毕业设计(论文)外文参考资料及译文-猪细环病毒ORF1全基因组的克隆与序列分析.doc

毕 业 设 计（论 文）外 文 参 考 资 料 及 译 文译文题目： 猪细环病毒ORF1全基因组的克隆与序列分析 学生姓名： 蒋莹 学 号： 0721115633 专 业： 动物医学 所在学院： 龙蟠学院 指导教师： 张志成 职 称： 讲师 2011年 3 月 7 日接受手稿标题:以完整基因组为依据的猪圆环病毒1型（Torque teno sus1 TTSuV1）和2型（Torque teno sus2 TTSuV2）的遗传变异和发展史基于猪细环病毒1型和2型全基因组的基因变异和进化树法分析。作者Mart Cortey, Lisa Macera, Joaquim Segales, Tuija KekarainenPII: S0378-1135(10)00385-8DOI: doi:10.1016/j.vetmic.2010.08.013参考: VETMIC 4993出现VETMIC收到日期:2010-4-26修订日期:2010-9-8接受日期: 2010-8-13请援引这篇文章：Cortey, M., Macera, L., Segales, J., Kekarainen, T., Genetic以完整基因组为依据的猪圆环病毒1型（Torque teno sus1 TTSuV1）和2型（Torque teno sus2 TTSuV2）的遗传变异和发展史,兽医微生物学(2010), doi:10.1016/j.vetmic.2010.08.013这是一个已被接受发表，未经编辑的文稿PDF文件作为我们的客户服务，我们提供这一手稿的早期版本。这份手稿将进行审稿，排版，以及由此产生的证据审查在其出版之前的最后的形式。请注意，在出版过程中可能会被发现的错误会影响其内容，并且所有的法律免责声明都适用于该杂志的涉及部分。以完整基因组为依据的猪圆环病毒1型（Torque teno sus1 TTSuV1）和2型（Torque teno sus2 TTSuV2）的遗传变异和发展史由Mart Cortey1, Lisa Macera1,2, Joaquim Segals, Tuija Kekarainen，Centre de Recerca en Sanitat Animal Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA), UAB-IRTA, Campus de la Universitat utnoma de Barcelona, 08193 Bellaterra, Barcelona, Spain.Retrovirus Centre and Virology Section, Department of Experimental Pathology,University of Pisa, S.S. N.12 Abetone-Brennero 2, 56127 Pisa, Italy.Departament de Sanitat i Anatomia Animals, Universitat Autnoma de Barcelona,08193 Bellaterra, Barcelona, Spain提供。通讯作者通讯地址Centre de Recerca en Sanitat Animal (CReSA), Universitat Autnoma电话23 + 34935814620传真:+ 34935814490E-mail: tuija.kekarainencresa.uab.es以上部分可以不翻译，直接翻译正文即可。运行标题: 猪圆环病毒1型和2型的发展史题目修改13株猪圆环病毒1型（Torque teno sus1 TTSuV1）和2型（Torque teno sus2 TTSuV2）检查得到了样化和演化的猪TTVs。尽管根据低核苷酸的报道，这种基因结构和转录的剖面图仍和TTVs相似。对于TTSuV1核苷酸多样性高于TTSuV2，及其相互之间的码突变方式也不同。窗体顶端种系发生和基因分析支持TTV分裂入二个种类 。TTSuV1表明高变异水平(30%)，三种不同类型（第三首次描述）可能会显示一个地理结构。与此相反，TTSuV2表明变异较低水平（95% PI)，子型(85-95% PI)，类型(67-85% PI)，种类(55-67%)和类(36-55%)。 根据被观察的在七条TTV染色体之中的identity作者暂时地提出的类型1a和1b和子型2a、猪的TTSuV1和TTSuV2 2b和2c，分别。 在本研究中，两个类型十三条猪TTV染色体程序化，完全地描绘了，并且与十条出版染色体比较。TTSuV1和TTSuV2 (55.2%)类似Niel (2005)和黄等获得的那个等(2010)，在种类定义的更低的边界的TTV，但是接近类状态。 