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文档简介
高性能计算及应用课程3:高性能计算机第1页课程内容提要并行计算机系统分类集群系统Linux集群系统第2页并行计算机系统
parallelcomputerarchitecture第3页并行计算机系统发展原因应用需求永远是并行计算机系统发展动力。伴随计算机速度提升,人们对计算机性能要求也越来越高。比如科学计算、工程和工业设计等都需要高性能计算。芯片速度不可能无限地提升,并行计算机能够处理越来越复杂问题。芯片速度要受到光速制约,但芯片集成度还有发展空间。大量商品化处理器出现为设计并行计算机系统提供了可能。并行计算机系统取得快速发展和处理机间通信技术发展密不可分。
第4页并行计算机系统分类按照Flynn分类法归纳并行计算机体系结构图谱
第5页SISD(SingleInstructionandSingleData)体系结构SISD就是传统次序执行单处理器计算机,其指令部件每次只对一条指令进行译码,并只对一个操作部件分配数据。CU:控制单元PU:处理单元MM:存放模块IS:指令流第6页SIMD(SingleInstructionandMultipleData)计算机
SIMD机结构有单一控制部件,不过有多个处理部件。计算机以一个控制单元从存放器取单一指令流,一条指令同时作用到各个处理单元,控制各个处理单元对来自不一样数据流数据组进行操作。这种体系结构经典代表是阵列处理机,一些学者认为将向量处理机也划入这类。
*结构特点:控制器(CU)执行标量和程序流控制指令;
全部PU操作相同,数据不一样;
*节点互连:要求能够同时实现多对(非任意)节点间互连
└→基于互连硬件设计并行算法集中式SIMD系统互联CUM0M1Mm-1···PU0PU1PUn-1···M0PU0PE0CU系统互联Mm-1PUn-1PEn-1···分布式SIMD第7页SIMD体系结构向量计算机能够在一个向量每个元素上执行相同操作,普通来说向量处理机是以流水线式ALU(算术逻辑单元
)为关键,实现向量各个元素并行计算采取是时间重合技术。阵列计算机这类计算机采取资源重复方法引入空间原因,即在系统中设置多个相同处理单元来开发并行性。另外,它是利用并行性中同时性,全部处理单元必须同时进行相同操作。第8页MISD(MultipleInstructionandSingleData)体系结构多个处理单元,各配有对应控制单元。各个处理单元接收不一样指令,多条指令同时在一份数据上进行操作。这种计算机体系结构是一个比较奇怪组合,这已经被证实是不可能最少是不实际,当前为止还不存在这种类型计算机。第9页MIMD(MultipleInstructionandMultipleData)体系结构同时有多个处理单元,而且每个处理单元都配有对应控制单元。各个处理单元能够接收不一样指令并对不一样数据流进行操作。大多数当代并行计算机都属于这一类,多处理机系统和多计算机系统都是MIMD型计算机。第10页并行计算机系统分类MIMD体系结构多处理机系统——基于共享存放器系统中只有唯一地址空间,全部处理器共享该地址空间。唯一地址空间并不意味着在物理上只有一个存放器。共享地址空间能够经过一个物理上共享存放器来实现,也能够经过分布式存放器并在硬件和软件支持下实现。多计算机系统——基于消息传递每个处理器有自己存放器,该存放器只能被该处理器访问而不能被其它处理器直接访问,这种存放器称为局部存放器或私有存放器。当处理器A需要向处理器B传送数据时,A把数据以消息形式发送给B。第11页并行计算机系统分类MIMD多处理机系统不一样访存模型一致性存放访问模型UMA(UniformMemoryAccess)非一致性存放访问模型NUMA(NonUniformMemoryAccess)高速缓存存放访问模型COMA(CacheOnlyMemoryAccess)
MIMD多计算机系统深入划分大规模并行处理机MPP(MassivelyParallelProcessors)工作站网络NOW(NetworkofWorkstations)和工作站集群COW(ClusterofWorkstations)
第12页一致性存放访问模型UMA系统互连(总线、交叉开关、网络..)···P1/C1注:P--处理机
C--高速缓存
SM--共享存放器P2/C2Pn/CnSM1···SM2SMm
*访问特征:每个P可访问全部MEM,且访问时间相同└→全部MEM组成单地址空间
*应用:共享存放多处理机(SMP)
*Cache一致性特征:支持
