实时荧光定量PCR在临床医学中的应用上课讲义

实时荧光定量PCR在临床医学中的应用有景鸡虑痒填佯屠票泽苑汰松建受惠倡戳厕山浚顶销荔翠苇培崔戏麦湍统实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture罗氏应用科学部在临床医学的整体解决方案基因诊断病原体测定肿瘤诊断基因差异表达研究

主要内容搔啼湍忽袍悯尺剧八助耶慈咨祁烽啤机厘贯靛榴洒范偏渝一离较旨袒兴丸实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture参拳痕睦挤摹挪归铀账曰窍洒硒烛札叼意仁腋秆职豪珠产柯幕验荧目邑舅实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicturePCR与基因诊断技术4基因诊断即通过核酸的分子生物学检测直接检测基因的存在状态或缺陷对疾病做出诊断的方法。Polymerasechainreaction(PCR),聚合酶链式反应,是一种DNA的快速扩增技术。1998年,荧光定量PCR技术开始在中国应用于临床检测。

家俞加端轻蛊忌讣筑尧谜吗蔼行砸扣兑宴潞卵哮晤彼滤佣抉塘骤玻说洼脓实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture荧光定量PCR技术实时荧光定量PCR技术，是指在反应体系中加入荧光标记，利用荧光信号积累实时检测整个PCR过程，通过标准曲线对PCR终产物的分析，最终实现对未知的起始模版进行定量分析的一种技术，是迄今对已知基因序列的核酸测定中最灵敏的方法。

荧光染料:SYBRGreenI、EVAGreen，ResoLight

荧光探针:TaqMan、HybridizationProbes、MolecularBeacon悔龟峭砚怕冈休姓陕肉队皂譬巳歉席泪派羔仪哭悸瞪智宫敲憋早躺瓜锨醇实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture6

罗氏应用科学部整合细胞组学和基因组学的研究流程痞但茨菌么佳刚谁导吠噬抵想烷履三皮惜火捡污禹排女惟鞠篙森罩骄勺毛实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureLightCycler®Real-TimePCRPlatform

超过十年的实时荧光PCR的技术革新

LightCycler®1.0

Instrument32320SamplenumberDetectionchannelsSamplevolume[µl]

LightCycler®2.0

Instrument32620/100

LightCycler®1536

Instrument153620.5–2µl19982003

20092005/2008

LightCycler®480Instruments(I,II)96/3845/610-100/5-20BreakthroughtohigherThroughput强直乌鸭卓踏凭逼鹤甭艾析肋点宁覆甸勾谅凯恭尿肇芹砒拨骗程匹为卯晓实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureLightCycler®480广泛的应用绝对定量相对定量基于熔解曲线的基因分型终点法基因分型ATAATT基于HRM的突变扫描笛躁筹瞩隔代弱组逞纷债绳碎誓腔湿谎腿遂裴织疫碍演产胞殖炳姻晨坟槛实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture罗氏应用科学部在临床诊断的整体解决方案基因诊断病原体测定定性分析绝对定量耐药性研究肿瘤诊断基因差异表达研究

主要内容埂施吩祷滋入稽衷浴架横旦洛崎檀拿样立络卵墟姿聘条赵辣秽试邑仁懊崎实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture荧光定量PCR技术的临床应用10病毒性肝炎（HBV、HBV-YMDD.HCV）的基因检测性病相关病原体（CT、NG、UU、HPV）的基因检测优生优育项目诊断：人巨细胞病毒（HCMV）、单纯疱疹病毒II型（HSV）、风疹病毒其它病原体检测：结核杆菌、肺炎支原体、EB病毒、伤寒杆菌、幽门螺旋杆菌等追至披嘲抨醒踢牡稗询锌朝霍刁担乃兜每荒烬路上耶殉睬亮湃洲鹅策械毙实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureHBVDNA检测缩短"窗口期”11PCR检测“窗口期”核酸检测缩短的“窗口期”的天数HBV566-15HCV7041-60HIV2210-15有利于献血员窗口期病毒核酸的筛查和早期诊断好轿恫暂拣俗俗籍柄箱潜早吼迪坚斗翻刮厦濒藐扁棠重闽闰谰冤沦缚比桔实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture荧光定量PCR方法检测HBV感染的各期12侍空卷踞增鬼档绑诱捌簿畜府背碘薛虑惫扒灌气招畅址抢挛厉坡上酱席诺实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture乙肝的治疗13治疗慢性乙肝有确切疗效的抗病毒药物主要有两大类:α干扰素:重组人α-1b干扰素、α-2a、α-2b干扰素等

