资料课件讲义文检PubMed数据库

1、2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,1,医学文献数据库 MEDLINE,2010.4,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,2,一、数据库概况,（一）编制单位：美国国立医学图书馆(NLM) 。 （二）收录学科内容： 主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究；临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,3,（三）文献来源： 70多个国家和

2、地区；近5000种生物医学期刊 美国卫生研究院文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选 NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。 近年数据涉及37种语种，回溯至1949年的数据涉及60种语种。47%为美国本土出版文献，90%为英文文献，79%的文献有文摘。 （以上由2009年7月数据库提供）,一、数据库概况,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,4,二、 MEDLINE的检索平台,广域网免费平台： NCBI-PubMed（含非MEDLINE数据）,2020/6/20,复旦大学图书馆文

3、献检索教研室,5,校园网内可用平台（IP控制）： Ovid SP Web of Knowledge EBSCO OCLC First Search,二、 MEDLINE的检索平台,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,6,校园网内可用平台的Medline,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,7,PubMed数据库检索,,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,8,（一）开发机构： NCBI（美国国立生物技术信息中心） NCBI的任务: 利用计算机信息处理技术，建立分

4、子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统，并开展相关先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。,一、 PubMed简介,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,9,NCBI网站,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,10,NCBI提供的数据库,检索大分子生物学数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列； 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列，从核酸序列翻译到蛋白质的序列； 获取基因和染色体图谱；蛋白质三维结构数据及大分子模式（MMDB）等其他生物信息数据库

5、检索。 PubMed等文献数据。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,11,广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取） 提供检索词智能转换匹配 界面简洁，操作简便,（二） PubMed的特点,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,12,MEDLINE Indexed 1966 to prensent的MEDLINE已标引数据，有MeSH字段和摘要，每条记录标有： PubMed-indexed for MEDLINE OldMEDLINE 1949-1965年间的MEDLINE数据，无MeSH字段和摘要，每条记录标有： PubMed-OLDMEDLI

6、NE for Pre1966,（三） PubMed收录数据,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,13,MEDLINE Inprocess 最新的MEDLINE处理中数据，未标引，无MeSH字段。每条记录标有： PubMed-in process。 Publisher-Supplied 出版商提供的电子文献题录，每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher，分为两类： MEDLINE 收录，逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE：PubMed 收录，MEDLINE不收录，一直标注PubMed-as suppli

7、ed by publisher或PubMed,（三） PubMed收录数据,PubMed记录状态子集,PubMed记录状态子集,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,16,二、PubMed的检索功能,基本检索输入框,检索限制,高级检索,检索指南,检索工具： 特定文献检索 临床查询 专题查询,其他资源： 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等,个人空间,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,17,检索栏可输入一个或多个检索词（系统默认空格为AND检索） 如：aloe psoriasis（芦荟治疗牛皮癣的文献）,三、PubMed 基本检索规则,多个检索词输入,2020/6/2

8、0,复旦大学图书馆文献检索教研室,18,检索栏可输入布尔逻辑运算式：（运算符须大写）如：asthma AND (therapy OR treatment) 字段限定符： ，空格按词组匹配 如：aloe AND psoriasisti 如：Stem cell transplantationti,三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,19,逻辑运算式输入： aloe AND psoriasisti 牛皮癣出现在篇名中,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,20,字段限定 stem cell transplantationti,2020/6/2

9、0,复旦大学图书馆文献检索教研室,21,著者检索：姓全称在前，名首字母在后，au。 如: smith abau “paulsen e”au,三、PubMed 基本检索规则,逻辑运算式输入： Paulsen E撰写的芦荟治疗牛皮癣的文章,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,22,刊名检索：全称或MEDLINE认可的标准缩写, so 如：Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,三、PubMed 基本检索规则,输入刊名检索发表在该刊上的文献（限定出处字段SO）,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室

10、,23,PubMed记录字段说明,文摘 第一著者单位地址 出版商提供文献识别号 著者群 版权说明 参考评论文献 合著者 文献参考评论 定稿版 校样版 输入日期 输入完成日期 电子出版日期,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,24,电子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,25,最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期 系统组织

11、的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,26,作为主题词的个人姓名 出版状态 文献类型 出版模式（纸张或电子） 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号,2020/6/20,复旦大学图书馆

12、文献检索教研室,27,截词检索：treat* 可检出：treat, treated, treatment. 强迫短语检索：“ ”，不进行自动转换匹配和扩展检索 如：“acute low back pain” “ang 1”（血管紧张素1缩写）检出1085篇 比较：ang 1 检出9956篇，误检多，其中有：,三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,28,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,29,自动转换匹配检索词： 对常用医学名词自动在规范词索引（主题词、副主题词、物质名称）中转换、并默认在所有记录字段中匹配。 如：renal failu

