新生抗原药品关键问题的技术考虑

国家药品监督管理局药品审评中心2026年10月 1 2（一）样本采集及处理 2 7（三）新生抗原筛选与鉴定 13（四）软件/算法验证及性能评估 20（五）数据库与软件/算法变更 24121考虑到新生抗原产品的复杂性和特殊性，为了22导该类产品的研发，制定227原产品，可参考该技术32（一）样本采集及处理34样本采集作为新生抗原产38传资源管理条例》等相关法规的要求，明确样本用途、检测42及后续检测需求，合理确定43方式，并建立标准化的样本采集、运输、接44防止样本采集和处理过程中345程可追溯，并说明关键环节的质量控47建议优先采用新鲜肿瘤组织样本，避开坏死区域，48样本的质量。在无法获得新50福尔马林固定石蜡包埋（Formalin-FixedParaffi53对于穿刺或活检样本，在60对于因64脱氨基损伤和核酸降解等从而导致后续测序检468键前处理信息（固定液类型及浓度、固定时间、脱水和包埋73化时间，充分断开甲醛交联的75（在建库前采用经验证的DNA损伤修复酶体系）等改善77调整文库79数，减少PCR引入的假阳性富集）、引入UMI（Unique82调整测序参数：适590通常以外周血作为正常对照94此外，考虑到在血液系统恶101109多区域取样或多点采样可作为提高异质性识别能力的6114候选突变进行正交验证等方式降低肿瘤异质性的影响，并预115先明确补采、复检、纳入后续筛选或终止分析的判定原则。127术优化（如提高测序深度、采用微切/宏切富集等策略确7133（二）测序及质控考虑138Procedure，SOP）外，还应针对每个检测组成部分建立其特140靠性，为后续新生抗原的筛选与鉴定提供坚实可靠的基础。141143信度、覆盖度和完整性。建议优先采用国家药品监督管理局8156申请人应结合不同测序目的分别说明核酸质量要求的157设定依据。对于全外显子测序（WholeExomeSequencing,173FFPE样本的提取前处理应与其特点相适应，一般包括9179注固定和保存过程可能的C>T/G>A等伪变异；对于RNA测序，还应188过程。申请人应根据测序平台特点制定文库构建操作流程，191关指标通常包括文库浓度、片段大小分布、有效文库比例、194格数据的处置机制。鼓励申请人积累关键参数的批间数据，200覆盖采集、提取、建库、201施。采用客观手段确保肿瘤样本与其配对正常样本的来源一206析目的，建立相应的测208控考虑应能够支持体细胞变异识别及候选新生抗原筛选分210应分别建立肿瘤样本与配对正常对照样本的质量控制标准。211测序深度应结合检测限、预期变异基212纯度、样本质量、捕获效率及213顾低频体细胞变异检出与胚系216测序深度能够满足低频体细胞变异检出及候选新生抗原筛220开展低频体细胞变异筛选223结果确定。除测序深度和225复率、比对率、污染评估226质量要求，并说明其与低227及后续候选新生抗原筛选结果之间的关系。对于采用Phred228质量体系的短读长平台，Q30碱基比例可作为质量230能及方法学验证确定。对于质量231明确重测、补测、重新建234录本层面的分析，申请人235应的质量评价体系。除碱236239质量判定依据。如采用替243合其读长较长的特点，以244式等方面存在的差异，建246预期用途相关的覆盖完整247基因的断点及上下游区域的有249标。考虑到不同平台在质量251作为主要评价依据，而应结合具体应用场景进行综合判断。252如三代测序拟用于复杂剪接、结构变异253长转录本分析，申请人应254其在目标应用场景下的检255围。鼓励申请人在临床试256测质量数据，为后续质控259申请人应建立肿瘤组织及正常对照样本原始测序数据260的质控与预处理流程261染数据及其他异常数据的过滤263原始数据预处理通常应包括低质量读段过滤、重复264处理、接头污染去除及必265据所用平台特点建立相应的预处理要266污染或物种污染会引入虚假体267生抗原，因此应将污染评268接受上限。鉴于二代测269人应结合平台特点分别制定预处理策略并说明参数设置依272认、异常剪接分析及275新生抗原产品的安全性和有效性高度依赖于测序数据，276但鉴于该环节目前普遍委托第三方测277人应对测序机构进行全面评估278资料中说明所用测序机构的资质情281能确认资料，说明相关检283如申请人自行开展测序，需建立相应的284项目性能确认要求，并保286（三）新生抗原筛选与鉴定288目前新生抗原筛选与鉴定分析流程通常包括变异检测、290分型、表位（亲和力）预测、291序等模块。