PHYLIP和PAUP建立系统树的详细步骤

1、1距离法构建系统系树1. 将要分析的所有序列存在“txt”文件里。序列名为“XXXXX”，“X”不能为汉字、标点。2. 打开CLUSTALX.EXE 软件，fileload sequences选择你要比对的序列文件； alignmentoutput format options在Output Files里选择PHYLIP format（Phylip 建树用的文件格式）、NEXUS format（PAUP 建树用的格式），CLUSTAL format（可以直接看到树），可以多选几个，下边的两个OFF 改成ON CLOSE.。alignmentdo complete alignment，会自动产生

2、3个文件：“*.nxs”（PAUP 建树用的格式）、“*.aln”、“*.phy”（Phylip 建树用的文件格式）。此时简单的方法是将“*.aln”文件直接拉到TREEVIEW中，即可产生一个树状图（距离分析法NJ 模式的树状图）。我们一般不用，只是参考。3. 手工修改，用BioEdit软件打开“*.phy”文件进行手工修改。（这步很重要）。4. 打开SALAMAND软件。5. 在SALAMAND软件下打开打开PHYLIP软件，将先前已存好的*.phy文件复制到PHYLIP下并重命名为infile文件。6. 运行SEQBOOT.exe文件，给一个运行数字，一般是4N+1，以保证每次都按此数字

3、运行。然后按R后回车，以更改重复次数，一般不低于1000，然后按Y回车。这样就自动产生一个outfile文件，按F3查看此文件，将outfile 改为infile。7. 距离分析法：运行DNADIST，进入DNADIST后，进行如下操作：按D，选择一种运算方法，有四种距离模式可以选择，分别是Kimura 2-parameter、Jin/Nei、Maximum-likelihood和Jukes-Cantor（J-C) ,可以任选一种。按M回车，输入一个与前SEQBOOT的重复次数相同的数字1000，然后按Y回车。这样DNADIST就自动产生一个outfile文件，按F3查看此文件。将outfil

4、e重命名为infile，按F3查看此文件。8.运行NEIGHBOR.exe，具体步骤如下：按N选择一种运算方法：Neighbour-Joining和UPGMA；按M后回车，输入与前面相同的运算重复次数1000后按回车，再按Y后按回车，自动生成一个“outfile”文件和“treefile”文件，这时按F3查看treefile文件记住外群的位置，用记事本和TREEVIEW打开后，发现这两个文件都含有100或1000个进化树。按F3查看outfile文件，同时可见有树tree出现。将treefile重命名为infile。（这步还可以运行FITCH.EXE生成没有分子钟的树；KITSCH.EXE 生

5、成有分子钟的树。但我们一般都用的是NEIGHBOR方法生成Neighbour-Joining或UPGMA树）。9. 因为上一步产生好多树，所以此步骤就是选择个最好的树（真树）。运行CONSENSE文件，具体步骤如下：需输入外群的位置outgroup number，按O后输入位置代码number，然后回车；按Y回车，CONSENSE自动生成一个outfile文件和treefile文件，按F3查看outfile文件，看外群的位置是否适当。10.打开TREEVIEW软件，将CONSENSE产生的treefile文件直接拉到TREEVIEW中，然后在TREEVIEW中按treeshow interna

6、l edge labelsfilesave as graphic将图象保存为*.emf文件。2 DNA简约法和DNA最大似然法构建系统树1将要分析的所有序列存在“txt”文件里。序列名为“XXXXX”，“X”不能为汉字、标点。2打开CLUSTALX.EXE 软件，fileload sequences选择你要比对的序列文件； alignmentoutput format options在Output Files里选择PHYLIP format（Phylip 建树用的文件格式）、NEXUS format（PAUP 建树用的格式），CLUSTAL format（可以直接看到树），可以多选几个，下边的

