临床试验数据的SAS模块化分析.ppt

1、临床试验资料的SAS模块化分析,Page 2,我所理解的临床试验数据编程原则,尽可能利用SAS固有的过程，尽量少编写SAS没有的算法； 充分利用DATA步来实现数据的输出格式控制，以减少填表过程中出现的错误； 编写适用于报告中的各种表格的宏程序库。,Page 3,尽可能利用SAS固有的过程,要用SAS，就必须采用SAS的固有输出结果，你所要做的仅仅是把你要的结果放在该放的地方。这样才能保证SAS固有的算法上的可靠性，才能保证统计分析结果的可靠性、可再现性和试验间的可比性。 夏结来,Page 4,输出格式控制,控制输出格式的方法 将各过程的输出结果导出为数据表 各Procedure下的Outpu

2、t，如ANOVA, Freq 有些Procedure下只能用ODS，如ttest, Genmod 活用DATA步的Merge、Set命令和有关的格式控制命令； 尽可能将所有的结果都以字符的形式存入一个输出数据表；尽可能将同一张表一次性输出；,Page 5,技巧：频数表的输出结果控制,直接用Freq命令的缺点： 用Freq过程直接输出难以控制输出格式 多余的”-”+”等等 存在着某些类别没有频数的情形，导致Freq输出信息不完整。,Page 6,data test; input f a b; cards; 20 1 1 15 1 2 0 2 2 0 2 2 ; proc freq data=te

3、st; title 带有频数为0的四格表; tables a*b/nocol nopercent; weight f; run;,带有频数为0的四格表 FREQ 过程 a * b 表 a b 频数 | 行百分比| 1| 2| 合计 -+-+-+ A | 20 | 15 | 35 | 57.14 | 42.86 | -+-+-+ 合计 20 15 35,Page 7,解决方法： 生成一个包含了全部可能取值的数据表； 再将Freq的输出数据表和该数据表合并； 利用Do循环分别从合并后的数据表中取出每一行的频数及频率，最后组合在一起。,Page 8,DATA APPEND; DO a=1 TO 2;

4、 DO b=1 TO 2; OUTPUT; END; END; RUN;,带有频数为0的四格表 a b 1 1 1 2 2 1 2 2,Page 9,ODS OUTPUT CrossTabFreqs=temp2; proc freq data=test; tables a*b/NOCOL NOROW NOPERCENT NOCUM; weight f; run; ODS OUTPUT CLOSE; RUN; PROC SORT DATA=temp2;BY a b;RUN; PROC SORT DATA=APPEND;BY a b;RUN; DATA temp3;MERGE temp2(keep

5、=a b frequency) APPEND; BY a b; IF FREQUENCY=. THEN FREQUENCY=0; if a=. and b=.; RUN;,带有频数为0的四格表 a b Frequency 1 1 20 1 2 15 2 1 0 2 2 0,Page 10,%MACRO DIST(); DATA ALLROW;SET _NULL_;RUN; %DO I=1 %TO 2; DATA ROW,带有频数为0的四格表 分组 阳性 阴性 合计 阳性率 1 20 15 35 57.14 2 0 0 0 .,Page 11,编写适用于报告中的各种表格的宏程序库,从临床试验规范

6、化的角度看，程序员所编写的程序应当由专人复核，这就要求程序员所撰写的程序必须尽可能清晰易懂；最好是统计分析报告中的每一个输出表格都对应一个宏。 在宏程序中增加选项的设置，强化某一个宏程序的功能，减少宏的个数。 这样程序审核者只要检查宏调用的参数是否正确便可。,Page 12,%BASETEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,TYPE,CODE,COND); 用于对基线的人口资料进行比较， %OUTDEF(); %BASETEST(4.1,基线情况比较,FAS,AGE,年龄,1,QT,); %BASETEST(4.1,基线情况比较,FAS,BC,病程,1

7、,QR,); %BASETEST(4.1,基线情况比较,FAS,SEX BZ ZLS HBYY,性别 病种 治疗史 合并用药,4,CC,12 12349 01 01,); %PRINTOUT();,指标 取值 A B 组间比较 年龄 . 39.8115.10(19.00-64.00) 40.8714.25(19.00-65.00) t=0.43，P=0.6645 病程 . 3.004.00(1.00-180.00) 3.005.00(1.00-360.00) z=-0.65，P=0.5158 性别 1 31(43.06%) 40(56.34%) 确切概率P=0.1333 2 41(56.94%

