医学文献检索与利用

1、医学文献检索与利用,郭继军 5431 guo,主要内容,文献基本知识 文献检索基本知识 Pubmed检索 中文文献检索 全文数据库检索 网络资源检索与利用,科学研究与文献利用,提出问题 文献检索 提出假设：相关研究、前人成果 科研设计：实验方法、分析指标 科学实验：过程控制、原始数据记录 数据收集与处理：筛选、汇集整理、统计 结果分析：相关论文、对比分析 结论：创新、新发现,文献检索教学,意识：信息应用 能力：信息检索与评价 技能：检出效率、结果、技巧,问题,最近科里有个比较棘手的病例，诊断为紫癜性肾炎(肾病型)，先后经过甲强龙、环磷酰胺冲击，口服雷公藤、骁悉等治疗，但血尿和蛋白尿仍无好转。科

2、里的老师决定组织病例讨论会，研究下一步治疗方案，也要求每位研究生针对患者的实际情况查找相关文献，准备在会上发言。 。哪有时间查文献?何况文献的作者们也是百家争鸣，各执己见，很多观点只是推测而已。,摸索,下班之后，去了图书馆的计算机室，进入维普期刊数据库。在关键词中输入“紫癜性肾炎”，搜出了几千条索引。再输入“肾病综合征激素耐药”，又搜出了几千条当时就晕了，看来找到真正有价值的文献也不那么容易。,回归,我赶紧到现刊阅览室，把最新一期中国实用儿科杂志关于肾病综合症诊疗进展的专题仔细阅读了几遍，认真作了笔记。再回到电脑室有针对性地查找，这次终于找到了有价值的文献。 回去之后，我认真学习了这些文献，渐

3、渐对这个患者的诊治有了更深入的认识。,体会,我们的前辈和同行们，在工作中也同样遇到过许多亟待解决却又找不到现成答案的实际问题。他们把丰富的个人经验和最新的科研成果结合，针对具体患者的实际情况，提出了各种解决方案。,文献基本知识,文献(documents，literature)：是记录有知识的一切载体 文献组成四要素： 记录知识的具体内容 记录知识的手段：如文字、图像、符号、声频、视频等 记录知识的物质载体：纸张、光盘、录像带等 记录知识的表现形态：图书、期刊、专利说明书等,文献的作用,积累、继承和交流作用 科学研究的依据 评价医学科技人员造诣的依据 评价一个国家、单位的医学科技发展水平的依据

4、领导决策的依据 优先权作用,文献基本知识,文献类型及其特点 1.按载体划分: 印刷型:book, serials, proceedings, thesis, patent, tech. Reports 非印刷型:microfilm, A-V materials, e-j 2. 按加工深度: 一次文献, 二次文献,三次文献 3.获取难易程度： 白色文献、灰色文献、黑色文献,图书,教材（textbook) 根据各专业的教学需要，阐述某一学科或专业的基本知识的教学用书，基本按教学大纲编写 只介绍基础知识和公认的见解，内容相对稳定，阐述系统完整，表达 概括清楚，能使人获得有关学科领域的一般知识 专著（

5、monograph) 针对某一专门题目分章节做出系统深入全面叙述的一种著作 参考工具书（Reference books) 根据一定需要收集有关资料并按特定的方法编排起来供人查考的文献,参考工具书,字典、词典（dictionary) 百科全书（encyclopedia) 年鉴（yearbook, manual, almanac) 手册（handbook) 指南（directory) 药学工具书：药典Martindale: Extra pharmacopiea, 手册Merck Index, 字典中药大辞典 特点：查考性、概括性、易检性,期刊(Periodical，Journal，magazine

6、),特点： 连续出版发行 有固定的名称（刊名） 相对固定的版式、篇幅和内容范围 按一定的卷期号或年月顺序号连续出版 内容： 每期发表多个作者的多篇文章，内容不重复 作者众多 内容新颖、出版周期短，通报速度快 信息量大，约占整个信息量的70%,医学期刊类型,按出版周期划分 按内容功能划分：学术、检索、综述 按学科类别划分 按出版机构划分 按载体形态划分,期刊文献类型,论著(original article, journal article) 综述(review) 短篇报道(short report, brief communication) 来信(letter) 编者述评(editorial)

