资料课件讲义文检PubMed数据库_第1页
资料课件讲义文检PubMed数据库_第2页
资料课件讲义文检PubMed数据库_第3页
资料课件讲义文检PubMed数据库_第4页
资料课件讲义文检PubMed数据库_第5页
已阅读5页,还剩69页未读 继续免费阅读

下载本文档

版权说明:本文档由用户提供并上传,收益归属内容提供方,若内容存在侵权,请进行举报或认领

文档简介

1、2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,1,医学文献数据库 MEDLINE,2010.4,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,2,一、数据库概况,(一)编制单位:美国国立医学图书馆(NLM) 。 (二)收录学科内容: 主要收录生物医学、卫生保健以及生命科学相关文献。 包括行为科学、健康专业所需要的化学、生物工艺学、基础研究;临床、护理、公共卫生、卫生政策发展或相关教育活动的内容。 2000年起增加了生物、环境科学、海洋生物、植物和动物学、生物物理学和生物化学等生命科学方面的研究内容。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,3,(三)文献来源: 70多个国家和

2、地区;近5000种生物医学期刊 美国卫生研究院文献选择技术评估委员会Literature Selection Technical Review Committee(LSTRC)评估挑选 NLM和各专业协会的数据协作采集专家推荐。 近年数据涉及37种语种,回溯至1949年的数据涉及60种语种。47%为美国本土出版文献,90%为英文文献,79%的文献有文摘。 (以上由2009年7月数据库提供),一、数据库概况,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,4,二、 MEDLINE的检索平台,广域网免费平台: NCBI-PubMed(含非MEDLINE数据),2020/6/20,复旦大学图书馆文

3、献检索教研室,5,校园网内可用平台(IP控制): Ovid SP Web of Knowledge EBSCO OCLC First Search,二、 MEDLINE的检索平台,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,6,校园网内可用平台的Medline,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,7,PubMed数据库检索,,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,8,(一)开发机构: NCBI(美国国立生物技术信息中心) NCBI的任务: 利用计算机信息处理技术,建立分

4、子生物学、生物化学、遗传学知识的自动存储和分析系统,并开展相关先进方法的研究。 促进生物技术研究者和医药治疗人员对数据库和软件的使用。 促进全世界范围内生物技术信息收集的合作。,一、 PubMed简介,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,9,NCBI网站,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,10,NCBI提供的数据库,检索大分子生物学数据 获取GenBank, EMBL等数据库的核酸序列; 获取Swiss-port,PIR,PRF,PDB等蛋白质序列,从核酸序列翻译到蛋白质的序列; 获取基因和染色体图谱;蛋白质三维结构数据及大分子模式(MMDB)等其他生物信息数据库

5、检索。 PubMed等文献数据。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,11,广域网免费提供题录和文摘 提供与原文的网址链接(部分免费获取) 提供检索词智能转换匹配 界面简洁,操作简便,(二) PubMed的特点,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,12,MEDLINE Indexed 1966 to prensent的MEDLINE已标引数据,有MeSH字段和摘要,每条记录标有: PubMed-indexed for MEDLINE OldMEDLINE 1949-1965年间的MEDLINE数据,无MeSH字段和摘要,每条记录标有: PubMed-OLDMEDLI

6、NE for Pre1966,(三) PubMed收录数据,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,13,MEDLINE Inprocess 最新的MEDLINE处理中数据,未标引,无MeSH字段。每条记录标有: PubMed-in process。 Publisher-Supplied 出版商提供的电子文献题录,每条记录标有: PubMed-as supplied by publisher,分为两类: MEDLINE 收录,逐步转为In Process, Indexed状态。 Not MEDLINE:PubMed 收录,MEDLINE不收录,一直标注PubMed-as suppli

7、ed by publisher或PubMed,(三) PubMed收录数据,PubMed记录状态子集,PubMed记录状态子集,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,16,二、PubMed的检索功能,基本检索输入框,检索限制,高级检索,检索指南,检索工具: 特定文献检索 临床查询 专题查询,其他资源: 规范词数据库 期刊数据库 临床试验等,个人空间,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,17,检索栏可输入一个或多个检索词(系统默认空格为AND检索) 如:aloe psoriasis(芦荟治疗牛皮癣的文献),三、PubMed 基本检索规则,多个检索词输入,2020/6/2

8、0,复旦大学图书馆文献检索教研室,18,检索栏可输入布尔逻辑运算式:(运算符须大写)如:asthma AND (therapy OR treatment) 字段限定符: ,空格按词组匹配 如:aloe AND psoriasisti 如:Stem cell transplantationti,三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,19,逻辑运算式输入: aloe AND psoriasisti 牛皮癣出现在篇名中,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,20,字段限定 stem cell transplantationti,2020/6/2

