肿瘤家系研究-从遗传学到基因组学课件

肿瘤家系研究--从遗传学到基因组学从遗传学到基因组学第一阶段收集临床资料第二阶段家庭病史的研究第三阶段染色体组型和连锁分析第四阶段DNA序列分析系谱完整的系谱应有三代以上有关患者及家庭的情况关键是不可遗漏，死亡者（包括婴儿死亡）须查清死因，是否近亲婚配、有无死胎、流产史，并记录在系谱中。研究的对象本研究的对象为核心家系和患病同胞对，核心家系是指一对夫妻及其子女，其中夫妻双方1个为患者另1个为正常人(但可伴其他的非研究疾病)，同时子女中至少有1个患者和1个正常人；患病同胞对是指直系同胞中至少有2个患者及1个正常人鼻烟癌分子遗传学研究Genome-widescanforfamilialnasopharyngealcarcinomarevealsevidenceoflinkagetochromosome4对32个讲广州方言的鼻烟癌高发家系，进行全基因组扫描和连锁分析、精细定位及单体性分析，将鼻烟癌的遗传易感区定位在4号染色体上，为易感基因的克隆提供了基础微卫星位点DNA短串联重复序列(shorttandemrepeats,STR)即微卫星位点，是一种广泛存在于人类基因组，以2～6个碱基为单位、串联重复排列的序列，多存在于非翻译区及内含子中，其中以(CA)n为最多见。一般每个微卫星位点有十几个等位片段，具有高度的多态性，并以孟德尔共显性遗传，具有高度的杂合度(heterozygosity,H)和多态信息量(polymorphisminformationcontent,PIC)，能够作为一种遗传标记。通过PCR方法，这些微卫星位点能够广泛运用于精密遗传连锁作图，单基因、多基因遗传疾病的相关基因定位家系连锁(family-basedlinkage)分析人类世代传递时，生殖细胞减数分裂(meiosis)中父方与母方的同源染色体可发生交换/重组(cross-over/recombination)。染色体上标记位点与疾病位点间发生重组的机率取决于两位点间的距离。距离越近那么在世代传递中重组机率越小，亦即染色体上两个紧密毗邻的位点一起传递给某个子代的机率高于两远隔的位点，此即连锁不平衡(linkagedisequilibrium)。关联及连锁分析均依据此原理来发现与疾病呈连锁不平衡的多态标记，由此确认复杂病易感基因在染色体上的位置遗传标记物

微卫星标记引物分别标有FAM、HEX、NED三种不同的荧光标记物，在激光扫描下分别显示蓝、绿和黄色，并依照其所扩增片段的大小及荧光标记的不同分成不同的组，每组5至14对引物，分别进行PCR扩增和凝胶电泳微卫星DNA扩增方法我们采用多重PCR方法扩增微卫星DNA，PCR反应体系总体积为5μl，包含50ng人基因组DNA，10×PCR缓冲液0.5μl，25mmol/LMgCl20.6μl，10mmol/LdNTP0.1μl,10μmol/L引物0.025μl/对，5U/μlTaq酶0.05μl，1.1μg/μlTaqStartTM抗体0.05μl，抗体缓冲液〔10mmol/LTris-HCl(pH7.0),50mmol/LKCl,50%glycerol〕0.2μl。PCR反应在96孔薄壁板中进行，PCR仪为Perkin-Elmer-Cetus9600。基因扫描和基因分型

在0.5μlPCR反应产物中加入1μl变性缓冲液(甲酰胺70%，上样缓冲液15%，分子量标记15%)，94℃变性2分钟，立即放入冰浴，取0.6μl上样液，在ABI377测序仪上用6%聚丙烯酰胺/7mol/L尿素电泳，电泳条件为电压2500V，电泳时间2.5小时。含有荧光标记物的电泳条带经ABI377测序仪激光扫描后将数据存入电脑，经GENESCAN3.0软件处理后转换成图像文件，再通过GENOTYPER2.1软件分析后得到每个样本不同位点的基因型结果。连锁分析将每个样本不同位点的基因型结果按其在染色体上的位置依次排列，并结合其表型做成数据文件，通过SUN工作站上的GENEHUNTER(Version2)分析软件进行连锁分析。结果OurfindingsprovideevidenceofamajorsusceptibilitylocusforNPConchromosome4inasubsetoffamilies.肝癌遗传学研究进展肝癌的遗传学背景的研究，正在国家重点实验室加紧进行有关专家开始在高发地区收集有关家系血液样品，了解肿瘤的遗传背景、寻找包括当地长期的饮食和生活适应及水土等相关环境因素，取得了阶段性成果全基因组扫描、遗传连锁分析等工作差不多全面展开，目标是定位那个肿瘤的遗传性易感基因

总结一.疾病基因与遗传标记进行连锁分析以诊断疾病，然而要认识这种关系就需要：①有足够数量家系来确定这种连锁；②有