←很轻易实现第13页非一致性存放访问模型NUMA···注:P—处理机;C—Cache;M—共享存放器P1/C1互连网络···M1P2/C2M2Pn/CnMn···全局互连网络GSM······GSMCIN···P群1P···CSMCSM···CIN···P群nP···CSMCSMGSM
*访问特征:各P可访问全部MEM,但访问时间不相同└→全部MEM组成单地址空间
*基于Cache一致性分类:CC-NUMA(CacheCoherentNUMA);
NCC-NUMA(Non-CacheCoherentNUMA)
*NUMA应用:分布共享存放多处理机(DSM)
*Cache一致性特征:支持或不支持共享当地存放器模型层次式集群处理模型第14页高速缓存存放访问模型COMA互连网络···注:
P--处理机
C--高速缓存
DIR--目录PCDIRPCDIRPCDIR
*访问特征:各P可访问全部Cache,但访问时间不相同
└→全部Cache(非主存)组成单地址空间
*应用:共享分布存放多处理机(DSM)
*Cache一致性特征:支持是NUMA模型一个特例,用各节点Cache组成全局地址空间第15页多计算机系统访存模型非远程存放访问模型NORMA(No-RemoteMemoryAccess)互连网络(消息传递)···
注:LM—局部存放器LM1NIC1P1/C1MB节点1节点n互连网络(消息传递)···节点nLM1NIC1P1/C1MB节点1Bridge1IOB
*访问特征:①各P只能直接访问当地MEM;
└→全部存放器组成多地址空间
②各P不能直接访问远程MEM
└→需要经过消息传递实现间接访问
*应用:大规模并行处理机(MPP)、工作站机群(COW)
*Cache一致性特征:不支持第16页并行计算机结构模型与访存模型访存模型结构模型MIMD多处理机(单地址空间)多计算机(多地址空间)分布式存放器(NUMA)集中式存放器(UMA)COMACC-NUMANCC-NUMA松耦合多计算机(NORMA)紧耦合多计算机(NORMA)PVPSMPDSMCOWMPPSC-NUMASC-NUMA:software-coherentNUMA
*可扩展性分析:
UMA可扩展性较差,其它很好
影响原因—互连网络、组装、访问带宽与延时等第17页并行计算机通信通信操作
*通信过程:
P通知通信开始→[拷贝到缓冲区]→打包→
→NIC开启包传输→网络传输→→NIC接收数据包→通知信息抵达→拆包(含保护检验)→
→通知通信请求抵达→处理通信操作→发送通信结果等*实现分析:整个过程由P、OS、NIC分工协作完成;
部分阶段可选择由硬件/软件实现互连网络···M1NIC1P1/C1MB节点1Bridge1IOBMnNICnPn/CnMB节点nBridgenIOB第18页
*性能指标:时延、带宽、代价;
通信时间(n)=开销+数据时延+网络延迟+占用度
=t0+n/B+tl+tc
其中:t0--为P通知通信开始→NIC开启传输延迟;
tc—为数据包占用网络资源造成冲突而等候延迟;
tl—为数据包穿过网络(无冲突)延迟
*影响性能原因:
通信硬件—指通信操作实现过程中NIC等功效延迟;
通信软件—指屡次接口抽象、缓冲区拷贝等开销;
通信服务—指服务质量(可靠传输、流控、失效处理、按序传输)等开销(分摊在NIC及通信软件中)第19页并行性、可扩展性和可编程性并行性(Parallelism)基本概念并行性是指在同一时刻或同一时间间隔内完成两种或两种以上工作。并行性还能够深入分为同时性和并发性,前者指同一时刻发生并行性,后者指同一时间间隔内发生并行性。
并行粒度问题粗、中、细三种不一样并行粒度,共享内存多处理机系统用于细粒度和中粒度并行计算,而消息传递型多计算机系统用于中粒度和粗粒度并行计算。第20页并行性、可扩展性和可编程性硬件资源可扩展性(Scalability)是指经过增加处理器数目、投入更多存放器部件(高速缓存、主存、磁盘等),从而使系统含有更高性能或功效。因为多处理机和多计算机主要是以资源重复伎俩实现并行处理,所以它们是可扩展系统。而且,涣散耦合多计算机系统可扩展性要好于紧密耦合多处理机系统。
并行计算机系统可编程性(Programmability)包括到操作系统、编译器、语言支持等多个方面问题。到当前为止,能够说对并行计算机系统编程依然是非常困难和费劲事情,这主要是因为人们原来所熟悉次序编程不适合并行程序设计特征。从体系结构角度来看,多处理机有统一编址全局共享存放器,其可编程性要好于多计算机系统。
第21页集群系统