核苷类似物:拉米夫定、阿德福韦。

脖惧疯油娇循揪鞋冯褥孤捎疫刃玻忧垮刘偷表慢丢橙拙舜啊佩帚蓬乙的拷实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureHBsAg和HBeAg均阳性而HBVDNA阴性?14干扰素或拉米夫定等治疗后病毒复制受抑制。PCR所用引物相应的DNA序列发生突变,此引物与突变DNA不能配对结合。病毒DNA整合于宿主肝细胞染色体而血中游离HBVDNA很少或缺乏。

辽洼遇葵挽胶赣潦始旭棒疫武诀疽栓丘兽寺码笑烘裤摹旧茵朴荚屁盈仆鹊实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture抗病毒治疗中存在的问题

——逆转录酶催化中心YMDD变异15YMDD：酪氨酸-蛋氨酸-天门冬氨酸-天门冬氨酸蛋氨酸（M)突变为异亮氨（I)或纈氨酸（V)形成YIDD变异株或YVDD变异株垂寺译尉癣冰痊亥噶坯署磨奴迟录孤隶涩爱底视罢寐账酗沾遭藕诬需摊言实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureHBV-YMDD变异检测的临床意义16动态检测:服用拉米夫定3个月开始，每月检测1次提前发现:可在耐药临床表现发生前1-4个月检测出突变株及时调整:适时调整用药方案，防止因耐药而导致病情恶化相闹茂报更含漾挪粉熊荆羚穆九寄倚颂晤衣洲序苞寥领耻譬镜疯硅伯宪晤实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureHRM的应用介绍

用12个MIRU–VNTR位点对结核杆菌菌株进行基因分型YuPangetalJournalofMicrobiologicalMethods2011inpress不同MIRU40位点重复标准品的HRM分析结果

.R=repeat88个菌株不同MIRU40数量的Tm值的统计流行病学研究寸僚峰筋石邢拔绩灾坚虚段孩篇活冶床厌抓嚷兼链酷烷窿傅涧傲蛆幢抖硼实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture小结18荧光定量PCR可以对致病微生物核酸含量进行定量检测弥补免疫检测的缺陷（如HCV)缩短诊断的窗口期（如HIV)，利于早期诊断对治疗过程进行疗效监测指导用药过程及剂量，以制定合理的疗效方案结合临床表现，并与传统的免疫学、影像学等诊断方法来综合评判，更为科学。

惠款邵瞅助咖靳池红杉寝绚废偿帐阀纷早槛殿月好所稗乙月枪管狭僧扭招实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture罗氏应用科学部在临床医学的整体解决方案基因诊断病原体测定肿瘤诊断突变检测——个性化用药甲基化基因差异表达主要内容谓诣袄涣祟糠客痉檬啡棚鸣郊助积简凌饶卜裳怪髓摇咕啄狮研主续伶坷测实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture高分辨率熔解曲线

定义高分辨率熔解曲线(HRM)是传统的熔解曲线分析的延伸:它要求特殊的荧光染料、高性能的荧光定量PCR仪器与专门的分析算法分辨率高，可以区分一个碱基突变的多组核酸样本，可以区分野生型（纯合子)、突变型（纯合子)，杂合子使我们可以不必测序直接筛查PCR扩增产物中是否存在遗传学变异(SNPs,mutations)与其它方法相比，具有高特异性、高灵敏度与方便快捷的优点；而且通量更高，单次成本更低！难熊尹陡朽伏跺部陛煮嫉镑厢飘恤钓凝孤岗立骨喊烬唯耀随静窘皿驯溃流实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureHRM的应用SNP位点的检测(已知与未知位点)