9、0,复旦大学图书馆文献检索教研室,21,著者检索:姓全称在前,名首字母在后,au。 如: smith abau “paulsen e”au,三、PubMed 基本检索规则,逻辑运算式输入: Paulsen E撰写的芦荟治疗牛皮癣的文章,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,22,刊名检索:全称或MEDLINE认可的标准缩写, so 如:Journal of investigative dermatologyso J invest dermatolso,三、PubMed 基本检索规则,输入刊名检索发表在该刊上的文献(限定出处字段SO),2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室

10、,23,PubMed记录字段说明,文摘 第一著者单位地址 出版商提供文献识别号 著者群 版权说明 参考评论文献 合著者 文献参考评论 定稿版 校样版 输入日期 输入完成日期 电子出版日期,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,24,电子出版日期 文献出版日期 数据加入PubMed日期 文献勘误 参考文献勘误 全部著者姓名 全部调研者姓名 作为文章主题的著者全称 文献相关注释 基金编号 基因符号 期编号 资助调研者 资助调研单位 国际标准期刊号 美国立医学图书馆识别号 期刊全称,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,25,最后修订日期 规范词表词 规范词确立日期 系统组织

11、的文摘 版权拥有者 题录提供机构的识别号 病史相关与原始记录 其他关键词 提供其他关键词的机构 数据提供者机构 文章总页数 出版商提供数据时间 期刊出版国 数据库文献编号,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,26,作为主题词的个人姓名 出版状态 文献类型 出版模式(纸张或电子) 参考文献数 已撤回的文献 酶或化学物质代码 正在撤消中的文章 初版文献 修订和再版的文章 子专题文档 太空署提供的数据 二次文献数据库以及文章讨论的分子序列访问号 原文来源 引用了病例的文献内部处理代码 标准期刊缩写 文献标题 翻译标题 更新文献 文献正在更新 期刊卷号,2020/6/20,复旦大学图书馆

12、文献检索教研室,27,截词检索:treat* 可检出:treat, treated, treatment. 强迫短语检索:“ ”,不进行自动转换匹配和扩展检索 如:“acute low back pain” “ang 1”(血管紧张素1缩写)检出1085篇 比较:ang 1 检出9956篇,误检多,其中有:,三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,28,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,29,自动转换匹配检索词: 对常用医学名词自动在规范词索引(主题词、副主题词、物质名称)中转换、并默认在所有记录字段中匹配。 如:renal failu

13、re kidney failureMESH OR (kidneyAll Fields AND failureAll Fields) OR (renalAll Fields AND failureAll Fields),三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,30,结果显示页右侧Details显示系统自动匹配转换的检索词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,31,自动转换匹配检索词: 如:hypertension therapy Details: (hypertensionMeSH Terms OR hypertensionAll Fiel

14、ds) AND (therapySubheading OR therapyAll Fields OR therapeuticsMeSH Terms OR therapeuticsAll Fields),三、PubMed 基本检索规则,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,32,四、PubMed 检索限制:Limits,PubMed主页、结果显示页、高级检索界面均有Limits链接。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,33,全文、免费全文、摘要限定,出版日期限定,文献类型限定,语种限定,研究对象 人/动物限定,性别限定,年龄限定,各种专题的 子数据库限定,2020/6

15、/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,34,五、PubMed 高级检索功能,一个网页中集多种功能于一体,基本检索,检索细节,检索式编制,检索历史,其他检索资源,结果预览,检索框中只能输入检索词,不能输入检索式。 多个字段检索要分多次输入。,检索历史中显示历次检索式、时间和检出篇数。 可组配检索式,如:#1 OR #2,#1 AND child 点击编号可对检索式进行删除、保存等操作。,在History中快速显示检索式与检出篇数,显示转换规范词及运算的详细过程,可确定规范词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,35,六、PubMed其他资源,1. Mesh Database(规范化

16、医学主题词表) 功能: 确定规范化主题词 查看主题词词义注释、树状结构表 选择副主题词、扩展下位主题词、指定主要主题词 进入途径: MeSH Database链接:PubMed主页,Advanced Search界面 MeSH选项:基本检索框前Search下拉菜单的,文章A 著者用词: 肾衰竭 renal failure 规范主题词MeSH: 肾功能衰竭 kidney failure,文章B 著者用词: 肾功能衰竭 Kidney failure 规范主题词MeSH: 肾功能衰竭 kidney failure,词表中:肾衰竭 见 肾功能衰竭 renal failure see kidney fa