clustercomputerarchitecture第22页集群技术在高性能计算领域,集群系统已经成为主流系统结构,并将深入扩大其所占份额;集群概念最早由IBM于20世纪60年代提出;集群普通由高速网络连接起来高性能工作站或PC机组成。集群在工作中像一个统一整合资源,全部节点使用单一界面。第23页TOP500过去19年体系结构演化第24页TOP500过去19年体系结构演化第25页从TOP500看集群系统在高性能计算领域,集群系统已经成为主流系统结构,并将深入扩大其所占份额在Top500中,集群结构占了绝对大多数,说明在构建超大规模计算系统时候,集群是主要系统组成方式第26页大规模并行处理机(MPP)LM:当地存放器NIC:网络接口电路MB:存放器总线•专门设计制造高速互连网络•结点内有一个或多个处理器、高速缓存、一个当地存放器和互连网络•每个处理器能直接访问只有当地存放器,而不能直接访问其它处理器存放器•程序由多个进程组成,每个都有其私有空间进程间采取消息传递相互作用•使用专用硬件提升性能,技术复杂,成本高第27页集群系统(CLUSTER)B:存放总线与I./O总线接口;LD:当地磁盘IOB:I/O总线完全采取商用硬件•机群每个结点都是一个完整计算机•机群各结点总有当地磁盘•各结点经过低成本商用网络互连•结点与系统级网络网络接口是连接到I/O总线上(松耦合),而MPP网络接口是连到结点存放总线上(紧耦合)•每个结点上驻留有完整操作系统。第28页集群系统-并行计算新主流技术高性能/价格比硬件方面:主要使用商用计算机硬件,造价低,配置灵活。软件方面:大量使用开放源码(OpenSource)软件系统。能够以更低廉价格取得更高峰值计算速度(PeakPerformance)良好可扩展性能够依据需要灵活调整集群系统规模。能够满足各种类型计算要求易取得性,配置灵活设计建造技术要求较低(对比于MPP)。能够用有限资金取得高峰值速度。突破SMP和MPP技术限制。能够依据实际情况挑选集群系统各种组件。提供多用途并行计算系统Scientific,commercial,Internetapplications已经成为主流企业计算系统.第29页集群计算系统体系结构第30页集群体系结构:节点能够是各种高性能节点
PC机工作站
SMP…这些节点能够是不一样体系结构,能够运行不一样操作系统第31页集群体系结构:处理器支持各种(CISC/RISC/VLIW/Vector..)Intel:xeon,ItaniumSun:SPARC,ULTRASPARCHPPAIBMRS6000/PowerSGIMPIS……第32页集群体系结构:操作系统一样支持各种类型操作系统
Linux (Beowulf)MicrosoftNT (IllinoisHPVM)SunSolaris (BerkeleyNOW)IBMAIX (IBMSP2)ClusterOperatingSystems(SolarisMC,MOSIX(academicproject))OSgluinglayers: (BerkeleyGlunix)第33页集群体系结构:集群中间件位于操作系统和应用之间,提供以下功效:单一系统映像(SingleSystemImage:SSI)系统可用性(SystemAvailability:SA)SSImakesclustersappearassinglemachine(globalizesviewofsystemresources).SA-Checkpointingandprocessmigration.第34页集群体系结构:编程环境SharedMemoryBasedOpenMP(enabledforclusters)…MessagePassingBasedPVM(ParallelVirtualMachine)
MPI(portabletoSMbasedaswell)第35页集群体系结构:开发工具Compilers
C/C++/Java/;ParallelprogrammingwithC++(MITPressbook)DebuggersPerformanceAnalysisToolsVisualizationTools第36页集群系统互连网络第37页集群系统互连网络第38页集群系统互连网络主要运行粗粒度并行程序小规模集群系统用户,能够使用千兆以太网进行互连大规模集群系统中,千兆以太网很可能成为系统瓶颈,宜选取专用高速网络互连InfiniBand已经成为当前主流互连设备第39页Infiniband技术Infiniband是一个基于交换串行I/O互连体系结构,运行速度为每方向40Gb/s或56Gb/s(每端口)。InfiniBand是一个针数极少串行结构,可连接印刷电路板(PCB–Printedcircuitboard)上设备,并支持箱外带宽。使用普通双绞铜线,InfiniBand支持连接距离为17m;而假如使用光缆,其支持距离则可达数公里甚至更远。InfiniBand支持QoS和RAS(Reliability,AvailabilityandServiceability