7、两个OFF 改成ON CLOSE.。alignmentdo complete alignment，会自动产生3个文件：“*.nxs”（PAUP 建树用的格式）、“*.aln”、“*.phy”（Phylip 建树用的文件格式）。此时简单的方法是将“*.aln”文件直接拉到TREEVIEW中，即可产生一个树状图（距离分析法NJ 模式的树状图）。我们一般不用，只是参考。3手工修改，用BioEdit软件打开“*.phy”文件进行手工修改。（这步很重要）。4打开SALAMAND软件。5在SALAMAND软件下打开打开PHYLIP软件，将先前已存好的*.phy文件复制到PHYLIP下并重命名为infile

8、文件。6 运行SEQBOOT.exe文件，给一个运行数字，一般是4N+1，以保证每次都按此数字运行。然后按R后回车，以更改重复次数，一般不低于1000，然后按Y回车。这样就自动产生一个outfile文件，按F3查看此文件，将outfile 改为infile。7 DNA简约法和DNA最大似然：运行DNAPARS.EXE简约法或DNAML.EXE最大似然。按M 回车，输入一个与前SEQBOOT的重复次数相同的数字1000，然后按Y回车。这样DNAPARS.EXE或DNAML.EXE就自动产生一个“outfile”文件和“treefile”文件，这时按F3查看treefile文件记住外群的位置，用记

9、事本和TREEVIEW打开后，发现这两个文件都含有100或1000个进化树。按F3查看outfile文件，同时可见有树tree出现。将treefile重命名为infile。8 因为上一步产生好多树，所以此步骤就是选择个最好的树（真树）。运行CONSENSE文件，具体步骤如下：需输入外群的位置outgroup number，按O后输入位置代码number，然后回车；按Y回车，CONSENSE自动生成一个outfile文件和treefile文件，按F3查看outfile文件，看外群的位置是否适当。9.打开TREEVIEW软件，将CONSENSE产生的treefile文件直接拉到TREEVIEW中，

10、然后在TREEVIEW中按treeshow internal edge labelsfilesave as graphic将图象保存为*.emf文件。PAUP软件的使用1. 将CLUSTALX 的输出文件“*.nxs”用MaClade ver 进行手工修改。保存为“nxs”格式。文件名不能为汉字、不能有空格。2. 打开PAUP4.0 建树步骤如下。1） open找到之前修改好的*.nxs文件choose Executerclick Executer2） After ExecuterAnalysischoose parsimony or likelihoodthen choose Heurist

11、ic search in Heuristic search choose Genreal search options ,in keep choose best tree onlyClick Set MaxTree in Set MaxTree change Enter a value for the maximum number of trees to be saved as 100or 200. in Action if limits is chooseLeave unchanged,and dont prompt then click OKin Heuristic searchchoos

12、e Stepwise-Addition OptionsinAddition sequencechooserandomin Heuristic search choose Branch-Swapping Optionsin Swapping algorthmchooseTBR then click Search The computer begin to analysis.(这步在 Heuristic search下设定的一些参数是没有先后顺序的)3） After finish click Close click Trees choose Save Trees to File(如果你有时间继续的

13、话，这步可以省略。如果没有时间 可以把树存上下次做的时候可以直接把存好的文件拖到PAUP里 继续向下做)。4） 设置外群Make outgrop ：click Options choose RottingClick Define Outgroupthen choose your Outgroup（这步完事时候为了看一下你选的外群是否合理可以在Trees Print Trees click print 这样你就能看到一个树，如果外群不合理需要换外群）5） 树的评分 Tree scores ：TreesTree scoreschooselikelihoodin likelihoodclick To

14、pology tests, there have two methods choose borth.in the kishion-Hasegawa test choose Normal or RELL；in the Shimodaira-hasegawa test choose RELL. ClickOK .After finish will show the best tree number,remember the number. TreesTree scoreschooseparsimonyin Measures to showchoose allin Trees chick the best tree number.Then the computer will show some data of the best tree.remember these data .go to Treeschoose print Trees choose the best tree numberchoose previewclickSave as PICT File6） 最优树的评价Bootstrop：go to analysis choose Bootstrap/Jackknife change the number