13、re kidney failureMESH OR (kidneyAll Fields AND failureAll Fields) OR (renalAll Fields AND failureAll Fields),三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,30,结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,31,自动转换匹配检索词： 如：hypertension therapy Details: (hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fiel

14、ds) AND (therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields),三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,32,四、PubMed 检索限制：Limits,PubMed主页、结果显示页、高级检索界面均有Limits链接。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,33,全文、免费全文、摘要限定,出版日期限定,文献类型限定,语种限定,研究对象 人/动物限定,性别限定,年龄限定,各种专题的 子数据库限定,2020/6

15、/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,34,五、PubMed 高级检索功能,一个网页中集多种功能于一体,基本检索,检索细节,检索式编制,检索历史,其他检索资源,结果预览,检索框中只能输入检索词，不能输入检索式。 多个字段检索要分多次输入。,检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。 可组配检索式，如：#1 OR #2，#1 AND child 点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。,在History中快速显示检索式与检出篇数,显示转换规范词及运算的详细过程，可确定规范词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,35,六、PubMed其他资源,1. Mesh Database（规范化

16、医学主题词表） 功能： 确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表 选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 进入途径： MeSH Database链接：PubMed主页，Advanced Search界面 MeSH选项：基本检索框前Search下拉菜单的,文章A 著者用词： 肾衰竭 renal failure 规范主题词MeSH： 肾功能衰竭 kidney failure,文章B 著者用词： 肾功能衰竭 Kidney failure 规范主题词MeSH： 肾功能衰竭 kidney failure,词表中：肾衰竭 见 肾功能衰竭 renal failure see kidney fa

17、ilure,（2）医学主题词表（MeSH）,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,37,进入 MeSH,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,38,MeSH词检索,例1：2006-10年关于舌根癌治疗的文献。 课题分析： 舌根癌的不同表达形式（OR）： tongue base cancer、 cancer/carcinoma/tumor of tongue base、 cancer of the base of tongue 治疗的不同表达形式（OR） ： therapy/treat/treatment, surgery, radiotherapy 两个概念之间：舌根癌

18、 AND 治疗,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,39,输入自由词，查找规范词,未匹配到规范词,选择提示中相关上级概念词舌癌,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,40,只查重点论述的文献,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,41,系统自动扩展检索下位词，勾选后不检索下位词,树形结构,上位词,该词无下位词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,42,输入舌根的自由词检索式，进行AND运算。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,43,初步结果，未限定年份,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,44,2020/6/20

19、,复旦大学图书馆文献检索教研室,45,设定的限制,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,46,输入(tongueti AND baseti AND (cancerti OR carcinomati OR tumorti) AND (therapy OR treat* OR surgery OR radiotherap* OR rehabilitat*),自由词检索查全文献,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,47,加工中，无MeSH词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,48,比MeSH多10篇,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,49,排

20、序方式选择,Abstract格式提供全文链接、规范词等信息,MEDLINE格式提供所有字段信息,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,50,点击标题显示文摘增强格式,文献归类功能,PMC免费全文链接,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,51,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接，我校订购的数据库可链全文，需在校园网内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接，部分需连外网,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,52,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,53,输出方式选择,202

21、0/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,54,输出方式选择（send to）,File：保存检索结果为文本文件 Clipboard 剪贴板，多次检索，可暂存每次检索需下载的记录，最后一起保存。 最多允许存储500条，保留8小时。 Email: 通过邮件发送 Collections：将检索结果存到My NCBI中 Order：全文传递服务，需帐号、收费。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,55,订阅最新结果,点击后点“XML”按钮,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,56,需IE7.0以上版本,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,57,定期点击链接

22、，接收课题最新相关论文,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,58,MeSH词检索,例2：用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。 课题分析： 匹配物质名称：mycophenolate mofetil 匹配主题词： renal failure, treatment effect（AND） 匹配副主题词： drug therapy, surgery, therapy,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,59,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,60,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,61,2020/6/2

23、0,复旦大学图书馆文献检索教研室,62,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,63,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,64,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,65,MeSH检索的优点,查全同义词: 如：renal/kidney failure; tongue cancer/tumor 查全子概念: 如：chronic/acute kidney failure, ATN,自动扩展检索下位词,上位词,勾选后不扩展下位词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,66,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词 缩小：不扩展下位词，或选用某个下位词； 扩大：选用上位词，或选用多个同位词； 了解同一概念的同义词、近义词，供自由词检索参考,款目词：规范词所替代的不同表达形式的自由词,2020/6/20,复旦