根据当前结果， TTSuV1和应该考虑TTSuV2作为证实分类的种类等提议由黄(2010)和ICT(/virusTaxonomy.asp)。提出，所有TTSuV1西班牙染色体分别地成群了与美国和亚洲染色体，陈列身分更低比80%与比较参考键入1a和1b。 因此，根据这些观察，提议应该考虑第三个TTSuV1类型(1c) (Fig.3)。 而且，考虑到分歧，一样高象30%在TTSuV1之内和所有西班牙染色体的被分离的位置和美国相比，并且亚洲人一个在种系发生的树，某一种类与一个潜在的地理依据的内部结构可能存在。量的多样性TTSuV2检测“（15）较低。 2b和2c的亚型聚集一起在NJ树，并根据TTV类型67-85PI）和亚型（85-95PI）的建议的范围（黄等人。，2010），所有从美国分离TTSuV2和欧洲应该被视为一个单一类型的亚型数可能为2至7取决于应用的门槛。在第一种情况，2b和2c的亚型应该被加入到一个单一亚型株，其余将成为其他亚型，如甲已定义，呈现出它们之间的126个变异位点（4.8）的意思。在第二个方案，四个额外的子类型可以定义：二维（TTSuV2G61），2e（TTSuV2G64），2楼（TTSuV2GE1和TTSuV2GE9）和2G（TTSuV2G31，TTSuV2G33和TTSuV21907）。然而，直到基因组的TTSuV2较多的情况下，在亚型的定义应推迟。此外，对来自不同地理区域的猪TTV的分歧更多的序列数据，获得更好的结论应分析。窗体底端结论 如今，anelloviruses完整的基因组进行了表征，并对一些动物物种提供（。Learly等，1999;。Martinez等人，2006年; Brassard等，2008;。伍等人，2009;。冈本等人，2009年。）。基因组信息已被集中到迄今人类TTVs，但这和最近的研究（Brassard等，2010;。黄等人，2010年），大大增加了对于猪TTVs知识。在目前的研究已特点TTV的猪基因组和基因组的比较可在文献中。目前一猪TTV中基因组中有非编码区和3个ORF与翻译区。 TTSuV1比TTSuV2更具有变化性。这种变化是不同分布;在更保守的非编码区翻译区和更变量。该报告的转换和颠换数没有差异。中码突变的方式也不同：ORF1基因较为保守，表现出较高的比例第三密码子位置和负选择密码子;病毒ORF2和ORF3不太保守，尽管一些保守地区也报告。系统发育重建表明，TTSuV1是分为三种类型，其中一人报告了这项工作的第一时间，地理结构的某种可能存在的。另一方面，建议对集群TTSuV2混合亚型及其定义不明确。利益冲突声明本论文的作者都没有与其他人或组织可能不适当地影响或偏见的论文内容的财务或个人关系。致谢我们感谢A. Llorens的技术帮助，这项工作是由289 AGL2006-02778/GAN，TRT2006- 00018和CONSOLIDER- PORCIVIR CSD2006-29000007西班牙政府赠款资助。M. Cortey 来自加泰罗尼亚政府，T. Kekarainen 由西班牙政府支持参考Bendinelli, M., Pistello, M., Maggi, F., Fornal, C., Freer, G., Vatteroni, L., 2001.Molecular properties, biology and clinical implications of TT virus, a recentlyidentified widespread infectious agent of humans. Clin. Microb. Rev. 14, 98-113.Biagini, P., 2009. Classification of TTV and Related Viruses (Anelloviruses), in: deVilliers, E.M., zur Hausen, H. (Eds.), TT Viruses. The Still Elusive HumanPathogens. Springer-Verlag, Berlin, pp. 21-34.Biagini, P., Uch, R., Belhouchet, M., Attoui, H., Cantaloube, J.F., Brisbarre, N., deMicco, P., 2007. Circular genomes related to anelloviruses identified in humanand animal samples by using a combined rolling-circle amplification/sequence304independent single primer amplification approach. J. Gen. 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