Chem3D常用功能使用教程

Chem3D介绍提供功能制作结构：立体旋转；读取chemDraw结构；进行结构优化计算进行量化结构；并和数种量子化学软件结合在一起。chem3D是一个三维分子结构演示软件1目前一页\总数一百零六页\编于十一点Chem3D起始界面2目前二页\总数一百零六页\编于十一点主界面Chem3D起始界面3目前三页\总数一百零六页\编于十一点工具栏模型窗口模型类型三维视图ChemDraw切换图标工具栏模型数据窗口扩大（缩小）窗口消息窗口状态栏4目前四页\总数一百零六页\编于十一点选择轨迹球单键双键三键虚键文本橡皮大小调整5目前五页\总数一百零六页\编于十一点显示设置6目前六页\总数一百零六页\编于十一点视频设置模型显示设置立体显示弹出信息配体显示结构显示原子标记原子显示色彩选项7目前七页\总数一百零六页\编于十一点显示设置属性ModelType线状模型棒状模型球棍模型圆柱键模型比例模型8目前八页\总数一百零六页\编于十一点带状模型9目前九页\总数一百零六页\编于十一点结构不同显示方式View/Setting/ModelDispaly菜单或F6键：五种WireFrameSticksBall-SticksCylindricalBondsSpaceFilling

10目前十页\总数一百零六页\编于十一点带状模型常用于生物分子11目前十一页\总数一百零六页\编于十一点代表用红蓝两种色彩的立体显示代表用深色显示模型，就是对于模型的部分按观察者的角度不同着色代表显示两个立体结构完全相同的模型代表模拟现实的角度观察模型，使模型更接近真实代表显示模型的时候将后面的部分以阴影形式表示，这样模型的立体感更强。12目前十二页\总数一百零六页\编于十一点13目前十三页\总数一百零六页\编于十一点选择【单键】工具，在模型窗口向右按动圆柱键模型1.利用键工具建立模型建立3D模型14目前十四页\总数一百零六页\编于十一点线状模型15目前十五页\总数一百零六页\编于十一点棒状模型16目前十六页\总数一百零六页\编于十一点球棍模型17目前十七页\总数一百零六页\编于十一点比例模型18目前十八页\总数一百零六页\编于十一点选择【轨迹球】工具，使分子模型在模型窗口沿X、Y轴旋转X、Y轴旋转指示19目前十九页\总数一百零六页\编于十一点选择【轨迹球】工具并按“Alt”键，使分子模型在模型窗口沿Z轴旋转Z轴旋转指示20目前二十页\总数一百零六页\编于十一点模型结构信息光标位于原子上，自动显示原子信息21目前二十一页\总数一百零六页\编于十一点工具栏显示原子的符号和标号22目前二十二页\总数一百零六页\编于十一点光标位于键上，自动显示键信息模型结构信息23目前二十三页\总数一百零六页\编于十一点模型的进一步信息显示键长变化显示键角变化显示二面角显示所有没有相邻的原子的距离24目前二十四页\总数一百零六页\编于十一点模型的键长数据25目前二十五页\总数一百零六页\编于十一点模型的键长和键角数据26目前二十六页\总数一百零六页\编于十一点乙烯模型中的双键信息27目前二十七页\总数一百零六页\编于十一点键级改动28目前二十八页\总数一百零六页\编于十一点显示氢及孤对电子29目前二十九页\总数一百零六页\编于十一点不显示氢及孤对电子的环己烷原子名称及序数30目前三十页\总数一百零六页\编于十一点选择工具，双击原子，按顺序改变原子序号31目前三十一页\总数一百零六页\编于十一点隐藏或显示其它原子居中移动到色彩调节显示元素符号显示元素编号显示实心球显示点阵表面调整键长破坏键调整键级就近结合添加质心颠倒调整矩阵隐藏所选部分隐藏非选部分显示所有原子显示邻近原子显示背面定义基团32目前三十二页\总数一百零六页\编于十一点利用【键】工具建立的结构，键角及键长可能不正常，应【整理结构】33目前三十三页\总数一百零六页\编于十一点环己烷的椅式构象34目前三十四页\总数一百零六页\编于十一点使用【文本】工具输入结构式2.利用文本工具建立模型35目前三十五页\总数一百零六页\编于十一点按【Enter】自动转化为模型36目前三十六页\总数一百零六页\编于十一点括号表示支链37目前三十七页\总数一百零六页\编于十一点38目前三十八页\总数一百零六页\编于十一点整理结构39目前三十九页\总数一百零六页\编于十一点简单优化观察分子变化40目前四十页\总数一百零六页\编于十一点4-甲基-2-戊醇模型41目前四十一页\总数一百零六页\编于十一点建立1，2-双甲基环戊烷模型42目前四十二页\总数一百零六页\编于十一点43目前四十三页\总数一百零六页\编于十一点整理结构44目前四十四页\总数一百零六页\编于十一点建立Ibuprofen(布洛芬)模型45目前四十五页\总数一百零六页\编于十一点46目前四十六页\总数一百零六页\编于十一点建立十肽菌素模型47目前四十七页\总数一百零六页\编于十一点48目前四十八页\总数一百零六页\编于十一点建立十二丙氨酸醇分子模型49目前四十九页\总数一百零六页\编于十一点50目前五十页\总数一百零六页\编于十一点改变显示方式模型类型窗口：51目前五十一页\总数一百零六页\编于十一点设为线状模型52目前五十二页\总数一百零六页\编于十一点53目前五十三页\总数一百零六页\编于十一点设为带状模型54目前五十四页\总数一百零六页\编于十一点a-螺旋模型55目前五十五页\总数一百零六页\编于十一点使用子结构建立模型3.