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文档简介

1、R语言在物种进化分析中的应用中国疾病预防控制中心张雯1、生物信息学对R语言的需求2、R语言对生物学的“友好”3、R语言在物种进化分析中的应用4、R语言与Perl语言生物学的“新时代”技术革新海量数据交叉学科生物信息学Bioinformatics 运用计算机技术和信息技术开发新的算法和统计方法，对生物实验数据进行分析， 确定数据所含的生物学意义，并开发新的数据分析工具以实现对各种信息的获取和管理的学科。急需对数据进行挖掘生物研究人员缺乏统计学基础强大的统计分析功能强大的作图功能R生物信息学灵活性和兼容性案例大量的程友序包需求物种进化分析生物进化：生物的演化过程对进化进行研究的意义：了解过去：我是

2、谁？人是如何出现的？明了现在：地球上的物种多样性预测未来：物种、世界的进化树构建进化树是清晰明了的表示物种进化关系的最好方法。程序包PackageApe: 物种进化关系分析包/web/packages/ape功能涵盖专业数据的读取、格式转化、存储、画图和计算等。最重要的是：可构建多种模式的进化关系树使用方法读取生物数据获得基本信息构建进化关系树画图统计分析R scritps更多分析命令基本信息：Summary()细节放大：Zoom()距离矩阵：cophenetic.phylo()点击获得细节信息：identify.phylo() 两个树的比较：cophyloplot()Braching.times() ervals() ervals() Gmyc()其它高级分析：祖先状态重建、物种分化速率、物种鉴定等等R的兼容性操作系统其它语言R 与PerlPerlR基础语言高级语言基本运算和循环高级运算和画图R -vanilla);行如何使用？利用Perl

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