生物信息学 第二章 生物信息学中的计算机技术.ppt

1、、第二章，生物信息学的计算机技术，2. 1本章概要介绍本章网际网络(网际网络)和万维网(WWW )，介绍世界各国的生物信息中心和服务机构。 网际网络的诞生，国际生物情报中心的成立，极大地推进了生物情报学革命。 基于网际网络的浏览器的出现，为生物资讯资源的开发和应用提供了有效的手段。 本章简要介绍了使用浏览器和浏览器查询数据库的方法，并提供了重要的生物资讯中心网络地址。 2.2网际网络是指一个世界性的电脑网络，由政府机关、科研高等院校及公司所组成。 网际网络通过通讯协议来传递信息，即传输控制协议/因特网协议(transmissioncontrolprotocol/internet protoco

2、l，简称为TCP/IP )。 此连接协议使不同类型的计算机能够以通用方式进行数据交换。 网络中的一台纠错功能被称为一个节点，它用于在节点与节点之间传送报文分组以进行通讯。 与传统的电话和竖中指等通讯方式不同，报文分组不是从一台计算机直接传输到另一台计算机，而是通过路由组经由多个节点到达最后一台营销对象计算机。 网络连接协议可用于控制和协调数据的有效传输方式。 在分组转发过程中，如果该路径上的一个节点发生故障，可以绕过该节点通过其他路径进行转发。 2.3所谓ip地址，就像每个电话机都有电话号码一样，网际网络上的每个计算机都有“号码”，即ip地址。 IP地址是由四个小数点分隔的字段组成的数字串。

3、每个字段的数值在0255之间。 例如，3是IP地址。 如果使用IP地址，电脑之间的识别容易，但是记忆不方便，容易出错。 因此，TCP/IP连接协议制定了域名服务系统。 域名服务系统由多个字段组成，每个字段通常由包含连词符“-”和下划线“_”的字母数字字符组成。 计算机名、计算机位置、网络域名、子域名名的顺序。 例如，以上IP地址的网络域名如下： 其意义是，北京牌高等院校生物信息中心(Centre of Bioinformatics，Peking University，PKU )的网站服务器www.cbi与北京牌高等院校校园网PKU相连，属于“中国教育

4、和科研修订版网络”。 表2.1列出了一些网际网络网络域名和子域名名称。 表2.1A部分国家网际网络网络域名一览表， 国家澳大利亚、丹麦、法国、希腊、南非兰特、意大利、波兰、南非兰特、南非、瑞典英吉利countryaustraliadenmarkfrancegreeceirelanditalynetherlandspolandsouthafricaswe 、网络域名au dk fr gr ie it nl pl za se uk、国家中国芬兰、南非兰特、德意志、匈牙利、以色列和日本新吉兰特、葡萄牙、西班牙、 countrychinafinlandgermanyhungaryisraeljapan

5、newzealandportugalspainswitzerlandusa，网络域名cn fi de hu il jp nz pt es ch us，交流，co，表2.1B， 重要网际网络网络域名， 机构学校企业政府机构军事机构学术机构企业其他组织，organisationeducationalcommercialgovernmentalmilitaryacademiccompanyotherorganisationgeneral， 网络域名edu com gov mil org gen、2.4网际网络上的实用程序网际网络所提供的通讯工具包括电子邮箱、新闻组、文件传输、远程登录等。 电子邮箱是

6、网际网络上最常用的工具之一，主要用于个人与人之间的信息交换。 新闻组是对某个问题感兴趣的网络用户组之间的集体讨论，可以在一个新闻组中发表各自的意见。 “文件传输协议简称FTP”允许在两台计算机之间传输文件，并通过Telnet连接协议计程仪到远程计算机。大部分的网际网络可以实时通讯，如UNIX系统的“talk”计程仪程序、VMS系统的“phone”计程仪程序等，可以作为网际网络网络聊天工具使用。 用户通过在画面上输入文字进行“对话”。 网际网络网络聊天的进一步发展是多个用户将各自的网络聊天内容输入至画面上的某个窗口中以实现虚拟网络会议的在线会议。 WebBoard、BioMoo、MultiUse