8、) 31(43.66%) 病种 1 24(33.33%) 23(32.39%) 确切概率P=0.2824 2 27(37.50%) 27(38.03%) 3 20(27.78%) 17(23.94%) 4 0(0.00%) 4(5.63%) 9 1(1.39%) 0(0.00%) 治疗史 0 69(95.83%) 68(95.77%) 确切概率P=1.0000 1 3(4.17%) 3(4.23%) 合并用药 0 70(97.22%) 70(98.59%) 确切概率P=1.0000 1 2(2.78%) 1(1.41%),Page 13,%LABAUTO(TABNUM,TABTITLE,DAT

9、ANAME,V1,V2,PJ1,PJ2,VLABEL,HOP,L,U,COND); 用于输出试验室指标疗前、疗后正异常改变情况。 %labauto(6.2.1,试验室指标改变情况,SA,HB0,HB1,YHB0,YHB1,血红蛋白,3,110 110 115,160 160 160,NONE);,表 6.2.1: 试验室指标改变情况( SA) 指标 分组 正/正 正/异 异/正 异/异 合计 血红蛋白 A 65 1 4 1 71 血红蛋白 B 60 0 8 2 70 红细胞 A 69 1 1 0 71 红细胞 B 66 0 3 1 70 白细胞 A 61 1 8 1 71 白细胞 B 59 2

10、 9 0 70 血小板 A 63 6 1 0 70 血小板 B 65 3 2 0 70 ALT A 61 4 4 2 71 ALT B 64 0 5 1 70 AST A 65 3 2 1 71 AST B 66 0 1 1 68 BUN A 67 3 1 0 71 BUN B 65 2 2 1 70 Cr A 37 8 13 13 71 Cr B 40 7 8 14 69,Page 14,%FFTAB(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,VARX,VLABEL,CODE,POS,COND,TYPE); 输出四格表及检验结果 %FFTAB(4.2,疗前厌氧菌检查的比较,FAS,X

11、J,细菌名,12,2,1); %FFTAB(4.2,疗前厌氧菌检查的比较,FAS,XJ,细菌名,12,2,2);,表4.2:疗前厌氧菌检查的比较(FAS) 阴性/ 阳性/ ID 正常 异常 合计 发生率 发生率比较 细菌名 43 29 72 40.28 0.3858 细菌名 48 23 71 32.39 表4.2:疗前厌氧菌检查的比较(FAS) ID 阴性/正常 阳性/异常 合计 发生率比较 细菌名 43(59.72%) 29(40.28%) 72 0.3858 细菌名 48(67.61%) 23(32.39%) 71,Page 15,%QUANTEST(TABNUM,TABTITLE,DAT

12、ANAME,V,VLABEL,K,METHOD,COND); 用于定量资料的组间比较(包括t检验和秩和检验) %OUTDEF(); %QUANTEST(5.5.1,疗后总分比较,FAS,ZF0 ZF1 ZF2,疗前总分 用药后3天 结束后12天,3,T,); %PRINTOUT;,表5.5.1:疗后总分比较 ID group N MeanSD MQ 最小值 最大值 组间比较 疗前总分 A 72 9.902.95 10.004.00 4.00 17.00 t=0.51，P=0.6103 疗前总分 B 71 9.662.68 10.004.00 3.00 14.00 用药后3天 A 72 3.53

13、2.36 3.003.00 0.00 11.00 t=-0.62，P=0.5346 用药后3天 B 71 3.762.11 4.003.00 0.00 9.00 结束后12天 A 72 1.011.97 0.001.00 0.00 8.00 t=1.12，P=0.2635 结束后12天 B 71 0.721.03 0.001.00 0.00 4.00,Page 16,%RDTEST(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,ITEM,K,MIN,MAX,COND); 进行疗前疗后等级改变量的组内比较和组间比较 %OUTDEF(); %RDTEST(5.2.2-5.2.

14、3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A1 C1,A1 C1,发热,2,-1,3,A1=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A2 C2,A2 C2,牙痛,2,-1,3,A2=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A3 C3,A3 C3,叩痛,2,-1,3,A3=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A4 C4,A4 C4,开口度,2,-1,3,A4=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A5 C5,

15、A5 C5,肿胀,2,-1,3,A5=0); %RDTEST(5.2.2-5.2.3,停药后12天症状、体征下降值,FAS,A6 C6,A6 C6,溢脓,2,-1,3,A6=0); %PRINTOUT();,表5.2.2-5.2.3:停药后12天症状、体征下降值(FAS) ITEM ID TREAT -1 0 1 2 3 合计 MSD 组内S 组内P 组间Z 组间P 发热 A1-C1 A 0 9 27 2 0 38 0.820.51 217.50 0.0001 0.49 0.6218 发热 A1-C1 B 0 6 24 2 0 32 0.880.49 175.50 0.0001 牙痛 A2-C

