单核苷酸多态性SNP检测技术.ppt

1、单核苷酸多态性检测技术、内容介绍、SNP概念、SNP概念、单核苷酸多态性(SNP)是指单核苷酸碱基的变化导致的核酸序列多态性。在徐璐不同个体的相同染色体或相同部位的核苷酸序列中，大部分核苷山西热是一致的，但只有一个碱基不同的现象，即SNP。其中包括单碱基的转换、切换、插入、缺失等，SNP是以基因组内：的形式在基因组中广泛传播的大量单碱基变异。第二个分布在cSNP，称为属性功能性突变的基因编码区域。SNP在单个基因或整个基因组中分布不均。(1)非转录序列比转录序列(2)转录区域中非同义词突变频率低得多，突变频率比其他方法低得多。在SNP的特征、遗传学分析中，SNP广泛用作遗传标记种类，主要在这些

2、特征： (1)密度高的SNP中，人类基因组平均密度估计为11000 BP，整个基因组有3106个，遗传距离为23厘米，密度高于微卫星标记，任何一个都可以。(2)某些代表性基因内部的SNP会直接影响蛋白质结构或表达水平，因此，在疾病的遗传机制中，可能会表现出一些作用因素。SNP的特征，(3)遗传稳定性比微卫星等重复序列多态性标记具有更高的遗传稳定性。(4)易于分析的自动化SNP标记在人群中只有两个茄子等位型。这样，您无需测量有限的段长度多态性检测、微卫星等段长度，只需要“-”或“无”方法。这使得基于SNP的检测分析方法易于自动化。1，SNPs经典检测方法，基于凝胶电泳的传统经典检测方法(如： 1

3、)。限制性片段长度多态性法PCR- RFLP。单链结构多态性PCR-SSCP；3.dena t ur I ng gradient gel eletro phoresi s dge(变性渐变凝胶电泳)；4.等位基因特异性PCR (allele specific PCR，ASPCR)等PCR-RFLP方法，原理特点：牙齿技术应用的前提是，SNP的部位必须包括牙齿限制内切酶的识别点。这是SNP检查中最经典的方法之一。PCR-RFLP电路图，单链结构多态性(SSCP)，原理：单链DNA在中性条件下形成二次结构，其他二次结构在传记零洞。牙齿二次结构依赖于碱基的组成，单碱基的变化也会影响其形态，最终会导致

4、凝胶中迁移速度的变化。在郑智薰变性聚丙烯酰胺凝胶中，短的单链DNA和RNA分子根据单个碱基序列形成不同的形态，在凝胶中的迁移率不同，不同的条带出现，检测SNP。特征：牙齿方法简单快捷，被广泛应用于未知基因突变检测。牙齿方法的缺点是无法确定突变类型和确切位置。变性渐变凝胶电泳(DGGE)，原理：传记游泳技术，利用长度相等的双链DNA片解开链温度不同的原理，通过渐变变性胶将DNA片分开。在传记神童开始时，粘合剂中DNA的迁移速度只在分子大小中相关，一旦DNA游泳到某个时间点，DNA变性浓度位置，DNA双链开始分离，迁移率大大降低。当移动阻力与电场力平衡时，DNA片段在凝胶中基本停止移动。由于徐璐不

5、同DNA片段的碱基构成有差异，变性条件存在差异，在凝胶中形成不同的带。，等位基因特异PCR (AS-PCR)，原理：根据SNP位设计特定引物，一个链(特异链)的3个末端与SNP位的碱基互补(或相同)，另一个链(一般链)按常规方式设计，因此特异性引诱物在一个基因型上是超强的，SNPs高吞吐量检测方法，另一大类检测方法近年来发展起来，较常用于高吞吐量、自动化程度高的SNPs检测方法3360 1。DNA测序法。2 DNA筹码检测；飞行质量分析器检测；MALDI-TOFMS；4.变性高效液相颜色频谱(DH PLC)方法等DNA测序方法，直接测序是最容易实施的SNP检查方法。原理：通过测量和序列比较徐璐

6、不同个体的相同基因或基因片段，确定研究的碱基的变异是否能达到100%。功能：SNP分类所需的重要参数，例如SNP类型和准确位置。基因筹码技术(Genechips)，原理：将具有特定碱基序列的探针固定在特殊载体上，提取基因，标记荧光后与固定探针杂交，最后根据荧光的强度和种类测量正在测试的序列的碱基类别。特征：基因芯片具有信息量大、自动化程度高的卓越优点。但是：芯片成本高，所需设备宝贵，不利于普及。MALDI-TOF，原则：将变性单链PCR产品与硅芯片的化合物共价结合后，在硅芯片上引物退火，扩展反应，突变部位对的碱基与正常对的碱基不同。在扩展反应中，根据引物结合的不同碱基的不同质量，在质谱仪上显示

7、不同峰来检测SNP。变性高效液相颜色频谱(DHPLC)，原则：目标核酸片段PCR扩增，部分加热变性后含有突变碱基的DNA序列，碱基和正常碱基不匹配，形成二元双链。包含错误配对的碱基的杂合二元双链区域比完全配对的同源配对区域和固定上的亲和力弱，因此容易从分离柱中剥离，达到分离目的。SNPs的有无最终表现为光谱棒的最佳形式或数量差异，根据牙齿现象，色谱中很容易判断突变碱。特点：高效液相色谱法检测SNPs，检测效率高，易于自动化，未知SNPs的准确度超过95%。但是，DHPLC检查对使用的试剂和环境要求高，容易出错，不能进行纯突变检测。MassARRAY和SNP分区方法各不相同。MassARRAY分

8、子量阵列技术是Sequenom牙齿推出的世界领先的基因分析工具，将引物扩展或切割反应与敏感可靠的MALDITOF质谱技术相结合，实现基因型检查。iPLEX金牌技术基于MassARRAY分子量阵列平台，可设计多达40个PCR反应和基因型检查，实验设计灵活性高，分割结果准确性高。验证在整个基因组研究中发现的结果，或确定有限数量的研究点，特别适合确定的情况。MassARRAY技术原理：首先通过PCR扩大目标序列，然后通过SNP序列特异性扩展引物，在SNP点扩展1个碱基。将准备好的样品分析物与筹码基质结晶后，通过质量分析器真空管中的强激光刺激，核酸分子吸附成单电荷离子，在电场中离子飞行时间与离子质量成

9、反比，通过检测核酸分子在真空管中飞行的时间，得到样品分析物的正确分子量，检测SNP部位信息。MassARRAY技术原理：MassEXTEND单碱扩展反应，在SNP部位旁边设计探针，反应系统使用dNTP代替ddNTP，探针仅在SNP部位扩展一个碱基就结束了。根据SNP部位，探针徐璐结合不同的ddNTP，徐璐不同的分子量，质谱仪检测到这种分子量差异，达到SNP分割的目的。，MassARRAY技术进程：应用程序节目：1。决定基因多态性与疾病的关系。2.说明个体之间的表型差异，说明疾病的易感程度。3.诊断未来的疾病。4.研究不同基因型个体对药物反应的差异，药物开发及林爽合理用药5。指导对象间的SNP(1)质谱检测到的是分子最本质的特征之一，不包括分子量、荧光标记、凝胶电泳等，就能检测出碱基的差异，准确度高，机器本身出错的概率很低。(2)质谱仪的灵敏度很高，检查窗口能检测出任何pmol等级的物质。(3)通量高：几秒钟就能检测到反应孔。(4)操作简单，仪器要求简单，除频谱外，其他一切都是普通的PCR仪器。(5)灵活性：一天可以完成数万个反应。(6)便宜：没有荧光标记，引物，