)。这对于InfiniBand有能力成为位于Internet关键下一代服务器和存放系统通用I/O基础架构含有非常主要意义。InfiniBand终将从根本上改变系统和Internet互连体系。InfiniBand系统网络受到戴尔,惠普,IBM,英特尔,微软和Sun等各大工业企业支持。第40页HCA主机通道适配器TCA目标通道适配器,基于InfiniBand技术适配器,经过交换机,与HCA设备交换数据。
第41页Infiniband层次结构第42页物理层:InfiniBand是一个非常完整体系结构,定义了系统电气和机械特征。内容包含光纤和铜介质线缆和插座、背板连接器和热交换特征。第43页链路层:链路层(和传输层一起)是InfiniBand体系结构心脏。链路层功效包含包设计、点到点链路操作和当地子网中包交换。包:链路层有两种类型包:管理和数据包。
交换:子网内链路层处理包转发和包交换。子网管理器为子网内全部设备都分配了一个16位LID(当地识别码)。在子网内发送包使用LID寻址。
QoS:InfiniBand采取虚拟路径(VL)方式支持QoS。包在子网内移动,InfiniBand定义了SL(服务级别),用以确保它QoS等级。
基于信用流控:链路层流控是对两个点到点链路间数据流管理。数据一致:在链路层,每个包有两个CRCs(cycleredundancycheck循环冗余校验),变量CRC(VCRC)和常量CRC(ICRC)用以确保数据完整性。第44页网络层:处理子网间包路由(子网内部不需要网络层)。子网间发送包会有一个全网路由头(GRH)。GRH包含包源和目标地址。传输层:传输层负责包按次序发送、分割、通道多路复用和传输服务(可靠连接,可靠数据报,不可靠连接,不可靠数据报和原始数据)。第45页InfiniBand组成
InfiniBand体系结构为系统通讯定义了很多设备:通道卡、交换机、路由器和子网管理器。在一个子网内部,每个节点最少要有一个通道卡,每个子网最少要有一个子网管理器进行结构初始化以及对应维护。全部通道卡和交换机必须包含一个子网管理代理(SMA-SubnetManagementAgent),负责和子网管理器间通讯。第46页网络存放-可靠高效存放方案用户对存放需求可管理性:存放资源一致管理,可扩展性高性能-高带宽,并行文件访问可靠-备份,快照,镜像高性价比第47页资源管理(1)-当地存放方案第48页资源管理(2)-网络存放方案第49页可扩展性(1)第50页可扩展性(2)第51页可管理性-拥有成本对比直接连接存放DAS(DirectAttachedStorage)以服务器为中心存放体系结构,难以满足当代存放应用大容量、高可靠、高可用、高性能、动态可扩展、易维护和开放性等多方面需求。网络从属存放NAS(NetworkAttachedStorage)用一个装有优化文件系统和瘦操作系统专用数据存放服务器,提供跨平台文件共享功效。将分布、独立数据整合为大型、集中化管理数据中心,方便于对不一样主机和应用服务器进行访问技术。存放区域网SAN(
Storage
Area
Network
)是经过专用高速网将一个或多个网络存放设备(如磁盘阵列RAID)和服务器连接起来专用存放系统。第52页高性能-并行文件系统并行文件系统支持多台主机对同一个磁盘分区进行同时读写现有并行文件系统Lustre:开源、基于对象存放技术集群并行文件系统,它含有很高可扩展性、可用性、性能、易用性等,在高性能计算系统中被广泛使用。它主要包含三个部分:元数据服务器MDS(MetadataServer)、对象存放服务器OSS(ObjectStorageServer)和客户端Client。PVFS2:开放源代码,并行虚拟文件系统(PVFS)工程为Linux集群提供了高性能和可扩展行并行文件系统。
GPFS:GPFS是IBM企业第一个共享文件系统,起源于IBMSP系统上使用虚拟共享磁盘技术(VSD)。作为这项技术关键,GPFS是一个并行磁盘文件系统,它确保在资源组内全部节点能够并行访问整个文件系统;而且针对此文件系统服务操作,能够同时安全地在使用此文件系统多个节点上实现。