7、更正(comment) 摘要(abstract) 消息(news) 讲座(lecture, guide) 书评(book review),期刊(Periodical）,核心期刊研究 中文核心期刊要目总览 中国科学引文数据库（CSCD） 中国科技论文引文数据库（CSTPC） 中国社会科学引文数据库（CSSCI） 期刊评价 影响因子（IF）、主办单位、学会背景、检索工具收录,期刊学术水平评价指标JCR,出版机构 学术背景 编辑部及编委组成 作者组成 基金论文比例 出版频率 发行量,期刊学术水平评价指标,国内外检索工具收录情况(Indexed) 总被引频次(cited times) 影响因子(IF)

8、 载文量(source item) 文摘率 阅览利用率,期刊评价方法,文摘法 引文法 专家调查法 流通统计法 其它,文献组织,学科分类: 中国图书馆分类法 R1 预防医学、卫生学 R2 中国医学 R3 基础医学 R4 临床医学 R5 内科学 R6 外科学 R7 妇产科学 R72 儿科学 R73 肿瘤学 R74 神经病学与精神病学 R75 皮肤病学与性病学 R76 耳鼻咽喉科学 R77 眼科 R78 口腔科学 R8 特种医学 R9 药学,R 医药、卫生 . （第一级类目） R5 内科学 .（第二级类目） R56 呼吸系及胸部系统疾病. （第三级类目） R563 肺疾病 .（第四级类目） R563

9、.1 肺炎.（第五级类目） R563.1+1 大叶性肺炎.（第六级类目）,文献组织,标识词组织法 keyword:同义词、近义词 subject headings:唯一性 text word: checktags: animal, human ,文献质量评价,内容评价： 新颖性、创造性、科学性、实用性、表述性 RCT, double blind, sample, indicator 学科评价： 发表期刊IF (impact factor) 定量分析： 被引频次，被引期刊IF (Journal Citation Report) IF5 264 IF4 383 IF3 676 专家评议,检索步骤,

10、确定完整的题目：(综述原始研究) aspirin的药理学研究 肝纤维化患者血清或肝组织内转移生长因子的检测及其临床意义 分析检索目的、要求：了解背景、现状、基本知识 提炼名词术语： 选择检索工具： 确定检索途径： 制定检索策略： 检索文献： 获取全文： 根据文献修正检索策略并重新检索文献：,文献检索基本知识,检索工具： 印刷型（手工检索工具）： 文摘：BA, CA, 中国药学文摘 索引：IM, ISTP, EI 目录: OPAC, Bibliography 非印刷型（计算机检索）： 数据库：数值型:CDC 事实型:PDQ 文献型:全文(fulltext): OVID, Springer 检索（

11、书目）：pubmed, CBM 多媒体： 知识库：,文献信息检索效果的评价,查全率:（recall）：指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量占系统文献库中相关文献量的比率，它反映该系统文献库中实有的相关文献量在多大程度上被检索出来。 R（检出相关文献量/系统中相关文献总量）100% 查准率（precision):指系统在进行某一检索时，检出的相关文献量占检出的文献总量的比率，它反映每次从该系统文献库中实际检出的全部文献中有多少是相关的。 P=(检出相关文献量/检出文献总量) 100% 查全率和查准率之间存在互逆关系。如果一检索工具的查全率较高，则其查准率将相对下降；反之查准率高，则查全率低。

12、查全率和查准率只能相对提高，二者永远不可能同时达到100%。,文献信息检索工具的类型及特点,目录：bibliography 题录：title 摘要：abstract 索引：index 全文：Full-text,检索方法,工具法： 优点：查全、查准 缺点：收录范围、时差、检索途径 浏览法： 优点：获得最新文献 缺点：遗漏文献 追溯法：利用参考文献查找资料 优点：扩大查找范围 缺点：片面、遗漏文献,检索途径,分类途径： 主题途径：主题索引、单元词索引、关键词索引、叙词索引、主题轮排索引等 著者途径：著者索引（个人著者索引和团体著者索引) 号码途径：号码索引（报告号、合同号、专利号、标准号、化学物质

13、登记号等） 其它途径：特定形式的索引，如分子式索引、动植物名称索引、药物名称索引、基因符号索引等,检索途径,Author name:姓在前全称，名首字母缩写 Title: Address: Keyword: Mesh（Medical Subject Headings): Abstract: Grant: Publication year: Volume, issue: Subheadings:83个 Source:,检索语言,内部特征： 分类检索语言：学科分类（类号、类名） 主题检索语言：主题词、关键词 代码检索语言：分子式 外部特征：著者、题名、书名、序号、刊名、引文,计算机文献检索,数据库