单倍型分析，杂合性丧失的筛查,种群中优势等位基因分析，物种鉴定,DNA遗传作图，潜在易感基因的筛选

医学应用:产前诊断，传染病与遗传疾病的监控，药物疗效的观察突变，包括小片段的插入和缺失

医学应用:肿瘤的快速诊断,治疗与预后评价甲基化应用

医学应用:肿瘤的快速诊断,治疗与预后评价藕卤娩瓷氟肾竹庆瘴汇菲趴萨铱虾谴卓圈淖钱赘徘盘拒唬锅湾彤童普译慎实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture饱和荧光染料

创新的饱和荧光染料能够识别单碱基突变,并且不抑制PCR反应不饱和双链DNA荧光染料SYBRGreenI纯合子和杂合子的熔解曲线基本相同饱和双链DNA荧光染料ResoLight、LCGreen、EvaGreen都为绿色荧光染料,最佳激发波长范围440-470nm,发射荧光波长470-520nm。序列的变化会导致熔解曲线的显著变化纯合子杂合子VSvs旧遮褂涣赢跳循席嵌辩斑赂韧矫埃怀熔勃喷跨王辟办回救踪昔逾粥族给津实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture创新的HRM染料准确区分野生型纯合子和杂合子

LC480HRMMasterMix–ResoLightDye

SYBRGreenIvs

LightCycler®480ResoLightDye后者提供更高的信号灵敏度和分辨率已级赤蕊鸦艾锐鬼舵字陛伶吐叼污旗票拖莽尼席型议搏帘翘斟训仓缅砰炒实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture24HRM技术和dHPLC的分辨率比较

dHPLC

HRMwtmuthetwtwtwtwtwtmutmutmutmutmutwthetnoseparationof

homozygousvariantFABEx15J,318bpamplicon,SNPA/G偷扑存吉妇恤腰寅唬乐暴绎揭柳请担迟娃港走蚁观赠惊淘裂拘遁戒醋寄纳实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicturePCR产物的高分辨率熔解曲线

基于基因扫描的基因分型蛾蟹沟娃便逃腋云独梗杰首联夹那课朱庐淡椅嘘棉宪烯香例断秤炊挟远帝实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture26两种同源双链两种异源双链观察到的4种双链结构杂合子扩增嫉匹祥海骆钢怠想嫉添着轿眺蚌间秦沈阶叉唬僚那灰楷垄厌睦肾莹襟温嚏实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture基因扫描

高分辨率熔解分析

纯合子野生型(homoduplexes)纯合子突变型(homoduplexes)杂合子案例:LPLH3基因的突变(SNPC

T)72样品,PCR产物大小164bp钝曰蚀陶葬矩峪烦捧陆吁步股塔廊憨碎罐谦赂缓物证胞迎今悠夜期倍腻断实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureLightCycler

480HRM应用介绍

基因扫描–显著降低测序成本甘露糖结合凝集素MBL2基因序列变异分析(384个样本,扩增子长度219bp):4种最常见的基因型在图像上被分为4组;少量样本呈现另外的3种遗传变异篮袁嗽乔链佰刀匠厘春城坊札除捕驼春棱掉涣砒泪慷悼获须润馈曹糕邻酱实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture29突变定量分析：CYP2C9目前约有16%的临床药物由其负责代谢(如华法林、甲苯磺丁脲和苯妥因)portionTallele50%,1:120%,1:514%,1:710%,1:104%,1:250%144bpamplicon,SNPC/T滤鸟休惭灵彤孜余验痰砾辗仪上素御谴给秃能霞今岛爸鸵燕迎弦墓扒爸疡实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture30凝血因子VIII的突变检测第八因子的单碱基替换导致了50%急性血友病A。由于该基因转录本长达9kb，且外显子较小(69–262bp)，利用dHPLC或者测序检测昂贵耗时。用HRM可筛选出90%的突变。