16、2 A 0 2 18 27 21 68 1.990.84 1105.50 0.0001 0.39 0.7000 牙痛 A2-C2 B 0 0 16 34 20 70 2.060.72 1242.50 0.0001 叩痛 A3-C3 A 0 3 18 33 10 64 1.780.77 945.50 0.0001 0.09 0.9321 叩痛 A3-C3 B 0 1 23 32 11 67 1.790.73 1105.50 0.0001 开口度 A4-C4 A 0 1 28 14 8 51 1.570.78 637.50 0.0001 1.14 0.2554 开口度 A4-C4 B 0 0 33

17、 15 2 50 1.380.57 637.50 0.0001 肿胀 A5-C5 A 0 0 14 39 18 71 2.060.67 1278.00 0.0001 0.54 0.5891 肿胀 A5-C5 B 0 1 14 41 15 71 1.990.69 1242.50 0.0001 溢脓 A6-C6 A 0 2 16 40 13 71 1.900.72 1207.50 0.0001 0.73 0.4626 溢脓 A6-C6 B 0 2 12 38 15 67 1.990.73 1072.50 0.0001,Page 17,SYMDIS(TABNUM,TABTITLE, DATANAME

18、,V1,ITEM,NEG,TIMEV,COND); 用于症状消失率的比较，指定时间变量后，也可进行Log-Rank检验。 %SYMDIS(5.3.1,第三天症状、体征消失率比较,FAS,B1,发热,0,A1=0); %SYMDIS(5.8,痊愈天数比较,FAS,LX3,临床疗效,1,DAY,);,表5.3.1:第三天症状、体征消失率比较(FAS) ID 疗前阳性 消失 消失率 消失率比较 发热 38 22 57.89 0.6237 . 32 21 65.63 表5.8:痊愈天数比较(FAS) Log Rank ID 疗前阳性 消失 消失率 消失率比较 MedQuar X2 P 临床疗效 72

19、60 83.33 1.0000 5.000.00 2.48 0.1155 . 70 58 82.86 5.000.00,Page 18,%QUAN_BET(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,CI,CT,SEQ,COV,FACT,COND); 用于定量资料组内及组间比较，可以控制协变量和混杂因素，可以进行中心间一致性检验，估计可信区间等。 %OUTDEF(); %QUAN_BET(5.6.2,总分下降情况(PP),PP,ZF0 ZF1 ZF2,疗前 用药后3天 结束后12天,3,1,1,1,ZF0,SEX,); %PRINTOUT;,表5.6.2:总分下降情

20、况(PP) ID 分组 N 组内差值 组内比较 疗前-用药后3天 A 72 6.382.78(5.72，7.03) t=19.49，P0.0001 疗前-用药后3天 B 70 5.942.53(5.34，6.55) t=19.65，P0.0001 疗前-结束后12天 A 72 8.892.99(8.19，9.59) t=25.26，P0.0001 疗前-结束后12天 B 70 9.032.62(8.40，9.65) t=28.82，P0.0001 组间差值 组间比较 疗前-用药后3天 A 0.320.29(-0.26，0.91) F=1.21，P=0.2723 疗前-用药后3天 B 中心间一致

21、性检验 F=1.23，P=0.2965 疗前-结束后12天 A -0.280.24(-0.76，0.19) F=1.37，P=0.2431 疗前-结束后12天 B 中心间一致性检验 F=0.86，P=0.4275,Page 19,%OC_BET(TABNUM,TABTITLE,DATANAME,V,VLABEL,K,CODE,COND); 用于等级资料的列表及组间比较 %OUTDEF(); %OC_BET(5.2.1, 停药后12天症状、体征评分,FAS,C1 C2 C3 C4 C5 C6,发热 牙痛 叩痛 开口度 肿胀 溢脓,6,0123,); %PRINTOUT();,表5.2.1:停药后

22、12天症状、体征评分 指标 分组 0 1 2 3 合计 MSD 组间比较 发热 A 60 12 0 0 72 0.170.38 z=-1.47,P=0.1410 . 83.33% 16.67% 0.00% 0.00% . B 65 6 0 0 71 0.080.28 . 91.55% 8.45% 0.00% 0.00% . 牙痛 A 60 10 2 0 72 0.190.46 z=-0.49,P=0.6261 . 83.33% 13.89% 2.78% 0.00% . B 61 10 0 0 71 0.140.35 . 85.92% 14.08% 0.00% 0.00% . 叩痛 A 56 14 2 0 72 0.250.50 z=-1.09,P=0.2778 . 77.78% 19.44% 2.78% 0.00% . B 60 11 0 0 71 0.150.36 . 84.51% 15.49% 0.00% 0.00% .,Page 20,% LXFX(TAB