常用的引物设计软件幻灯片

1、常用的引物设计软件,Oligo 6 （引物评价）* Primer Premier （自动搜索）* Vector NTI Suit Dnasis Omiga Dnastar Primer3 （在线服务）*,1,Primer Premier 5.0 的使用技巧简介,主要功能: 1、即引物设计 2、限制性内切酶位点分析 3、DNA 基元(motif)查找 4、同源性分析,2,简并引物设计,根据氨基酸序列来设计引物DNA引物 Premier Primer 5提供了8种生物遗传密码使用的偏好选择 1、纤毛虫大核（Ciliate Macronuclear） 2、无脊椎动物线粒体（Invertebrate

2、Mitochondrion） 3、支原体（Mycoplasma） 4、植物线粒体（Plant Mitochondrion） 5、原生动物线粒体（Protozoan Mitochondrion） 6、一般标准（Standard） 7、脊椎动物线粒体（Vertebrate Mitochondrion） 8、酵母线粒体（Yeast Mitochondrion）,3,Primer Premier 5.0使用介绍(1),Preimer Premier 启动界面,Load sequence,4,基本信息,Sequence name,Original sequence,Use these two butto

3、n to translate the DNA seq to a protein seq or a protein seq to a DAN seq 8种密码子偏好,Choose a function,5,引物设计界面,First you can design the primer manually,Sense strand or anti-sense strand,Useful information of the primer,6,引物搜索选项设定,引物类型,搜索模式,5引物位置范围,3引物位置范围,产物大小范围,引物长度,7,搜索结果,28对引物,引物分值 100分为满分,每对引物的信息,

4、双击选中一对引物,8,引物信息,回到主窗口,引物及产物信息,是否出现hairpin,dimer,false priming and cross dimer,9,一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是最下面的分析栏没有 But ,10,引物编辑,11,引物编辑,Edit primer here,Analysis the edit result,Accept the edit result Return to the main window,12,Some other useful function of PP5,13,Enzyme,14,Melting temperature

5、 graph,Per 25-mer,15,GC% graph,Per 25-mer,16,Stability,Per 5-mer,17,Oligo 6.44 使用说明,主要功能：专门的引物设计软件,18,Oligo 6.44 启动界面,Open sequence file,19,3个弹出窗口,Melting temperature,20,G Internal Stability,21,Frq为邻近6至7 个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。,22,用Oligo 设计引物时的3个标准,Tm 值曲线以选取5到3的下降形状有利于引物引发聚合反应。 Frq 曲线宜选用3端Frq 值相对较低的片段。 G 值在5端和中间值比较高，而在3端相对低,23,24,选中引物,上游引物,下游引物,只是示意图,25,引物分析,首先检查引物二聚体尤其是3端二聚体形成的可能性。,26,引物分析,二项检查是发夹结构（hairpin）；与二聚体相同，发夹结构的能值越低越好。,27,引物分析,第三项检查为GC 含量，以45-55为宜。 第四False priming 检查,28,引物分析,Key information of