第四章 生物信息学数据库(一)-主要库及其文件格式

第四章第四章 生物信息学数据库生物信息学数据库生物分子数据高速增长 分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据 建立生物分子数据库 生物分子数据库几个明显的特生物分子数据库几个明显的特征：征：（ 1）数据库的更新速度不断加快数据量呈指数增长趋势 （ 2）数据库使用频率增长更快 （ 3）数据库的复杂程度不断增加 （ 4）数据库网络化 （ 5）面向应用（ 6）先进的软硬件配置核酸序列数据的增长趋势核酸序列数据的增长趋势（纵轴代表总的核酸序列长度，单位：百万（纵轴代表总的核酸序列长度，单位：百万 bp）v生物分子数据库一级数据库v 数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 二级数据库v 对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的 。生物信息学常用数据库种类 通用生物信息学数据库 特定（数据）数据库 特定（物种）数据库 各种通路数据库 结构（图形 /图像）数据库 第一节第一节 通用生物信息学数据库通用生物信息学数据库(1)美国生物技术信息中心（ NCBI）的 GenBank （ /Genbank/）(2)欧洲分子生物学实验室 (EMBL)( http:/www.embl-heidelberg.de ) 的 nucleotide sequence database（ http:/www.ebi.ac.uk/embl/）(3)日本遗传研究所的 DDBJ （ http:/www.ddbj.nig.ac.jp/ ）国际上三大权威数据库NCBI( National Center for Biotechnology Information) / 全球最大的生物信息资源中心 DNA 序列、蛋白质序列、出版物、数据挖掘工具等美国生物技术信息中心美国的 GenBank从1979年开始建设，1982年正式运行； 欧洲分子生物学实验室的 EMBL数据库也于 1982年开始服务EMBL (Germany)密苏里植物园主页EMBL-EBI (UK)EBI, Hinxton (Cambridge), UK 2004年 2月 22日摄http:/www.ebi.ac.uk/embl/http:/www.ebi.ac.uk/Databases/21 Mar 2003 37,943,364,438 bases in 24,353,128 records. 日本于 1984年开始建立国家级的核酸数据库 DDBJ， 并于1987年正式服务。NCBI、 EBI和 DDBJ之间的区别与联系 三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样。 这三个数据库是综合性的 DNA和 RNA序列数据库，每条记录代表一个单独、连续、附有注释的 DNA或 RNA片段。 第二节第二节 核酸序列数据核酸序列数据库库1、 基因组数据库（基因组数据库（ GDB）The Genome Database 人类基因组计划所得到的图谱数据 GDB包含对下述三种对象的描述：（ 1）人类基因组区域包括基因、克隆、 PCR标记物、断点、细胞遗传学标记、易碎位点、 EST、综合区域、 contigs、重复等；（ 2）人类基因组图谱，包含细胞遗传学图谱、连接图谱、辐射混合图谱、 contig 图谱、集成图谱，所有这些图谱都可以被直观地显示出来；（ 3）人