第53页集群系统所面临挑战能耗问题不但仅是集群系统问题从芯片,单机和集群系统等多个层次来共同处理这个问题管理性监控自我修复管理信息过滤与提取分区第54页集群系统所面临挑战程序开发与优化问题ClusterOpenMP?MPI2会有更加好性能?怎样更加好地利用多个层次并行性,MPI-OPENMP混合编程还是仅用MPI?Core内指令级并行Core之间并行SMP内不一样CPU并行SMP节点间并行第55页高性能集群层次架构应用层集群操作系统层(DCOS)系统软件层(OS,编译器)硬件层(节点,网络等)第56页高性能集群硬件组成机柜(含供电电源);节点机(计算节点,登陆节点,I/O节点,监控节点);互连网络,每种网络连接机群全部或部分节点:管理网(百兆以太网);数据网(千兆以太网);计算网(Infiniband等);监控网(监控系统网络);KVM网(SKVM系统);存放网(SAN存放网络);存放系统:盘阵或SAN存放;第57页高性能计算集群系统架构第58页节点机处理器采取IntelXeon处理器:计算精度和稳定性好采取AMDOpteron处理器:图形处理能力和浮点计算呢能力强2路、4路、8路、16路产品1U、2U、5U、12U...……计算节点IO节点管理节点登入节点
...……怎样选择节点机?1U是4.445cm第59页网络和存放网络计算网管理网数据传输网百兆以太网千兆以太网MyrinetInfiniband存放存放产品存放结构文件系统SCSISATAFCSASDASNASSANIPSANNFSLustre怎样选择?第60页高性能集群软件系统石油领域:Geoeast、paradigm、cgg、omega、VSS物理化学:VASP、Gaussian材料化学:MaterialsStudio环境保护领域:MM5、Grapes、WRF结构力学:ABAQUS、NASTRAN性能评定:LINPACK、HPCC、NPB等等流体力学:fluent、CFX、Star_CD分子动力学:NAMD、GROWMACS、AMBER生物计算:BLAST、FASTA、MEME并行文件系统和数据库:DCFS2、PVFS2、Lustre、OracleRAC集群管理和监控系统:DCOS、DCMMII、Rocks、OSCAR第61页并行环境、开发环境、高性能数学库并行环境消息传递:MPI、PVM共享存放:OpenMP开放环境编译器调试器性能分析器高性能数学库ACMLAPLMKLIPP其它专业数学库第62页Linux集群系统
Linux-basedclustercomputersystem第63页采取Linux来搭建集群系统基本流程对头结点/管理结点操作系统安装集群服务配置对每个计算结点操作系统安装集群服务配置集群系统联调第64页高性能集群系统并行环境配置
Linux集群并行环境主要配置以下服务rsh配置:
RemoteShell,在远方机器上执行一些指令ssh配置:SecureShellNFS配置:共享用户目录NIS配置:管理用户帐号第65页经典集群计算节点cu01cu02cu03…登录节点su01管理节点mu01IO节点IO01第66页Rsh配置开启root用户对全部节点rsh权限
1、编辑/etc/hosts,加入全部(包含本机)节点ip地址和对应计算机名;此文件在一台机器上编辑完成能够拷贝到别节点上使用;注意这一行不要动,不然会影响到nis正常使用。比如:
00mu01cu01cu022、编辑/root/.rhosts和/etc/hosts.equiv,加入全部节点计算机名比如:
mu01cu01cu023、开启rsh服务:setup→systemservices→[*]rsh[*]rlogin[*]rexec
或者编辑/etc/xinet.d/rlogin,
改为disable=no
4、编辑/etc/securetty,加入rsh,rexec,rlogin(在文件后面添加就能够)
5、重起服务servicexinetdrestart
rsh配置需要在全部节点上进行。第67页2026/8/1068测试rshd配置。以普通用户(非root)登录并运行命令:
rsh主机名/bin/hostname
假如配置正确该命令应该显示本机主机名。假如犯错可查看/var/log/messages文件中错误信息。第68页SSH配置安装ssh包
sudoapt-getinstallopenssh-server开启ssh服务
sudo/etc/init.d/sshstart停顿ssh服务
sudo/etc/init.d/sshstop重新开启ssh服务