申请人可结合292设置予以增减，但应说明其分析流程的科学性和合理性，并294在新生抗原筛选与鉴定过程中，关键分析步骤可结合自295动化质控水平与风险程度建立标准化人工审核流程，明确审296核规则与记录要求。鼓励开展克297纳入候选抗原优先排序依298为辅助筛选或软件/算法验证手段，并说明方法学验证情况。303其核心任务是从肿瘤与正304别出体细胞突变，申307样本（通常为外周血）的配310建议申请人结合检测目的和样本特点，采用多软件/算法311交叉分析或其他等效策略提高突变召出的准确性及一致性，（2）突变肽段表达方面317深度、表达背景及研究数据合理设定表达阳性的判定标准。323该读段在基因区域内的分布均匀性及是否存在显著测序链325在DNA检测时，检测软件/算法已327采用正常样本对照库（PanelofNormals,329结合产品开发需求设330留具有明确生物学意335的选择依据、适用范338在样本质量和数据条件满足要求的情况下340不同样本和等位基因344对于虽具备用于变异检出的测序数346形或其他特殊情形，可采用PCR-序列特异性分型（PCR-349辨率和准确性是否满足后续表位预测要求。对于采用PCR-353的分型方法及后续分析357原呈递和候选新生抗360其他支持性证据综合判断，并明确相应的分析和决策规则。361对于H362因和应用场景下的准确性及363人可结合产品设计和365说明理由；如纳入，应说明370及相应质控要求。原则上，表位预测应明确肽段长度范围、376交叉分析或其他等效策略提高表位预测结380还应结合预期用途对该模块383在开发部分特定瘤种时，申386结直肠癌、胃癌、子宫内膜癌等390结果与功能验证结果398401申请人还应建立针对候选序列潜在安全性风险的负面402筛选策略。需将候选序列与403库进行比对过滤，并404规则及结果应用方式。对于407对于将多个候选表位串联表达或连接的产品（如409位的排列顺序、连接序列（linker）的设计及其410申请人应对串联设计在连接区产生的非预期人工表位412与已知自身抗原的相似性及潜在413方法、所用数据库版本及结414计对目标表位加工与呈递效率的415励结合免疫肽组学或功能验证数416有效加工呈递提供支持418应予以锁定，如发生变更，需开展变更前后的可比性评估。419（四）软件/算法验证及性能评估421由于整个新生抗原的预测流程极为复杂且高度依赖于软426如采用公开数据集进行验证，申请人需说明该数据集的428的独立性，不得使用参与模型训432因此无法逐一核对训练集重叠，434产生的数据）作为验证集，436鼓励申请人建立自有独立验证数据集，并结合实际应用438据集规模、样本类型、HLA类型分布以及软件/算法在本产439品应用场景中的性能表现442新生抗原预测软件/算法的性能会影响最终分析产生的445独立运行的可靠性；以及对整体流程的验证（端到端测试）447的批放行生物学活性检测方法并448场景下，产品的真实452威的标准测试数据集453分方面存在一定局限。454证数据集，并结合干实验、456干实验验证原则上应基于独立于模型训练、调参458集时需说明其来源、构成及459练集重叠风险的情况需进行风险461仅有干实验数据不足以充分支持产品的药效及作用机464结合体内药效研究提供进一步的465特异性免疫应答验证（如酶联免疫斑点法、流式细胞术等）466优先采用患者来源样本，若采用健康人外周血单核细胞（PeripheralBloodMononuclearCells,PBMC）进行体外共培469鼓励申请人根据研究需要建立工程化470性转基因细胞系）等标准化验证工具472基于少量样本或个体获得的功能验证475与突变范围，客观说明相关477免疫肽组学质谱技术可作为表位预测软件/算法的直接479谱检测，可鉴定细胞表面真482需建立标准化的实验与分析483率等关键质控指标，确保结果可靠。质谱验证结果可与干、（2）生物学活性开发方面488开展产品生物学活性评价，489用的活性检测方法，并提供相应的方法学研491其表达或所含的新生抗原肽会被树突状细胞摄取，经酶切、493成复合物并递呈至细胞膜表面，作为第一信号与T细胞受495增后的T