科内培训-基因变异的表述方法课件

1、基因变异的表述方法,武汉分子生物学实验室,1,学习交流PPT,上集回顾, DNA的化学结构。 查找序列。 正义链和反义链。 碱基书写顺序。 mRNA和前体mRNA。 外显子和内含子。 CDS和UTR。 外显子 Coding DNA。 全基因突变、热点突变和已知突变。,2,学习交流PPT,HGVS规范了基因及蛋白的变异表述,表述不统一将造成互相理解障碍,3,学习交流PPT,“突变”与“多态性”的不同,Mutation 突变,Change 改变（罕见的） Disease-causing change 致病改变,Polymorphism多态性,Change in 1% in population 人

2、类群体中大于1%的改变 Not disease causing change 不致病的改变,4,学习交流PPT,建议使用的词语,Mutation 突变,Polymorphism多态性,负面,正面,建议使用中性词,Variant / Alteration 变异 CNV 拷贝数变异 SNV（Not SNP） 单核苷酸变异,5,学习交流PPT,“指南”的定义,测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行） 国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定,6,学习交流PPT,PGM中的Variant,7,学习交流PPT,VariantCaller的导出结果,写成“SNV” 为好,8,学习交流PPT,报告

3、有待规范,写成“变异” 为好,9,学习交流PPT,规范的基因名称-1,网址：或搜索引擎搜索关键词“HGNC gene”,10,学习交流PPT,规范的基因名称-2,11,学习交流PPT,参考序列出处-1,基因的核酸信息包括染色体基因组DNA序列和mRNA序列，核酸信息参考NCBI GenBank核酸序列数据库参考序列（Reference Sequence，RefSeq）。基因组DNA序列GenBank注册号前面用NT、NC或AC加下划线进行标注，其中以“NT_”标注的序列为BAC克隆或鸟枪测序法获得的不完整的基因组测序序列。如10号染色体上的片段NT_030059，同一序列号有不同的版本号时，后

4、面用点加版本号表示，如NT_030059.14。成熟mRNA转录本序列的注册号前用NM加下划线（NM_）进行标注。微小RNA（microRNA，miRNA）的核酸序列信息参考miRBase序列数据库，miRNA前体序列前用“MI”标注，miRNA的成熟体序列前用“MIMAT”标注。 测序技术的个体化医学检测应用技术指南（试行） 国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定,12,学习交流PPT,参考序列出处-2,美国国立生物技术信息中心（NCBI）收录的参考序列编码具有权威性及唯一性。其中前缀“NM_”表示为mRNA序列，“NP_”表示多肽序列，“NG_”表示基因组序列。基因组参考序列应列出

5、完整基因序列，包括5以及3非编码区（UTR）。当使用某段编码DNA参考序列描述突变时，应选择合适的转录体，且转录体的起始转录点应当明确，例如选择最常见的转录体，或者是已知的最大转录体，或者具有组织特异性的编辑转录体。当某一参考序列具有多种转录方式时，选择NCBI数据库里注释最全面的版本。 肿瘤个体化检测治疗指南（试行） 国家卫生计生委个体化医学检测技术专家委员会制定,13,学习交流PPT,参考序列出处-HGVS有不同看法,HGVS建议使用LRG（Locus Reference Genomic）序列作为首选参考序列。 如果该基因没有LRG序列，则采用RefSeq作为参考序列。,HGNC的 页面,

6、14,学习交流PPT,LRG序列的web页面,点击这些绿色的+号得到有意思的内容,15,学习交流PPT,前缀应指出突变位于哪种序列中,“g.”表示基因组序列，如g.476AT。 “c.”表示Coding DNA（编码DNA）序列，如c.76AT。 “m.”表示线粒体DNA序列，如m.8993TC。 “r.”表示RNA序列，如r.76au。 “n.”表示非编码RNA序列。 “p.”表示蛋白质序列，如p.Lys76Asn。,对于DNA变异的表述，“c.”优于“g.”直观地得知该变异点在外显子上还是内含子上，会不会造成氨基酸编码改变，与表型联系起来。,16,学习交流PPT,序列位置编号-1,基因组、

7、线粒体DNA、RNA、非编码RNA、蛋白序列： 以参考序列的第一个碱基或氨基酸确立为1，直接数其在对应参考序列中的位置即可。 如：g.476，m.9222，p.76。,17,学习交流PPT,序列位置编号-2,Coding DNA（编码DNA）序列： 将Coding DNA看成连续的（排除内含子间隔），以起始密码子ATG的第一个碱基A确立为1，以终止密码子的最后一个碱基确立为结束N。若碱基在Coding DNA范围内，则其位置为1N区间内的自然数，如c.112。 起始密码子ATG的上游的第一个碱基确立为-1，一直向5端推移编号为-2、-3，整个5UTR区域位置均为负数表示，如c.-72。没有“0

8、”碱基。 终止密码子下游的第一个碱基确立为*1，一直向3端推移编号为*2、*3，整个3UTR区域位置均为“*自然数”表示，如c.*85。 对于内含子起始片段内的位点，以上一外显子最后一个碱基的位置、加号和距离这个碱基的位置表示，如c.77+1；对于内含子末端的位置，以下一外显子第一个碱基的位置、减号和距离这个碱基的位置表示，如c.77-2。“+”和“-”的分界线需谨慎决定。 5UTR若有内含子，内含子上的碱基位置以“-23+1, -23+2, ., -22-2, -22-1”形式表示； 3UTR若有内含子，内含子上的碱基位置以“*154+1, *154+2, ., *155-2, *155-1

9、”形式表示。,不建议使用c.IVS1+1G，c.IVS1-2G形式的表示（IVS： intervening sequence ）。原因：外显子/内含子的编号比Coding DNA编号更易引起混乱。,18,学习交流PPT,序列位置编号-列表举例,19,学习交流PPT,c.171,c.247,c.246,c.312,序列位置编号-外显子4)(p21.2;q35)(c.301-148_301-147)。 重排（rearrangement detected by FISH and Array）：如hg19 chrX:g.(32218983_32238146)_(32984039_33252615)de

10、l。 嵌合（mosaicism and chimerism）：如c.83G=/83GC，c.=/83GC。 在同一等位基因上/在不同等位基因上/不确定是否在同一等位基因上：如c.76AC;83GC，c.76AC;83GC，c.76AC(;)83GC，p.Trp13*; Pro43Ala，p.Trp13*;Cys28Arg。,37,学习交流PPT,关于SNP和基因型的表述,HGVS不赞成多态性描述成“c.76A/G”类似形式。 多态性、突变、变异应用同一种形式描述： c.76AG。 原因：判断某个变异是致病还是不致病通常是很困难的，不应在表述上有所区别，否则会造成误解。 建议多态性描述方式： OPRM1:c.118AG;= OPRM1:c.=;= OPRM1:c.118AG;118AG OPRM1:c.118AA homozygotes OPRM1:c.118GA heterozygotes OPRM1:c.118GG homozygotes,38,学习交流PPT,关于从基因变异到蛋白变异,HGVS认为，基因上发生了变异，不代表蛋白一定会发生变异。 只有做过了mRNA水平和蛋白水平的研究确证，有了证据支持后，才能认为该基因变异会导致蛋白变异。 没有做过mRNA水平和蛋白水平研究，不能肯定地认为基因变