sudo/etc/init.d/sshrestart2026/8/1069第69页SSH配置1、在mu01上以root登录,然后运行ssh-keygen–tdsa,目标是简单在/root下创建目录.ssh,当提醒输入passphase时打入两次回车。这将生成/root/.ssh/id_dsa和/root/.ssh/id_dsa.pub2、在cu01上以root登录,运行ssh-keygen–tdsa,然后在mu01上运行scp/root/.ssh/id_dsa.pubcu01:/root/.ssh/authorized_keys2,在cu01/root/.ssh/目录下运行catid_dsa.pub>>authorized_keys2,再运行scpauthorized_keys2cu02:/root/.ssh/3、在cu02/root/.ssh/目录下运行catid_dsa.pub>>authorized_keys2,再运行scpauthorized_keys2cu03:/root/.ssh/4、重复以上步骤在后面结点上,在最终计算节点上将生成一个完整authorized_keys2文件,然后把authorized_keys2文件用scp命令拷贝到其余全部节点/root/.ssh/目录下,ssh配置完成。第70页2026/8/1071NFS配置:管理节点确认在主结点机上安装了nfs-utils包。开启NFS服务:
/sbin/chkconfignfson
/sbin/chkconfignfslockon
/etc/init.d/nfslockrestart
/etc/init.d/nfsrestart第71页2026/8/1072共享以下目录(依据实际情况设置):
/home----------->用于存放用户文件
/usr/local----------->用于存放共享软件
/redhat----------->用于存放系统安装文件在文件/etc/exports中加入下面一行:
/home*(rw,async,no_root_squash)
/usr/local*(ro,async,no_root_squash)
/redhat*(ro,async,no_root_squash)Note:no_root_squash:假如登录NFS主机使用共享目录使用者是root,那么对于这个共享目录来说,它含有root权限。root_squash;登录NFS主机使用共享目录使用者是root时,其权限将被转换成为匿名使用者,通常它UID与GID都会变成nobody身份。第72页选项说明Ro
该主机对该共享目录有只读权限Rw
该主机对该共享目录有读写权限Root_squash
客户机用root用户访问该共享文件夹时,将root用户映射成匿名用户No_root_squash
客户机用root访问该共享文件夹时,不映射root用户All_squash
客户机上任何用户访问该共享目录时都映射成匿名用户Anonuid
将客户机上用户映射成指定当地用户ID用户Anongid
将客户机上用户映射成属于指定当地用户组IDSync
资料同时写入到内存与硬盘中Async
资料会先暂存于内存中,而非直接写入硬盘Insecure
允许从这台机器过来非授权访问第73页2026/8/1074输出指定目录(/home):
exportfs-a
(也可重新开启系统)。
exportfs-v
查看共享目录
第74页2026/8/1075NFS配置:计算节点扫描能够使用server目录:showmount–emu01在文件/etc/fstab中加入下面一行:
mgmt:/home/homenfsdefaults00
mgmt:/redhat/redhatnfsdefaults00
mgmt:/usr/lcoal/usr/localnfsdefaults00以上改动在全部节点机做一遍
运行命令:
/sbin/chkconfignetfson
它使得系统开启时自动挂接主结点机上NFS目录。
运行命令:
mount/home
(也可重新开启系统)。第75页NIS配置NIS主服务器和全部其客户机
(包含从服务器)会使用同一NIS域名。Ypserv:
NIS服务器进程。假如
ypserv死掉话,则服务器将不再含有响应
NIS请求能力。
Yppasswd:另一个只应在
NIS主服务器上运行进程;这是一个服务程序,其作用是允许
NIS客户机改变它们
NIS口令。假如没有运行这个服务,用户将必须登录到
NIS主服务器上,并在那里修改口令。
Ypbind:“绑定(bind)”NIS客户机到它
NIS服务器上。它将从系统中获取
NIS域名,并使用
RPC连接到服务器上。
ypbind是
NIS环境中,客户机-服务
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