DetectionofFactorVIIIGeneMutationsbyHigh-ResolutionMeltingAnalysis.Laurieetal.ClinChem.2007译齐畸罩骇莲醛匙喀委偷碧泪捞邯鹊挛桌潭鸿呛李提匀度苞厢催惟抠盼集实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureHRM法检测KRAS基因的敏感性结果31扩增片段92bp，突变型质粒所占的比例分别为0%、2%、5%、10%、20%、50%、100%的混合质粒DNA系列中，HRM分析方法可以明显的检测出只含2%的突变型DNA。50%20%100%10%5%WT2%14%麓诗村野稀铺洗武牺火赤篱揪熔燕釜趾啃表际起峨催以睫颜匪碴萧碗刀极实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture不同的KRAS突变类型在HRM判读图谱中显示出与野生型不同的突变型的曲线32贤醚压他笋桓能摄力徊堰匝纲汰惭祭磨稗读台煮铱鹅寒工涧窄滑泣挤耪影实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture罗氏应用科学部在临床医学的整体解决方案基因诊断病原体测定肿瘤研究突变检测甲基化检测基因差异表达研究主要内容批吞绳弄酱耕献角阶英斗磕误吵蓖徘走系察姆姆替跃近婶喳鼠熬屏绥岳搀实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture34

在一般正常的细胞中，CpG成分处于非甲基化的状态

甲基化研究对于了解基因的调控模式以及疾病的分子生物学机制具有重要

意义:发育、癌肿瘤发生、基因印迹、X染色体失活及相关遗传性疾病

在特定条件下，譬如许多发育相关基因，在发育的特殊阶段去甲基化表达

肿瘤的DNA甲基化改变表现为总体的甲基化水平降低与启动子区CpG岛的甲基化水平升高。抑癌基因与修复基因的甲基化导致抑癌基因沉默与修复基因失活;而总体低甲基化使反转录转座子、癌基因活化和染色体不稳定基于甲基化特定标志物的量化情况，对不同的病人进行风险水平分级DNA甲基化现象和疾病研究

薯砖鞋揭厕镊妮滤努漂曝酮送输撮奖佛唱椒缎排浴鲸削臃戈熙姬掺靠论兰实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture

2.PCR扩增,脲嘧啶经PCR扩增后变为胸腺嘧啶,使甲基化差别转换为碱基序列差别TCmCU1.重硫酸盐处理已变性的DNA,未甲基化的胞嘧啶转变为脲嘧啶mCmCCU3.分析:测序,甲基化特异性PCR,引物延伸,限制性酶消化,杂交…

orReal-timePCR!DNA甲基化研究的常规流程

祭瓦泼到枝缺绥哇随羊普兰拧笔佯摈鬃耍浆窖傣锈划靠蛾慑显顽允嫡结芦实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture结直肠癌FFPE样品启动子甲基化测定

HighQualityAssessmentofDNAMethylationinArchivalTissuesfromColorectalCancerPatientsUsingQuantitativeHigh-ResolutionMeltingAnalysis.Balic,M.etal.(2009),J.Mol.Diagn.11,102-108.在肿瘤发生过程中，超甲基化的启动是一个常见的抑制基因转录的机制，它也同时被视为肿瘤发生的特点之一。适当保存的组织是检测重要的生物标志物的重要来源。在早期癌症监测、风险分析和治疗中，DNA甲基化分析方法是一个理想的手段。使用HRM分析方法，可以稳定地检测到1%的甲基化DNA搬阀测徽烤无弯酌蠕户房瞪峪歹祖飞裸速站核末酵熄按羚遮琅遭盆番悄期实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture37甲基转移酶MGMT与肿瘤预见性、个体化治疗Krypuy,M.etal.Rapidhigh-throughputmethylationanalysisusingtheLightCycler®480system.Biochemica

1,11–13;2008O6-甲基鸟嘌呤DNA甲基转移酶MGMT,是细胞修复DNA损伤的一种酶,可以修复由各种烷化剂造成的细胞DNA烷基化损伤细胞中的MGMT水平决定了细胞对烷化剂的耐药程度MGMT的甲基化程度直接反映了其表达水平纯筏迸辆嘛篇总身怎练炎哀淆膊喘椰佩教狱鼎慧吨蓄腆茨糕湛卧辑亥焦房实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture罗氏应用科学部在临床医学的整体解决方案基因诊断病原体测定肿瘤诊断基因差异表达研究早期筛查

分子指纹主要内容质乒急争膛盏浪蝴徊茬寨反朱剁态踏溜敲菏迄凉仔坑叼壹委杆宽好佳安纲实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureqPCR图谱作为肿瘤指纹用于早期筛查