17、ilure,(2)医学主题词表(MeSH),2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,37,进入 MeSH,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,38,MeSH词检索,例1:2006-10年关于舌根癌治疗的文献。 课题分析: 舌根癌的不同表达形式(OR): tongue base cancer、 cancer/carcinoma/tumor of tongue base、 cancer of the base of tongue 治疗的不同表达形式(OR) : therapy/treat/treatment, surgery, radiotherapy 两个概念之间:舌根癌

18、 AND 治疗,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,39,输入自由词,查找规范词,未匹配到规范词,选择提示中相关上级概念词舌癌,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,40,只查重点论述的文献,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,41,系统自动扩展检索下位词,勾选后不检索下位词,树形结构,上位词,该词无下位词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,42,输入舌根的自由词检索式,进行AND运算。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,43,初步结果,未限定年份,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,44,2020/6/20

19、,复旦大学图书馆文献检索教研室,45,设定的限制,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,46,输入(tongueti AND baseti AND (cancerti OR carcinomati OR tumorti) AND (therapy OR treat* OR surgery OR radiotherap* OR rehabilitat*),自由词检索查全文献,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,47,加工中,无MeSH词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,48,比MeSH多10篇,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,49,排

20、序方式选择,Abstract格式提供全文链接、规范词等信息,MEDLINE格式提供所有字段信息,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,50,点击标题显示文摘增强格式,文献归类功能,PMC免费全文链接,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,51,文摘增强格式,相关论文,MeSH词、物质名、文献类型等信息,LinkOut外部资源链接,全文链接,我校订购的数据库可链全文,需在校园网内设免费代理,相关的网上免费医学指南信息,全文链接,部分需连外网,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,52,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,53,输出方式选择,202

21、0/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,54,输出方式选择(send to),File:保存检索结果为文本文件 Clipboard 剪贴板,多次检索,可暂存每次检索需下载的记录,最后一起保存。 最多允许存储500条,保留8小时。 Email: 通过邮件发送 Collections:将检索结果存到My NCBI中 Order:全文传递服务,需帐号、收费。,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,55,订阅最新结果,点击后点“XML”按钮,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,56,需IE7.0以上版本,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,57,定期点击链接

22、,接收课题最新相关论文,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,58,MeSH词检索,例2:用MeSH检索2003-09年期间关于霉酚酸酯在肾衰竭治疗中疗效观察的文献。 课题分析: 匹配物质名称:mycophenolate mofetil 匹配主题词: renal failure, treatment effect(AND) 匹配副主题词: drug therapy, surgery, therapy,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,59,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,60,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,61,2020/6/2

23、0,复旦大学图书馆文献检索教研室,62,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,63,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,64,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,65,MeSH检索的优点,查全同义词: 如:renal/kidney failure; tongue cancer/tumor 查全子概念: 如:chronic/acute kidney failure, ATN,自动扩展检索下位词,上位词,勾选后不扩展下位词,2020/6/20,复旦大学图书馆文献检索教研室,66,MeSH检索的优点,根据树形结构调整检索词 缩小:不扩展下位词,或选用某个下位词; 扩大:选用上位词,或选用多个同位词; 了解同一概念的同义词、近义词,供自由词检索参考,款目词:规范词所替代的不同表达形式的自由词,2020/6/20,复旦

温馨提示

  • 1. 本站所有资源如无特殊说明,都需要本地电脑安装OFFICE2007和PDF阅读器。图纸软件为CAD,CAXA,PROE,UG,SolidWorks等.压缩文件请下载最新的WinRAR软件解压。
  • 2. 本站的文档不包含任何第三方提供的附件图纸等,如果需要附件,请联系上传者。文件的所有权益归上传用户所有。
  • 3. 本站RAR压缩包中若带图纸,网页内容里面会有图纸预览,若没有图纸预览就没有图纸。
  • 4. 未经权益所有人同意不得将文件中的内容挪作商业或盈利用途。
  • 5. 人人文库网仅提供信息存储空间,仅对用户上传内容的表现方式做保护处理,对用户上传分享的文档内容本身不做任何修改或编辑,并不能对任何下载内容负责。
  • 6. 下载文件中如有侵权或不适当内容,请与我们联系,我们立即纠正。
  • 7. 本站不保证下载资源的准确性、安全性和完整性, 同时也不承担用户因使用这些下载资源对自己和他人造成任何形式的伤害或损失。

评论

0/150

提交评论