蛋白质分子中的超二级结构

蛋白质分子的高级结构二级结构概念n 蛋白质的二级结构是指它的多肽链中有规则重复的构象。n 氢键是稳定二级结构的主要作用力。n 一些特定的二级结构的组合体就被称为超二级结构。蛋白质的空间构象和维持构象的作用力(1) 蛋白质的构象（ conformation）(2) 多肽链折叠的空间限制因素肽平面和二面角基团间的相互作用水分子的作用(3) 稳定蛋白质构象的作用力 亚基四级结构 -折叠片-螺旋体三级结构松散肽段二面角二面角两相邻酰胺平面之间，能以共同的 C为定点而旋转，绕 C-N键旋转的角度称 角，绕 C-C键旋转的角度称 角。 和 称作二面角，亦称构象角。完全伸展的多肽主链构象-碳原子酰胺平面=1800， =1800=00， =00的多肽主链构象酰胺平面=00， =00侧链非键合原子接触半径特征 ： 1、 每隔 3.6个 AA残基螺旋上升一圈，螺距 0.54nm;2 、 螺旋体中所有氨基酸残基侧链都伸向外侧，链中的全部C=0 和 N-H几乎都平行于螺旋轴 ;3、每个氨基酸残基的 N-H与前面第四个氨基酸残基的 C=0形成氢键，肽链上所有的肽键都参与氢键的形成。形成因素 ： 与组成和排列顺序直接相关。多态性 ： 多数为右手（较稳定），亦有少数左手螺旋存在（不稳定 ） 螺旋（ helix） 折叠（ -pleated sheet ）特征 ： 两条或多条伸展的多肽链（或一条多肽链的若干肽段）侧向集聚，通过相邻肽链主链上的N-H与 C=O之间有规则的氢键，形成锯齿状片层结构，即 折叠片。类别：平行反平行 转角（ -turn ）特征 ： 多肽链中氨基酸残基 n的羰基上的氧与残基（ n+3） 的氮原上的氢之间形成氢键，肽键回折 1800 。 无规则卷曲示意图无规则卷曲细胞色素 C的三级结构二级结构的基本类型Helix parallel pleated sheet antiparallel pleated sheet-转角及无规则卷曲 蛋白质超二级结构n Greek Key topologyDOMAINn Superoxide Dismulase The doubly wound topologyPDB code 9LDBDOMAIN（ 1）n 三种基本组合形式： ， ， 。Up-down Bundle1AEP 1HCI Triple-helix coiled coil alpha-actinin 1JR8DOMAIN （ 2）n Architecture（ Horseshoe）1IB2 RNA BINDING PROTEIN DOMAIN （ 3）Alpha solenoid Orthogonal Bundle Alpha/alpha barrel 1PPR 1R3J 1KWF Hydrolase DOMAIN （ 4）n Mainly Beta （ Roll ）1C0M 1NH2 RNA polymerase 1EX4 DOMAIN （ 5）Clam Barrel Solenoid 4BCL 1PQ7 1K5C Endopolygalacturonase All Beta TopologyBeta sandwiches:Fatty acid binding proteinPDB code: 1IFBClosed Beta BarrelPDB file: 2PORDOMAIN （ 6）Orthogonal Prism Trefoil Sandwich 1B2P（ Sugar binding protein） 1RG8 1JK4 DOMAIN （ 7）n Aligned and Orthogonal Beta Sandwiches DOMAIN （ 8）Greek Key topology（铜蛋白）DOMAIN （ 9）n Gamma-crystallin （晶体球蛋白 1A5D ）DOMAIN （ 10）n The Jellyroll Topology （蛋卷三明冶 C8N）DOMAIN （ 11）n Beta Propellors （ 神经氨酸酶 1B9T ） DOMAIN （ 12）n Alpha and beta proteins (a/b) 1AY7 4FXN 1OBO DOMAIN （ 13）n Alpha and beta proteins (a+b) 1MB1 1H6MProtein structures different classes of protei