏感材料作为轮回亲本（P1）。种薯应符合GB18133的要求。选择耐3‰～5‰中度及以上盐胁迫的材料作为供体亲本（P2）。种薯应符合GB18133的25.5.1实生苗在超净工作台上切段扩繁，按单茎节切段，每个切段至少带1个叶片，长度1cm左右。5.5.3放置于组培室中生长，培养条件同5.4。5.5.4待苗长出6片～7片叶片，株高7cm~8cm时，可再次切段繁殖，一般间隔25d左右继代繁殖5.5.5组培苗生长3周后可用于耐盐性鉴定。6.2.1取3周龄生长状态一致的马铃薯组培苗，去除顶芽与最下端的腋芽，将剩余植株切成1cm左右带腋芽的茎段，腋芽向上插入含盐MS培养基中，覆膜并6.2.2每瓶5个带腋芽茎段，每瓶为1次重复，每个材料至少3次重复。6.2.3放置于组培室中培养，培养条件同5.4。6.2.4以不添加NaCl的正常MS培养基为对照。将组培苗从茎基部剪下，称量茎叶重量，精确到0.1mg。精确到0.1mg。按公式(1)计算：按公式(1)计算：3=/i····················Wi——第i个综合指标在所有综合指标中的重要程度；根据D值对马铃薯组培苗耐盐性进行分级，分级标12344亲本和杂交后代群体的基因组DNA按照GB/T30988-2014中第8章的要求进行。所提取DNA样本的质量控制按照GB/T40664的要求操作，所提取的DNA应符合测序对样品质量和数量按照测序仪厂商提供的标准测序流程进行测序操作。测序平均覆盖深度大于或等于马铃薯基因组测序原始数据的质量评估按照GB/T43584.2的要求执行，去除接头污染和低质量的序列，Q30碱基使用软件BWA-MEM将过滤后的序列与DM8.1基因组序列进行比对，使用Picard工具建立BAM文件，使用GATK检测SNP位点，每个SNP位点在群体中的有效检测率.1采用滑动窗口法检测重组断点，窗口大小母本bin-map：由所有在亲本P1中杂合、在P2中纯合的bin-marker构成，反映了母本染色体的重组父本bin-map：由所有在亲本P2中杂合、在亲本P1中纯合的bin-marker构成，反映了父本染色体的采用混合线性模型对耐盐性表型数据和亲本bin-map进行全基因组关联分析，模型包含bin-marker基因型作为固定效应，亲缘关系矩阵作为随机效应。以-log10（P）大于等于5（即5“染色体_位置”格式进行命名。9标记开发量40%～60%,Tm55℃左右，目标片段长度8根据6.4各性状隶属函数值挑选极端耐盐和极端盐敏感材料20个~25个，根据7.1获得极端材料和根据电泳胶图记录标记在亲本与极端材料间的多态性，记录标记在极端耐盐与极端盐敏感基因型在杂交后代(F2、F3代),根据分子标记基因型进行选择。对大量单株进行标记检测，淘汰不含有比例高且含有目标性状基因的单株继续回交，减少非目标基因的导入，提高育种效率。通过SNP芯片检测回交后代单株的基因组，计算轮回亲本基因组比例，选择比例高的单株建立统一的档案管理系统，对耐盐马铃薯分子育种过程中涉及的育种材料及相关数6系统收集分子育种全流程数据，确保准确、及时、格式统一。b)表型数据：组培苗耐盐性鉴定各项指标及其计算的耐盐系数、隶属函数值和c)过程数据：基因组重测序原始数据与比对数据查询和分析。确保数据库的安全性，设置用户权限，定期进行数据