细菌的分类与命名-微生物命名规则

细菌的分类与命名 细菌分类学 细菌分类学（taxonomy）是指对细菌进行分类、命名与鉴定的一门学科。它的 任务是在全面了解细菌的生物学特征的基础上，研究它们的种类，探索其起源、 演化以及与其他类群之间的亲缘关系，进而提出能反映自然发展的分类系统， 并将细菌加以分门别类。它包括三个方面：分类（classification） 、命名 （nomenclature）和鉴定（identification） 。 一、基本概念 1.细菌分类是根据每种细菌各自的特征，并按照它们的亲缘关系分门别 类，以不同等级编排成系统。分类有两种：以细菌的形态和生理生化特性为 依据的表型特征分类法，包括有传统分类法（classical classification）和数值分 类法(numerical classification)；用化学分析和核酸分析，以细菌大分子物质 （核酸、蛋白质）结构的同源程度进行分类称种系分类（phylogenetic classification）或自然分类（natural classfication） 。 2.细菌命名在分类基础上，给予每种细菌一个科学名称，使之在生产实践、临 床实践和科学研究工作中相互交流成为可能。按照细菌命名的法规，能保证所 有的科研工作者以同样方式给予细菌命名。 3.细菌鉴定将未知细菌按分类原则放入系统中某一适当位置和已知细菌比较其 相似性，用对比分析方法确定细菌的分类地位。若与已知细菌相同即采用已知 菌的名称，不同者则按命名原则确定一个新名称。 二、分类等级 细菌的分类等级和其他生物相同，依次为界（kingdom） 、门（division） 、纲 （class） 、目（order） 、科（family） 、属（genus） 、种（species） 。细菌属于原核 生物界（procaryotae） ，包括有细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次体和螺 旋体。 分类等级拉丁字尾比较固定，表示方法如下：目-ales、亚目-ineae、科-aceae、 亚科-oideaae、族-eae、亚族-inae。 种是细菌分类的基本单位，将生物学性状基本相同的细菌群体归成一个菌种； 性状相近、关系密切的若干菌种组成一个菌属；相近的属归为一科；依次类推。 在两个等级之间，可添加次要的分类单位，如亚门、亚纲、亚属和亚种等。群 和组不是正式分类等级，是泛指具有某种共同特性的某个集体，任何等级都可 借用。 同一菌种的各个细菌，在某些方面仍有一定的差异，可再分成亚种 （subspecies） ，亚种以下的分类等级为型（type） ，以区别某些特殊的特征。例 如抗原结构不同而分的血清型（serotype） ；对噬菌体敏感性不同的噬菌体型 （phagetype） ；对细菌素敏感性不同的细菌素型（bacteriocin-type） ，生化反应和 某些生物学性状不同的生物型（biotype） 。 由不同来源分离的同一种、同一亚种或同一型的细菌，称为株（strain） 。株的 建立是从一次单独分离物的单个原始菌落传代的纯培养物，例如从 10 个肺结核 患者的痰液中分离出的 10 株结核分枝杆菌。具有某种细菌典型特征的菌株称为 模式菌（typical strain）或标准菌株（standard strain） ，它是该种菌株的参比菌株。 在细菌的分类、鉴定和命名时以模式菌为依据，也可作为质量控制的标准。 三、细菌命名法 国际细菌命名法典 （the international code of nomencluture of bacteria）1990 年修订本（1992 年 ASM 出版）是目前公认的命名法典，是在 1975 年出版的基 础上，经历了 10 余年，3 届国际微生物学会议的努力而通过的一部法典，它确 认了 1980 年 1 月 1 日后，由国际系统细菌学杂志（IJSB）合法发表的细菌命名。 细菌的科学名称（学名）的生物双名式（binomen） ，具备拉丁化文字的形式和 明确分类等级的两个特点，即有一个属名和一个种名构成。属名在前，是名词， 首字母大写；种名在后，是形容词，不论是否为人名或地名均须小写；两者均 用斜体表示。细菌学名的中文译名则种名在前，属名在后。例如 Mycobecterium tuberculosis（结核分枝杆菌） 、Salmonella typhi（沙寒沙门菌） 。属名也可用第 一个字母代表，如 M tuberculosis、S typhi 等。有时某些常见的细菌也可用习惯 通用俗名如 tuberoulosis （结核杆菌） 、typhoid bacilus（伤寒杆菌）等。有时泛 指某一属细菌而不特指其中的某个细菌则可在属名之后加上 sp，如 Mycobacterium sp，Salmonella sp，即表示分枝杆菌属和沙门菌属细菌（sp 代表 菌种 species，复数用 spp） ；如果使用 1 个亚种的名称，则在种名后再加亚种名 如 Klesbsiella penumoniae subspecies pneumoniae。 命名法典规定，新的细菌名称必须在 IJSB 发表后，经过世界公认的国际细菌命 名裁定委员会公布，菌名批准目录刊登后正式应用。凡有关细菌研究的学术论 文必须使用上述正式命名的细菌学名。 