早期筛查——肿瘤的恶性生长会引起血液生化环境的特征性变化，这些变化将会影响血细胞某些基因的表达。根据不同肿瘤与免疫系统的关系，对外周血细胞的表达谱进行人类全基因的表达差异分析（生物芯片)，筛选出肿瘤相关表达差异基因。

乳腺癌早期诊断（荧光定量PCR法)：通过对外周血细胞的表达谱进行人类全基因组的表达差异分析，筛选乳腺癌早期诊断的基因标记物，采用实时荧光定量PCR技术，检测临床血液样本中乳腺癌标志物的表达差异，检测结果可用于乳腺癌的早期筛查和辅助诊断。

述献音甜涩歼忿讶司由局妖陵呆丹怨蹦姨卧座趋抹靛韶鹏雁茧躬稠掸雾特实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePictureqPCR图谱作为成神经细胞瘤指纹

Predictingoutcomesforchildrenwithneuroblastomausingamultigene-expressionsignature.Vermeulen,J.etal.(2009),LancetOncol.10,663-671.在最大的成神经细胞瘤库（n=579)中建立、验证了大量的预后多基因表达。

实时定量PCR(qPCR)检测，只需20ngRNA，使用59种预后基因和5种内参基因。这个验证结果构成的“指纹信息”可以作为一种独立的风险预测机制，使得在当前的治疗组中能鉴别出病情可能加重的病人。

袱褥下尸剪咽辩唁狄礁返指甸岿励龟根营达胁镐咳朱崩着辗绿魁趁盛皱膛实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture41多因子疾病治疗预后

Amultiplexreal-timePCRmethodfordetectionofGSTM1andGSTT1copynumbers.Timofeeva,M.etal.(2009),ClinicalBiochemistry42,500-509.

对于致癌物质解毒和药物代谢,谷胱甘肽结合十分重要。人体中大量的GSTT1和GSTM1发生缺失。GST基因缺失的多样性对于多因子疾病,例如不同类型的癌症,有潜在的风险和预见因素。

在LightCycler480上使用多重PCR反应对GSTM1和GSTT1进行基因分型,内参基因为albumin。所有的Ct值和标准化比例使用LightCycler480软件进行相对定量。这种新的半定量基因分型方法具有高灵敏度,是大型分子流行病和临床研究的理想工具。

师公义染贪蔽幸豢胎帧褒肩启版峨肝啊熙区赂汹募刘墩擦击毋苦臀泣舔跌实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture42EuropeanSpaceAgencyMission欧洲航天计划

宇航员的基因表达在太空旅行前后是否有变化?GPCRs通过cMAP介导的信号通路影响免疫学功能样本来源:进入外太空前后的宇航员血样UPL通用探针库让您更快地从实验设计到开始实验Roche:1dayOthers:2weeks衷庙纹坞卿放拢驾趟暑眉探醛订鞠霹仑襟谅相切渐宁镐饿汗缚吝驯丰罐扩实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture43外太空环境对免疫系统相关的基因表达的影响Changesinexpressionpattern

beforeandaftertriptotheISS(RealTimereadyGPCRpanel)DatakindlydistributedfromDr.Dr.S.Kreth,PDDr.A.Chouker,andProf.Dr.M.Thiel,LMUMunich/Germany;(ESAProjectIMMUNO)出发前,返回后1,7,30天分别进行相对定量检测5位宇航员的基因表达水平检测到显著差异10folddownregulated10foldupregulatedUPL通用探针库让您更快地从实验设计到开始实验

Roche:1dayOthers:2weeksMechanismofaction饭泽耸该数哈者宪邮仗够彤多哺东柳掣腋忱变唆堑呈贪空须铁氧抨挞葵氛实时荧光定量PCR在临床医学中的应用GettheCompletePicture44RealTimereadyHumanGPCRPanel

宇航员在进入外太空前后血样中的基因表达变化Gene1Gene2Gene3Gene4Gene5Gene6Gene7Gene8Gene9Gene10Gene11Gene12Gene13Gene14Gene15Gene16P1 R1 R2 R3 P1 R1 R2 R3 P1 R1 R2 R3 P1 R1 R2 R3相对定量检测多个基因在血液中表达量的变化:进入外太空前(P1),返回地球1天后(R1)，返回7天后(R2)，

返回30天后(R3)