微生物的分类与鉴定.ppt

1、Chap.10 微生物的分类和鉴定 1）通用分类单元 2）微生物在生物界的地位 3）各大类微生物的分类系统纲要 4）微生物分类鉴定方法,分类:在研究微生物相似性的基础上，把每一微生 物编排在一定的分类单元中，制定出检索表。 鉴定：运用现代分类系统，通过具体菌株描述，给 未知物一个具体的分类位置。 命名：按照国际命名法规，给每个新的分类群一个 新的学名。,（一）种的概念 种：微生物的基本分类单位，具有许多共同特征 的菌株的集合。 典型菌株（type strain） : 最具种特征的代表菌株。(Kribbella amoyensis sp. nov. type strain is XMU 198T

2、 ) 模式种（type species）： 典型菌株的实体，常保藏于标本室中。 (Type species: CCTCC AB 2011012T ),.1 通用分类单元,亚种：在种内有一个稳定特征不同于模式种 的菌株，为最低等级的分类单元。 型：非分类单位，种内特征小差异的菌株。 菌株：同种的不同个体。,1995, Haemophilus influenzae 和Mycoplasma genetalium 最早被测序,细菌新种发表的要求 1）在IJSB（IJSEM)等国际刊物上发表 2）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获 有效目录公布 3）提供模式种 4）符合命名法规要求 5）符合优先律,菌

3、种保藏中心与菌种目录 ATCC：美国典型菌种保藏中心 DSMZ: 德国典型菌种保藏中心 CCTCC：中国典型菌种保藏中心： 下设：CCGMC等6个中心 菌种目录及菌种保藏和购买,二、学名的命名及有关法规,双名法：Bacillus subtilis（属名种名加词） Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus (三名法) 学名(科学名):拉丁文,斜体 属名第一字母大写 性、数、格一致,Bacillus subtilis CMCC 63501 Bacillus subtilis Cohn 1874 Bacillus sp. Bacillus spp. 缩

4、写：B . Subtilis 学名与俗名,名字的应用：,.2 微生物在生物界的地位 五界系统：, 三域学说（Woese等）,真核生物起源的内共生学 1）同一祖先 2）古细菌吞噬了G-菌、蓝藻进化为真核生物？ 原始真核生物吞噬了G-菌、蓝藻进化为真核 生物？ 3）内共生过程线粒体、叶绿体细胞器的进化,证据： G-菌外膜与细胞器外膜相似性； 内共生体如蓝色小体、真核生物（如蚜虫）与原核内共生体的发现；,建议读物,建议读物,古细菌生物学特征：,.3 各大类微生物的分类系统纲要,一、细菌、古生菌分类系统纲要 Bergeys Manual of Systematic Bacterialogy1,2版Be

5、rgeys Manual of Determinative Bacterialogy 1-9版,1.古生菌：系统手册 （二版） 原核生物: 细菌界; 古生菌界（2门63属208种） 泉古生菌门 广古生菌门,广古生菌门 泉古生菌门,2.细菌的分类 系统手册 （一版，1984-1989年，共4卷） 卷 类型 群（Section） 主要代表 Vol. 1 G- 1-11 肠杆菌，假单孢菌， Vol. 2 G+ 12-17 芽孢杆菌，梭菌， Vol. 3 古生菌等 18-25 甲烷菌，嗜盐菌，光合细菌 Vol. 4 产孢放线菌 26-33 链霉菌,系统手册 （二版，2000年，共5卷） Bergeys

6、 Manual of Systematic Bacteriology( 2ed) Vol.1: The Archaea & the Deeply Branching & Phototrophic Bacteria, ( 2001) Vol.2: Proteobacteria(2004) Vol.3: The Low G+C Gram Positives (2000) Vol.4: The High G+C Gram Positives(2000) Vol.5： The Planctomycetes, Spirochetes, Fusobacteria (2001),系统手册 （二版）,原核生物

7、：古生菌界、真细菌界 真细菌界：16门 变形杆菌门（Proteobacteria) 厚壁菌门 （Firmicutes) 蓝细菌门 （Cyanobacteria) .,3.真菌（Fungi）的分类系统 Ainsworth系统 The fungi , Ainsworth, 1973 Ainsworth and Bisbys Dictionary of the Fungi -7版，1983年，Hawksworth -8版，1995年， Hawksworth,书355,Cavaliner-Smith的6界系统,.4 微生物分类鉴定方法 一、经典分类鉴定方法,传统分类的细菌鉴定程序,细菌自动鉴定系统,A

8、PI数值鉴定系统 BBL鉴定系统 Biolog鉴定系统,程序： 1、获取辅助特征 2、培养菌悬液加入生化反应板培养自动扫描 自动鉴定打印结果,细菌自动鉴定程序,二、现代分类鉴定方法,细菌化石,1微生物遗传型的鉴定 （1）DNA碱基比例的测定 （G+C）mol%： 解链温度法（Tm值） (G+C)mol%值只能做否定判断； （G+C）mol%值差别5，属不同的种； 差别10，属不同的属。 （2） 核酸分子杂交法, DNA-DNA分子杂交原理：DNA分子解链的 可逆性和碱基配对的专一性。,DNA-DNA杂交（固相杂交法）,单链DNA（待测菌株） 转硝酸纤维素膜 加入放射性标志参照菌DNA（单链）

9、洗去未杂交DNA 闪烁计数器计数测定放射强度,结论： 1. DNA同源性 60% （同种） 2. DNA同源性 70% （同亚种） 3. DNA同源性60- 70% （不同亚种） 4. DNA同源性20-60% （同属）,（3）16s rRNA作为细菌进化的计时器,生物共有的 一定的信息量（1542个核苷酸） 一定的保守性 便于比较研究,16s rRNA核苷酸序列分析： DNA-PCR法,提取DNA PCR扩增16S rRNA基因 PCR产物纯化 16SrRNA基因序列测定 Genbank检索,相似性结果的一般判断：,1. SAB97% 同种? 2. SAB为85-97% 同属 3. SAB8

10、5 % 不同属,2细胞化学组分的鉴定（放线菌）,细胞结构 成分 壁 肽聚糖、化学组分 膜 枝菌酸（棒杆菌酸；分枝菌酸） 甲基萘醌 全细胞 水解糖类,1.细胞壁化学类型（分为9种类型）,- 氨基酸：DAP（二氨基庚二酸） Gly、Lys、Asp、Orn -糖类：阿拉伯糖、半乳糖,（2）全细胞水解液的糖型,糖类型 特征糖类 A 半乳糖、阿拉伯糖、 B 马杜拉糖 C 无特征糖类 D 木糖、阿拉伯糖 E 半乳糖,(3) 脂肪酸：(自动分析测定仪) (4) 磷脂: PE(磷脂酰乙醇胺),PC(磷脂酰 胆碱)PG (磷脂酰甘油)等5种磷脂 (5) 枝菌酸 (6)生化试验,3数值分类法（统计分类法）,- 相似系数的计算；,（1）菌株选择（OUT操作分类单位） （2）选择实验项目 （3）数字编码 （4）计算机分析,- 列出相似度矩阵,- 将矩阵图转换成树状谱,结果分析： 1. S （相似值）85% （同种） 2. S （相似值）65% （同属） 3.