7、r Dungeon就是这样的web堆网络聊天计程仪程序。 网际网络网络聊天也被称为网际网络“沙龙”，像咖啡店一样一边喝咖啡一边进行学术讨论。 但是，由于互联网技术还没有在一盏茶成熟，云同步受到传送速度的限制，实际使用不方便，没有咖啡屋那么舒适。 2.5万维网(简称Web、WWW或W3 )最初是由欧洲核物理研究所(CERN )倡导和开发的，用于全球分布的高能物理研究机构之间的信息共享，其宗旨是迅速、迅速地将五洲四海计算机系统上的数据和应用程序网络的迅速发展，对生物资讯领域有着深刻的影响。 今天，万维网已成为网际网络上最先进的信息交换工具。 这是基于超媒体的情报系统，其发展速度、功能强度已成为网际

8、网络的同义词。 在网络W3协会的主页上，被描述为“信息网络的世界，人类知识的源泉”。 这种说法有些夸张，但网络的出现，确实打开了全球信息共享的新纪元。 2.6网络浏览器的出现，有效地发挥了网际网络的巨大潜力，非常方便信息的获取。 浏览器使用标准的连接协议定径套在客户端(client )和服务器(server )之间进行通讯。 浏览器和服务器之间的通讯的第一页称作主页。 默认奥尔特的主页由特定的浏览器设置，通常指该浏览器开发者的网站。 用户可以更改差动奥尔特的主页，指向更有用、更频繁的网站数据库站点，也可以指向用户自己的主页。 浏览器为用户提供了易于使用的界面，并集成了文档搜索、文件网站数据库、

9、数据库搜索等操作。 下面简要介绍一下最常用的浏览器。 2.6.1 Lynx Lynx由堪萨斯州立大学学术补正服务机构开发，成为校园情报系统建构的一部分。 Lynx在UNIX或VMS执行操作系统上运行。 基于纯文本界面，可以使用普通的VT100终端或对应的模拟终端等字符型终端。 在网际网络的初期广泛使用的文本模式浏览器的界面不像格拉夫伊卡斯浏览器那样美丽，但是在网络传输速率慢的情况下，Lynx比格拉夫伊卡斯浏览器更有效。 2.6.2 Mosaic Mosaic是伊利诺伊高等院校国家超级计算中心1993年开发的基于窗口系统的超级媒体，主体浏览器是UNIX系统的X-Windows、苹果公司的MacI

10、ntosh和微软公司它有一个简单易用的用户界面，可为网际网络上的不同连接协议、数据格式和信息资源提供服务。 鉴于以上特点，Mosaic上市不久，在网际网络上迅速流行，一时风靡。 不久，万维网接口工具的开发以惊人的速度增长，新的浏览器很快诞生了。 Mosaic的垄断地位只维持了很短的时间。 2.6.3 Netscape Navigator、Netscape Navigator是网络导航男同性恋，1994年由加利福尼亚州的Netscape Communications公司开发。 作为Mosaic的替代品，Netscape Navigator几乎一夜成功，成为最受欢迎的浏览器。 估计80%的网际网络

11、用户使用Netscape Navigator浏览网页。 此浏览器集成了许多功能，如电子邮件、新闻组、音频和网络视频，使您能够以动态、人机交互的方式创建页面。 Internet Explorer是一个网络发现者，由微软于1995年开发。 以Mosaic为基础，适用于电脑。具有多窗口系统的子通讯端口、Java和ActiveX的子通讯端口等其他浏览器的各种功能。 最初是为windows95/NT平台开发的，现在可以在SUN公司的UNIX系统上运行新版本。 2.7 HTTP、HTML、URL和浏览器中显示的文档采用了“超文本数据”和“超媒体”技术，非常容易浏览和发布。 超文本数据文档包含内置的网络链接

12、，也称为超级网络链接。 以特殊颜色或背景显示，或以下划线显示。 用鼠标喀呖声超级网络链接，可以调用新的文档。 本文档可以位于同一服务上，也可以位于不同的服务上，无论地理位置如何。 将超网络链接间的通讯、即网站服务器所使用的通讯协议称作超文本数据汽车变速器连接协议(HTTP )。 超文本数据文档是用超文本标记语言文件(HTML )写的。 “超级文本标注语言”使用标注符号修改文本。 例如，装饰粗体，使用字体的大小和颜色，插入水平线，导入图像等。 大部分标签符号以成对出现，而终止符以斜线“/”结尾。 例如，如下所示： HTML语言很容易掌握。 最有效的方法是通过浏览网页的“Page source”查明各种标记符号的特定效果。 HTML文档使用. HTML或. htm作为文件扩展名，如index.HTML。 图2.2显示了一些常见的HTML页面查询密码。PREFACE、PREFACE、welcometoourbioinformaticswebpractical .thisisaninteractiveexercisethataimstoprovide bioinf