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文档简介

1、MEGA常用工具及使用方法,超通俗版本,将拼好后的序列和下载的序列填在一个txt文档中,保存后，将文件后缀由 .txt 改成 .fas,打开MEGA 5.05软件，点击菜单栏File，选择open a file，打开刚才的.fas文件。弹出窗口后选择Align。弹出副窗口。,在主窗口中，点击上方工具栏W标志，将序列比对对齐。,序列对齐，修饰后，点击工具栏 保存图标，将文件进行保存。格式为mas格式,保存后关闭上一个副窗口，回到主窗口，重新在File中打开刚保存的.mas格式的文件。弹出新的副窗口（序列已对齐）,在工具栏Data中打开刚才保存的.mas文件，Analysis分析，可在主窗口中出现

2、TA图标（如图）。,点击TA图标，可弹出小窗口，由次窗口可知简约信息位点，不变位点等信息。点击工具栏statistics，选择第一项进行核酸比较，可在excel表中导出碱基组成信息。,点击主窗口中Distance中的第一项，可对物种之间遗传距离进行计算。注意Bootstrap参数设置（一般为1000）。模型选用Kimura双参数模型进行计算。点击Computr进行计算,关于遗传距离,关于系统发育树,点击主窗口中Phylogeny下选择想用的算法（最大似然法ML或者是邻接法NJ），一般选用ML。,各参数设置如图，点击Computr进行计算，构建出一个系统发育树。,左侧工具栏可对树的拓扑结构进行调整。点击保存，将文件保存成mts格式（仅可以用MEGA打开）。也可以点击上方工具栏中的Image，save as 为其他格式。若想更改字体，可将文件保存成PD

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