细菌分类方法 细菌的分类是在对细菌的大量分类标记进行鉴定和综合分析的基础上进行的。 用作细菌的分类标记有形态学、生理生化学、免疫化学和遗传学等方面的性状。 近年来，应用各种现代化技术和设备研究细胞的化学结构和化学组成，分析它 们的来源关系，为发展细菌分类学开拓了前景。 一、按表型特征分类法 细菌的形态、染色以及细菌的特殊结构是最早和最基本的分类依据，众多的理 化特征如细菌生长条件、营养要求、需氧或厌氧、抵抗力、菌体成分、能否利 用某些糖类和有机酸、蛋白质、氨基酸、代谢途径、代谢产生、呼吸酸、毒性 酶、毒素、致病力等也一直作为分类依据。目前，以生理生化学作为细菌分类 方法有两种，即传统分类法和数值分类法。 （一）传统分类法 19 世纪以来，以细菌的形态、生理特征为依据的分类奠定了传统的分类基础， 它选择一些较为稳定的生物学性状，如细菌的形态结构、染色性、培养特性、 生化反应、抗原性作为分类依据，然后按主次顺序逐级区分。这种方法使用方 便，分类亦较为明确，但往往带有一定程度的盲目性。 （二）数值分类法 20 世纪 60 年代，随计算机的应用而发展的细菌分类方法。它对细菌的各种生 物学性状按“等重要原则”进行分类，一般需选用 50 项以上的生理、生化指标 逐一进行比较，通过计算机分析各菌间相似度，划分细菌的属和种，并确定它 们的亲缘关系。 二、遗传学分类法 遗传学分类是以细菌的核酸、蛋白质等在组成的同源程度分类。该分类法具有 下述的优点：（1）对细菌的“种”有一个较为一致的概念；（2）使分类不会 出现经常性或根本性的变化；（3）可制定可靠的细菌鉴定方案；（4）有利于 了解细菌的进化和原始亲缘关系。 目前较稳定的基因型细菌分类法有如下几种。 （一）DNA G+C mol/%测定 DNA 分子两条链上 4 种碱基的总分子量为 100，测定其中 G+G 或 A+T 摩尔百 分比，能反映出细菌间 DNA 分子同源程度，习惯上以 G+C 作为细菌分类标记。 不同菌属间的 G+Cmol%范围很大，在 25%75%之间，但同一种细菌 G+Cmol%相 当稳定，不受菌龄、培养条件和其他外界因素影响，亲缘关系越近的细菌，它 们 G+C mol/%越相近。目前测定的技术多用加热变性法。加热变性的 DNA 由 于双链 DNA 分开，使 A 260 紫外吸收度增加。紫外吸收度的增加与解链程度 成正比。用 Tm 表示 DNA 分子中 50%解链时的温度，Tm 随 G+Cmol%的含量 线性增加。在通常条件下，G+Cmol%为 40 的 DNA 其 Tm 约为 87，每增加 1%G+Cmol 含量，Tm 约增加 0.4，因而通过 Tm 可测出 G+Cmol%含量。 （二）核酸同源值测定 同一种细菌的 G+Cmol%固然应该相同，但 G+Cmol%相同的却并不一定是同一 细菌。因为 G+Cmol%不能反映其碱基的序列。精确的办法是利用 DNA 分子杂 交技术测定 DNA 分子的相似度。其基本步骤均是先提取菌株的 DNA，加热变 性解链，然后将两种变性的 DNA（其中一种为标记 DNA 或 rRNA）混合液在 一定的温度下保温复性，重新得到杂交的双螺旋 DNA 分子，鉴定其双螺旋结 合率。结合率的大小反映了 DNA 碱基序列的相似程度和菌种之间的亲缘关系 的亲疏。DNA/DNA 杂交时，同一菌的结合率为 100%，80%90%的同源为同 一种内、同一亚种的细菌，60%70%的同源性为同一种内不同亚种的细菌， 20%60%则认为是同一属中的不同菌种。 （三）核蛋白体 RNA 碱基序列测定 细菌核蛋白体 RNA 序列比较保守，其变化十分缓慢。分离提取细菌 16SrRNA，用 T1 核酸酶消化，分析寡核苷酸的碱基序列可测出 rRNA 的相关性。 绘制各类群关系和树状谱，从而确定种系的发生关系。另一种研究核蛋白体 RNA 碱基序列的方法是 rRNA-DNA 杂交，其基本原理和 DNA-DNA 杂交方法 相同，只是最后的结果表示方法不同，常用于两个有差距的微生物间测定，例 如用 rRNA-DNA 杂交将假单胞菌属至少可分成 5 群 rRNA 同源群。 细菌分类系统 国际上普遍采用伯杰（Bergey）分类系统，自 1923 年伯杰鉴定细菌学手册 （Bergeys mannual of determinative bacteriology）第一版问世以来，每隔四五年 修订一次，至 1974 年已出版至第八版。1984 年将其易版为伯杰系统细菌学 手册 （Bergeys manual of systemic bacteriology） ，共分 4 卷。在此新版中，对 细菌的高级分类作了重新安排，以细菌细胞壁的结构特点，将原核生物界分为 4 个菌门：薄壁菌门（Gracilicutes） 、厚壁菌门（Firmicutes） 、软壁菌门 （Tenericutes）和疵壁菌门（Mendosicutes） 。伯杰系统细菌学手册第 1 卷 （1984 年）登载医学、工业和普通微生物中重要革兰阴性细菌；第 2 卷（1986 年）为放线菌外的革兰阳性菌，第 3 卷为古细菌、蓝藻菌和其他革兰阴性菌； 第 4 卷为放线菌。 1994 年出版伯杰鉴定细菌学手册第 9 版，该版摘录伯杰系统细菌学手册 第 1 卷4 卷所有菌属的表型描述，把所有细菌根据类型排列成 13