利用子结构建立模型56目前五十六页\总数一百零六页\编于十一点子结构模型库57目前五十七页\总数一百零六页\编于十一点选择所需的子结构，然后复制58目前五十八页\总数一百零六页\编于十一点粘贴复制结果59目前五十九页\总数一百零六页\编于十一点在子结构上进行编辑60目前六十页\总数一百零六页\编于十一点4.使用模板建立模型61目前六十一页\总数一百零六页\编于十一点62目前六十二页\总数一百零六页\编于十一点ChemDraw中画出的分子结构复制粘贴到Chem3D中5.ChemDraw和Chem3D信息转换63目前六十三页\总数一百零六页\编于十一点Chem3D中画出的分子模型复制粘贴到ChemDraw中64目前六十四页\总数一百零六页\编于十一点（1）查找原子的范德瓦尔斯半径【View】【AtomTypes.TBL】窗口，找到各种元素在不同环境的半径计算功能演示65目前六十五页\总数一百零六页\编于十一点66目前六十六页\总数一百零六页\编于十一点67目前六十七页\总数一百零六页\编于十一点（2）观察分子的大小建立苯模型。执行【View】【ConnollyMolecular】弹出Suface对话框；【solid】选项可以选择分子表面的类型；【Resolution】滑动到右边，其值为10068目前六十八页\总数一百零六页\编于十一点69目前六十九页\总数一百零六页\编于十一点70目前七十页\总数一百零六页\编于十一点71目前七十一页\总数一百零六页\编于十一点72目前七十二页\总数一百零六页\编于十一点View/SolventAccessible菜单甲苯结构73目前七十三页\总数一百零六页\编于十一点（3）计算分子体积建立苯模型。执行【Analyze】【ComputeProperties】在【AvailableProperties】选框中双击【ConnollySolvent-ExcludedVolumeSVE-ChemPropStd】选项，使之加入到【SelectedProperties】框中。单击ok，74目前七十四页\总数一百零六页\编于十一点75目前七十五页\总数一百零六页\编于十一点76目前七十六页\总数一百零六页\编于十一点77目前七十七页\总数一百零六页\编于十一点78目前七十八页\总数一百零六页\编于十一点79目前七十九页\总数一百零六页\编于十一点(4)检查结构能量80目前八十页\总数一百零六页\编于十一点模型旋转对位交叉81目前八十一页\总数一百零六页\编于十一点总能量计算82目前八十二页\总数一百零六页\编于十一点空间位阻能：0.977kcal/mol计算结果83目前八十三页\总数一百零六页\编于十一点模型的二面角数据84目前八十四页\总数一百零六页\编于十一点数据与模型对应85目前八十五页\总数一百零六页\编于十一点显示原子符号及序号86目前八十六页\总数一百零六页\编于十一点按动旋转数据相应改变87目前八十七页\总数一百零六页\编于十一点(5)分子轨道(HOMO及LUMO)首先用双键画出乙烯分子88目前八十八页\总数一百零六页\编于十一点显示轨道时必须选择89目前八十九页\总数一百零六页\编于十一点选择分子轨道90目前九十页\总数一百零六页\编于十一点选择HOMO轨道HOMO轨道显示轨道选项HOMO和LUMO各6个能量随所选轨道不同而不同实心显示（丝网显示圆点显示半透明显示）91目前九十一页\总数一百零六页\编于十一点乙烯分子的HOMO轨道92目前九十二页\总数一百零六页\编于十一点选择LUMO轨道LUMO轨道显示93目前九十三页\总数一百零六页\编于十一点乙烯分子的LUMO轨道94目前九十四页\总数一百零六页\编于十一点95目前九十五页\总数一百零六页\编于十一点96目前九十六页\总数一百零六页\编于十一点97目前九十七页\总数一百零六页\编于十一点98目前九十八页\总数一百零六页\编于十一点99目前九十九页\总数一百零六页\编于十一点100目前一百页\总数一百零六页\编于十一点101目前一百零一页\总数一百零六页\编于十一点其他计算从头算程序：GamessGaussian需另外安装这两个程序。半经验或分子力学计算MechanicsMopac(Am1,Mindo/3,Mndo,PM3)计算方式：计算性质，最小能，过渡态优化，光谱分析102目前一百零二页\总数一百零六页\编于十一点模型的输入和输出：以NaCl晶体为例：【File】【Template】选择【NaClCrystal.C3T】选择以【Spacefilling】显示模型。可保存多种格式，默认格式.c3t。可存为jpg等。还有动画