14、类型及其构成 databasefilerecordfield 计算机检索技术 逻辑运算： NOT, AND, OR, () 字符运算：通配符：? (colo?r, wom?n, rat?) 截词符：(transplant*, pregnan*) 字段限定：， IN 其它：出版年、标识词,检索策略制定,检索词提炼与转换： 怀孕妊娠， 子宫纤维瘤 活性、降解、吸收 普查、防治 逻辑组织： 因果关系：阿司匹林致胃溃疡 眼结核致失明 相关关系：眼弓形体病并发青光眼 幽门螺旋杆菌与胃溃疡 应用关系：维生素C对哮喘的治疗作用,阿司匹林致胃溃疡 阿司匹林副作用 AND 胃溃疡病因学，化学诱导 眼结核致失明

15、眼结核并发症 AND 盲病因学 眼弓形体病并发青光眼 弓形体病并发症 AND 青光眼并发症,幽门螺旋杆菌与胃溃疡 幽门螺旋杆菌微生物学 AND 胃溃疡病因学，病理学 维生素C对哮喘的治疗作用 维生素C治疗应用 AND 哮喘药物疗法,计算机检索注意事项,多个检索词逐个分步检索，最后用逻辑运算组合 肺纤维化 细胞因子 肺泡灌洗液 #1 AND #2 AND #3 选择检索字段并利用二次检索功能 充分利用各种限定功能 注意检索结果的存储与打印处理格式,pubmed,/pubmed/ / 文献来源： medli

16、ne:有mesh premedline：无mesh oldmedline：有mesh publisher supplied:无mesh,pubmed检索方法,一般检索：术语，作者姓名 自动匹配功能：mesh-journal-phrase-author-拆分术语用AND组合 截词运算：不包括空格词组，关闭自动匹配功能，不能主题扩展 词组：“”，包括主题但不扩展，拆分组合 辅助命令：limit, preview/index, history, clipboard, detail, display, send 结果处理格式,mesh,结构组成：字顺表、树状结构表 检索词组成：主题词、副主题词、标识词

17、 应用：点击mesh database或选中mesh库输入检索词挑选、点击合适的主题词从提供的全部匹配的副主题词中选择send to search box 点击search pubmed,练习题,工具:CBM, PUBMED 近五年有关高血压遗传学研究的综述文献 心功衰竭的体外反博疗法临床研究文献 肝纤维化患者肝组织或血清中转移生长因子的检测方法及其临床意义研究文献,练习题,肺动脉高压药物治疗现状 慢性乙型肝炎的免疫治疗进展 C反应蛋白与糖尿病血管并发症的关系 骨髓干细胞治疗心肌梗死的研究与展望,生物信息学数据库,Entrez: / SRS: www.l

18、ionbio.co.uk/publicsrs/ 序列数据库 结构数据库 基因组数据库 文献数据库 其他二次数据库,中国生物医学文献数据库（CBM),文献来源：国内出版生物医学刊物 数据库类型：检索型，可链接全文数据库 主要特点：同pubmed, 有分类检索 检索链接：作者、期刊、关键词、特征词、主题词和副主题词、相关文献 主题词：医学主题词表、中国中医药学主题词表 分类：中国图书馆分类法医学专业分类表 缺省：题目、主题词、关键词、文摘、刊名,中国知网（CNKI）,按学科分专辑： 全文型数据库 检索方法：简单、标准、高级、引文、学者、科研基金、句子、元数据 检索途径：主题、篇名、关键词、摘要、作

19、者、第一责任人、单位、刊名、参考文献、全文、年、期、基金、中图分类号、ISSN、统一刊号 主题途径：中英文篇名、中英文关键词、中英文摘要 关键词：中文关键词、英文关键词、机标关键词,CNKI检索,简单检索： 标准检索：控制条件：时间、来源、基金、作者 内容特征：全文、主题、篇名、摘要、参考文献 精确与模糊检索：精确匹配与含有 专业检索：使用逻辑运算符、关键词 引文索引：被引作者、被引频次、被引来源等 工具书及知识元搜索： 链接：文献、机构、人名、内容关键词,检索工具,常用工具：pubmed,BA(BIOSIS),CA,SCI CBM 全文数据库 收录范围： 检索途径： 结果处理方式： 检索辅助命令：,文献型数据库检索,检索型数据库：如PUBMED、S